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孙中山努力把他在异域感受并学习到的先进思想和制度，在自己身边的环境中实施。这位从西洋回来的见识颇多、又热心于改造乡政的年轻人，很快赢得了老人们的信任和喜爱。当时翠亨村的主事者，每月有一次会议，出席者都是村中长老。孙中山这个少年也被邀出席，成了村中的“长老”。
与父亲及祖父沉溺于迷信不同，孙中山自始至终对此持强烈反对态度。他对那些敬者说：木偶无知，信奉无益。没多久，就因此惹了一场祸端。
有一天，孙中山和好友陆皓东等一些伙伴，一起进了村里的北帝庙，见到神像被粉刷一新，有人提出要向神像跪拜，可是孙中山却走近神像，把“玄天上帝”的中指折断了：“你们看，我把北帝的手指折断了，可它仍然在笑，这样的神道，岂能保护我们乡民？”陆皓东又用小刀刮掉了一个女神脸上的一块油彩。
这些“大逆不道”之举立即在村里引起轩然大波，村民们都认为这些年轻人亵渎了菩萨，翠亨村马上就要被神惩罚。乡绅们找到孙、陆两家，兴师问罪。为了平息村民们的激愤，孙达成只好应允拿出十两银子修复神像，又命孙中山暂时离乡去香港，以免再惹是非，而陆皓东去了上海读书。后来孙中山在谈及此事时，认为当时自己血气方刚，虽目的在于激人省悟，但这种做法也的确欠妥。
香港与檀香山之间
1883年11月，孙中山进入香港基督教圣公会的拔萃书院（Diocesan Home）读书，继续研读英文。课余时，他跟随道济会堂长区凤墀补习国文。区凤墀能文善辩，曾在德国柏林大学教授汉语。
区凤墀还给孙中山介绍了一位美国牧师喜嘉理（Rev Hagar），当年年底，孙中山和上海转来香港的好友陆皓东在这位牧师主持下，在香港必列者士街纲纪慎会堂正式接受洗礼，入教时孙中山在受洗登记册上署名为“孙日新”，来自《大学》：“苟日新，日日新，又日新”。而区凤墀则为孙中山取了“逸仙”这个号，寓意“自由神”，在孙中山伦敦蒙难后，“孙逸仙”这个名字传遍了世界。
1884年4月，孙中山以“孙帝象”之名转学香港中央书院（The Central School）就读。中央书院建于1862年，是香港第一所由英国当局所办的官立中学，也是一所新式英语学校，校长、教员均来自英国著名大学，思想开放。孙中山在学校认真学习各类课程和攻读中外文书籍，也加深了对西方科学、社会以及政治制度的认识，尤其是对英国国会的发展、王权与人民的斗争的经过，西方共和国的组织、法国大革命的故事以及19世纪欧洲的革命等都有深刻了解。勤学好问的孙中山被同学取了个“通天晓”的绰号。
一个月后的1884年5月26日（农历四月十三日），18岁的孙中山回翠亨村与同县另一个村卢耀显之女卢慕贞结婚。卢耀显少年读书，壮年后经商为业。卢慕贞生于1867年7月30日，比孙中山小一岁，卒于1952年9月7日，享年86岁。
这场婚礼让孙中山在家里住了三个月，之后又回香港读书。
此时，得到家书的孙眉，得知弟弟在家乡“亵渎神灵”以及在香港接受洗礼的情况，非常生气。孙眉给家里去了封信，佯称在檀香山的生意亏损，如今要扩充经营，要弟弟赴檀协助。11月，孙中山奉长兄之命，第二次赴檀香山。
在孙中山第一次回家乡时，孙眉特地将在檀香山财产的一部分给了弟弟，以此增添家族声望。兄弟两人这一次在茂宜岛的姑哈禄埠牧场见面后，深感“痛心疾首”的哥哥孙眉批评弟弟“任性妄为，贻家庭羞”。
1885年前后，也是孙眉去檀香山的第六年，他到达了创业的顶峰，不仅拥有1000多亩的牧场，还有数千头马、猪、牛，上万只鸡，全由雇工照顾。
像绝大多数中国传统家庭一样，孙中山的父母以及长兄孙眉都希望孙中山这位孙家的二儿子，走一条循规蹈矩，在大众看来“安分守己”的路。孙眉比弟弟大12岁，又很早就出洋闯荡，因此在“管教”弟弟的问题上，他感觉自己应该有更多的责任。深觉弟弟玷污孙家名誉的孙眉，要索回之前赠予的财产以示惩罚。出乎大哥意料之外，孙中山毫不迟疑地将那份财产归还给孙眉，并随同大哥到律师办事处办妥了退还手续，“财产不足以动我心”。
兄弟俩的矛盾一度继续激化。孙眉罚弟弟去锯木，还把他打了一顿；而少年气盛的孙中山也不示弱，跑到孙眉的书房里，把挂在墙上的关帝神像取下扔进厕所。虽然被哥哥留在店里帮做生意，但孙中山在侨民中继续谈论改变中国政治的话题，而学做生意也非他的本意，店里伙计也因孙中山被孙眉责打而看不起他。孙中山无法忍受这一切，几个月后，孙中山提出回香港继续上学，但孙眉拒绝给旅费。兄弟两人又吵了起来，孙中山一气之下，跑到火奴鲁鲁，原来的美籍教师芙兰蒂文资助其300美金作为回国旅费。
1885年4月，孙中山结束了在檀香山5个月的第二次生活，搭乘轮船回国，这一来一去，成为孙中山一生革命事业的关键，放大来说，也是影响中国近代史的一个里程碑——经过曲曲折折，孙中山终于清楚，实现自己对民族改良期望的最佳途径，是回到中国，改造中国，从事革命。临行前赠送《华盛顿传记》和《林肯演说集》两本书给孙中山的那位美国老师应该没有想到，若干年后，这位倔犟的学生在中国历史上，也成了与华盛顿、林肯一样伟大而影响深远的政治人物。
闻讯赶到火奴鲁鲁的孙眉挽留未果。待弟弟走后，孙眉又深悔自己对幼弟督责过严，为求补偿，他先后寄了巨款给父亲孙达成，留作孙中山继续求学的学费。
1885年8月，19岁的孙中山回到香港中央书院复学。
两个月前，中法两国在天津签订了《中法会定安南条约》（即中法新约），标志着持续两年的中法战争结束，越南从此完全沦为法国的殖民地。此前，清朝70岁老将冯子材镇守广西边境、赢得镇南关大捷；而法军溃败，并导致内阁倒台，但清朝仍然主动议和，这让孙中山痛心不已，开始坚定了他倾覆清廷、创建民国的决心。如果说早期的孙中山只有朦胧的反清意识，中法之战则让他的革命目标更加清晰而明确。
孙中山曾想学习军事或法律，作为从事改造中国所凭借的一种职业，但愿望未能实现。他最后决定学医。经由在檀香山结识的牧师喜嘉理介绍，1886年秋，20岁的孙中山进入广州博济医院的附设医科学校，即南华医学堂学医。这所医院创办于1835年，是亚洲最早的西医院，1855年开始招生习医。
“先生年少聪明过人，记忆力极强，无事不言不笑，有事则议论滔滔。九流三教，皆可共语；竹床瓦枕，安然就寝；珍馐藜藿，甘之如饴。”这是那时候的孙中山留给同学的印象，看得出，在很多方面，他已显出卓然超群的特质。
孙中山的宿舍里放了一套自己买的《二十四史》全集，有同学嘲笑他，这套书只是供摆设而已，孙中山起初也并未申辩什么。直到有一天，同学何允文随意拿出一本书问其某一内容，孙中山对答如流，连试数册，均如此，同学们大为叹服。
当时，学校的妇科只许外国男学生临床实习，而中国男学生被拒绝在外。孙中山径直找到校长嘉约翰建言：“学生毕业后行医救人，遇有产科病症也要诊治。为了使学生获得医学技术，将来能对病者负责，应当改变这种不合理的规定。”
这项建议很快被校方采纳。原来学校是男女合班上课，但男女生分开坐，中间挂着幔帐相隔，也是在孙中山的建议下，学校撤除了这道幔帐。
“反清四大寇”
这段时间，孙中山结认了两个志同道合的朋友，其中一位叫郑士良。郑士良少有大志，习武术，曾在德国教会办的礼贤学校就读，也信奉基督教，毕业后进入博济医院学习，他是接受孙中山救国思想宣传的第一个人。孙中山对他评价颇高，称其“为人豪侠尚义，广交游，所结纳皆江湖之士，同学中无有类之者”。
尤列是孙中山在这个时期结交的另一个革命知己。尤列是广东顺德人，幼年受业于同乡名儒陆南朗。陆南朗是一个民族意识很强的人，每次谈及宋、明亡国痛史时，总是热泪盈眶，悲伤不已。尤列游历过许多地方，对清政府的昏庸腐败痛恨不已，反清意志更加坚定。尤列到博济医院访友时结识孙中山，两人一见如故，尤列日后成为孙中山领导革命的重要帮助者之一。
1887年9月，孙中山转入香港西医书院（The College of Medicine for Chinese； Hong Kong）。香港西医书院是曾留学英国的何启博士为纪念亡妻而创办，学院移植英国医科大学五年学制，第二任教务长康德黎博士很器重孙中山，后来孙中山在伦敦蒙难时，也正是得到这位康德黎博士的全力救助，这是后话之一；西医书院有四个名誉赞助人，其中一位是李鸿章，李鸿章当年还曾在信中称赞这个学校：“将使知识由黑暗转为光明。”这也是孙中山后来上书李鸿章的原因，此为后话之二。
1888年3月24日，孙达成病逝，孙眉已于数月前父亲病重时，回老家侍奉。至此，兄弟两人言归于好。孙眉对弟弟依然爱护备至，凡其所需学费，都毫不犹豫地供给，使孙中山全神贯注于学业而无后顾之忧。
孙中山先后接受中西教育达20年之久，尤其他在青少年时代所受的西式教育，对他的一生都产生极为深远的影响，而孙中山无论在檀香山、香港及广州漫长而艰辛的求学历程中，一切费用开支，几乎都是长兄孙眉负担。从这一点讲，孙眉，这位站在孙中山身后的人，功莫大焉。后来的事实证明，多年来，长兄孙眉一直是孙中山最坚定的支持力量。孙眉先后共拿出了70万美元支援革命，最终几乎倾家荡产，而辛亥革命后不到两年，他就去世了。
在香港学医期间，因政治环境比广州宽松，孙中山与陈少白、尤列、杨鹤龄等大谈反清言论，被人称为“四大寇”。但当时他们所从事的还只是“谈论”革命，而并没有实际地从事革命。
西医书院五年半的读书生活是孙中山生活较为稳定的时期。当时是达尔文去世五年后，进化论在欧洲产生了广泛的影响。这些崭新的思想无疑也使远在另一个世界的孙中山深受影响，他经常读《进化论》或《法国革命史》至深夜。1892年7月23日，孙中山在香港西医书院毕业。西医书院成绩簿显示，从创办到1913年并入香港大学停止招生为止，在统考的12门科目中，获得10门以上荣誉成绩的只有两位，孙中山即是其中之一，而综合成绩最优异的只有孙中山一人。
少年时期在夏威夷的经历，让孙中山萌发了一个最朴素的想法：让自己民族的同胞也过着和平、安乐的生活，而在香港的5年读书生涯，则使他对一些问题有了进一步的思想。但客观而言，那个时期的孙中山，对于目前中国的忧虑以及未来中国的前途，都只是朦胧甚至肤浅的想法。他仅仅主张推翻清政府，但诸如用什么方式推翻，以及要建立什么样的汉族政权等，尚未形成清晰的想法，而只是具有反满思想，期望恢复汉族政权。
“可知我之革命思想，完全得之香港也。”孙中山这样概括，这也是他在大学毕业之后，决定抛弃其“医人”生涯而从事“医国”事业的根本原因。
行医澳穗
孙中山在香港西医学院毕业后，教务长康德黎原本推荐自己喜欢的这位得意门生，到李鸿章1881年在天津开办的西医学院任教，但因两广总督府办事手续烦琐而作罢。孙中山当时对未来职业的一个想法是开药房，但康德黎听说后，特地把孙中山找去，很诚恳地劝说：
你不应该做这种事情，不能用你的名字去开药房，因为你是我们学校第一届毕业、又是最优秀的学生。在英国，医生的地位很高，按照英国的习惯，药房如同做买卖，是有失体面的。
受到恩师劝阻，孙中山只好改变初衷。1892年9月，应澳门镜湖中医院约请，孙中山去那里挂牌行医。镜湖医院是华侨办的中医医院，孙中山建议他们兼用西医，引进先进技术，实行中西医结合，这个意见被院方采纳，这也是我国创建中西医结合的开始。
从世俗的角度看，此时的孙中山过着充裕而自得其乐的小家庭生活。妻子卢慕贞，这时也带着1岁多的孙科从香山迁来澳门一起生活。为了开展医药事业，孙中山两次向镜湖中医院借了3168两白银，12月18日，孙中山在澳门大街仁慈堂附近开设中西药局，自己单独行医。
孙中山医术精明，尤其擅长外科和治疗肺病，服务态度认真，待人亲切。那时慕名前来求诊的病人非常多，遇上大的手术，康德黎老师还亲自从香港来澳门指导。有一次，孙中山为一位病人切除了一个鸡蛋大的结石，这在当时已是难度很大的手术了。
但孙中山在澳门的行医遇到了阻力。1893年春，在托葡籍友人向澳门当局申领行医牌照而被拒绝后，孙中山被迫移居广州，开设了东西药局。孙中山的名声在广州又很快传开，来求医的人很多，甚至还有人称他为“活菩萨”。
“很奇怪，不满两三个月，声名鹊起，几乎没有一个人不耳闻其名，极端钦佩的。”陈少白回忆那时的孙中山，而孙中山本人在日后也提及“我此前卖药行医每年所得亦不止万余元”。但孙中山并不仅仅志在做一个“好医生”。在澳门的中西医局，就是一个时常有人来聚谈时政的场所。到了广东之后，借着医生职务，“出入衙署，一无阻