孝庄清醒地观察着事态的发展，很快她发现御前大臣罗什、博尔惠在调整旗份时竟让多尔博继续统领两白旗，把多尔衮在世时从豪格手中剥夺的正蓝旗分给多铎之子多尼。
而按照多尔衮幽禁豪格时的承诺，豪格的正蓝旗在顺治亲政后即归还皇帝。
至于多尔衮领有两白旗是在多铎去世后形成的，多尔衮因多铎之子多尼年幼而代管镶白旗，在多尼长大成人后理应把镶白旗还给他，而不是把本应该归顺治的正蓝旗拨给多尼。
至于转投到睿王麾下的巩阿岱、锡翰甚至一再要求亲了政的顺治“破格宠顾多尔博”。
多尔衮的阴魂不散，他所经营的党羽继续结党营私……
孝庄皇太后敏锐地觉察到：清除、分化多尔衮集团必须尽快解决。
顺治八年二月初五（１６５１年２月２４日），两黄旗大臣告发罗什、博尔惠等结党营私“动摇国是”，于是罗什、博尔惠被处死，吴拜、苏拜等革职为民，有着皇族血缘的额克亲被革去宗室身份废为庶人。
经此处置，多尔衮集团已经溃不成军。
清太宗皇太极庄妃博尔吉济特氏母子失和
孝庄凭借对突变的政治风云的把握，把儿子福临推上皇帝的宝座；又凭借胸中的韬略在随时都可能出现的逼宫危机中度过了最艰难的七年；而当多尔衮去世后她则以四两拨千斤的策略，为１４岁的顺治赢得了亲政。
但对孝庄来说，顺治亲政后的日子过得并不轻松。
日理万机对于孝庄是游刃有余，得心应手，而对于刚刚接手的顺治就是非常棘手的一个又一个的难题。
且不说在多尔衮为了能长期大权独揽，在摄政时期根本就不曾让顺治受过从政的训练，就连读书识字的机会也不让小皇帝得到。
尽管朝廷官员特别是汉族官员为此一再吁请，多尔衮就是置之不理。
虽然孝庄意识到问题的严重，但她很清楚多尔衮对此相当敏感，对小皇帝进行系统的文化教育就意味着为幼主日后亲政做准备，而多尔衮则希望把摄政无限期地延长下去。
因而目不识丁的顺治在亲政之初，“阅诸臣奏章，茫然不解”，用他自己的话说就是“朕极不幸，五岁时先太宗（皇太极的庙号）早已晏驾，皇太后生朕一身，又极娇养，无人教训，坐此失学”。
“由是发愤读书”，早起晚睡，“每辰牌至午理军国大事外，即读至晚……
逮五更起读，天宇空明”便开始背诵，以至累得“呕血”。
经过几年时间的苦读，顺治不仅掌握了汉语、写得一手漂亮的墨宝，而且还系统学习了《左传》、《史记》、《庄子》、《离骚》、两汉古文、唐宋八大家的文集以及元明以来的名著；就连明清之际金圣叹批点的《水浒》、《西厢》也在万机之余予以浏览。
对于顺治在上朝之后的苦读，孝庄在欣慰之余也有不尽的忧虑。
虽然儿子读了大量有裨治国安邦的经史类典籍，也恢复了“经筵”进讲，并在学习《四书》、《五经》、《资治通鉴》、《十三经》、《二十一史》的过程中，对“诸书中之关于政事者”予以节录，“贯以大义，联其文词，于忠臣孝子、贤人廉吏，略举事迹；其奸贪不肖悖乱者，亦载其内，使法戒迥然”，编辑了“旨约而易明，文简而易约”的《资政要览》三十篇。
但看得出，顺治对老庄、对书画、对诗词曲赋、明清小说以及禅宗的机锋相对的兴趣更浓。
上述杂书未尝不可略知一二，但对一个君王来说一旦陷进去，就容易移了性情，甚至丢了江山社稷。
南朝的梁武帝因沉溺佛经落得亡国，南唐的李后主因陶醉于填词而沦为阶下囚、乃至亲身品味着“恰似一江春水向东流”的不尽哀愁，至于字画都称得上是第一流的宋徽宗就更惨，不仅国破家亡，还闹到被掠异邦的地步……
对于顺治诸多的个人兴趣孝庄不能听之任之，但要对已经亲政的儿子进行引导的确不是件容易的事。
知子莫若母，顺治是个感情多于理智的人，而万乘之尊所形成的自以为是与少年天子在思维上的不成熟又交织在一起。
太后与皇帝的关系绝非单纯的母子关系，作为母亲她必须理解儿子是天下之主的现实，她的任何规劝、建议都不能引起儿子的抵触，否则就会适得其反……
如果天下太平也就罢了，可此时的清王朝离海内一统还差得远着呢——东南有郑成功的几千艘战舰，而西南又有以云贵为基地的南明永历政权，这些都是摆在面前的严峻挑战，孝庄又焉能放得下……
伴随着顺治的亲政，皇帝大婚的问题也就产生了。
顺治帝的第一位皇后是多尔衮摄政时给包办的，此女是孝庄太后的内侄女——吴克善之女，显而易见这门婚姻也体现了太后的意愿——通过联姻来巩固同蒙古各部的联盟。
然而，当孝庄皇太后的兄长吴克善在顺治八年正月十七（１６５１年２月８日）送女儿到北京时，尽管宗室亲王满达海等均建议应在二月为皇帝举行大婚典礼，却遭到皇帝本人的拒绝。
对于这位“睿王于朕幼冲时因亲订婚，未经选择”的皇后人选，顺治并不想接纳，尚未合已心存芥蒂。
顺治对婚姻的抵触，同与多尔衮积怨甚深有一定的关系。
这位待嫁新娘，直至该年八月十三在被晾了八个月以后才得到册封，但肃穆的册封仪式一结束，皇后就被撂在一边。
如花似玉的容貌、含苞待放的年华统统被黄瓦红墙所禁锢。
多尔衮在摄政时曾伤害过小皇帝的自尊，仅仅因为这门婚姻是多尔衮包办的，就足以令顺治如鲠骨在喉，少年天子的一腔积怨都发泄到皇后的身上。
兼之顺治对汉族传统文化的系统学习，使得皇帝同皇后在文化上的差距日益扩大。
来自科尔沁草原的皇后，连汉话都说不顺溜，还能指望她同皇帝探讨经、史、子、集、诗词曲赋、明清小说！据《清史稿•；后妃传》所记：“美而慧”的皇后从来就没有得到过皇帝的欢心，顺治曾直言不讳地说道“自册立之始，即与朕志意不协”。
从大清门抬进来的博尔吉济特氏，在大婚之后就因顺治“另居侧宫”，而独守坤宁宫。
尽管孝庄很想调节帝后之间的紧张关系，但经过三年的努力依旧没有任何的好转，太后扭不过顺治，在顺治十年八月二十五（１６５３年）被迫同意把皇后“降为静妃，改居侧宫”。
孝庄皇太后可以同意废后，但绝不会坐视满蒙联盟受到危害，在太后的主持下废后的侄女—吴克善的孙女又从大清门抬了进来，成为顺治的第二位皇后。
然而这第二位蒙古皇后也未能跨越文化上的鸿沟而成为顺治的红颜知己。
就在此时，一位深受汉族文化熏陶的满洲女子——董鄂氏在顺治的生活中奇迹般地出现了……
对第二位皇后来说，真正的危机也就随之产生，《清史稿•；后妃传》对此有如下描述：“贵妃董鄂氏方幸，后又不当上？”顺治一直在寻找第二次废后的机会。
顺治十四年底太后患病，“皇后身为子妇”“起居问安礼节，殊觉缺然”，在“帝王以孝治天下”的社会“孝道所关重大，子妇之礼，昭垂内则，非可偶违”。
于是，顺治在十五年正月初七下令：将“应进中宫笺奏等项暂行停止”。
这就意味着皇后已经徒有其名。
第二位皇后被废只是个时间的问题。
当太后在三月二十五日（１６５８年）得悉已经悄然而至的再次废后波澜时，便以“皇后方在冲龄，未娴礼节”为由，而令对“中宫笺奏等项照旧封进”。
第一次废后是纯粹的帝后不和，因此太后还能容忍，而此次废后是因为顺治已经寻觅到自己的红颜知己——董鄂氏，为了宠妃而废掉皇后，这对孝庄是万万不能容忍的。
她不能不顾及满蒙联盟，不能不顾及同抗清势力浴血苦战的蒙古八旗将士的脸面，不能不考虑在北部屏藩着大清王朝的漠南蒙古各部的情绪，废后之事一之为甚，岂可再之！孝庄皇太后对顺治第二次废后预谋的干预使得母子之间的隔阂扩大，这种情感上的裂痕，在顺治十六年（１６５９年）抗清势力兵临南京城下的突发事件中凸显出来。
该年七月郑成功和张煌言所领导的抗清军队如从天而降，如狂飙一般扫荡着江苏、安徽两省，两省百姓纷纷迎降，清王朝在安徽的太平、徽州、宁国、池州以及无为、广德、和州等四府三州的统治均土崩瓦解。
这突如其来的挫折是顺治亲政以来从未遇到过的，２１岁的顺治被搅得方寸大乱，本来就受到佛老出世思想影响的顺治对这种无休止的征战已经厌倦，刹那间萌生退回关外的念头。
孝庄力驳出关之论，母子之间的冲突遂一触即发。
受到母亲驳斥的顺治恼羞成怒，立即做出御驾亲征的决定，扬言“或胜或死”，而且对试图劝阻亲征的人抽出宝剑，手劈御案。
顺治如此决绝，把孝庄推到极为棘手的境地。
明摆着，皇帝从未参加过征战，如果出征必然是凶多吉少，“在疆场上，一旦遇到不幸”，必然会引起巨大的动荡，清王朝在中原的统治很可能会因此而付诸东流。
对孝庄来说最大的痛苦则是母子之间已经不能沟通，她身为母亲不能让儿子恢复冷静，为了扭转局面，不得不向顺治的乳母李氏求援。
然而当李氏在朝廷上出现后，一向对乳母有亲切感的顺治挥舞着宝剑“恐吓要把她劈成碎块”，乳母也被吓走了。
万般无奈，顺治与汤若望太后又想到同顺治有着师生情谊的传教士汤若望，请汤若望出面劝顺治放弃亲征，这已经是孝庄的最后一招。
万幸的是这最后一招总算奏效，顺治终于收回了亲征的谕令。
御驾亲征的危机虽然化解，但母子之间的裂痕却无法弥合，为了儿子的皇位、为了清王朝的江山社稷孝庄皇太后把心都快操碎了，可儿子非但不理解，反而一再向她显示皇帝至高无上的权威，让她陷入困境，难以承受的失落、伤感袭上一颗饱经磨难的心……
清太宗皇太极庄妃博尔吉济特氏顺治之死
对于不到３０岁丧夫的孝庄来说，更沉重的打击还在后面。
顺治在十八年正月初三（１６６１年）被天花病毒（也称痘症）感染，因生天花病倒在床。
从关外来到中原的满族，对中原地区流行的死亡率相当高的天花非常缺乏免疫力，豫亲王多铎就是因为出花在顺治六年去世，享年３６岁。
因对成年人出花的恐惧，每年的冬春之交顺治都要去南苑行宫“避痘”，但顺治十七年的冬季却是个例外，顺治不仅未去避痘，反而被董鄂妃的葬礼弄得疲惫不堪。
于是，天花病毒乘虚而入。
顺治体质本来就不是很好，亲政后的刻苦攻读竟累得吐血，用现在的话说就是得了肺结核，而按照当时的说法就是得了“痨病”，在抗生素尚未发明的情况下痨病不可能痊愈，得了痨病的人也不可能长寿。
在痨病的阴影下，孝庄皇太后实在不敢奢望顺治能活到他父亲的年纪，说句心里话能有他叔叔多尔衮的阳寿她就很知足了。
其实就连顺治自己也意识到这一点，他曾对木陈和尚说道：“老和尚许朕３０岁来为祝寿，庶或可待，报恩和尚来祝４０，朕绝候他不得矣，”并指着面颊说“老和尚相朕面孔略好看……
此骨已瘦如柴”，当木陈劝顺治当“早睡安神”“拨置诸缘”时，顺治则说道：“朕若早睡，则终宵反侧，愈觉不安，必谯楼四鼓，倦极而眠，始得安枕耳。”２０多岁的人，已经虚弱到宛若一盏将尽的残灯。
如果没有经受董鄂妃去世的打击，顺治或许还可以活过３０岁，但他的红颜知己董鄂氏在顺治十七年八月仙逝（１６６０年），孝庄已经意识到顺治的阳寿也快到头了。
有其父必有其子，当年皇太极就是因为无法摆脱宸妃去世的巨大悲痛而撒手人寰的，但令孝庄始料不及的是，儿子走得比父亲还快……
为了能追封董鄂氏为皇后，顺治竟至闹到寻死觅活的地步，皇太后虽然让了步，但皇帝仍意犹未尽。
为了弥补心灵上的缺憾，顺治以最高的级别主持董鄂妃葬礼，他以蓝墨批本（只有皇帝或太后去世才用蓝墨批本），又亲自主持４９天的景山大道场，从建水陆道场到“起棺”、“举火”、“收灵骨”、“迎神主”……
一直到“断七”，顺治事必躬亲。
按说到十月初八过了“断七”丧事也就结束了，但余哀未尽的皇帝在十月十六日及二十七日又在景山两次建“陟天道场”，十一月初八还在西苑及广济寺同时举办“仙驭道场”。
过度的悲伤、主持葬礼的疲惫都伤害了顺治帝本来就多病的身体。
那极为虚弱的命门火随时都可能熄灭。
顺治十七年九月初十，在火化董鄂妃遗体时，隆安和尚曾低声问主持火化仪式的行森：“上来，也请师接？”了解内情的人都很清楚：下一个隆重的火化仪式就该轮到顺治了。
从正月初三一显示出痘症，孝庄就意识到顺治应该确立继承人了。
从顺治亲政后，这是惟一一次母子能想到一起的一件大事。
尽管都想到立继承人，但究竟立谁，母子之间还是存在尖锐的分歧。
在顺治看来，只有立一位年长的继承人才可能避免幼主临朝所产生的种种危机；而当时他的儿子最大的也只有八九岁，所以他排除了传子而决定传贤；但他的兄弟中也没有一个可以委之重任的人，因此便考虑到一个能干的堂兄弟——安亲王岳乐。
顺治的安排，遭到孝庄皇太后的断然否决，�