第１０１师团主力实施反击，在猛烈炮火及航空兵火力支援下，与中国军队在南昌东南、正南郊区展开激战，反复争夺该地区内的各村庄据点。第７９师师长段朗如因部队伤亡过大，于４月２８日夜改变进攻部署，并发电报向军及集团军作了报告。第３２集团军总司令以擅自更动计划为由，报第三战区批准，将其撤职查办。蒋介石急于攻下南昌，听到报告后，于５月１日下令，以贻误军机罪将段朗如“军前正法”，令第１６师师长何平“戴罪图功”，令上官云相到前方督战，限于５月５日以前攻下南昌。
５月２日，第１０２师收复向塘，再克市汊街。第１６师一度攻占沙潭埠，但在日军援军反击下，又被夺去。上官云相遂将第２６师投入战斗。５月４日再度发起进攻。战至５日黄昏，预备第５师攻至城外围阵地，并破坏了铁丝网，但日军火力密集，该师伤亡很重，无力继续攻击。第２６师第１５２团于５日拂晓突入新龙机场，击毁日飞机３架。第１５５团于５日９时突进至火车站，但均遭日军猛烈的火力袭击及反击而受阻。５月６日，日军第１０６师团主力在飞机、坦克支援下，从南昌及莲塘夹击城郊的第２９军。激战至１７时，第２９军被包围，第２６师师长刘雨卿负伤，军长陈安宝及第１５６团团长谢北亭牺牲。第２９军参谋长徐志勋及刘雨卿根据战场实际情况，见已不可能完成攻占南昌的任务，为避免部队被歼，冒被蒋介石杀头的危险，决定向中洲尾、市汊街突围。预备第５师化装便衣潜入城中的１个团因无后续部队接应，被迫撤出。
蒋介石限期于５月５日攻下南昌的命令下达后，第九战区代司令长官薛岳认为：以南昌防御战后尚未得到补充而武器装备又远逊于敌人的部队，对武器装备占绝对优势而又依托防御工事的敌人进行攻坚作战，不可能按主观决定的时间攻下南昌。但他不敢直接向蒋介石提出不同意见，于５月３日致电陈诚陈述自己的看法。他说：“查南昌、奉新方面之攻击，自４月漾日（２３日）开始，已１１天。因我军之装备等不及敌人，而敌人之重兵器、机械化部队与飞机等，能处处协力敌陆军之作战。因此攻击颇难摧毁敌之坚固阵地。现迭奉委座电令：我军作战之方略在消耗敌人，而不被敌人消耗，避实击虚，造成持久抗战之目的。故此次南昌之攻击，即在消耗敌人、避实击虚之原则下，预行设伏，采用奇袭方式，四面进攻，冀以最迅速敏活之手段，夺回南昌。现时已持久，攻坚既不可能，击虚又不可得，敌势虽蹙，但欲求５月５日前攻克南昌，事实上恐难达成任务。除严令各部排除万难、不顾一切继续猛攻外，拟恳与委座通电话时，将上述情形婉为陈明。”陈诚于５月５日将薛岳的电报全文转报蒋介石。当时桂林行营主任白崇禧对限时攻克南昌的命令也认为不符实际，５月５日也致电蒋介石及何应钦，婉转地提出不同的建议。他说：“我军对敌之攻击，必须出其不意，始能奏效。今南昌之敌既已有备，且我军兼旬攻击，亦已尽其努力。为顾虑士气与我最高战略原则计，拟请此后于南昌方面，以兵力三分之一继续围攻，三分之二分别整理。在外则仍宣传积极攻略……”两封电报的用意，都是“以子之矛，攻子之盾”，以作战指导不符战略方针为理由，希望蒋介石改变限期攻克南昌的命令。蒋介石接到电报，又得到陈安宝军长牺牲及进攻部队伤亡惨重的报告，于５月９日下达停止进攻南昌的命令。日军此时亦因损失严重，无力反击，南昌会战结束。
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第七部分：相持阶段前期的作战
会战简析
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南昌会战，中国军队既未能在防御中守住南昌，也未能在反攻中夺回南昌。但它在军事、政治上的影响，却有积极的一面。南昌会战表明日军虽然占领了武汉三镇，但既未能迫使国民政府屈服，也未能击歼中国军队的主力，更没有摧毁中国广大军民的抗战意志。中国军队不仅继续进行抗战，而且还开始实施战役范围的反攻，这是“七七”事变以来的新发展，同时也证明国民政府军事委员会在战略指导上确有改单纯防御为攻势防御的意图。可惜的是，由于最高决定者和某些高级将领，或是理论与实践脱节，或是缺乏优良的战略战术素养，以致在作战指导和作战指挥上产生不少失误，在造成消耗敌人的同时，过多地消耗了自己，却未能实现自己的战役企图。
首先是作战指导与战略方针相抵牾。蒋介石在口头上一再声称“不复与敌人作一点一线之争夺”，“我军作战之方略在消耗敌人而不被敌人消耗，避实击虚，造成持久抗战之目的”等等，但是在反攻南昌的作战中，当奇袭未能成功、已形成以弱我向强敌进行阵地攻坚战时，不顾战场的实际情况，仍限令于５月５日前攻下南昌，以致不仅南昌未能按其主观愿望攻克，而且部队遭到大量不必要的伤亡。
其次是对敌情判断错误，防御阵地缺乏韧性。第九战区保卫南昌选定的主要防御方向为南浔铁路方面，而日军的主突方向则在修水以西，相差甚远。有些担任防御的军队（第７９、第４９军等）仅部署１个师在第一线，正面长达１５公里，而军的主力却部署在第一线后方１日行程之处，这在当时的机动条件下不仅策应困难，而且也违反了以军为基本战略单位、军长应直接指挥战斗的原则，致一点被突破，即全线陷于被动，不能有效地遏止、迟滞敌人。
再次是有些高级将领在作战指挥上缺乏积极进取精神，执行命令不力。反攻南昌作战计划的主要内容是以主力进攻南浔路沿线之敌，彻底破坏交通，切断日军的增援及联络，以一部攻南昌。而担任这一主要任务的第１集团军和第７４军为相隔甚远的几个日军独立据点所阻，无一点兵力进至南浔路上，对战役产生极不利的影响。
另外，日军在南昌会战中大量施放毒气，也是修水防线被迅速突破和中国军队在战斗中伤亡惨重的重要原因之一。日军在强渡修水前进行炮火准备时，使用了全部能够发射毒气弹的火炮进行急袭，仅１９时２０分至３０分的最后１０分钟中，即发射毒气弹３０００余发。紧接着，日军野战毒气队又在１２公里进攻正面上施放了中型毒气筒１５０００个（其中第１０１师团正面施放了５０００个，１０６师团正面施放了１００００个），修水河中国守军阵地的２公里纵深内完全为毒气所笼罩。守军伤亡极重，当时中毒的团以上军官即有第２６师师长王凌云、旅长龚传文、团长唐际遏和第１０５师的团长于禬源等。部队缺乏防毒手段及措施，处于惊慌之中，指挥失灵，致战斗力接近丧失，日军得以顺利渡过修水河。参加南昌会战的日军野战重炮兵第１５联队联队长佐佐木孟久大佐，在其所著《十加部队的变迁》中说：“３月２１日拂晓是阴天，有约３米／秒的风吹向敌方，这是使用特种弹的绝好天气。按照预定计划，从拂晓开始，进行试射、校正射效，以后转入炮火准备后，１４０门大炮的炮声盖住了修水河畔，实为壮烈。最后发射特种弹，亲眼目睹了浓浓的红云渗透至敌阵的情景。结束炮火准备后，前沿步兵放射特种筒，战斗进展很顺利。当炮兵按计划延伸射击后，步兵一齐进攻，突入敌阵……如入无人之境。”与此同时，日军第６师团第１１旅团在进攻武宁中国军队阵地时，也使用了大量含有窒息性毒气的特殊发烟筒１２个，致守军官兵５００人遭烈性毒气伤害，阵地被攻占。由于日军规定“对特种烟实施地区，务期歼灭华军，希图灭口”，所以据被俘的日军上等兵野上今朝雄笔供，在武宁中毒的中国官兵全部被日军刺杀。以后在高安附近战斗及强渡锦江等作战时，均曾使用了大量的毒气弹和毒气筒。
附表６…２…１南昌会战日军参战部队指挥系统表（１９３９年２月）
华中派遣军司令官？俊六
第１１军司令官冈村宁次
第１０１师团伊东政喜
步兵第１０１旅团（步兵第１０１、第１４９联队）
步兵第１０２旅团（步兵第１０３、第１５７联队）
骑兵第１０１大队
野炮兵第１０１联队
工兵第１０１联队
辎重兵第１０１联队
第１０６师团松浦淳六郎
步兵第１１１旅团（步兵第１１３、第１４７联队）
步兵第１３６旅团（步兵第１２３、第１４５联队）
骑兵第１０６联队
野炮兵第１０６联队
工兵第１０６联队
辎重兵第１０６联队
第６师团稻叶四郎
步兵第１１旅团（步兵第１３、第４７联队）
步兵第３６旅团（步兵第２３、第４５联队）
骑兵第６联队
野炮兵第６联队
工兵第６联队
辎重兵第６联队
第１１６师团清水喜重
步兵第１１９旅团（步兵第１０９、第１２０联队）
步兵第１３０旅团（步兵第１３２、第１３８联队）
骑兵第１２８大队
野炮兵第１２２联队
工兵第１１６联队
辎重兵第１１６联队
野战重炮兵第６旅团澄田崃四郎
野战重炮兵第１０联队（１５厘米榴弹炮２４门）
野战重炮兵第１３联队（１５厘米榴弹炮２４门）
野战重炮兵第１４联队（１５厘米榴弹炮２４门）
野战重炮兵第１５联队（１０厘米加农炮１６门）
独立山炮兵第１１联队（７．５厘米山炮１２门）
攻城重炮兵第２大队（１５厘米加农炮４门）
野炮兵第１０１联队（７．５厘米野炮３４门，属第１０１师团，临时配属）
野炮兵第１０６联队（７．５厘米野炮３２门，属第１０６师团，临时配属）
（注：强渡修河时，第１０１、第１０６师团各联队之山炮、速射炮、步兵炮及迫击炮８个中队，均由澄田崃四郎统一指挥。）
战车集团石井广吉
第１战车群（战车第７联队，步兵、工兵各１个中队）
第２战车群（战车第５大队主力，步兵１个中队、工兵１个小队）
预备队（战车第５大队第２中队、独立轻战车第９中队、步兵３个中队、工兵１个分队）
附表６…２…２南昌会战第九战区参战部队指挥系统表（１９３９年２月）
司令长官陈诚
代司令长官薛岳
第１９集团军总司令罗卓英
第３２军军长宋肯堂
第１３９师师长李兆瑛
第１４１师师长唐永良
第１４２师师长傅立平
第４９军军长刘多荃
第１０５师师长王铁汉
预备第９师师长张言传
第７９军军长夏楚中
第７６师师长王凌云
第９８师师长王甲本
第１１８师师长王严
第７０军军长李觉
第１９师师长李觉（兼）
第１０７师师长段珩
第７８军军长夏首勋
新编第１３师师长刘若弼
新编第１６师师长吴守权
第３０集团军总司令王陵基
第７２军军长韩全朴
新编第１４师师长范南煊
新编第１５师师长邓国璋
第１集团军总司令卢汉
高荫槐（代）
第５８军军长孙渡
新编第１０师师长鲁道源
新编第１１师师长梁德奎
第６０军军长安恩溥
第１８３师师长杨宏光
第１８４师师长张冲
第７４军军长俞济时
第５１师师长王耀武
第５７师师长施中诚
第５８师师长冯圣法
预备第９师师长顾家齐
湘鄂赣边区挺进军总指挥樊松甫
第８军军长李玉堂
第３师师长赵锡田
第１７９师师长丁炳权
第７３军军长彭位仁
第１５师师长汪之斌
第７７师师长柳际明
第１游击纵队司令孔荷宠
第３２集团军（属第三战区，参与南昌会战）总司令上官云相
第２９军军长陈安宝
第２６师师长刘雨卿
第７９师师长段朗如
第１０２师师长柏辉章
第１６师师长何平
预备第５师师长曾戛初
预备第１０师师长方先觉
注释：
〔１〕日本防卫厅防卫研究所战史室：《中国事变陆军作战》。日本朝云出版社１９８３年增印版，（２）第３５１—３５２页。
〔２〕中国第二历史档案馆编《抗日战争正面战场》。江苏古籍出版社１９８７年版，（下）第７８４页。
〔３〕同〔２〕，第７８５—７８６页。
〔４〕同〔２〕，第７８５页。
〔５〕同〔２〕，第７８８页。
〔６〕同〔２〕，第７９０页。
〔７〕同〔２〕，第７９０—７９１页。
〔８〕同〔２〕，第８００页。
〔９〕同〔２〕，第８００—８０１页。
〔１０〕同〔２〕，第８０９页。
〔１１〕同〔２〕，第８０８页。
〔１２〕纪道庄、李录：《侵华日军的毒气战》。北京出版社１９９５年版，第１２４页。
〔１３〕〔日〕吉见义明：《化学战备忘录——日军在中国使用了毒气》。转