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这一佛教大学院中以学《摄类及量学》为主要的原因，这在《噶当法笈》中有颂说：“幢上建教院，达摩甘地师，法幢善建立……。”又一切智根敦主驻锡格迫寺时，在梦中见扎什伦布后面山顶，宗喀巴大师呼唤根敦主对他授记说：“这里将来能弘《释量》法义。”这一佛教大学院中，一切智根敦主中间有一段时期，是根据拉峡噶所作释论等印度方面论师著述，及大疏智理海论等藏方大德所著论著来讲说，获得听众欢喜。善巧师枳默协业（义为无垢友）等诸嫡传大弟子当时也记有笔录，班禅大师自己也作有颂说：
“从肃邪说方象师，法称等传理甘露，若不常涤垢染慧，难见深义何须论。
思考理论教义时，亦多误解将滋生，若仅获立一正宗，但未依量理智力，
成就破立以决疑，仍如泥淖中锭镢，难立稳固正净习。”
这是观察到对于任何见行，如果还未根据理路对所修要义获得决定，那是难入无误的正道。
并有见于具智求获正义诸人应细阅《释量》这一论著的难要，方有大饶益，以此首先刊印《释量总义智严论》、然后渐次将《律经本颂》、《俱舍本颂》、《释量论本颂》、《释量明义论》、《入正理论》等论付梓。
此外，班禅对于许多勤求法义诸人渐次传授经教诵授及随缘灌顶等无量法门。并为使诸善信所供财物功不唐捐，都用于建造许多佛像、佛经、佛塔等，复新建许多奉安佛像经塔的殿堂。为使佛法常住，嘱咐护法诸神对于新建佛像、经、塔，执行守护事业，作有这样的颂文：
“嗡安玛亚底喀，
三世佛父妙吉祥，为调浊世难调众，示现威猛本尊身，受伏许誓嘱作业。
具力速成六臂主，药叉双尊四侍眷，鉴别善恶狱帝主，扎母支及八男女，
肃清教敌热玛底，玛哈嘎拉四臂主，威猛金刚黑双尊，红色命主眷属等。
扎什伦布成大寺，增上净心新建立，佛像经塔诸供物，今托守护勤巡视。
若有仗势来掠夺，暗中盗窃由邪思，取物微尘他去时，神威刹那灭彼命。
利乐生处此大寺，殿堂僧伽及教民，对作害者饮其血，令众获得大乐位。
诚信供养作承事，此诸众生令福寿，迅速获得三身果，愿此说修权威增。”
这一代的班禅是从无量劫以来发大心，特别为在此间藏土弘扬佛教，乘愿而来的一位大德。就凡俗能见之现象来说，他也是主要修行大宝菩提心，总对于一切众生，特别对于北部雪山丛中的藏地众生，不分地区，无宗派成见，均一视同仁，慈悲爱护。以此所有尊卑中庸大众，都把他当作是应供的福田，尽力供养出各自所爱的财物。班禅接受了无量的资财，都用以新建佛像、经、塔，并对一切宗派所有僧伽，经常布施供养。复将一切善行作广大回向，那时他作有这样的回向颂文：
“南无姑如补达菩提萨埵雅。
犹如纯金山庄严，相好德光焰盛炽，释迦等佛菩萨众，敬礼祈助如愿成。
我所塑供佛经塔，供僧施贫等善业，愿以回向自与他。从昔至今修善力，
如地长禾人类中，无上利乐常施与。愿佛圣教教证德，如日光辉遍虚空，
世界不欲发生事，互争等恶咸息灭，贤劫新所喜庆宴，愿诸众生常受用。
如彼大道受众践，负救受苦众生担，重亦忍受菩提心，愿于何时亦不舍。
佛为一切众生故，曾于无数三大劫，舍自身命受用等，以圆二资证菩提，
愿我所行亦同佛。如佛成熟福与慧，圆满伟大诸资粮，离诸过染德齐具，
无上菩提愿速获。获已复将轮回众，精勤咸置于佛位，如是能者胜无等，
愿我速即获成就。”
班禅喇嘛继于己未年六月间，起程前往前藏，在一切智达赖喇嘛座前，供金曼遮，以及如启开虚空宝库无量财物，启请达赖喇嘛传赐所有灌顶、经教、教授等。达赖大师答说：“现在还不是尽量传授所有整个圆满佛法的时候，但须传授常适合观修的诸法。”于是传授班禅以《能仁主侍三尊》、《大悲观音主侍三尊》、《不动明王》、《度母主侍三尊》等有名的“噶当派四尊”随赐灌顶；复传《药师八佛高圣安住观法随赐灌顶》、及从措朴译师传来班智达金伞大师法轨《白色文殊智慧轮随缘灌顶》，由比丘尼伯谟传来《十一面千手千眼大悲观音随缘灌顶》、坝日瓦大师法轨《深绿色摧敌主随缘灌顶》。绛央根却伯珠著册中《伏魔金刚手随缘灌顶》、萨迦派甚深法中著名的《红色救度母随缘灌顶》、圣龙树所著修法及依前辈大德作风之《龙尊王主侍五尊随赐灌顶》、《不动明王随赐灌顶》、符合纳汤巴日热（义为明剑）的作风之《不动护水明王随缘灌顶》、此与亚弄巴．云敦扎喜的作风也符合。又与云敦扎喜作风相合之《白色威猛不动明王随缘灌顶》、绛央清哲（义为妙音悲智）著述中金刚幕明王所说大随求菩萨随缘灌顶，又铙江巴．仁清伯桑（义为宝祥贤）著述中秘密主向萨阿羌．业玛谟释迦伯所说，从金刚幕法所出之《伏魔金刚手随缘灌顶》等法，绛央清哲旺秋著述中《光明母主尊随缘灌顶》，京俄．昂旺却扎著述中之《阿底峡传轨靛青秽积随缘灌顶》、绛央清哲笔录中之《螺色秽积随缘灌顶》、著名之《达嘉师传轨铁剑马头金刚随缘灌顶》，此与旧本相符。阿底峡尊者传来之《马头金刚四麻衣随缘灌顶》、休译师著述中圣观世音亲传阿底峡尊者之《乘龙白色藏拔拉随缘灌顶》、及《黄色藏拔拉与黑色藏拔拉随缘灌顶》、阿阇黎阿坝亚传轨系恰诺松巴所著火神火帜一书中之《顶髻焰随缘灌顶》、成就法海书中所说《红色三面六臂金刚妙音母随缘灌顶》、拉哲朗喀伯桑（义为虚空吉祥贤）著述中阿底峡尊者传授约．却旺之《有翅三面六臂马头金刚随缘灌顶》、班智达纳季仁清（义为林宝）传来之《红色狮面母随缘灌顶》、萨迦派金法中著名之《黑色狮面母随缘灌顶》、又萨迦派不外传之金法中著名之《圣世间自在狮子吼随缘灌顶》、荡巴．桑杰传来之《妙音说狮子双尊随缘灌顶》、《金刚手邬旃延除障守护及随缘灌顶》等法，班禅一一听受已。此外，复听受由觉窝钦波拉季传来之《二十一救度母加行法》、《竭地洛迦林救度母随缘灌顶》、《吉祥天女随缘灌顶》、迦玛汝巴传来之《黑面怙主随缘灌顶》、《白色无量寿佛随缘灌顶》等法。
那时，一切智达赖喇嘛将自己供奉专修的古印度铜铸释迦牟尼像一尊赐予班禅而嘱托说：“你当作总我佛显密教主，特别为三界法王宗喀巴圣教之主。”这样授权班禅作圣教之主。与此同时，在没有他人启请之下，达赖由内心观察而作出启请住世的颂文：“诸佛体性慧贤称，持教福种盛发中，胜慧总积土壤上，祈祷化身果善成。”交与班禅手中，并将这一祈祷颂文分寄各方。当班禅起身返后藏时，达赖喇嘛、班禅喇嘛二人彼此依依不舍，都悲泣堕泪，现示十分焦忧情状。侍者们都被二师的行态所感动，而对二师生起无上敬仰，也都流下泪来。这是二师预知此生中，从此以后彼此互不相见之故。这一情节班禅大师作有颂说：
“诸佛实现慧贤称，无别依处一切智，观音慈颜我善谒，尝得无量法甘露。
蒙赐佛像与珍物，谆谆嘱作圣教主，犹如能仁嘱迦叶，圣教重担托我负。
如我愚昧荷此担，难承岂敢违师命，一意专注诚启祷，愿我善愿清净成。”
班禅返后藏扎什伦布寺，在夏季法会期间，研习中观经论，阅读穹粗．绛巴扎喜所著《中观总义》，及色拉寺杰准巴所著《中观总义广论》，以及《中观地道建立宗规》等，全文熟记于心中。每日上午在自驻僧院中同所有研习法相侍者们一起谈论教义，晚间则在格桑大院结合僧众所学教理，同诸师喇嘛一起研习教理，从不间断。曾读彭措嘉措所著之《中观决择论》，及贡德所著之《中观论疏》。此外，绛共噶洛（义为妙音喜慧）所著之《中观决择论》、根敦嘉措（义为僧海）所著之《正见导释广论》、法王却邓勒利玛（义为乐善日）所著之《中观总义》等论著，均能熟记于心中。《入中论释显明密意论》也大部份能熟记于心中，对于甚深中观见作出决择，有如月称论师再来此世一般成为教理自在大师。
此后，班禅迎金刚持根却绛称（义为宝幢）大师，在师前供宝曼遮等无量供养云，听受宗喀巴大师圣教心要即大成就师温萨巴师徒耳传教授口诀等法，以及《密集不动金刚加持灌顶及正式灌顶》。渐次听受鲁枳二师所传《胜乐法门》、《无量寿九尊等各尊加持灌顶》、《启虚空门灌顶》、鲁枳二师所传《胜乐及能怖金刚圆满次第导释》、《菩提道次第导释》、《智慧怙主六臂明王》、《具誓法王狱帝主》、《具吉祥玛索嘉谟》、《四面明王》、《毗沙门天王》等随赐灌顶。以及《六座瑜伽讲义》、《上师瑜伽甚深导释耳传教授口诀等》、《受命大怙主明王十三尊随赐灌顶》、《黑金翅鸟火刃随赐灌顶》、《薄伽梵三誓句尊加持灌顶及正式灌顶》、以及《三誓句尊曼陀罗仪轨》、宝幢大师自著经轨诵授。《独勇能怖金刚及十三尊两法四种圆满灌顶及加行等法》、《捡集大明咒随赐灌顶》、《三界众生导师宗喀巴大师所著那若六法导释》，对此法生起三净信很好地听受此中指授讲义，传经及足腿作幻轮时做法等，并传赐《九种合修法门教要讲授》。此外，还听受了《大小两种威猛金刚手随赐灌顶》、《胜乐轮五尊圆满四灌顶》、《靛衣金刚手随赐灌顶》、《黑文殊随赐灌顶》、佛子妥默桑波伯（义为无著贤祥）所著《修心指导讲授》传经与讲授兼合。又贡德大师所著《能怖金刚生圆二次第诸经轨》，及《三誓句尊灌顶》，特别是听受了整个噶当（黄教）耳传圆满教授。
此后班禅喇嘛年满二十二岁，于甲子年冬月初八日，在高幢宫悦意持法殿堂中，金刚持根却绛称大师为班禅传授比丘戒。根却绛称兼作亲教、轨范二师，命密院阿阇黎洛桑贡波（义为慧贤怙主）作教授师，命曼陀罗殿贡波伯桑作量影师（测日影以定时），命妥桑岭洛桑绛巴（义为慧贤慈）作施钵师，夏哲．洛桑伯觉（义为慧贤富）等作可补足师数。在有净信僧伽满足人数的当中，班禅受得佛教圆满具足比丘大戒，俨然成为牟尼再来出现于雪山的西藏。关于这一情节班禅自撰颂文说：
“金刚持师作航主，彼以圆满戒宝藏，满我心中大载舟，大哉宝幢师恩德。
此外依世间顶严，金刚持及堪钦恩，彼以菩萨密戒宝，满我难得暇满舟。
三律海中航行来，满载三戒宝妙舟，烦恼犹如鲸海盗，正知无畏勤巡守。
何缘大师宗喀巴，运用涤戒罪垢水，消除烦恼热月光，众中高巍如山岩，
具力无畏受众仰，愿我决获如赞德，清净主持佛圣教，复善通达勤护持。
不为此生名利等，及获后世增上果，愿如文殊勇士行，常作弘法利生事。
愿由此生善白光，遍照三界诸轮回，净除众生无明暗，离障获证解脱道。”
这一代的班禅他效法宗喀巴大师彻底钻研诸大经论的清净德行，对于《释量论》及《中观》二论作了彻底的研习，然后，继续学习波罗蜜多诸经论，熟读大班智达响底跋所著《波罗蜜多总义》及其《决择》、《缘起附记》、《心色》、《二十僧伽》、《超越等次》、《地道建立》等全文于心中，每日研习教理，从不间断。此外，对于色拉杰准巴所著《波罗蜜多总义》也能大半熟记于心中。主要是参阅《嘉言金鬘庄严论》及《嘉言藏庄严论》，而以弥勒菩萨对于般若波罗蜜多经义修行次第编撰之经论──《现观庄严论》的意旨结合《菩提道次第》来决择，获得决定。继此，学习《毗奈耶》熟读色拉杰准巴所著毗奈耶诸著述全文。过去曾熟记《律经根本颂》全文于心中，中间略感疲劳；此时恢复疲劳，将《律经根本颂》作课诵，并结合《毗奈耶大疏宝鬘根本释》来作决择。他谨依《毗奈耶》中所说行、住、坐、卧等一切威仪，以及受用衣、食、药物、住室、卧具诸规律，哪怕是细分，也丝毫无误地行持。俨如优波离尊者再次出现于此雪域西藏。继复研习《俱舍论》，熟读《俱舍根本颂》及僧院中所依据的蓝本《俱舍教理藏》全文于心中。此外，复细阅《集论》等印藏现对法诸论著，而作出决择。
继此，班禅依止善知识索朗扎巴（义为福称）为师，在这位上师座前，班禅听受了前代班禅所著的密集导释教授要诀等由金刚持根却绛称所笔记教授等，以及《菩提道炬论》、桑杰耶喜（义为佛智）大师所著《菩提心修法》，朗日塘巴所著《胜道根本》、《兰犊瓶本颂》及拉枳岗巴所著本颂释、《入行论》、《经集论》、《集学论》、《宗喀巴大师著述菩提道次第广略二论》、《戒品释》、《菩提大道》、《事师五十颂释》、《金刚大持密道次第》、《胜乐本续及本续释隐义普明论》、《鲁亨巴师传胜乐释如意牛论》、《胜乐圆满次第悉地花穗》、《鲁亨巴师传胜乐圆满次第大瑜伽导释》、《枳布师传五次第论》、《开隐义观察眼》、《鲁亨巴师传修法明显大乐论》、《枳布师传胜乐修法极显密意论》、《五次第明灯论》、《智慧金刚集及其释论》、《密续四佛母问经及经释》、《启开金门往生疏》、《四瑜伽次第疏》、《从达瓦罗阿扎罗亚传来教授文殊和威二法中护轮法》、《能怖金刚法中净治脉法》、《喜金刚法记录》、《无我母曼陀罗修法录》、《宗喀巴大师所著云开教授》、《克主杰所著根本堕罪释》、《八粗重罪释》、《事师五十颂释》、《十四根本罪释》、《八粗重罪》、宗喀巴大师著述《入中论释密意极显论》及《辨了不了义嘉言心要》、及此《嘉言心要难义释》系一切智根敦嘉措（义为佛海）所著、《密集说续密意记别第十二品》、《密集说续大瑜伽续金刚鬘现说》、《密续王吉祥密集开显论第六十八品》、《智慧金刚集大瑜伽密续》、《金刚心要庄严密经》、�