生的任何一部著作中，没有哪一段是同基督教相悖的；恰恰相反，从各方面来看都是赞同它的”。民主共和党人进一步反击说，杰斐逊之所以受到攻击是“因为他不是个狂热信徒，也不愿意看到教友会教徒、浸礼会教徒、卫理公会教徒或任何其他的基督教徒支付其他教派牧师的钱；因为他认为不应禁止天主教徒去相信圣餐面包和酒变成耶稣的肉和血，也不应不让犹太教徒去相信亚伯拉罕、上帝、以撒和雅各。”对杰斐逊最有利的辩护是他一贯明确反对教堂由各州政府供养和他一贯维护宗教自由。
两个党派相互攻击之际，联邦党内部分裂加剧。汉密尔顿公开反对亚当斯。长期以来，汉密尔顿不仅反对亚当斯与法国和解的努力，还怨恨亚当斯拒绝遵从他这个联邦党党魁的意志。四项摧残人权的法令颁布后，他对亚当斯憎恨日盛，最终认定：亚当斯甚至比杰斐逊还坏。“如果我们不得不由一个敌人来出任政府首脑，”他痛苦地说，“那么这个人最好是我们能够反对的，我们不必对他负责的，他的愚蠢低劣的政策也不能使我们党陷入不光彩的境地。”他还写了一封信给南卡罗来纳的联邦党人，希望他们选举查尔斯•；C•；平克尼。平克尼是亚当斯1796年竞选伙伴的兄长，1799年出使法国，在XYZ事件中法国代理人企图索贿时，因大声喊出“一分钱也不给”声名大噪的。在信中，汉密尔顿肆无忌惮地攻击亚当斯是“渺小的、卑劣的、自私的、乖僻的、偏执的、嫉妒他人的和脾气暴躁的”。他还说，亚当斯“并不具备管理国家的才干，其个人品质有巨大的和天生的缺陷。他不胜任总统这一职务”。民主共和党人艾伦•；伯尔得到这封信的一个副本，立即交付印刷并四处散发。很快地，各地民主共和党人便兴高采烈地宣传这封名为《约翰•；亚当斯先生的政治表现及个人品格》的信。这件事不仅诋毁了亚当斯，也让汉密尔顿狼狈不已。亚当斯后来回击了汉密尔顿的观点，他反驳说，汉密尔顿才是“阴谋家，世界上的大阴谋家——是没有任何道德原则的人——是一个狗杂种”。汉密尔顿和亚当斯关系的恶化和公开化导致了联邦党内的进一步冲突和日后的分裂，却使民主共和党人和杰斐逊从中渔利。
当然，1800年大选也涉及到了一些严肃问题。联邦党警告说，杰斐逊的胜利将意味着汉密尔顿建立的金融体制解体、经济毁灭、逆来顺受地听任法国对美国的商业掠夺。民主共和党人斥责联邦党对法国的挑衅性政策，说他们鼓吹战争，镇压国内不同政见者。但是，这些问题的争论声被互相咒骂的海洋淹没，以致轻微得让人充耳不闻。可以说，这场合众国缔造者们所积极参与并发挥了突出作用的最后一次总统选举在某种程度上是最坏的一次咒骂性总统竞选，它所建立的模式为后来的总统选举所遵循。亚当斯把这次竞选称为“麻辣刺激的黑酱油”。亚当斯夫人则哀叹：1800年造出的“辱骂和诽谤太多了，足以毁坏和污染世界上最好的人的心灵和道德”。
在大造舆论和利用舆论力量的同时，民主共和党人还特别注意党的组织建设。他们按照地方政府的区划形式，分别在南、北方各地区组建县委员会和市镇委员会，并通过这些委员会对选民进行舆论导向，他们还在竞选运动中运用了许多新的技巧。如在弗吉尼亚，民主共和党控制的议会改变了选举法，将按地区选举总统的选举人制改为全州总的一张总统候选人名单，因为四年前，杰斐逊在他这个家乡州曾丢掉过一个地区的票。而根据总统候选人总名单制，他将能够获得这个全国最大州的全部选票。联邦党人抗议民主共和党人的做法，但在别处，只要对联邦党有利，他们也采用同样的策略。在亚当斯的家乡马萨诸塞州，联邦党控制的议会将由各地区民选选举人的方法改为由州议会选举。
这样一来，1800年在16个州中由民众选举总统投票人的只有5个州。时人作了如下评述：“两个候选人竞争联邦主要首脑的力量较量有待揭晓，但这不是由民众推出的选举人来选举，而是由个别立法机关的状况和性质来决定。”
种种迹象表明，民主共和党胜利有望。5月，他们取得了对纽约州立法机关的控制。纽约是有12张选举人票的关键州，1796年大选中曾支持亚当斯。在纽约市的竞选活动中，杰斐逊的竞选伙伴伯尔巧妙地提出了一张民主共和党候选人名单的建议，将一些著名的民主共和党人列为州众议院的候选人。伯尔的这一战略取得成功。此外，被亚当斯的四项法令推到一边的法国移民和爱尔兰移民一改往日分裂和对政治漠不关心的态度，一致站到了民主共和党的一边，这在纽约市的选举中也起了举足轻重的作用。纽约市的胜利使州议会中的砝码倾向了民主共和党一边；新选出的众议院可望挑选出的总统选举人都保证投杰斐逊的票。绝望的汉密尔顿给已辞去联邦法院首席法官、于1795年出任纽约州州长一职的约翰•；杰伊写信，敦促他召集旧的联邦党控制的立法机关重新开会，通过一项法律，把总统选举人的决定权从州立法机关转到各区，由人民选举产生。他坦率地告诉杰伊：“我们生活的这个时代，过分审慎，将一事无成”，重要的是“要防止一个宗教上的无神论者、政治上的狂热分子掌管国家的权力”。杰伊拒绝参与这一计谋：“我想我不会采纳服务于党派目标的措施。”
纽约州的成功提升了艾伦•；伯尔在民主共和党内的地位。民主共和党国会议员召开秘密会议，提名伯尔为副总统候选人。此前，杰斐逊已经被确定为总统候选人，所以这次会议没有再次提名他。
纽约州的选举也影响了联邦党人。选举结果传到费城，他们也马上召开秘密会议，推荐约翰•；亚当斯和查尔斯•；C•；平克尼不分正副同为联邦党总统候选人。选举人投票在当时是不分投总统和副总统的票的，所以采取这一着为的是要给联邦党以双重机会、更大概率来赢得总统之席位。考虑到有些州的选举人可能有投杰斐逊的，也有投一名联邦党人的，希望在于此。其实，秘密会议的决定还掩盖了深一层的计谋——让平克尼在选举中盖过亚当斯，而汉密尔顿是这一计谋的主要炮制者。联邦党内部的不和无疑潜伏着危机。
竞选进行得相当激烈。到11月底，当杰斐逊对已知结果进行分析时，仍有3州的情况不明，它们是：宾夕法尼亚、罗得岛和南卡罗来纳。在宾夕法尼亚，民主共和党人的众议院和联邦党的参议院在用何种方式方法挑选总统选举人的问题上仍然僵持不下。几天后，杰斐逊得知联邦党在罗得岛获胜，精确统计后的选票是亚当斯得58票，杰斐逊得57票。如果宾夕法尼亚不投票，南卡罗来纳的8张选票将决定大选结果。南卡罗来纳是南方支持联邦党最卖力的一州，查尔斯•；C•；平克尼一直在那里积极推动，所以联邦党人对大选最后结果比杰斐逊更有理由乐观。
11月底，南卡罗来纳州议会在哥伦比亚开会，12月2日选出该州的总统投票人，这其间的详情将永远不为人知。然而，有充分迹象表明，负责为民主共和党出力的查尔斯•；平克尼起了关键的作用。查尔斯•；平克尼是联邦党总统候选人的堂兄弟，是来自南卡罗来纳的国会参议员，他用计谋挫败联邦党人，使民主共和党获胜。查尔斯•；平克尼随即写信给杰斐逊，让他先别忙任命南卡罗来纳的官员，自己得先跟他谈谈。这强烈暗示着他对官员任命做了一些许诺，而这些许诺对共和党的胜利起了至关重要的作用。
南卡罗来纳的投票结果揭晓：8个投票人全都投了杰斐逊和伯尔的票。与此同时，宾夕法尼亚议会两院也达成妥协：杰斐逊获得8票，亚当斯获得7票。
从所有各州的投票来看，联邦党获全胜的有新英格兰、新泽西和特拉华；民主共和党获全胜的是纽约、弗吉尼亚、南卡罗来纳、佐治亚、肯塔基和田纳西，两党分得的是宾夕法尼亚、马里兰和北卡罗来纳。
结果逐渐明朗。12月3日，选举人在各自的州进行了投票，当选票逐渐汇总到国会后，民主共和党占上风已是很清楚了。“一切都完了，”《巴尔的摩美国人报》哀叹道。宾夕法尼亚的《阿德勒学人报》则欢呼：“美国人满意！”聚会，娱乐日，盛宴遍布全国。民主共和党宣布：“恐怖的君主统治过去了——共和制的千年盛世的曙光已经在望——寡头统治的乌云像早上的雾一样消散了。”
事实证明，民主共和党人的庆祝过早了些。大选并未就此圆满地结束。
托马斯·杰斐逊：一波三折主白宫柳暗花明“无票”取胜
12月底，各州的选举结果陆续出来：杰斐逊得73票，伯尔73票，亚当斯65票，平克尼64票，杰伊1票。杰斐逊终于击败了老对手亚当斯，但他没有获得大选的胜利。智者千虑，必有一失。民主共和党人把副总统的选票都投给了伯尔，结果造成了杰斐逊和伯尔票数相等的尴尬局面——根据1789年宪法；“如果1人以上得票过半数，而且票数相等，众议院应立即投票决选其中1人为总统。”这样，最终结果只能由联邦党控制的国会众议院来决定。这正是联邦党人所希望的，因为对于许多联邦党人来说，只要不是杰斐逊，谁当选都可以，包括艾伦•；伯尔，尽管伯尔一向令人难以捉摸。此时他更是态度暧昧，不但不公开宣布放弃争取总统的职位，反而有迹象表明他在暗中活动想自任总统，而把副总统的职位留给杰斐逊。
伯尔的表现使联邦党人受到了鼓舞。他们为了使杰斐逊不能顺利登上总统宝座，决定投票支持伯尔。一些极端的联邦党人甚至认为他们有力量阻止众议院确定人选，从而将国会中的僵局拖延到3月4日总统就职日之后，造成一种既定事实。到那时候，要么另外举行大选，要么以参议院临时议长为亚当斯的继任者，或者通过一个法案，让联邦最高法院首席法官担任临时总统。民主共和党人洞穿了这些计谋。针对各种可能出现的情况，他们一一策划详尽的应对措施。杰斐逊甚至考虑，一旦发生上述情况，就以副总统和合法的参议院议长的身份取消任何不合章程的产生新总统的动议。年轻的共和国在把国家行政权从一个政党转到另一个政党手中的第一次考验中面临着一场重大的宪政危机。
2月9日，众议院达成协议，将于2月11日（星期三）召开会议，投票选举总统；若发生选票相等的情况，将继续开会直到选出总统为止。民主共和党人已做好准备，如有必要，最后的三周吃喝住都在国会大厦内也一定要决出结果。
2月11日，16个州的代表云集首都华盛顿选举总统。根据宪法，众议院“决选总统时应以州为单位计票，每州代表有1票表决权；……并以获得全国过半数州的票数当选”。这样，杰斐逊或伯尔只要得票超过8票即为总统，反之，则为副总统。
午后1时，投票开始。第一次投票结果，8个州投票给杰斐逊，6个州投票给伯尔，另外两个州（马里兰和佛蒙特）因意见不一致，未投有效票，杰斐逊和伯尔均未获得超过半数票！一小时后，重新进行投票，结果依然如故。就这样，投票每小时进行一次，直到午夜投了19次的票，每次的结果都一样。疲惫不堪的议员们只得裹着大衣式斗蓬，利用投票的间歇在会场上打个盹。马里兰州的民主共和党人约瑟夫•；尼科尔森正在生病，而他的选票极为重要，于是有人在隔壁的会议室为他搭了一张床，由他填写后交他人代投。
至次日早上8点，已举行了27次投票，结果依旧不变。议员们只好商定暂时休会，到中午再继续投票。
一连三天，共计35次投票，结果仍然是杰斐逊8票，伯尔6票，另外两个州意见分歧而投了空白票。那时已是星期六下午3点，议员们不得不休会，到下星期一中午继续投票。
事态的发展陷入如此之僵局，联邦党人只好做了让步，允诺只要杰斐逊答应他们的条件，如不会将原来任职的联邦党人革职，不削减海军，不清偿公共债务等，他们就可以向众议院施压，投他的票。亚当斯也表示，如果杰斐逊能赞成这些条件，就可以让他当选。杰斐逊果断地拒绝了，他说：“我不会以投降为条件接受政府，我不会被捆住手脚去就职。”
双方正僵持不下时，形势发生了微妙的变化。首先是拥护杰斐逊的中部诸州公然宣称，假如众议院投票选举伯尔为总统，他们就脱离联邦；接着杰斐逊的老对手汉密尔顿开始倾向支持杰斐逊。后者在某种程度上说意义更为重大。汉密尔顿并未改变对杰斐逊的看法，但至少尊重他的人格。汉密尔顿对伯尔则深恶痛绝，把他看作古罗马政客与谋叛者加蒂兰，是一个绝对不讲公共和个人道义的小人，他的上台将意味着使“所有党派的恶棍统治所有党派的好人”。在事关国家前途的关键时刻，汉密尔顿毅然以大局为重，选择了自己的政治宿敌——杰斐逊。他开始不断地劝说联邦党同仁，要识破伯尔的阴谋和野心，决不能让这样的人执掌国家大权。
2月17日，众议院会议又开始了。这已是第36次投票。由于汉密尔顿的努力，选举出现了戏剧性的变化：一个佛蒙特议员和4个马里兰议员宣布弃权，从而使杰斐逊获得这两个原先投空白票的州的选票；而先前支持伯尔的特拉华和南卡罗来纳则投了空白票。就这样，杰斐逊以10票遥遥领先了伯尔的4票。
消息传出国会，兴高采烈的民众鸣钟，放枪，到处是为“杰斐逊——民主主义的巨人”而举酒干杯的欢庆场面。联邦党的《美国报》怒气冲冲地报导：自杰斐逊当选后，威士忌和杜松子酒价格不断上涨；并满怀忌妒地描述道：“钟鸣了，枪响了