1869 年（清同治八年），英国浸礼会传教士李提摩太（Timothy Richard ；1845…1919 ）来华，次年抵上海。1890 年任天津《时报》主笔，宣传维新变法。次 年任基督教文字机构广学会的总干事达25 年，出版宣传基督教和传播西学的书刊。
19 世纪70 年代
1870 年（清同治九年）6 月，天津教案发生。从鸦片战争起，全国发生大小教案400 余起，大部分集中在19 世纪60 …90 年代这30 年中。外国传教士、中国传道人常遭殴打、哄逐；信徒和家人被歧视，房屋、田产遭损失；有的甚至殉道 。各种反教揭帖、檄文流传，讹言不止，言者不知其妄，闻者信以为真，群情 激昂，聚众问罪；有的地方官绅则怂恿组织反教活动。也有莠民冒充信徒，混 入教会“吃教”，借势欺人，传教士受其蒙蔽，干涉诉讼，引起事端。在所有 教案中，天津教案最有典型意义。早在4 、5 月间，天津城厢一带就有谣传， 说传教士买通了中国教徒诱拐婴孩至天主堂，修女们将他们杀死，挖眼剖心， 制作各种迷魂药。6 月初，天气炎热，又逢时疫流行，育婴堂中有三、四十名儿童患病而死；埋葬以后，又被盗墓的人发现；每天有数百人到坟地围观。民 间迷拐之事愈传愈多，街巷为之不靖。6月20 日，一名被居民扭送官府的人犯 武兰珍供出，与天主堂王三有牵连。于是民情激愤，士绅集会，书院停课，反洋教情绪高涨。6 月21日，官府带人犯武兰珍去天主堂质对，查不出武兰珍所 供的罪证及王三其人：“该犯原供有席棚栅栏，而该堂并无所见，该犯亦未能 指实，遍传堂中之人，该犯并不认识，无从指证”。天主堂教士谢福音到崇厚 官署面商日后办法，议明“嗣后堂中如有病故人口应报明地方官验明后掩埋。 其堂中读书及收养之人亦应报官，任凭查验，以释众疑。”但这时教堂人员已 与围观的人群口角起来，引起抛砖争殴。法国驻津领事丰大业要求三口大臣崇 厚派兵弹压，崇厚只派了几名巡捕。丰大业闯入崇厚官署，鸣枪恫吓崇厚，然 后咆哮而去。路遇天津知县刘杰，丰大业枪击刘杰未中，击伤刘杰的一名随员。积愤难忍的群众当场将丰大业及其秘书殴毙。随后鸣锣聚众，焚毁法国领事 馆，并焚毁法国教堂2 座、英美教堂3座，共致死丰大业及其随员3人，法国 修士、修女12人，误杀法国侨民2 人、俄国侨民3 人；中国教徒30 至40人被杀。6 月24 日，法、英、美、俄等七国公使联合照会清政府提出抗议，并派军舰进行武力恫吓。清政府先后派曾国藩、李鸿章办理此案，最后判处20 人死刑 ，包括府县官员在内的25人充军，赔偿白银50万两，并派崇厚赴法国道歉， 始得结案。有史家评“天津教案”是由于“半个世纪的种族嫌恶，十年来的民族怨恨（第二次鸦片战争时英法联军占领天津，以望海楼皇宫故址为联军议约总部；随后被法国踞为领事馆），反基督教情绪的滋长，部分的基于宗教偏见，部分的基于迷信，部分的轻信谣言”。官府与教方未能及时解释以疏导民情，而丰大业仓猝激变事态，遂演成此一震惊中外的教案。
1871 年（清同治十年），英国宣教士莫莱士（William H 。Murray ）来华。他注意到盲人的惨状，于是献身于盲人教育。他设计出一套适用于中国普通话的点字，供盲人使用。1874 年，他在北京创办中国第一所盲人学校。在莫莱士的影响下，许多传教士也参与推动盲人教育。他们的努力，揭开了中国现代化社会工作的序幕。1887年，米尔士夫人（Mrs 。Mills ）在烟台创办第一所聋哑学校； 1891 年，何德医师（DR 。E 。G 。Horder ）在广东创办第一所麻疯病院；1898年 ，嘉约翰医师（Dr 。John G 。Kerr ）在广州创办第一所疯人院。
1872 年（清同治十一年），加拿大传教士马偕（George L 。Mackay ）医生到台湾传教。他披荆斩棘，踏遍山野平地，为人治病，传讲福音。起初当地人甚至用 石头和刀剑伤害他，他却以坚定的爱和忍耐泰然处之。终于铁石心肠软化了， 人们不再叫他“胡须蕃”，而尊敬他为“马偕牧师”。在传教之外，他还办学 校、设博物馆、开医院。在台工作29 年之后，年仅57 岁的马偕垂下了辛劳的 双手。他曾在日记上写道：“我要在此立下教会的基石，愿主你今天帮助我。 我再一次与你立誓，就是痛苦至死，我一生也要在此地我所选择的地方，被你差用，愿上帝帮助我。”
1876 年（清光绪二年），山东旱灾。传教士在上海成立救灾委员会，在山东传教的李提摩太和倪维思（John L 。Nevius ）在灾区赈济难民，并暂时收养400 余名孤儿。次年，山西发生更严重的灾情，十室九空。传教士李修善（David Hill ）和德治安（Joshua Turner ）深入山西赈灾，旅行布道，并创办戒烟局。平阳府 的中国学者席子直原有烟癖，受李修善的感召信主，痛改前非，自号为“胜魔 ”。有四、五名传教士在救灾中牺牲。灾后，传教士着文分析成灾的原因，并 陈述预防措施。此后的大灾荒，如1888 …1889 年和1920 …1921 年的华北五省 的两次旱灾，传教士都在救灾中担任了重要角色。
1877 年（清光绪三年），在华基督教宣教士在上海举行第一届全国宣教会议，狄考文在会议中发表一篇关于中国教育的演说，被认为是宣教史上的里程碑。大 会推举丁韪良（W 。A 。P 。Martin ），韦廉臣（Alexander Williamson ），狄考文 ，傅兰雅，林乐知等人组成“益智书会”，专门负责教科书，包括数学，天文 ，测量，地质，化学，动植物，历史，地理，语文，音乐等科目，成为近代中 国教科书之开端。1905 年该会改？，1916 年再改名为“中华 基督教教育会”。1890 …1912 年间共出版教科书20 余万册，惠及全国各地。据统计，1895年时，教会小学已达927 所，中学114 所，大学和培训班46 个 ，总计在校学生21315 人，其中小学生16079 人，中学生3635 人，大学生和培 训生1640 人。大、中、小三级学制的近代教育雏形已基本形成。狄考文说，“ 教会到了哪里，哪里就有大、中、小学。”中国近代的教育改革，是晚清以来各项改革运动中最有成效的。传教士的办学之举，尤得民心，而且由于科学新知的传播，官绅和民众智识大增，对西方事物和宗教逐渐有所 认识，因此官绅士人逐渐退出反教的行列。
1878 年（清光绪四年），颜永京协助施约瑟主教（Bishop Schereschewsky ）在上海建立圣约翰书院，并综理该校校务（后该校扩建成圣约翰大学）。1887 年，颜 永京出任圣公会牧师，致力于教务，也热心公益，推动禁烟、天足运动。1895 年，他代表中国禁烟总会，赴英美各地演说中国受鸦片之害，谴责英商唯利是 图的恶行，呼吁本着基督爱人如己的心根绝鸦片输入中国。
19 世纪80 年代
1881 年（清光绪七年），山西内地会长老席胜魔在邓村创立福音堂，是内地会最早的自立教会。席胜魔从事戒烟工作，并创办教会，成为早期中国教会的著名 领袖。他写了许多优美的诗歌，在中国信徒中长期流传，有的还被译成英文。
1883 年（清光绪九年），孙中山在香港由喜嘉理牧师（Dr 。Charles R 。Hager ） 施洗，成为基督徒。次年协助喜嘉理牧师到澳门，香山各地布道。
1885 年（清光绪十一年），中国劳工许芹毕业于勒恩神学院，受长老会委派前往纽约华埠拓荒传教。他访问华人商店和洗衣店，了解华人社会的现状与问题，从主日学入手，逐渐扩及于成人，然后建立纽约地区第一个华人自立教会。
1887 年（清光绪十三年），英美基督教新教传教士在中国设立的出版机构“广学会”在上海创立。广学会主要出版传教书刊，后来又“以西国之学广中国之学，以西国之新学广中国之旧学”为号召，出版西学书刊。该会发行的《万国公报》风靡一时，朝野人士，无不阅读，对清末维新派康有为、梁启超以及光绪 皇帝等有很大的影响。1898 年，康有为在变法失败，避难香港时曾坦言：“我 信仰维新主要归功于两位传教士，李提摩太牧师和林乐知牧师的著作。”
1889 年（清光绪十五年），在中国内地的新教传教士有1296 人，主要来自英美 两国，代表41个差会。也有德国，丹麦，瑞典，芬兰，挪威，加拿大等国传教 士在华活动。新教各主要宗派相继传入，足迹遍及全国。
19 世纪90 年代
1890 年（清光绪十六年），上海传教士大会决议出版一本全国通用的中文圣经，务求做到忠于原文而又文笔晓畅。次年，分别成立三个委员会，负责三种不同 文体的版本：文理，浅文理，以及国语。1904 年，《浅文理译本》新约部分出版。1906 年，《文理译本》出版。《国语和合译本》于1906 年动工，至1919 年出版，是中国教会普遍使用，最为信徒喜爱的译本。时值中国“新文化运动 ”，《国语和合本》成为白话文运动的先锋，被誉为最佳的白话文典范作品。
1895 年（清光绪二十一年），中华基督教青年会成立，时值中国在甲午战败后寻求维新变法，知识分子对西方科学知识更为响往。青年会把握时代的需要，强调德（宗教），智（科学），体（体育），群（公共卫生）四育并重，号召学生们主动 去服务社会。1902 年，他们组织的巡回科学演讲在各地深受欢迎。
1895 年（清光绪二十一年），在传教士的赞助下，十位西国妇女在上海发起天足会。早在1867 年，有些地方的教会学校就把不得缠足作为入学条件。延续千余年的缠足陋习，在传教士几十载移风易俗的努力中绝迹。
1896 年（清光绪二十二年），毕业于密西根大学医学院的石美玉和康成接受美以美会的差派，以女医疗宣教士的身份回国为自己的同胞服务。初到九江的十个月中，她们诊疗了2300 名病人。1899 年，九江妇幼医院落成，石美玉任院长 。1903 年，康成在南昌设立新医院。
19 世纪末，有61 个宣教会在华传教，外籍教士达2000 人，中国传教士也有1600人，新教教徒人数近11 。3 万人；其中内地会在华教士有650 名，270 个传教点，教徒约5 千人，成为新教在华的最大的团体。天主教教士约400 人，教徒 74万人。由于“礼仪之争”的深远影响，近代以来的信徒大多来自民众阶层，这种情形在19 世纪后半叶由于不平等条约的签订而更无望改变。俄国东正教很 少对中国人传教，在中国的信徒包括俄国人在内，共约500 人。
教会发展时期（1900 …1948 ）
20 世纪00 年代
1900 年（清光绪二十六年），第三次教难：义和团运动，又称“庚子教难”，绵延数十年之久的反教风潮达到顶点。1896 年，山东一带出现？曰岬烂诺墓歉珊？ 浪迹江湖的游民为主的拳民秘密社团。1899 年，毓贤任山东巡抚，拳民焚毁教 堂，抢劫教民，一切由西洋传入的东西都要灭掉，如拆铁路、毁电报线，甚至 洋油灯、洋火也在灭除之列，毓贤因教案被撤职。袁世凯继任，处死拳民首领多人。义和拳民流往山西、直隶一带，一直到北京城里。1900 年4 月，各国驻 北京公使联名照会清政府，限令在最短时期内将义和团剿除，否则各国将派军 队前来解决义和团。被革职的毓贤进京游说，称拳民神通广大，刀枪不入，不畏枪炮，可用来灭洋雪耻，博得端王载漪和吏部尚书刚毅的赞同。慈禧听信刚 毅等的意见，决定启用拳民；反对的5位大臣被斥为汉奸日后处斩，朝中无人 再敢反对。于是慈禧下诏召拳民入京，改称“义和团”，扶清灭洋。义和团公 开仇杀洋人，攻打教堂，日甚一日。6 月21 日，清政府正式宣战，义和团围攻 京城的外国使馆、教堂。据载，“京师城内两翼地面，城外五里地面，所有教 堂及教民住户房产等，焚毁殆尽。”在朝廷灭尽洋人的谕旨之下，直隶、山西 、河南、奉天、内蒙古等地也相继大举发难，屠杀传教士和信徒。于是列强组 成八国联军进攻中国，镇压义和团，8 月14 日攻陷北京，解除了对使馆区、北 堂和美以美会所长达56 天之久的围困。1901 年9 月7 日，清政府与列强签订了《辛丑条约》。据不完全估计，庚子教难中天主教被杀害的有主教5 人，教 士48 人，教徒18000 人；新教被杀害的有教士188 人（其中1 /3 是内地会的教 士），教徒5000 人。幸亏当时两江总督刘坤一、湖广总督张之洞、两广总督李 鸿章联合东南自保，不准群众暴动，所属教会才幸免大劫。历经庚子教难，基 督徒信心更坚？，越多的传教士走向社会，积极倡 导和参与了教育、医疗和慈善事业，并投身于20世纪中国的改革大潮，教会的 发展速度数倍于庚子教难以前，迎来了1900 至1920年的“黄金时代”。
1900 年，戴德生为在义和团运动中死难的内地会传教士及其家属万分难过，脉搏从每分钟80 次骤降至每分钟只有40 次。但他坚持内地会不要清政府的赔款。1905 年，在巡视各地内地会的途中，他安然归主，葬在中国。
1902 年（清光绪二十八年），李提摩太首倡用庚子赔款办学，创办了山西大学；美国传教士率先响应，1911年用庚子赔款建立清华大学。
1903 年（清光绪二十九年），上海的谢洪赉，俞国桢首先发起中国基督徒会。面对教案迭起的局面，他们认为“中国信徒宜在本国传道”，先后得到香港，北京，天津，宁波，徐州，长沙，太原等地响应。1907年，上海成立耶稣教自立会。1908年，天津成立自立会福音堂。1911年，天津成立中国基督教会。1912 年，北京成立中华基督教会。这些由中国信徒自办、独立于外国差会的教会，在1900年以前是极少有的。它们是自治、自养、自传的萌芽状态。
1908 年（清光绪三十四年），东北大复兴，严寒的北国兴起了中国教会属灵运动 。加拿大传教士顾约拿单（Jonathan Goforth ）是这次复兴的中心人物。在义和 团之乱平息后，顾约拿单返回河�