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修菩提心的次第，本论说有两种：一、是金洲大师傅的七重因果的教授，一是静天论师的自他相与的教授。这两派教授，都是以出离心为基础，进一步思惟一切有情，都被我执烦恼所缚，善恶有漏业所漂，长期沉溺生死大海，为众苦所逼恼，深发大慈悲心。为救拔有情出离生死苦海，能牺牲自己的一切安乐，而急于利他，求大菩提，就是发起了大菩提心，由此进修六度四摄，经三阿僧祗劫，圆满福智资粮，才能证得三身四智无量功德庄严的大菩提果。
三、清净见，也称为离增益、损减二边的“中道正见”。一切法唯依仗因缘而生起或安立，本来没有独立的实在的自性（就是涅槃，也是依断障来安立的）。众生由无始传来的妄执习气，于无实性法，执为有实性，就是“增益执”也叫做“有见”、“常见”等。一切法虽无实性，但依一定的因缘，决定当生、当立，并非全无。譬如镜中人影，本无实体，但由明镜、空间、光线、人体等因缘会合，自然便有人影现出，且能发生应有的作用。若说“诸法既无实性，就该完全什么都没有，所见所闻，都是错乱”，这就是“损减执”，也叫做“无见”、“断见”等。反之，则为“增益执”。这“断”、“常”二见，都不合于真理，偏于一边，所以又叫做“边见”。“中道正见”，既不执诸法实有自性，也不拨无（否认它的存在）所生所立的诸法，如实了知“诸法仗因缘而有，故无（独立的）自性”而不堕“常边”，也了知“诸法既仗因缘而有，就有（不乱的）因果”而不堕“断边”。由此正见，不堕二边，故名“中道”。无始传来的无明实执，是一切烦恼的根本，也是生死的根本，要由此清净见才能断除。若未得此见，仅有出离心、菩提心。任凭如何修学，终不能断任何烦恼。所以清净见是大小乘一切道的命根，最为重要。
修此见法，先以四理或七相，观察众生无始时来所执的“我”，通达“我空”；再以四理或破四生等理，观察众生无始时来所执的“实法”，通达“法空”。四理就是：一、认识所破的我；二、决定我与五蕴的或“一”或“异”，二者必居其一；三、认识我与五蕴是一的不合理；四、认识我与五蕴是异的不合理。七相就是：一（“我”与五蕴是一）、异（我与五蕴是异）、能依（我依五蕴）、所依（五蕴依我）具有（我有五蕴）、支聚（五蕴合聚为我）、形状（五蕴组合的形式为我）。从这七方面，认识执我的不合理，四生就是：自生、他生、共生、无因生（破四生的道理，本论引中观诸论广说）。以“四理”来破所执实法，先认识所执实法与构成它的支分，再以我和五蕴为例，照上述以四理破我的道理来破。既通达无始妄执的“我”及“实法”空，再详细推察缘起道理，得知诸法虽无性而有“缘起因果”。如果还觉得缘起因果与自性空各是一回事，就是还没有真正通达中道深义。若是由见诸法因果缘起，就能破除内心实执，了达诸法实无自性，才是得了“中道正见”。这样的正见，不只是由见空来破常执，而且由见有（缘起的有）的力量来破常边；不只是由见有来除断执，而且由见空（无实性空）的力量来破断边。这尤其是中道正见的特殊作用。
本论中士道以前一切法门，都是引生出离心的方法，上士道中广说发菩提心、修菩萨行。“毗舍那”一章，详细抉择清净正见。全部菩提道次论，此三种要道，为主要内容。
三、本论的特点
本论从“亲近善知识”到“修毗舍那”，每一科都先依正理成立，次引经论证明，后引迦当诸语录显发，结出要义，多是前人所未道及。如克主杰说：“阿底峡尊者所传菩提道次第教授，如教典派、教授派等，虽有多种道次第论，要像宗喀巴大师的广略二部论中所说的道之总体和一一支分，在过去西藏曾没有任何人能这样说出过，所以应该知道这是大师的不共希有善说。”今就本论突出的独到之处，略举数点：
一、修菩提心法 修菩提心法有多种，如瑜伽师地论说的“四因”、“四缘”、“四立”等，都是指已种大乘善根的人说，才能由“见佛”、“闻法”，“见众生受苦”或“因自身受苦”，便能引发大菩提心。若一般有情，未种善根，必须依教渐修，才能发起。发菩提心的教授，过去诸大论师，有时因机对境，略说数语，多不全面。本论将阿底峡尊者所传各种教授，分为二类。其一、从金洲大师传来的七重因果的教授：（一）知母（思惟法界有情都是自己的母亲），（二）念思（思惟一切有情于我有恩），（三）报恩（思惟当报一切有情恩），（四）悦意慈（见一切有情犹如爱子生欢喜心），（五）大悲（思惟一切有情于生死中受无量苦，我当如何令其得离此苦），（六）增上益乐（恒常思惟自己应该担负令诸有情离苦得乐的重大责任），（七）菩提心（须具两种欲乐：欲度一切有情出生死苦，欲成无上菩提。若但欲利他，不求成佛，只是大悲心，不是菩提心；若但求成佛，不为利他，只是自利心，也不是菩提心。菩提心，一定要具备“为利众生”和“愿成佛”的两重意义）。从知母到增上意乐，都是修利他心的方法；已发起增上意乐，知道惟有成佛才能究竟利他，为利他而进求无上菩提，才是菩提心。在修知母以前，还须先修“平等舍心”为基础，才能于一切怨、亲、中庸（非怨非亲）的有情，都容易修起“知母”等心。其二，静天菩萨入行论中所说的“自他相换法”，就是把贪着自利、不顾利他的心，对换过来，自他易地而居，爱他如自，能牺牲自利，成就利他。此法：先思惟修自他换的功德，和不修的过失（如由利他故成佛，由唯自利故只是凡夫等）。思惟自他相换的心，定能修起（譬如父母精血，本非自身，由往昔习气，也能起我执）。应对治二种障：觉自他二身各不相关，应思惟自他是相对安立的，如在此山时觉彼山是彼山，到彼山时觉彼山是此山，不比青就是青，黄就是黄，绝对不同。觉他人痛苦，无损于我，不须顾虑，当观自他相依而存，犹如手足，足痛虽无损于手，但并不因此手就不治足的病。正修：思惟凡夫无始以来由爱执我所生过患，令我爱执未生不生，已生者断，制不再起。再进思惟诸佛菩萨由爱他所生一切功德利益，令爱他心未生者生，生已增长，安住不退。最后乃至出息入息，都修与有情乐，拔有情苦。这是利根众生修菩提心的简捷方法（修自他相换之前，也须先修平等舍心）。
像这样完备具体的修菩提心的方法，是以前诸西藏语录的教授所没有的。
二、修止除沉法 修止有两障碍：掉举和沉没。掉举是心随可爱境转，其相散动，较易觉察。沉没其相隐昧，很近于定，不易认识。修定的人，很多堕在沉没中，还自以为住在定中，久了反转增长愚痴和妄念。又有人把八大随烦恼中昏沉，误认为沉没；修定的时候，只要没有昏沉，便自以为没有沉没了，因此就堕于沉没中而不自觉。本论引解深密经说，“若由昏沉，及以睡眠，或由沉没……”证明昏沉与沉没性质不同。昏沉是大随烦恼，其性或不善，或有复无记，唯是染污。沉没是心于修定所缘的境，执持力弛缓，或不很明了。心虽澄净，只要取境不很明了，就是沉没。它的性是善或无复无记。非是染污。又引集论说“沉没为散乱摄”，证明沉没不属于昏沉心所。又集论所说的散乱，也通善性，非唯染污。以这些理由，说明昏沉性惟染污。沉没则非染污，其性各别，断定昏沉决不就是沉没。修定的人，不但已生的沉没应当速断；在沉没将生未生之际，尤应努力防止。本论详细分析昏沉与沉没的差别，使修定的人，能辨认沉没，免入歧途，最为切要。对治沉没的方法，本论引修次第论说，“心沉没时，应修光明想，或作意极可欣（兴奋）事佛功德等”，令心振奋；并广引瑜伽师地论声闻地，详说对治方法。
三、修空观的抉择 修观，是为引生圣慧，对治烦恼，所以最重要的是修缘空性（或名无我）的观。正确的修法，要先求通达无我的正见，然后于正修观时，就缘所通达的无我义而修观察。到了由观察力引生经安，其观即成。
当宗喀巴大师时代，对于修空现，有很多不同的说话，归纳起来总有如下四类：
第一说以为：修空就是修诸法真理，诸法真理离是绝非，所以只要摄心不散，不起任何思念，无分别住，就与真理自然契合；不须先学空见，然后学空。此说起自唐时摩诃衍那（一个曾到西藏盛传此说的汉僧），虽然莲花戒论师详加破斥，但宋元以来，西藏讲修空的，仍多堕于此见。宗喀巴大师在本论中，对此抉择甚详（见“抉择大乘道体须双修方便般若”，及“毗舍那”科中“抉择真实义”，并“修观方法”诸科中），今略摘述如下：若不分别住便是修空，闷绝、睡眠、无想定等，应该都是修空。若不起非分别便是修空，眼等五识都不起是非分别，应该也是修空。若摄心一处不起分别便是修空，一切修止的时候，应该都是修空。
他们有的人这样说：“若先观察所执的境，再来断除能执的心，如狗被人抛石块打击，追逐石块，不胜其烦。若摄心不散，不令起分别，一切分别即从自内心断除，如狗咬抛石块人的手，他就不能抛石块了，这才是扼要的办法。”本论对此说，广引经论破斥。
如引《文殊游戏经》说：“故瑜伽师，应张智眼，以妙慧剑败烦恼敌，住无所畏，不应如彼怯人闲目。”又在修次第论说：“犹如戏时，不效勇士张目视敌所在而相击剑，反如怯兵见他强敌闭目待死。”这都说明修空观的人，必须先认清所执的境，再依正理通达所执境空，才能断除妄执。若但不分别住，决不能断任何烦恼。本论喻之为：如于暗中误认绳为蛇，生起恐怖，必须用灯烛来照，看清绳不是蛇，恐怖才能除去，若不看清，恐怖终不能去。
又引提婆菩萨说，“若见境无我，能灭三有种”；引《入中论》说，“分别依有实事（所执的境）生，实事非有已思择”“通达我为此（妄执）境已，故瑜伽师先破我”；又引法称说，“若未破此境，非能断此执”。这一切都说明必须先观察所执的“我”等境空，才能断除“我”等妄执，不是闭上眼睛，一切不分别，便是修空。
这第一种误解，是修空观的最大歧途，本论所抉择的，极为扼要。
第二说以为：若未得空见，令心不起分别，这虽不是修空，但是只要得了空见，再令心无分别住，就是修空。本论斥之为：若依此说，先得了空见，后修菩提心时，应该也是修空。所以此说不合理。
第三说以为：未得空见固然不是修空；得了空见，完全无分别住，也不是修空；要每次修空之前，先用观慧思择空理，再无分别住，才是修空。本论指斥此说：如此，“临睡前先用空见观察一次，再入睡眠，酣睡无分别时，应该也是修空”。所以此说也不合理。
第四说以为：以上三说，都不合理；唯认为要在修空观前，先引起空见，再缘空性令心住定，才是修空观。实际上缘空之见令心住定，虽是修空见，但只是缘空见的修“止”，不是修空“观”。本论引《修次第论》说：“若时多修毗舍那，智慧增上，由奢摩他力微劣故，故风中烛令心动摇，不能明了见真实义，故于尔时当修正奢摩他。若奢摩他努力增上，如睡眠人不能明了见真实义，故于尔时当修智慧”。这说明在修空的时候，止观必须兼修，使止观势力平均，才能明了见真实义。若专修观，不间修止，先得的止，容易退失，止退失了，观也不能成就。但若只修止，不修观，就完全不是修空观的意义了。
这样详细分析这些错误，申明修空观的正轨，尤为本论独到之处。
四、安立世俗谛 般若部经，中观诸论，都说“一切法都无自性”，所以学中观见的，多偏于空，不善安立世俗谛，易堕所见。本论说明中观宗虽破一切诸法自性，但要安立无自性的缘起——世俗谛。安立俗谛，要具备以下三个条件：
（一）是名言识所共许 名言识，通指一般人的眼等六识。名言识于境，只随所现而转，不再推求其境是否有自性。世俗谛法，必须是这种名言识所一致承识的。
（二）无余名言量妨难 名言量，是指正确的名言识。如错乱识见绳为蛇，他人不错乱识见是绳非蛇，就不能安立错乱识所见的蛇为世俗有，因为与他人不错乱识所见不同的缘故。
（三）无观真实量妨难 观真实量，就是观诸法是否实有的正量。有情由无明习气的力量，任见何物时，很自然的便执为实有体性。如见房屋时便觉房屋是实有。房屋是名言识共许，也无余名言量妨难。若不推求其是否有自性，也就不为观真实量所妨难。因此所见的房屋，可安立为世俗有。但房屋是否实有体性，就要由观真实量来判断。以观真实量观察，就见房屋开无实体。因此有情所执房屋实体，不能安立为世俗有。
具备这三种条件的，才可安立为世俗谛。这样安立的世俗谛，既无实体，不堕“常边”；也有因果作用，不堕“断边”。这是本论的一个重要特点。
四、本论的弘传
宗喀巴大师四十六岁（1402年），在惹真寺造《菩提道次第广论》后，广事弘讲。五十六岁（1415年）在格登寺，为普利群机，又将广论中所引教证及诸破立省去，概括要义造成《菩提道次第略论》。此后诸大弟子，或依广论，或依略论，自行化他，利益很广。
大师为策发徒众，利于修行，又将道次第的建立，以赞颂功德的方式摄为四十五颂。此后作摄颂的有：
（一）阿旺罗桑却敦（清初人），将全论编成颂文，约三千颂，文义明畅，便于诵诗。
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