。在澳门的中西医局，就是一个时常有人来聚谈时政的场所。到了广东之后，借着医生职务，“出入衙署，一无阻碍”，他也结交了各种各样的人，为日后从事革命运动打下广泛的基础。
随着革命的舆论宣传有了相当的进展，孙中山认为革命组织实施革命的行动的时机已经成熟，他向革命挚友陆皓东、尤列、陈少白等人提出成立革命机关，并定名为“兴汉会”，它的纲领是“驱除鞑虏，恢复中华”，这时距广州起义已不到两年。
上书李鸿章遇挫
1894年初的某一天，在香港的陈少白突然接到药房的信，说：“孙先生失踪了，药房中开销很难，收入不敷，只剩十几块钱了。”接到信后，陈少白赶忙来到广州，去替孙中山维持店务。
16天后，孙中山才露面。原来，孙中山在农历春节前就回到翠亨村老家闭门拒客，埋头十多天，写出了《上李鸿章书》。
孙中山上书李鸿章，并不是一时冲动之举，而是经过长期酝酿的结果。孙中山为什么会产生给李鸿章上书的想法？仔细分析起来，有多重原因。
1888年，康有为以一介书生，第一次上书光绪皇帝，请求改良政治以挽救世变，上书虽然受到保守官僚的阻挠而未能送到光绪皇帝手中，但是上书皇帝却吸引着很多关心国家命运的官员和士子，康有为名噪京师，这一形势，对孙中山上书李鸿章有一定的心理推动。
在清末腐朽官场中，任直隶总督、北洋大臣的李鸿章，正是清末最为位高权重者。身为洋务派首领的李鸿章相对来说比较开明，他打着了解西方、办理洋务、致力于中国富强的招牌，也使不少人将希望寄托在他身上。孙中山的老师康德黎甚至将李鸿章形容为“中国的俾斯麦”。孙中山自然认为他是推行改革方案的最合适人选。
前文已经提过，李鸿章是孙中山曾就读的香港西医书院的赞助人。当年孙中山毕业时，香港总督罗便臣曾托人找到李鸿章，期望能将孙中山安排在天津西医学院工作，而李鸿章当时也答复罗总督：可来京候缺，每人暂给月俸50元，并且也表示要授予孙中山和另一位优秀毕业生“钦命五品军牌”，这使孙中山在心理产生了对李鸿章一定的亲近感。李鸿章是革新派的代表，又是西医书院的名誉赞助人，与这所学校的毕业生之间，于是有了一重名义上的庇护与被庇护关系。
孙中山从少年时代起就存在反满复汉思想，他常把清王朝看成是异族人的朝廷，因而主张恢复汉族人的朝廷。在这种思想指导下，他希望能在汉族高官中寻找改革推动者，而李鸿章就成了再合适不过的人选。
著名历史学家金冲及认为，当时的孙中山还处于一种矛盾心态：一方面竭力鼓吹革命，也开始准备着手从事革命工作；但另一方面，思想上还有一些摇摆，还想尝试一下，通过清朝政府实行自上而下的改革，这条道路是不是还有可能行得通？这正是孙中山上书李鸿章的心理背景。
在给李鸿章的信中，孙中山首先申明自己的不凡抱负和知识背景，“……幼尝游学外洋，于泰西之语言文字，政治礼俗，与夫天算地舆之学，格物化学之理，皆略有所窥；而尤留心于其富国强兵之道，化民成俗之规。”接着，他提出并详细解释了四条“富强之大经，治国之大本”，即“人能尽其才，地能尽其利，物能尽其用，货能畅其流”。然后，他再一次表明自己的志向，“……于圣贤六经之旨，国家治乱之源，生民根本之计，则无时不往复于胸中；于今之所谓西学者概已有所涉猎，而所谓专门之学亦已穷求其一矣。”孙中山在信上说，如果清政府采纳这些主张，“以中国之人民材力，而能步武泰西，参行新法，其时不过20年，必能驾欧洲之上”。
对于这次上书之举，孙中山可谓全力以赴，也寄予了很大希望。为了达于李鸿章之手，他动用了所能用上的全部关系网络。孙中山在行医过程中，认识和熟悉不少地方官员。孙中山先找到已退休的澳门海防同知魏恒，魏恒非常赏识孙中山的学识和医道，欣然致书给自己的朋友盛宙怀——著名实业家盛宣怀的堂弟。
1894年3月，由陆皓东陪同，孙中山离开广东到达上海，持魏恒书函至上海，先如愿见到了盛宙怀，又找到《盛世危言》的编者、著名改良派人物郑观应。郑观应长期在盛宣怀手下办洋务，与盛宣怀关系非同一般，他又写信向盛宣怀写了一封热情洋溢的信，隆重推荐了自己这位“少年英俊”的小同乡。
在上海停留期间，孙中山在郑观应家里见到了中国近代史上另一位著名人物王韬。时任上海格致书院院长的王韬与孙中山一见如故，他不仅亲自帮助修改了孙中山的那篇长文章，而且提议说，自己有个朋友叫罗丰禄，是李鸿章的幕僚，可以通过罗见到李鸿章。陈少白形容，“孙先生快乐极了，就到天津去见老夫子”。
6月下旬，孙中山与陆皓东由上海抵达天津，寄住在法租界佛满楼客栈。他手持盛宙怀、郑观应、王韬三位的介绍信，拜访直隶总督幕僚罗丰禄、徐秋畦等，表达想上书之意，罗、徐二人也表示愿意协助，他们向李鸿章作了汇报，并将“上书”一同呈上。但踌躇满志的孙中山并没达到他期望的目标——李鸿章以“军务匆忙”为由，只留下一句话：“打仗完了以后再见吧。”
当时正在芦台督师练兵的李鸿章的确无暇于他事，因为中日战争的脚步已越来越近。1894年的东亚世界也颇不平静。这年春天，清朝的保护国朝鲜爆发“东学党”起义，清政府应朝鲜要求派兵入朝协助镇压，日本则不请自来借机出兵朝鲜，6月21日，日军攻占朝鲜王宫，成立了傀儡政权，并强令伪政府“授权”日本驱逐清军。当日，日本发动丰岛海战，击沉中国运兵船。23日，日军进攻在朝的清军叶志超部，清军退至平壤。8月1日（农历七月初一）清政府对日宣战，在中国近代史上影响深远的中日甲午战争终于爆发。
客观而言，忙于战争准备关头的李鸿章，对孙中山的婉拒并无多少可指摘之处。陈少白后来说，孙中山“听了这句话，知道没有办法，闷闷不乐地回到上海，……所有的希望完全成为泡影。所以到了这时候，孙先生的志向益发坚决，在檀香山就积极筹备兴中会，找人入会，一定要反抗满洲政府”。
创立兴中会
上书李鸿章失败，而清末腐朽的政治气息更令人压抑。1894年中日甲午战争已经开战，但慈禧太后为了给自己过60岁大寿，竟然花掉219万两银子。孙中山最初的改良政府的期望，也渐渐消失，从此，孙中山就头也不回地作为中国民主革命派的鲜明的旗帜，立即开始了他的革命活动。
在郑观应的帮助下，10月初，孙中山重新出国到达檀香山。他这次去檀香山的目的很明确，是为了“拟向旧日亲友集资回国，实行反清复汉之义举”。
这次距他上次离开檀香山，已经有十年时间。此时当地也发生了很大变化。夏威夷1893年发生革命，王后被逼退位，君主制已变成了共和制。孙中山在当地发动华侨捐助革命，但应者寥寥。但孙中山没有任何灰心和退却。正像陈少白所说的：“孙先生那时候革命思想很厉害，碰上一个人就要说这些话，就是和一个人做买卖的人，也会说到革命。”
在孙中山的积极推动下，1894年11月24日，在卑涉银行经理何宽家里召开了成立大会，出席会议的有何宽、李昌、刘祥、钟宇、程蔚南、郑金、黄亮、许直臣、宋居仁等20余人。孙中山为会议主席，他提议将这个以反清为目的组织定名为“兴中会”。
兴中会会员必须填写《檀香山兴中会盟书》。内容为：“联盟人×省×县人××，驱除鞑虏，恢复中华，创立合众政府。倘有贰心，神明鉴察！”在入会形式上，兴中会还采取基督教方式——将手放在《圣经》上起誓。
兴中会的主要成员，大多为银行家、商人等中小资产阶级，所以，檀香山兴中会是近代化的资产阶级革命小团体。值得注意的是，这个团体的成员，除了孙中山外，其余都是檀香山的华侨，实际上是个华侨革命团体。
兴中会的初期任务是宣传其宗旨，吸收新的会员，为革命募集捐款。虽然宣传工作很有成效，在不长的时间里，入会的总人数已达200多人，但募捐进行得并不理想，会员大多都不富裕，除了交纳5元的会费外，都没有能力实现章程中规定的“义捐”，一个月多来，所得款项共1388元。
在此关头，此前一直对弟弟的革命活动有诸多阻挠的孙眉慷慨解囊。如果说早年在檀香山坚持革命的孙中山在兄长孙眉看来是“异端”的话，孙中山后来在香港西医书院的优异成绩以及在澳门、广州行医的口碑和影响，已使孙眉完全改变了先前的否定态度，转而支持弟弟从事革命。此刻，在弟弟遇到资金困难时，孙眉以极低的价格卖掉了一部分牲畜，并以当地华人首富的身份，带动了周围20多人出面捐助革命。
兴中会在檀香山成立后，这年冬天，孙中山提供希望组织“华侨兵操队”，接受军事训练，以便回国起义，得到了会员们的响应。于是20多位报名者，请了一位丹麦人为教师，每星期操练二次。这位丹麦人以前曾到中国担任过南洋练兵教习，饶有经验。但因为“华侨兵操队”每个人对军事训练的兴趣不同，未过多久便告解散。
孙中山本想由檀香山继续横渡太平洋，赴美活动，但因宋耀如“函促”而归国。1894年春，孙中山北上投书路经上海时，与宋耀如相遇。两人志趣相投，一见如故。宋耀如对孙中山的反清爱国活动寄予高度热情的支持，特别是甲午战争爆发不久，“清兵腐败，高丽既失，旅（顺）、威（海）继陷，京、津亦岌岌可危，清廷之腐败尽露，人心愤激”。宋耀如认为，这是在国内开展反清斗争的良好机会，所以致函孙中山，劝其迅速回国。
孙中山与宋耀如的革命友情还衍生出另一段佳话——若干年后，孙中山娶宋耀如的次女宋庆龄为妻，这是后话。
1895年1月，孙中山从檀香山乘船回国。抵达香港后，他立即把当年志同道合的几位朋友，郑士良、陆皓东、陈少白、杨鹤龄、区凤墀等人组织起来，商议扩大兴中会组织，并伺机发动武装起义。孙中山此时得知杨衢云、谢缵泰1892年在香港创办的辅仁文社是以改革政治为宗旨的，便和他们见了面。
杨衢云，名飞鸿，祖籍福建海澄。自幼生活在香港，毕业于香港圣保罗书院，曾担任香港湾仔国家书院英文教员、招商局书记，后又任香港新沙宣洋行副经理。孙中山与杨衢云十分相投。杨衢云欣然表示愿意取消辅仁文社，一致加入兴中会。孙中山于是开始着手组织香港兴中会。1895年2月18日，香港中环士丹顿街13号挂出一块乾亨行招牌，以避警探耳目。3天后，香港兴中会在乾亨行召开成立大会。当时入会的有49人，入会誓词仍与檀香山入会成立时相同，采取的是举右手向天发誓的形式。
香港兴中会总会成立后，把檀香山兴中会所订章程修改为十条。这次修改中最重要的就是对清朝政府的残暴腐败正面地作了猛烈的抨击，指出当时国内“政治不修，纲纪败坏，朝廷则鬻官卖爵，公行贿赂，官府则剥民刮地，暴过虎狼，盗贼横行，饥馑交集，哀鸿遍野，民不聊生，呜呼惨矣”，把原来檀香山章程中一些温和的词句删去了。并且要求广大人民团结起来，参加救国行动。章程中写道：“无论中外各国人士，倘有益世，肯为中国尽力，皆得收入会中。”这种思想以后逐步发展，使同盟会能成为各种社会力量反对清政府的共同联盟。
密谋第一次武装起义
1894年下半年，孙中山就曾同陈少白商谈过准备起义之事。陈少白回忆，孙中山在檀香山建立兴中会后，“他就写封信给我，信上说：‘前次从香港到澳门去，在香山轮船栏杆旁所说的话，不要忘记。’究竟他所说的在轮船上讲的什么呢？就是讲到将有机会的时候，预备怎样造反。他信上还说：‘这件事可以做得到的，你预备，我就要来了。’”
1895年1月5日，孙中山回到香港不久，在与日本朋友梅屋庄吉谈话时，又强调：“为了拯救中国，我和同志们正准备发动革命，推翻清朝，发誓创立我们汉民族的真正的国家。”香港兴中会成立后，孙中山即全力以赴筹备广州起义。
3月13日，孙中山与杨衢云、黄咏商等人在香港开会，筹划广州起义。与杨衢云一同在香港创办“辅仁文社”的谢缵泰也第一次与孙中山见面。会议对未来的广州起义作了人事上的部署：孙中山驻广州专任军务，郑士良、陆皓东、邓萌南、陈少白等辅佐。黄咏商、谢缵泰辅佐杨衢云驻港专任接应及财务事务。
3天后，兴中会骨干继续开会做出决定：精选3000人，在10月26日以突袭方式攻占广州。筹备会上，孙中山提议说：“我等倡议革命，旨在倒清立国，迟早而已，必有成功日。当今世界各国都有国旗，以资国家的象征。举义在即，亦应预谋此事，以代满清之黄龙旗。”
孙中山知道陆皓东长于绘画，又在上海电报局谋生多年，见多识广，于是顺水推舟让将此事托付给陆皓东。陆皓东经缜密构思，数度修改，终于将国旗之方式定稿，旗式为长方形，蓝底色，旗中一轮巨大白日，白日四周光芒四射，史称“两色旗”。
孙中山很欣赏此旗图案，赞美说：“青天白日，取义宏美，示光明正照自由平等之义。”
兴中会干部会议一致通过：采用青天白日为国旗之方式，以取代满清之黄龙旗。
这是“青天白日旗”在中国近代历史的第一次“亮相”。
如何袭取广州，是筹备期间的一个重点讨论问题。孙中山的计划是“擒贼先擒王”——“拟以5人为一队，配备枪械炸弹”，从官署后面攻入官员住宅，将长官或杀或擒，令全城群龙�