入发动群众和组织捕捉小分队或小组，清除潜入深山密林、藏入地洞、逃往边沿山区隐伏隐散的匪特分子。由于解放军采用了多种多样新的战略战术，在很短的时间里取得了巨大的剿匪战绩，全国大规模的剿匪肃特斗争，到1953年下半年基本结束，先后共歼灭匪特270万余人，缴获了一大批武器和物资。
华北剿匪
解放前后，国民党有组织、有计划地在华北地区潜伏了大批匪特，组织所谓“地下军”、“敌后游击军”。解放之初，已发现的匪特达3万人，分为股匪（数千数百数十人不等）和伙群（三五成群）等组织形式，活动十分猖獗。以绥远地区为最多，且多为骑匪，危害极大。他们时而集中、时而分散、时而隐蔽、时而出现，跳跃式地远距离流窜，袭击小部队及地方党、政机关，拦路抢劫，破坏交通运输及各种建设，危害社会治安。其大股土匪，多活动于绥远、察哈尔、平原等省一些解放较晚的地区；其小股土匪活动在天津、北京、太原附近，平原省之新乡和安阳地区较多。
华北军区司令员聂荣臻等首长对剿灭土匪斗争十分重视，于1949年5月，即召开了全区剿匪工作会议。会后，广泛发动群众，于当年下半年开始，则全面开展了剿匪斗争。采取军事清剿与政治瓦解相结合的方针，组织武装工作队与各级人民武装密切结合，根据剿匪斗争需要，采取时集、时分的方式，广泛发动群众，城乡统一行动，对河北、察哈尔、山西、平原等诸省之股匪展开进剿。由于华北地区党政军民的一致努力，至1951年9月，将土匪、特务基本肃清，共歼匪特5。3万余人，缴获火炮10余门、各种枪8800余支。
华东剿匪
1950年初，华东地区发现大小土匪850余股（大股千人以上，小股数百或数十不等），分布于苏、鲁、皖、浙、闽各省。其中以浙江、福建为最严重。华东军区和第三野战军按照中央军委的部署，先后抽调5个军部、19个师、1个旅又15个团以及海军一部参加剿匪作战。
渡江战役结束前后，华东军区和第三野战军即开始抽调部队在新解放地区展开了剿匪作战，取得了一定的成效。1949年7月，苏南、浙江大陆全部解放后，华东局于29日发出剿匪指示。指示要求，凡是有大股国民党匪帮和土匪活动的地区，各军区和军分区应迅速定出全盘清剿计划部署，指定坚强的军政干部并结合有关部门组成统一剿匪指挥机构，以便协同动作统一步骤，达到彻底消灭一切反革命武装的目的，特别是要注意对各地区结合部之山区和湖沼地带的清剿；野战军应以团、营、连为单位，分散到农村进行清剿。指示强调，各地区要广泛发动群众，深入宣传中国共产党的方针、政策，揭露敌人的欺骗、谣言，每个干部要正确执行党的政策，取得广大群众的支持，是肃清匪患取得剿匪胜利的关键。8月9日，华东军区下达了秋季剿匪命令。决定在进军福建和浙江沿海岛屿的同时，抽调第25、第24、第35、第23军和第20军各一部，在各地地方武装配合下，以浙皖边区和皖北、大别山之立煌（今金寨）地区为重点，尔后视情向浙赣边、闽浙赣边地区清剿。其具体部署是：第25军2个师共7个团，在浙江建德、临安军分区和皖南宣城、徽州（今屯溪）军分区的协同下，以杭（州）徽（州）公路两侧地区为重点，负责剿灭浙皖边之宣城、广德、安吉、余杭、桐庐、建德、淳安、歙县、宁国间股匪，尔后视机转向浙赣边清剿；第24军第71师和野战军骑兵团统归皖北军区指挥，协同鄂豫皖边区剿匪指挥部，重点清剿立煌地区股匪；苏南军区附华东海军炮艇队，以剿灭太湖匪特为重点；第20军抽调部分兵力协助苏州军分区清剿苏州至上海铁路沿线股匪；第23军抽调部分兵力，协助浙江第1军分区重点清剿嘉兴、吴兴、海宁、海盐、平湖和嘉善地区匪特，并派出1个团控制吴兴、长兴地区，防匪南窜；钱塘江以南、浙闽赣边及浙江沿海地区的剿匪，以第35军为主，由浙江军区统一部署；其他各地土匪由各地方武装负责清剿。
根据上述部署，从8月27日开始，各剿匪部队按预定计划，在各自责任地区对大股匪特展开重点清剿。担负进剿大别山股匪任务的第24军部队，在湖北军区的统一指挥下，与中南军区各剿匪部队密切配合，从9月5日开始到10月，集中兵力对立煌地区进行重点清剿，先后歼灭股匪6724人，其中击毙128人，俘获臭名昭著的“鄂豫皖人民自卫军总司令”王宪，副司令樊迅、袁雁英以下1565人，投降5031人。
担负浙皖边地区进剿任务的第25军部队，在浙江军区第4、第9军分区和皖南军区宣城、徽州军分区的协同下，采取以部分兵力控制要点，主力部队对股匪老巢，采取“拉网合击”战术，全歼主要股匪“皖浙边区游击纵队”，击毙“纵队”司令徐振东，生俘副司令徐建中，并于钱塘江以北地区剿灭股匪洪国顺部。据统计，在9、10月的进剿作战中，浙江地区剿灭股匪1。58万余人，苏南地区剿灭股匪1000余人，皖南地区歼灭2800余人，苏北和山东地区歼灭近400人。缴获各种小炮53门、掷弹筒和枪榴弹筒47具、重机枪31挺、轻机枪287挺，其他长短枪1。24余万支、炮弹5793发、子弹61万余发。到1950年1月，华东地区共歼灭匪特5。4万余人，除山东、苏北因解放较早已无大股土匪外，苏南、皖南、皖北和浙江境内主要大股匪特基本被剿灭或击散，社会秩序已趋稳定。
1950年初，在大股匪特被剿灭以后，华东解放军主力转入解放闽浙沿海岛屿。由于地方政权及武装初建不久，特别是在刚解放地区，地方工作更是比较薄弱，台湾国民党当局趁机向大陆及沿海回派武装特务155股，3700余人。在国民党特务煽动、操纵下，各地土匪利用春旱灾荒，乘势又起，华东股匪迅速发展到700余股，5。7万余人，尤以福建地区最为严重，发展到200多股，3。5万余人。这些股匪组织爆破队深入主要交通干线两侧地区，破坏铁路、公路、桥梁、工厂、仓库、机场、码头和军事设施。在宁沪杭地区，交通遭股匪破坏，仓库被抢劫，地方政府和武装被袭击事件增多。这些股匪还利用大刀会等封建迷信组织进行反革命暴乱。仅1至3月间，华东各地被抢走公粮1000万公斤，发生反革命暴乱210余起。
针对股匪势力重新回升和活动猖獗的情况，华东军区和第三野战军于3月决定，除加强沿海地区的警备，阻绝股匪陆、海联系外，以闽浙边和闽浙赣边地区为清剿重点，对匪情一般的地区，以地方部队为主开展清剿。同时决定，从主力部队中抽调一批干部，加强地方武装的领导，并抽调一部分连队作为地方武装的骨干；在各省边界地区成立剿匪治安委员会，统一指挥边界地区的剿匪作战。在3至6月间，华东地区又剿灭了福建的“反共救国军第6纵队”、“中华民族自救国闽北总指挥部”、“漳厦游击司令部”，浙江的“国防部第3纵队”，苏南的“苏皖军区第3纵队”，皖北的“青年反共救国军”等股匪2。7万余人。
朝鲜战争爆发后，台湾国民党当局又叫嚣反攻大陆，加紧派遣特务武装窜入大陆，使华东匪特活动又呈猖獗之势，土匪人数又有回升。根据这种情况，华东军区于1950年8月召开剿匪作战会议，会议总结和交流了一年来剿匪作战的经验教训，进一步重申了剿匪的方针、政策，要求各剿匪部队切实做到军事清剿与政治攻势、剿匪与反霸紧密结合起来；首先打掉主要股匪，然后再消灭边沿地区的土匪，华东军区决定再抽调第22军第65、第66师分别进驻浙江穿山半岛清剿，第23军第67师进驻天台地区清剿，将福建剿匪兵力由8个团增加到12个团。各清剿部队灵活运用奔袭、合围、伏击、搜捕等战术，积极开展剿匪斗争。1950年10、11月间，第32军第95、第96师部队，在福建闽北地区歼灭“突击司令部特务团”和“闽北自救军第2支队”等重要股匪10余股。第29军第85师第253团在地方武装的配合下，在连城地区连续进行19天清剿，歼灭“中国人民自由军闽粤赣边区总司令部”，歼匪400余人，活捉匪首中将总司令唐宗。
为保证抗美援朝和土地改革工作的顺利进行，不使东南地区的剿匪牵扯太多的精力，尽早完成剿匪任务，11月17日毛泽东指示陈毅、饶漱石：闽浙两省剿匪工作极为重要，特别是福建匪患必须使用四五个主力师用全力穷追猛打，限期肃清，该省剿匪成绩较他省为差，必须检讨原因。并说：我提议从现在起，和广泛展开土地改革工作相配合（福建必须迅速实行土改），限六个月内剿灭一切成股土匪，责成叶飞、鼎丞全力以赴，做出成绩。只要福建的土匪消灭，土改完成，即令蒋介石登陆进犯，也是容易对付的。华东局和华东军区根据毛泽东的指示，将福建剿匪兵力增加到5个师，并从各部队抽调了1。2万余名干部组成工作队，深入乡村宣传发动群众，加强地方武装，扩大民兵队伍，使剿匪和土地改革以及镇压反革命、镇压恶霸斗争紧密地结合起来。在党中央和毛泽东的直接关怀下，华东地区剿灭大股土匪的斗争，于1951年6月基本结束，共剿灭大股土匪16。85万人。华东地区，全区结合土地改革和镇压反革命运动，对区内残匪进行了有力的清剿，到1951年5月底，又歼灭土匪3。5万余人，其中匪首1570余人。
从1951年下半年，华东地区整个剿匪工作已由集中兵力剿灭股匪，进入肃清散匪、潜匪时期。6月，华东军区确定清匪工作主要由地方武装、公安部队和民兵承担，主力部队转入整训，并下达了《深入贯彻肃清散匪工作的指示》，指示要求各清剿部队必须坚持长期作战思想，克服松劲情绪；各地党组织应加强对清匪工作的统一领导，加强地方武装与公安部队、民兵的密切协同，实施有效地搜捕挖根；认真发动群众，坚决贯彻镇压与宽大相结合的方针，做好匪属工作，订立清匪公约，组织好清匪联防，杜绝匪特赖以寄生之点。指示还要求各地党组织，要加强对地方武装和民兵组织的整训，纯洁内部，不断提高战斗力。
在清剿散匪的斗争中，各地区清剿部队采取分区包干和区间联防的办法，普遍建立了群众性的情报网，组成“飞行组”和武工队，配合公安部门对残匪进行追踪缉捕。并从各部队抽调大批干部组成工作队，深入农村开展群众工作。在福建地区，部队先后抽调1万余名干部参加地方工作；驻浙江部队则帮助地方加强基层政权建设，建立了316个武工队。由于组织严密，打击有力，无论土匪流窜到哪里，都逃脱不了被歼的命运。到1953年底，华东地区的陆匪被全部肃清。
与此同时，华东地区还进行了清剿海匪的作战。海上剿匪较陆上难度大。由于该地区海岸线长，岛屿众多，很多岛屿历史上就是海匪盘踞的地方。这些海匪，专以在海上及沿海地区抢掠为生，大陆解放后由于受条件限制，解放军未能立即进驻，许多大陆逃亡的地主、恶霸、漏网的土匪和国民党军散兵游勇趁虚进入，勾结岛上的海匪继续作恶。台湾国民党当局为了将这些岛屿和海匪作为反攻大陆的跳板和武装力量，对他们加紧进行编组和训练，不断进行海上袭扰和登陆破坏。据1951年统计，浙闽沿海尚有海匪1万多人，占据大小31个岛屿，抢走渔船110艘，抓走渔民800余人，给渔业生产、海上运输和群众的生命财产造成严重威胁。针对海匪活动的情况，华东军区指示沿海各地区部队，把清剿陆匪与消灭海匪结合起来，采取分区包歼登陆窜扰之匪。在各自防区内，以海防警备部队为骨干，地方武装和公安部门与民兵相配合，仅在1951年1月间，全区就歼灭登陆海匪120股，数千人。在歼灭登陆海匪的同时，海军舰艇部队和海防巡逻部队还积极开展海上斗争。在1951年上半年，先后在海上与海匪作战33次，歼灭海匪近千人，缴获匪船26艘、步机枪170余（挺）支。海军舰艇部队进行海战56次，歼灭海匪数百人，击沉、击伤和缴获海匪船只52艘。到1953年底，剿匪部队共解放沿海大小岛屿50多个，歼灭海匪近万人，为巩固海防、发展渔业生产和海上运输做出了贡献。
到1953年，华东地区共剿灭土匪（包括海匪）24。6万余人，缴获各种炮400余门、各种枪1。2万余支。
中南剿匪
1949年底中南六省全部解放。但该区内，在国民党有计划的“展开大陆游击战争”的策划下，全境普遍发生了匪患。1949年6月，华中军区统计在已经解放的河南省有土匪424股，约3万人；湖北省有110股，约2万人；江西省有100余股，3。5万人；陕南地区有30股，1。2万人。解放较晚的湖南、广东、广西等省，匪情更为严重。据1949年底的不完全统计，共有土匪20余万人。
华中局和第四野战军兼华中军区（1949年12月分别改称中南局和中南军区兼第四野战军），从1949年6、7月开始，先后抽调4个兵团部、12个军部、1个纵队（两广纵队）、46个师，以划区包干的办法，对中南地区的土匪展开大规模的清剿。
7月中旬，第四野战军以第42军第125、第155师和第58军第173、第174师1个团，在地方武装的配合下，首先对豫西股匪展开清剿，经2个月的多次合围追剿，第42军部队于卢氏、朱阳镇及崤山以南地区歼灭土匪新1个师、保6旅及“黄河”、“绥远”2个特务支队。第58军进剿部队给予土匪新2师和新3师以歼灭性的打击。接着，进剿部队东移伏牛山区开展清剿。至10月，大股土匪被基本歼灭，共歼匪3万余人。
湖北军区于7月27日至8月5日召开第一次党的代表会议，决定在全省开展大规模的剿匪作战，并做出了具体部署。7月30日，湖北军区奉华中局和华中军区的指示，在黄岗地区组成鄂豫皖边区工作委员会和剿匪指挥部，由湖北军区副司令员王树声任书记兼剿匪