对自由的热爱……而且具有渊博的政治知识”。此外，杰斐逊的支持者还针对某些指控为他进行了辩护，如任弗吉尼亚州长管理不善，反对宪法等。
联邦党人则针锋相对，不遗余力地对杰斐逊进行攻击。早在大选开始后不久，就有一名众议员向选民散发了一封公开信，称杰斐逊“学问不少，然而主要是在科学方面，而对一个政治家来说，这没多大用处，因为政治家要做的是判断行为而不是著书”。此议员表示他很愿意承认杰斐逊“很有文学天才”，甚至赞赏他在撰写外交文件方面有纯熟的技巧。“但是从他的公职表现来看，我认为他是个软弱、动摇、优柔寡断的人，应该采取行动时却思虑重重，而确想去干时，又常常不沉着，没有判断力或坚持不下去……总是在执行一套空想的理论，往往又是自相矛盾：像大多数文人一样，很爱听恭维话。”他还认为杰斐逊“适于当学院的教授、科学研究会的主席，甚至可以当国务卿，但绝不能当一个伟大国家的第一把手”。
……
就这样，两党都夸大其辞地丑化对方候选人：亚当斯成了渴望在美国实行君主政体和不相信人民的暴君，他不仅是“信誓旦旦的君主的朋友”，还阴谋使儿子们“成为这个国家的诸侯和贵族”。杰斐逊被冠以如下头衔：无神论者、无政府主义者、煽动者、懦夫、江湖骗子和法国狂。他的追随者也不能幸免，被描绘成“穿着破衣烂衫，睡在污秽和虱虫堆中的凶手”。
10月底，民主共和党陷于窘境。事情因法国驻美公使皮埃尔•；阿德而起。在宾夕法尼亚投票前一周，阿德向美国政府递交照会，公开斥责联邦政府的对外政策。两周后，他甚至宣布中断自己驻美公使的职务“以示不满”。阿德本想制造一种同法国对抗的气氛来影响大选，而使一向同情法国的杰斐逊处于有利地位，以为这样一来杰斐逊就会被认为是和平解决的最有希望的候选人，从而提升其在选民中的地位。但事与愿违，阿德帮了个倒忙。联邦党人义愤填膺地称阿德的行径是“对一个独立国家尊严的令人不能容忍的侵害”，并指出这证明了杰斐逊是外国势力的工具。民主共和党人则连忙表示对阿德的做法不承担任何责任，并不得不进行自我辩护。但是，阿德事件产生的不良后果已无法消除了，特别是在人们还对华盛顿在告别演说中要大家警惕“外国势力阴谋奸诈的诡计”的告诫记忆犹新时。
如同1788年和1792年，1796年总统大选也是先在各州选出选举人，再由选举人投票选举正副总统。但由于宪法没有规定总统选举人如何推选，因而各州自行决定投票方式。当时的16个州中，有6个州采取或由区选举或在一张总选票上进行民众选举的方法，7个州由立法机关来投票，还有3个州采用混合的方法。
由于各州的投票时间不尽相同，杰斐逊只能在蒙蒂塞洛等着缓缓而来的报告。12月中旬，选举已近尾声，他写信给麦迪逊说：“在上帝面前起誓，如果能够获胜，我将从心底里感到高兴。”“我现在最想知道的是，我的名字是第二还是第三。”他说若是第三，就可以整年呆在家中；若是第二，则可在家中呆上2/3的时间。假如选举人团投票出现平局，他将授权麦迪逊代表他动员大家投亚当斯的票。他说：“我开始步入公职生活时，亚当斯就一直是我的前辈；我们在表达公众意志方面是同等的，所以在这种情况下，应让他优先。”
选举统计结果终于出来了，参加这年选举的13位候选人中：亚当斯得71票，杰斐逊68票。另外，联邦党推出的副总统人选托马斯•；平尼克获59票，民主共和党持不同政见者艾伦•；伯尔获30票。亚当斯在新英格兰、纽约、新泽西和特拉华获全票，在马里兰10个区的7个区里获胜。杰斐逊在宾夕法尼亚的15张选票中得14票，在弗吉尼亚的21票中得20票，在北卡罗来纳的12票中得11票，并且在南卡罗来纳、佐治亚、肯塔基和田纳西诸州获全胜。61岁的亚当斯以领先三票的优势赢得了这场角逐，失望的民主共和党人因此嘲笑他是“三票总统”。
当时，由于宪法没有规定分别投票选举总统和副总统，而是规定得票次多的候选人任副职，因此亚当斯当选为总统，杰斐逊当选为副总统。1796年大选产生的总统和副总统分别来自不同的政党，这也是日后美国总统选举史上所没有的一个独特的现象。
许多人怀疑杰斐逊是否会接受副职。事实上，杰斐逊对位居“第二”，可以有2/3的时间呆在家中是相当满意的，他只是对投票结果如此接近感到意外，用他的话来说，“68票和71票之间的差别是微不足道的”。他对那位革命时代的马萨诸塞州同事一直未失去信任，何况，他认为共和国的威胁并不是来自亚当斯。他欣然接受副职，并说：“第二职位是光荣而轻松的，而第一个位子是光辉而痛苦的。”
果然，亚当斯没过多久也认识到了这一点。
托马斯·杰斐逊：一波三折主白宫再度较量一波三折（1）
1797年3月4日，亚当斯的就职仪式在友好的气氛中举行，联邦党总统和民主共和党副总统之间未显出任何党派分歧。相反，联邦党内很快出现了对立。
事情是由“XYZ事件”引起的。《杰伊条约》签定后，美法关系恶化，法国政府认为该条约是美英联盟，它实质上违反了美法之间的友好通商条约，于是便采取报复手段掠夺、扣留美国船只，给美国海上交通和商务造成巨大损失。在这种情况下，亚当斯政府派遣三位使节前往法国谈判，但是法国外交部长避而不见，而是派了三个代理人与之周旋。他们傲慢地提出，只有在美国政府贷款给法国1200万美元，并送给外交部长本人25万美元后，三位使节才能得到部长的接见。后来，亚当斯在给国会的咨文中将这三个代理人分别称为X、Y、Z，该外交事件因而被称为“XYZ事件”。“XYZ事件”在美国披露后，反法浪潮席卷全国，美法之间出现了“准战争”的状态。即使这样，亚当斯还是在1799年派了一个和平团去法国，以避免合众国与法国开战的愚蠢行动。但是在战争会深得民心的情况下，和平谈判被看作是懦弱和优柔寡断的表现，更何况时任陆军总司令华盛顿第一助手的汉密尔顿气势凌人，执意要对法国开战。两人的裂痕越来越大，汉密尔顿和他的支持者认为总统不可救药。
一波未平，一波又起。1798年，亚当斯借口战争危险，一连颁布四项法令：《归化法》《客籍法》《敌对外侨法》和《惩治煽动叛乱法》，以打击持不同政见者及其反政府的宣传，遏制民主共和党的进一步发展。前3项法令主要是针对法国和爱尔兰移民，他们都是民主共和党的支持者。而《惩治煽动叛乱法》则限制言论自由，根据该法令，总统可以下令逮捕任何以言论或文字“轻蔑或诋毁”联邦政府、国会或总统者。4项法令都粗暴地侵犯了个人权利。法令颁布后，很快就有24名民主共和党人被捕，而审判他们的法官都是联邦党人。法令的颁布在年轻的共和国掀起了进一步反对亚当斯的浪潮，广大农民、手工业者、工人、外国侨民、一部分资产阶级和种植园主纷纷团结在民主共和党的周围，而联邦党的名声从此一落千丈。
面对亚当斯政府的种种不受民众欢迎的举措，眼看着共和政体的承诺日益被抛弃，杰斐逊再也不能袖手旁观了。他和麦迪逊分别起草了《肯塔基决议案》和《弗吉尼亚决议案》，宣布亚当斯总颁布的《归化法》等四项法令违宪，呼吁“各姐妹州”联合起来予以废除。杰斐逊更清醒地意识到，联邦党人把持政府和国会的局面再也不能维持下去，而即将到来的大选将是改变这种局面的最佳时机。他决心挑起民主共和党领袖的重担，开始积极地为迎接1800年大选做准备。
1799年初，一封来自费城的信交到了弗吉尼亚麦迪逊的手中，揭开了民主共和党人竞选活动的序幕。信中说，即将到来的夏日是“有计划地大干一场和做出奉献的季节。发动机就是报纸，人人都必须以他的钱袋和笔杆做出贡献”，在大选中“要付出巨大精力和牺牲”，这是杰斐逊写来的。身为副总统的杰斐逊不便直接出面，他也不想打破前两任总统候选人不公开参加竞选活动的先例，但他深知舆论力量的重要性，于是敦促麦迪逊和其他共和党人为报纸写文章。杰斐逊还参与指导和散发了有利于民主共和党的政治小册子。杰斐逊的行为表明，他对1800年大选的态度同1796年已大不一样。他的积极参与更是过去任何一个总统候选人所没有的。
民主共和党在1800年时对各主要问题都立场鲜明，这主要归功于杰斐逊。他在给全国各地的朋友及党的领导人写信时，都要将自己的政治原则讲得一清二楚，并且阐明他所认为的民主共和党主张应当是什么。他给马萨诸塞州的埃尔布里奇•；格里的信中，概述了他对新政府的基本设想：维护联邦宪法；反对以任何形式向君主制过渡，不论是先“过渡到总统和参议院的终身制”，还是实行“这些职务的世袭制”；反对把一切权力集中在联邦政府，尤其是行政部门，主张各州保留它们没有让与联邦的各种权力；建立“一个精简节约的政府，将从公共收入中尽可能节约下来的钱全部用于清偿国债”；不赞成在和平时期建立一支常备军和海军；出版和信仰自由；“与所有国家通商，但不与任何国家发生政治联系”。这位总统候选人希望他的主张不仅为收信人知晓，而且要广为传播。事实表明收信人确实做到了这一点。整个竞选期间，杰斐逊所强调的那些原则和问题一再在民主共和党的报纸、传单以及各种公共场合和交通工具上出现。杰斐逊的主张事实上已发展成为民主共和党的纲领。
杰斐逊将反对的矛头指向联邦党政府的原则和政策而不是针对亚当斯总统本人，这种做法被广为效仿，但并非所有的民主共和党人都同意这样做。有的民主共和党人开始对亚当斯进行人身攻击，说他是“蠢才、伪君子、罪犯、暴君”；说他的总统任期是“无休止的邪恶风暴泛滥猖獗之时”。他们散播说，亚当斯打算让他的一个儿子同乔治三世的一个女儿结婚，创立一个美国王朝，使美英再度联合。他们还给这个传说杜撰了一段故事：华盛顿听说了亚当斯的打算，立即穿一身制服去见他，恳求他不要同英王联姻，但亚当斯拒绝了。第二次，华盛顿着一身黑装来见他，又被拒绝。最后，华盛顿身着军装第三次造访，并持刀威胁要刺死他，亚当斯这才同意放弃他的计划。此外，民主共和党还意犹未尽地制造了一个有关亚当斯放荡的传说：亚当斯派平克尼将军——他的竞选伙伴，乘卫舰去英格兰，挑选了四个漂亮姑娘带回国内，两个留给平克尼，两个献给总统。亚当斯闻听暗自好笑，他说：“假如这是真的，我以我的名誉声明，平克尼将军不仅保留了他的那两个，他还将骗取我的那两个。”
联邦党人也不甘示弱，他们的中伤与诽谤较之民主共和党人的传说和故事有过之而无不及。他们指控杰斐逊哄骗他的英国债权人，以欺诈手段得到资金，抢走一个寡妇价值一万镑的地产。他们攻击杰斐逊在革命期间，身为弗吉尼亚州长，却胆小怯懦，致使州议会在英军进攻时遭到破坏。一个联邦党人写道：杰斐逊是“一个卑鄙下流的家伙，弗吉尼亚印第安女人与黑人混血男人的杂种，完全靠粗劣的南方玉米饼、咸猪肉和玉米粥，偶尔吃点熏肉长大的”。马萨诸塞州的费希尔•；埃姆斯劝说联邦党人要在报纸上不断地“敲响提防杰斐逊的警钟”，旨在“证明一个雅各宾式总统会做出令人担忧的各种可怕的坏事”。他列出的后果有：同大不列颠交战、同法国结盟、掠夺和无政府状态。“我们担心杰斐逊干的事可多着呢，”他最后这样总结说。反对杰斐逊的人说他是对政府稳定的威胁，是个破坏民众道德的人。“一个基督教徒的联邦党人”大声疾呼：“严肃负责和善于思考的人们，如果杰斐逊当总统，雅各宾取得权力，我们能在凶杀者的屠刀下保护我们的生活吗？能在诱奸和暴力下保护我们妻子和女儿的贞洁吗？能保卫我们的财产不受蔑视和玷污，不被粗暴对待吗？”《康涅狄格报》骇人听闻地警告：“假如杰斐逊做了总统，凶杀、抢劫、强奸、通奸和乱伦将会在光天化日之下泛滥，明媚的阳光下将会充斥着不幸者的呼唤，大地将浸泡在血泊之中，整个国家将会是一片黑暗。”
杰斐逊的信仰也再度成为主要的攻击目标。跟其他指责相比，宗教指责使民主共和党人更为不安。纽约的一个牧师在他发表的《本次大选中对基督教徒的告诫》一文中告诫信徒们：杰斐逊是一个异教徒，“他写了许多反对上帝的真理的话，他甚至没做过信奉基督的誓言；他没有礼拜日，没有教堂，也没有对基督徒的信仰和礼拜仪式哪怕是表面的尊重和关心。〃纽约的另一个牧师从杰斐逊的《弗吉尼亚札记》中断章取义地攻击副总统“公开信奉自然神论”。他还警告说：“全国要求由一个自然神论者就任第一把手的呼声必须被看作不啻是对上帝的背叛。”联邦党的《合众国报》提出了一个“每一个美国人都要把手放在心口上来回答的”有关这次大选的关键问题：“我是继续忠于上帝——和一位虔诚的总统；还是不虔诚地表态支持杰斐逊——和不要上帝！”
托马斯·杰斐逊：一波三折主白宫再度较量一波三折（2）
杰斐逊的辩护人针锋相对地引用他的《弗吉尼亚札记》来进行反击。有人在引述了杰斐逊相关论述后说，这表明：“无论在《弗吉尼亚札记》还是杰斐逊先生的任何一部著作中，没有哪一段是同基督教相悖的；恰恰相反，从各方面来看都是赞同它的”。民主共和党人进