川东军区部队首先集中兵力围剿了涪陵、巴县、南川地区的股匪，在1个月的作战中，歼灭股匪2。3万余人。接着又对武隆、彭水以南地区和贵州桐梓山进行了重点清剿，对黔江、彭水、荣昌、永川、泸州等地组织了会剿。到7月底，川东清剿部队共歼灭股匪9。5万余人。9月以后，川东部队主力转向黔东北地区清剿，在各分区部队和人民武装的配合下，先后对川黔边区的道真、正安、务川、德江、沿河和印江、思南、江口、铜仁、松桃及梵净山进行了重点清剿和会剿，歼灭“黔东北人民自卫军”、“川黔湘鄂人民自卫军”和“西南剿共总指挥部”等股匪3。2万余人。在追剿作战中，由于粮食供应困难，部队经常吃不饱饭，没有鞋袜，就用草捆脚或干脆赤足爬山涉水，广大指战员发扬不怕苦、不怕死的精神，克服种种困难，在各族人民的帮助下，到1950年底，共歼灭匪特19。3万余人，基本肃清川东股匪。
川南军区部队，1950年3月集中兵力对兜子山、螺观山、古楼山和桐子林、马边股匪展开重点清剿，经过1个月的积极作战，歼灭匪特1。6万余人。接着，又经过半年的作战，共歼灭股匪14万人。从9月上旬开始，川南军区与调入泸州至宜宾线的第15军部队，联合对川康黔滇边的股匪展开清剿，歼匪2万余人，到12月底，川南地区共歼灭股匪29。3万余人。
川西军区剿匪部队，于1950年4月间，镇压了龙潭寺、西板滩地区的两起大规模的匪特暴乱，歼灭匪特1。9万余人。随后，又对邛崃、大邑、总岗山区和双流地区股匪组织多次围剿作战，至7月底，共歼灭股匪5万余人。8月以后，川西剿匪部队转向汶（川）灌（县）彭（县）边和川康边的羊儿岗、天台山以及懋功、抚边、绥靖（今丹巴）地区清剿，歼灭股匪2。6万余人。到12月底，川西军区全年共歼股匪8。3万余人。
川北军区剿匪部队，在三四月份歼灭股匪9305人，基本平息川北腹地的匪乱，但北部地区的匪情仍较严重。5月以后，川北军区采用分区包干清剿，经过3个月积极作战，歼灭股匪1万余人。到1950年底，川北大股土匪被基本剿灭，共歼灭匪特8万余人。
西昌战役后西康军区部队便集中兵力对雅安、西昌、康定地区之土匪，采用分区包干办法清剿。各清剿部队在少数民族地区执行任务，认真执行党的民族政策，严明纪律，赢得了各族人民的拥护和爱戴。在人民群众的支援帮助下，在1950年的剿匪作战中，西康军区部队共剿灭股匪1。5万余人。
贵州军区所辖范围宽广，兵力不足，开始时又未能集中兵力对大股土匪进行重点清剿，因而开始阶段剿匪成效不大。1950年3月，军区召开剿匪会议，调整了剿匪部署，并决定主动撤出27个县，集中兵力清剿交通线两侧及经济富庶地区的股匪。4月份即歼灭股匪1。08万余人，取得较好成绩，到5月底，共歼灭匪特3。9万余人。从7月开始，贵州军区剿匪部队对盘踞石阡、雷山和黔南长顺、紫云、惠水地区的股匪展开合围进剿，到1950年底，先后歼灭了“黔东北反共人民自救军”、“黔东南绥靖司令部”和“贵州人民反共救国军”、“川黔湘反共自救军”、“黔桂边区人民反共救国军”等主要股匪。在全年的剿匪作战中，共歼灭股匪19万余人。
云南是采取和平方式解放的，开始由于对土匪的严重程度估计不足，重视不够，加上起义部队不断发生叛乱，致使土匪数量迅速增加。楚雄地区的新平、易门、牟定、广通县城先后被股匪占领，玉溪地区的征粮工作被迫停止，蒙自、文山以及滇缅公路两侧地区的情况更为复杂，据1950年5月份统计，云南地区的股匪人数已达4。5万余人。针对这一严重情况，云南军区决定采取集中兵力、分片包干的办法，以第13军9个团、第15军第43师和第14军第42师等部，分别对楚雄、玉溪、新平、昭通、华坪、永胜等地股匪展开重点围剿。各进剿部队按照统一部署，在积极开展军事清剿的同时，大力进行发动群众，开展政治攻势，瓦解匪部。到1950年底，全省共剿灭股匪6。2万余人，收复被股匪占领的县城10余座。残存土匪大部转向省县边沿和国境线附近地区活动。
西南地区军民，经过1950年的积极进剿，共剿灭股匪85万余人，社会秩序和人民生产、生活趋于正常。毛泽东在收到西南军区1950年剿匪工作总结报告后，非常高兴，于1951年1月28日复电说：你们1月6日送来的1950年一年剿匪工作总结报告，收到阅悉，路线正确，方法适当，剿灭匪众85万人，缴枪40万余支，成绩极大，甚为欣慰，望即通令所属，予以嘉奖。
1950年，西南地区主要股匪被歼灭以后，大量残匪流窜在省县结合部山区和滇缅（甸）边境地区。在四川西北、大小凉山及云南边沿少数民族地区，溃散土匪利用边区地形险要交通不便以及原有的社会关系进行潜伏，以伺机建立新的反动组织。他们挑拨民族关系，拉拢少数民族上层反动分子，有的还混入人民政府基层组织和群众团体。据川东地区统计，在此期间，新发现反革命组织59个，破获反革命暴乱50余起，发生暗杀解放军人员及地方干部157次，投毒223起，纵火事件316次。各地土匪在扩充实力的同时，还极力与台湾国民党联系，争取空投补给，妄图在四川边沿山区建立所谓“陆上台湾”。在1952年内，他们就接受台湾空投10次，除补给物资以外，空投特务14人、电台13部。活动于黑水地区的傅秉勋和川甘青边之马良匪部，在此时期均发展到数千人。这些土匪四处骚扰破坏，严重影响到国家的重建和人民生活的安定。
党中央、毛泽东十分关心西南地区的匪情变化。1951年2月25日，毛泽东看了川西军区的剿匪报告后指示：西南的经验是县区乡均建立有党外民主人士参加的清匪委员会，保有清匪小组，区有捕捉队，此外尚有情报站与检查站的组织。再则清匪必须与反霸、减租、退押或土改相结合进去，必须杀掉匪首、惯匪与恶霸，并必须由党委统一领导，全力以赴，才能发动群众，根绝匪祸。根据毛泽东的指示，西南军区于3月15日发出剿匪命令，要求各剿匪部队认真学习川西军区的经验，普遍成立各级清匪组织和捕捉队，追捕匪特。并从主力部队中抽调一批干部加强地方武装，加强对重要点线和城市的守备，保证党在各地工作的顺利进行。
1951年上半年，贵州军区协同云南、广西部队，对黔桂滇边、黔桂边组织了会剿；西康军区围剿盐边、盐源地区的土匪；云南军区对滇西南之镇康、耿马、双江和滇南之红河地区进行了清剿。在清剿作战中，各地区部队在地方党委的一元化领导下，依靠各族人民群众，组织联防联剿，在1至4月份的清剿作战中，歼灭土匪7万余人。到1951年底，西南军区剿匪部队在四川、西康、云南、贵州地区共歼灭匪特20万余人。从1952年至1953年，剿匪部队在大力剿灭散匪的同时，还组织了几次较大规模的会剿股匪战斗。1952年7月至9月间，剿匪部队继在川西北歼灭懋功地区股匪后，又以9个多团的兵力发起黑水剿匪战役，剿灭直接受台湾特务机关指挥和接济的傅秉勋股匪3600余人，毙俘匪首傅秉勋和黑水地区反动大头人苏永和等人。6月20日至9月底，云南军区用3个多团，对滇越（南）边花龙地区股匪周光禄部展开清剿，全歼该匪2200余人。
1953年3月至5月间，西南军区除以4个多团兵力配合军区剿灭草地股匪马良部外，还争取阿坝大土官华尔功成烈交出窝藏流窜于川康甘青地区的“川康反共救国军”第3路中将总指挥、军统特务周迅予，中统特务何本初，“西南游击干部训练班”少将主任、“川南游击干部训练班”少将主任、“川南游击总指挥”、军统特务王旭夫等匪首。据不完全统计，经过1951年至1953年的清剿斗争，西南军区在四川、西康、云南、贵州地区共歼灭土匪24万余人，基本肃清了西南地区的土匪。
至1953年西南地区，先后共歼灭匪特116万余人，缴获各种火炮700余门、各种枪60万余支。
西北剿匪
西北地区解放后，国民党军胡宗南和马步芳、马鸿逵残部的骨干分子，伙同国民党特务勾结，纠集溃散官兵、惯匪、流氓、地主和反动会道门头目，组织土匪武装，进行反革命武装暴乱，袭击城镇，抢劫仓库，阻绝交通，捕杀干部，残害人民。为剿灭西北地区的土匪，1949年至1953年，第一野战军和西北军区根据中央军委的指示，多次召开会议和下发指示，部署剿匪事宜，规定了剿匪方针和政策，先后调集了2个兵团部、11个军部、38个师和1个旅、3个团共10万余人，开展大规模的剿匪作战。
陕西小剿匪。1949年5月，西北军区召开了关中6个分区领导干部参加的会议，部署剿匪，接着各分区部队对各地股匪开展清剿。至12月，共歼匪4000余人。1949年12月23日，第19军奉命对陕南川北股匪发起进剿。28日，第55师2个团以长途奔袭手段，突然包围通江、万源两城，守匪不战而降。1950年1月，第55师又兵分多路，先后对平溪坝、长坪、苦草坝、鸡背梁股匪展开搜剿，歼灭国民党残余及投匪8300余人，其中生俘“川陕鄂绥靖公署”主任王凌云以下6485人，新编第5军军长徐经济等1800余人被迫投降。21日，第55师又于南江官路口地区，歼灭国民党第127军第301师1700余人。与此同时，第19军第57师和汉中、安康军分区部队，先后在孙家坪、黄官岭、元木沟地区，歼灭股匪“西安绥靖公署第3纵队”、“川陕救国军”、“川陕边区人民自卫军”、保安第4旅等匪部共1。7万余人。陕南进剿部队在清剿作战取得初步胜利后，遵照第一野战军前委的指示，采取军政兼施、区别对待的方针，广泛发动群众，开展政治攻势，先后剿灭“忠义救国军”、“反共救国军”等股匪，并争取6000余名匪徒投降。到1950年8月，陕南股匪被基本肃清，先后歼灭匪特3。3万余人。
与此同时，陕北军区于1949年下半年调集3个团，在各地方武装的配合下，对主要股匪高怀雄、段宝珊、张世华部展开3次连续清剿，至1950年6月，终于将上述股匪歼灭于内蒙古东乌审地区。至此，陕西地区除川陕甘边尚有小部股匪活动外，主要股匪基本被肃清。
甘肃省剿匪。该省是以回汉为主的多民族居住地区，经济落后，封建势力强大，历史上多次发生回汉民族仇杀事件。解放后，国民党残余势力勾结惯匪武装，利用民族间的矛盾，大肆挑拨民族关系，以“保教、保枪、保命”为口号，组织“反共民团”，疯狂围攻县乡政权，杀害革命干部和无辜群众。遵照西北军区的指示，第4军第11、第12师及骑兵团于1949年12月中旬进入匪患严重的临夏地区，以分进合击和穷追堵击战术，在土墩、牛头墩地区歼灭马保、马八娃、马英贵股匪千余人。1950年5月，匪首马云山受胡宗南、马继援指使，由四川窜回平凉，在化平（今泾源）、固原、西吉、海原地区纠集地主恶霸和惯匪，拼凑起2个旅、19个团，加上被裹胁的群众，共1。3万余人，打着“忠义救国军”的旗号，于5月8日在平凉、西吉、海原同时举行暴动。为迅速平息匪徒暴乱，西北军区于5月23日发出剿匪指示，要求各进剿部队在实行坚决的军事打击的同时，应不放松政治瓦解工作，特别应注意争取广大少数民族群众。并指示各进剿部队抽调一批干部加强地方工作。遵照西北军区的指示，甘肃省委和甘肃军区组成平凉剿匪指挥部和工作委员会，统一指挥骑兵旅、回族骑兵团和警备第2团等部，进至平凉地区清剿。至7月底，将叛乱股匪歼灭，击毙匪首马云山，俘匪首李福林以下1200余人。在此期间，第4军平息了临夏股匪暴乱，歼灭股匪2000余人。进入河西走廊地区的第3军，对酒泉、玉门、张掖、敦煌等地股匪发起29次围剿，剿灭匪特2100余人。
宁夏剿匪。1950年初，宁夏军区独立第1师、骑兵第6师一部，在三边军区部队的配合下，对盘踞在同心县西南的武当、麻黄沟、惠安堡一带作恶的“贺兰剿共总部”、“仁义军”等股匪展开进剿。至3月下旬，将其全部歼灭，活捉匪首张廷芝。3月，宁夏军区又集中3个多团，采取分片包干的办法，深入贺兰山区对股匪郭栓子部展开围剿。经过艰苦奋战，于11月将宁夏地区危害最大的股匪全歼，生俘自称“贺兰王”的匪首郭栓子。
青海省剿匪。兰州战役后，马步芳残部逃往青海，在大通、门源、湟中、化隆、循化和西宁地区与地方反动势力勾结，形成几股较大土匪，共约6万人，成为西北地区匪患最为严重的地区之一。1949年12月，第1军平息了西宁周围地区股匪的暴乱，歼匪4000余人。1950年初，原马步芳新编军参谋长马忠义纠集20余名反动军官，在化隆成立“新编第82军”，马忠义自任军长，与民和县匪首马希统、马中福匪部遥相呼应组织暴乱。人民解放军第1军和第4军一部奉命对股匪展开围剿。从2月下旬开始至7月，各进剿部队先后进行大小战斗200余次，终将股匪剿灭，匪首马忠义、马全彪、韩进禄等在走投无路的情况下，率1000余人被迫投降。1951年5月，贵德昂拉地区藏民千户在国民党特务项谦操纵下，纠集匪特2000人，裹胁群众6700余人，公开与人民为敌。人民政府多次派出包括青海省人民政府副主席喜饶加错在内的代表前往谈判，但项谦执迷不悟，不断袭击解放军武装工作队，包围解放军驻地，并阴谋发动更大暴乱。1952年4月10日，西北军区在向中央军委的报告中说：“昂拉项谦匪部，自青海解放以来我即进行政治争取，迄今两年余毫无效果，近派喜饶副主席前去劝说，仍执迷如故，并且不断四出抢劫骚扰人民，袭击军队，更加猖狂。为防匪蔓延，巩固地方治安，同意1军1952年4月1日，以3个步兵团、两个骑兵团