华中军区的指示，在黄岗地区组成鄂豫皖边区工作委员会和剿匪指挥部，由湖北军区副司令员王树声任书记兼剿匪指挥部总指挥，皖北军区政治部何柱成任政治委员，统一指挥第42军第126师、第24军第71师、湖北军区独立第3师、安徽警备第1、第2旅3个团，以及各有关军分区地方武装，对大别山股匪展开围剿。9月上旬，进剿部队由商城、罗田、滕家堡地区，以分进合击战术向匪巢金家寨压缩，股匪力避与剿匪部队作战，因此大部逃脱。9月下旬，剿匪部队认真总结经验教训后，采取内线控制要点，外线严密封锁，以营、连为单位分散驻剿；在进行军事打击的同时，积极开展强有力的政治攻势。经反复追歼、搜剿，至1950年3月，全歼大别山地区股匪1。5万余人。与此同时，湖北军区独立第1、第2、第4师等部队分别在兴山、秭归、宜昌以西、通山等地开展剿匪，9、10月间歼灭“湘鄂赣反共救国军”第2军直属纵队等股匪。
江西军区于7月7日召开高干会议，具体部署了剿匪工作，确定进剿的重点是：赣东北地区的鄱阳湖和南浔铁路两侧地区，兼顾赣西北地区等。7月15日，各剿匪部队采取湖内进剿与陆地截击相结合的战术，先后对盘踞各地的股匪发起进剿。至月底，各剿匪部队先后于幕阜山、棋坪山区和永新、永丰、泰和等县，歼灭“湘鄂赣边反共自卫军第6纵队”、“赣西绥靖司令部”、“青年救国军”第18、第20支队等股匪1100余人。9月，担负赣南剿匪任务的第48军第144师，经周密侦察，严密部署，对长期盘踞翠徽峰地区的“豫章山区绥靖司令部”股匪展开进剿，全歼土匪1800人。到1949年底，共歼灭股匪7500余人，活捉主要匪首黄镇中、萧家璧，受到中南军区的通令嘉奖。
湖南剿匪作战开始于1949年8月，湖南军区以收编的方式解决了4。3万余人的游杂武装。10、11月间，第46、第47军部队分赴股匪猖獗的湘西、湘南地区开展重点进剿。经过近1个月的积极进剿，先后歼灭国民党交警东南办事处主任王春晖部“湘南纵队”、保1师谢声隘部和匪首陈光中所率的“湘赣反共救国军”等，共2。1万余人。到1949年底，湖南军区部队共歼灭股匪12。6万余人，其中收编8万余人，歼灭4。6万余人。初步稳定了湘南和湘东北地区的社会秩序，为下一步开展湘西剿匪打下了基础。
中南大陆基本解放后，第四野战军兼中南军区于12月29日发出《关于1950年上半年剿匪指示》，决定从1950年1月起，所属各部队开展剿匪斗争。要求各军区根据当地匪情及本军区的兵力，制定剿匪的任务、计划和步骤。1950年3月上旬，中南军区又召开了高级干部工作会议，会议全面总结了全区剿灭股匪的经验教训，纠正了党政军工作配合不力和松劲情绪。会议强调指出，剿匪斗争是完成中国新民主主义革命不可逾越的一步，必须把剿匪当作一项战略任务去完成。会议决定，各剿匪部队划地区包干剿和打破省、地界限，组织边沿区会剿。中南军区高级干部会议的召开，对端正剿匪指导思想，开展剿匪新局面，起了重要的推动作用。4月29日，中央军委向各大军区转发了中南军区清匪工作会议的总结报告，并告诫各地区“要防止大股土匪剿灭之后，轻视散匪、潜匪并满足于一时平静现象的麻痹思想生长”。
根据中南军区指示，中南各省在1950年展开了大规模的剿匪斗争。1至3月，湖北军区剿匪部队在川陕鄂边、兴山、房县、巴东地区及鄂西长江以北大巴以东地区歼灭“川陕鄂游击纵队”、湖北绥靖第1师、第18旅等股匪近万人。基本肃清了湖北境内的大股土匪。
1950年1月，湖南军区召开了第一次党代表大会，会议确定，放手发动群众，大力开展灭股匪的斗争，在半年内歼灭全部匪特武装。会议以后，湖南军区集中第46、第47军和第38军第114师等部队及各地方武装，共20万余人，先后对八面山、长田湾、芷（江）怀（化）黔（阳）边区、麻阳、古丈、兴隆场、大（庸）永（顺）桑（植）边区、江垭、武岗之股匪展开多次大合围作战。经过3个月的进剿，歼灭股匪2。2万余人，解放湘西8座县城及广大农村。4月上旬，根据中南军区高级干部会议精神，湖南军区又召开了剿匪工作会议，总结了前一段剿匪工作，决定暂时放弃湘西边缘地区的进剿，以湘西的大庸、永顺、保靖以南，会同、黔阳以北，凤凰、麻阳以东等为下一阶段的剿匪重点地区。会后，第47军等部再次对湘西地区的股匪进行了大规模会剿，至6月底，相继剿灭暂编第2、第4师等股匪1。5万余人，活捉暂编第1军军长陈子贤等匪。从展开会剿，到1950年底，先后歼灭了“湘鄂川反共救国军”和“华南反共救国军”等股匪2。3万余人，捣毁“湘鄂川黔反共游击根据地”。与此同时，在湘南剿匪指挥部的统一指挥下，第46军等部对湘南地区的股匪展开了重点清剿，歼灭“交警东南办事处”、“湘赣边区反共救国军”、新编第8军等股匪1。2万余人，俘中将办事处主任王春晖、中将司令陈光中等匪首。至此，湖南地区的大股土匪基本被剿灭。
1949年11月8日至11日，中共华南分局在广州召开党代表会议，叶剑英在报告中提出要把剿匪肃特、巩固治安作为广东当前军事工作的重要任务。12月12日，华南分局和广东军区联合发出《剿匪指示》，明确规定了剿匪第一阶段，以军事进剿为主，配合政治争取，对土匪开展分化瓦解工作的方针。1950年1月20日，广东军区又下发了《1950年剿匪计划》。遵照华南分局、广东军区的部署，第41、第43、第44军和第48军剿匪部队，在10万民兵的配合下，从1949年12月份开始，集中兵力，先后对西江、北江、东江及潮汕等匪情严重地区，展开重点会剿。到1950年5月，相继剿灭“交警教导第2纵队”、“西江反共救国军”、“粤中师管区第1纵队”、“粤南工作站”、“粤西忠义救国军第7支队”等股匪共5万余人，基本平息了广东地区的匪患。
广西是中南地区解放最晚、匪情最为严重的地区之一。1949年12月3日，中共广西省委和省军区下发《关于肃清匪特的指示》，明确规定“搜剿匪特，迅速安定社会秩序为全省工作的重点”。29日，中南军区和第四野战军决定抽调第45、第49军和第38、第39军各一部担负广西境内剿匪任务。广西军区随即做出了剿匪的部署，从1950年1月起，各部队对盘踞各地的股匪展开全面进剿，并积极开展政治攻势，至4月，共歼灭国民党军残余武装1。5万人，收降国民党残余武装20余股1。4万余人。5至7月，广西军区又集中第45军及5个军分区部队对桂东南的大容山、十万大山、六万大山、天堂山等地的股匪进行重点清剿。但由于没有正确运用“奔袭合围”、“匪变我变”、进剿与驻剿相结合的战术，结果未能给股匪以歼灭性的打击。广西军区在这一阶段的剿匪中，虽然取得了一定的成绩，但由于广西军区和剿匪部队对中南军区1950年3月高级干部会议精神理解不够深透，贯彻不力，以致在有些地方出现了对土匪过于宽大，甚至出现了五擒五纵的情况。同时由于对匪情掌握和研究不够，过早地将主力用于守备城市周围及交通线两侧地区，形成分兵把口，分散守备之势。使得一些匪首得以喘息，重聚匪众，助长凶焰，组织暴乱，进行全面反扑。在桂北地区，不到1个月的时间，土匪就疯狂地杀害区村干部和群众数百人，烧毁民房1000余间。
毛泽东得知这一情况后，于11月14日致电叶剑英和中共广西省委，严肃指出：广西剿匪工作为全国各省剿匪工作中成绩最差者，其原因必是领导方法上有严重缺点，要求广西省委抓住工作重点限期肃清土匪，发动土改，端正政策，改善干部工作作风，并希望广西全省主要匪患六个月内能够肃清。根据毛泽东的指示，中南局和中南军区要求广西省委和广西军区：应以剿匪为压倒一切的首要任务，一切工作皆应服从剿匪的利益要求。为加强广西地区剿匪与发动群众工作，11月中旬，中南军区政治部主任陶铸到达广西帮助工作，随后，华南分局第一书记叶剑英也到达广西指导工作。广西省委和广西军区为落实毛泽东和中南军区的指示精神，召开了第3次剿匪工作会议，叶剑英参加了这次会议。会议深刻总结了广西剿匪工作中的失误，决定调整部署，集中兵力，全力以赴，首先消灭十万大山、大容山、大瑶山地区股匪。为加强广西地区剿匪力量，11月27日，中南军区决定抽调第21兵团由湖南前往广西剿匪，使广西剿匪兵力达到15个师、12个独立团，共约20万人。1950年12月至次年5月，广西军区剿匪部队经过艰苦努力，先后在大瑶山、六万大山、十万大山和灵山、永淳、钦州等重点进剿地区，歼灭“粤桂边反共救国军”、“两广反共救国军”、“广西游击联军”等股匪33万余人，胜利完成了剿灭股匪的任务，得到了毛泽东的嘉恪
在此期间，广东、湖南、湖北地区的剿匪部队，在歼灭股匪的作战中，也都取得了很大的成绩。从1950年3月至1951年5月，中南全区共歼灭股匪47。8万余人。
大股土匪剿灭后，中南军区于1951年5月1日发出《关于今后清匪肃特的指示》指出：大股土匪被消灭后，对潜伏残余匪特的斗争仍然是一件艰苦复杂的工作，全体指战员必须深刻认识匪特和反动封建会门的阶级性，在土改未完成前，应时刻警惕匪特再起，防止麻痹思想的产生。指示还要求清剿部队继续大力开展政治攻势，发动群众，瓦解匪众，保证土改工作的顺利进行，在组织上、思想上、行动上认真贯彻一元化的领导，对流窜边沿区的散匪，认真组织会剿，要主动配合公安部门深入了解与掌握匪特的活动情况，有准备地对阴谋暴乱之匪进行有力的打击。根据中南军区的指示，从6月份开始，中南各剿匪部队先后抽调了2。7万名干部和3000名老战士，组成若干精干工作队，深入各地区，进行发动群众，开展全面清匪反霸斗争。同时，组织若干“飞行”捕捉小组和便衣队，捕捉匪首、散匪。对潜入深山密林中的散匪，各清剿部队结合政治攻势进行有重点地搜山清剿，将他们歼灭在封锁圈内，并争取部分胁从分子缴械投降。一些通匪、知匪的落后群众，在共产党政策的感召下，主动协助捕捉潜匪，规劝土匪亲属向人民政府自首。通过群众性的清匪反霸斗争，歼灭和捕捉了大批的散匪和匪首。据不完全统计，到1952年3月底，在不到一年的时间内，歼灭土匪11万余人。在搜捕作战中，各省民兵发挥了重要作用，完成了很多重要的捕捉任务，独立作战2900余次，捉拿潜伏匪首2500余人。清剿潜散匪作战结束后，普遍成立了以地方武装和公安机关为骨干的“清匪治安委员会”，结合土改镇反开展清匪肃特运动，巩固剿匪成果。
在3年零1个月的剿匪斗争中，中南全区先后共战斗9。2万余次，共歼灭国民党土匪和反动武装115万余人，缴获火炮1278门、各种枪103万支的伟大胜利，为全区的土地改革运动和各项建设事业创造了有利条件。
西南剿匪
西南地区是全国解放较晚的地区。蒋介石在西南面临崩溃的前夕，一面组织正面抵抗，一面开设“游击干部”训练班，派遣大量特务，发展西南地区土特武装，匪情为全国最严重地区之一。云南境内有土匪148股，滇南匪特统一组织为“云南人民自救剿共建国军”，辖5个纵队。贵州省有股匪541股，瓮安、余庆、湄潭、金沙及石阡西南地区土匪气焰嚣张。西康省雅安和西昌地区、总岗山区及大渡河两岸亦有大量股匪活动。四川省是全国匪患最严重地区之一。四川是抗日战争时期国民党的避难地，又是解放战争末期蒋介石在大陆作垂死挣扎的基地之一，反动势力基础雄厚。1950年初即发现土匪300多股（大股数千人）。2月，匪特开始大规模暴乱，逐步发展至四五十万人。
为迅速平息匪患，西南军区遵照中央军委的统一部署，先后调集第3、第4、第5、第18兵团和西北军区第2兵团第7军，共13个军部、37个师另2个团的兵力，采取划地区包干办法，展开大规模剿匪作战。具体部署是：第18兵团负责进剿川西、川北和西康地区之匪；第3兵团负责清剿川东、川南地区股匪；第4兵团及桂滇黔边纵队负责进剿云南地区；第5兵团除第18军担负进军西藏任务外，其余部队进剿贵州股匪。各进剿部队从1950年1月下旬开始，在各自地区对股匪展开围剿，到2月初，歼灭股匪2。3万余人。
1950年2月6日至10日，中共中央西南局召开第一次会议，会上邓小平总结了部队进入西南地区以来的情况，提出了今后的中心任务和工作方针。会议认为，剿匪已成为西南地区的中心任务，不剿灭土匪，一切无从着手；农村工作的心中任务是“剿匪生产”；剿匪工作应坚决贯彻“军事打击，政治瓦解，发动群众三者相结合”的方针；正确执行镇压和宽大相结合，即“首恶者必办，胁从者不问，立功者受奖”的政策。在剿匪部署上，会议确定，加强对各主要交通干线的守备，采取分段包干办法，集中兵力首先歼灭平原富庶地区大股土匪，尔后逐步向边沿山区扩展；迅速净化四川腹地，以保春耕生产，不误农时。会议以后，西南军区根据会议精神，对各进剿部队进一步明确了清剿重点。3月15日，西南局和西南军区联合发出了《关于组织一元化剿匪斗争的指示》。根据指示要求，各军区和军分区部队，在地方党委的统一领导下，成立了各级剿匪委员会，并将一定数量的野战部队改为地方武装，大力开展地方工作。从1950年3月起，各进剿部队按部署对各地股匪展开重点进剿。
川东军区部队首先集中兵力围剿了涪陵、巴县、南川地区的股匪，在1个月的作战中，歼灭股匪2。3万余人。接着又对�