程前前后后持续了二十多年，而且相当多的部分写于清朝灭亡后，即使当初有这种政治意图，到后来也会随着改朝换代而淡化，无此必要了。因此，与其说蔡氏写作目的有政治寓意在，倒不如说更多的是出于个人爱好。1935年8月3日在《追悼曾孟朴先生》一文中，他坦言“我是最喜欢索隐的人”。
此外，与索隐派的其他人相比，蔡元培的红楼梦研究更为认真，他还将其索隐式研究上升到理论层面，总结出一套较为有效的索隐方法，即他本人在《石头记索隐》第六版自序中所说的：
知其所寄托之人物，可用三法推求：一、品性相类者；二、轶事有征者；三、姓名相关者。
经过这种索隐法梳理之后，正如蔡氏本人在《石头记索隐》中所言：“一切怡红快绿之文，春恨秋悲之迹，皆作二百年前之因话录、旧闻记读可也。”
也正是因为《石头记索隐》有如此大的社会影响及学术上的代表性，当胡适等人着手创建新红学，开始对先前的旧红学进行清算的时候，拿蔡元培来做靶子自然是顺理成章的事了。因此，胡适这种批评对象的选择并非如有人所说的借此成名之类，两人之间的红学论争自有其必然性，这是中国现代学术建立过程中的一个必经步骤。
由于蔡、胡两人的身份都比较特殊，同为公众人物，自然很容易受到关注，其影响也超出了红学范围。胡适与蔡元培围绕《红楼梦》展开的论战，不仅是红学史上的一个重要事件，它还意味着新、旧学术的一次正面交锋，在现代学术史上极具象征意义。
《风起红楼》 第一部分索出了什么隐情
索隐派的形成代表着20世纪初红学研究的另一条发展道路，一条与王国维的《红楼梦评论》迥异的道路，它是中国古代小说批评在新的时代文化语境中所结出的一枚畸形果实。在这一时期，索隐式研究已经由原先只言片语式的简单猜谜发展成较为系统完整的论述，篇幅动辄上万字，甚至达十数万字，形成了一套独特而稳定的索隐式红学研究理论和方法。较之王国维等人的红学研究，索隐派的观点在社会上有着更为广泛的影响，这种状况直到今天仍是如此，这无疑是20世纪红学史上一个十分值得关注的现象。
在这一时期的索隐诸家中，以蔡元培最具典型性。《石头记索隐》受《郎潜纪闻》一书的启发，将《红楼梦》视作一部“清康熙朝政治小说”，认为“作者持民族主义甚挚。书中本事，在吊明之亡，揭清之失。而尤于汉族名士仕清者，寓痛惜之意”。由于小说作者“虑触文网，又欲别开生面，特于本事以上，加以数层障幕”，故需要“阐证本事”。
总的来看，蔡氏所阐证的本事并没有多大新意，不过是作品人物某某影射历史人物某某之类，如贾宝玉影射胤、林黛玉影射朱竹、薛宝钗影射高江村、探春影射徐健庵、王熙凤影射余国柱等。
统观全书，尽管作者写作态度严肃认真，即他在《石头记索隐》第六版自序中所说的：“自以为审慎之至，与随意附会者不同”，并总结出一套“三法推求”法，即品行相类法、轶事有征法和姓名相关法；但细究起来，其基本方法无非是比附、谐音或拆字，前两种不过是比附，后一种则为猜谜。比如他认为探春影射徐健庵，其证据是“健庵名乾学，乾卦作≡，故曰三姑娘。健庵以进士第三人及第，通称探花，故名探春。健庵之弟元文入阁，而健庵则否，故谓之庶出”。《红楼梦》第二十七回，探春嘱托贾宝玉买些“朴而不俗、直而不拙的”轻巧玩意儿之事则是影射徐健庵“尝请崇节俭，辨等威，因申衣服之禁，使上下有章”之事。上述引文包含了蔡氏所说的三种方法，读者自不难看出其牵强附会处。
蔡元培的基本前提是错误的，他想把“一切怡红快绿之文，春恨秋悲之迹，皆作二百年前之因话录、旧闻记读”，无视作品想象虚构的文学特性，加之方法不当，多为牵强附会，这样得出来的结论也就显得颇为荒唐，是靠不住的。比如他因小说中多用“红”字，遂认为是在影射“朱”字，“朱者，明也，汉也”。因此，贾宝玉的爱红之癖，蕴涵着“以满人而爱汉族文化”的意思。费了这么大劲，拐了那么多弯，才揭出如此谜底，不仅一般读者想不到，恐怕就连作者曹雪芹本人也想不到，只有蔡元培本人清楚。其牵强附会之迹是十分明显的。1921年，蔡元培受到胡适等人的尖锐批评，蔡、胡之间为此展开了一场论战，结果胡适占了上风。这是红学史上的一个标志性事件，从此胡适等人开创的考证派新红学取代索隐派，成为红学研究的主流，索隐派红学此后一直处于边缘状态。
蔡元培并非顽固不化的保守者，而是开风气之先的时代领军人物，他何以走上索隐之路，而有着类似文化背景的胡适何以能成为新红学的开创者，这无疑是一个值得深思的问题。其中既有时代影响的因素，也有个人学术个性的显露。
蔡元培是中国近现代学术文化史上一位具有代表性的重要人物，他曾是前清进士、翰林院编修，后来成为开一代新风的现代教育家、政治家、学者。他顺应历史潮流，从一个典型的传统文人转变为一位新型知识分子。他既保持了传统文人的特色，又具有现代学人的品格，传统与现代，保守与先锋，都在他身上留下了深深的烙印，体现了这一时期过渡转型的特点。就其学术研究而言，也具有这一特点。一方面，他积极汲取西方人文思想，游学德国、法国，主张以美育代宗教，成为中国现代美学的奠基人；一方面，他又沿袭传统的治学模式，以索隐的方式解读《红楼梦》。从蔡元培的身上，可以看出中国近现代学人面对学术转型的选择，可以看出中国近现代学术发展演进的复杂性与艰巨性。
《风起红楼》 第一部分蔡元培的索隐同道
当时比较有影响的索隐之作除蔡元培的《石头记索隐》之外，还有王梦阮、沈瓶庵二人合写的《红楼梦索隐》。王氏生平不详，待考，沈氏则为中华书局编辑。该书的索隐提要1914年曾在《中华小说界》第1卷第6—7期连载，1916年由中华书局附载作品中一起印行，书前有《序》、《例言》和《提要》，索隐文字则分回分段附在正文中。该书篇幅较大，有数十万字。
作者认为《红楼梦》“大抵为纪事之作，非言情之作，特其事为时忌讳，作者有所不敢言，亦有所不忍言，不得已乃以变例出之”，这是他们立论的基本前提。因此，他们要“苦心穿插，逐卷证明”（《红楼梦索隐》提要）、“以注经之法注《红楼》”（《红楼梦索隐》例言），将《红楼梦》变为一部“有价值之历史专书”。
他们所发掘的真事就是传说中顺治、董小宛的爱情故事，“是书全为清世祖与董鄂妃而作”，“诚千古未有之奇事，史不敢书，此《红楼》一书所由作也”。具体说来，贾宝玉影射顺治皇帝，林黛玉影射董小宛。至于该书所采用的索隐式研究法，与蔡元培《石头记索隐》一书大同小异，甚至更为复杂，为自圆其说，更发明化身、分写、合写之说，这一方法为后来的索隐派广泛采用。总的来看，多为捕风捉影之谈、随意捏合之言，少合情合理、自然切实之论，与其他索隐家相比，不过索隐所得的具体结论不同而已。
不过，《红楼梦索隐》一书在当时很有市场，在很短的时间里就重印了十三次，一时成为畅销书，由此可见其在社会上引起的轰动程度。后来，著名历史学家孟森曾撰《董小宛考》一文，明确指出：
顺治八年辛卯正月二日，小宛死。是年小宛为二十八岁，巢民为四十一岁，而清太祖则犹十四岁之童年。盖小宛之年长以倍，谓有入宫邀宠之理乎？
该文征引大量文献资料，以无可辩驳的历史事实证明顺治、董小宛之间的所谓浪漫爱情故事纯属虚构，并非信史。此后，顺治、董小宛爱情故事说才渐渐偃旗息鼓。
此外，邓狂言的《红楼梦释真》（上海民权出版社1919年版）也是当时一部较有影响的索隐派著作。该书篇幅更巨，约27万字。在《石头记索隐》、《红楼梦索隐》的基础上继续发挥，认为《红楼梦》是一部写种族斗争的小说，是一部“明清兴亡史”。对作者问题也提出新的看法，认为前八十回的作者为吴梅村，后四十回的作者为朱竹。与前面二书相比，涉及范围更广，也更细。其牵强附会处也更明显。
需要说明的是，尽管这些索隐派著作面世后曾引起较大的社会反响，但在当时还是有不少头脑清醒之士著文反对这种以谐音、拆字、猜谜为主要手段的索隐式研究法。比如顾燮光在《崇堪墨话》中指出，《红楼梦索隐》是“附会穿凿”，并从顺治与董小宛年龄的差别来指出这种附会之错误。冥飞亦持类似观点，他在《古今小说评林》一文中对《红楼梦索隐》的评价是：“牵强附会，武断舞文，为从来所未有，可笑之至也。”海鸣更是在《古今小说评林》一文中从整体上对这种索隐式研究法进行批评：
《红楼梦》是无上上一部言情小说，硬被一般刁钻先生挥洒其考证家之余毒，谓曰暗合某某事。于是顺治帝也，年大将军也，一切鬼鬼怪怪，均欲为宝玉等天仙化人之化身，必置此书于龌龊之地而后快，此真千古恨事也。
严谨科学的学术探讨与捕风捉影式的猜谜索隐并行，各门各派的红学观点共存，同样都有着自己固定的读者群和拥护者，呈现出多元化的态势，这正是此一时期独特的文化景观。经过一百多年的酝酿孕育，在众多研究者的参与下，红学逐渐发展成为一门具有现代学科性质的专学。不过，其最后的完成还要到五四新文化运动之后。
《风起红楼》 第一部分未能忘情于红楼
至于和胡适争论的过程，后文将专门考察，这里不再赘述。笔者着重强调的是，发生争论之后，胡适得到学界较多的支持，蔡元培则明显居于下风。不过，蔡元培后来虽然不再撰文直接反驳，但这并不意味着他已经认同了胡适的观点。相反，他还颇为坚定地保留着自己的意见。
1926年，蔡元培在为同乡寿鹏飞《红楼梦本事辨证》一书写序时表明了这一点：“先生不赞成胡适之君以此书为曹雪芹自述生平之说，余所赞同。”
1937年在阅读《雪桥诗话》一书时，他联想到《红楼梦》中的一些人物，基本上仍是延续《石头记索隐》的思路（1937年3月20日日记）。
在止笔于1940年2月的《自写年谱》中，他再次声明：“我自信这本索隐，决不是牵强附会的。”
对此，胡适感慨颇多，1961年2月18日，他在与胡颂平的谈话中这样评说蔡元培：
他对《红楼梦》的成见很深，像寿鹏飞的《红楼梦本事辨证》，说是影射清世宗与诸兄弟争立的故事，我早已答复他提出的问题。到了十五年，蔡先生还怂恿他出这本书，还给他作序。可见一个人的成见之不易打破。
在1961年2月16日的日记中，胡适还写道：
半夜看会稽寿鹏飞（字榘林）的《〈红楼梦〉本事辨证》。（商务民国十六年六月初版，十七年六月再版，——比俞平伯的《红楼梦辨》销的多多了！）寿君大不满于我的“自述生平”说，而主张此书为专演清世宗与诸兄弟争立事。其说甚糊涂，甚至于引胡蕴玉《雍正外传》一类的书！但书首有蔡孑民先生的短《序》，题“十五年六月三十日”，其中说：“先生不赞成胡适之君以此书为曹雪芹自述生平之说，余所赞同。”此序作于我《答蔡孑民先生的商榷》（十一。五。十）之后四年。
胡适显然对蔡元培的执着感到有些不解，但他没有意识到，自己并没有真正说服蔡元培。人都是这样，在说着别人固执的时候，自己也许更固执。
蔡元培虽然并不认输，但他对新红学的印象也相当不错，这可以从他与胡适日后的密切交往中看出来。最能说明这一点的是发生在此间的一个小插曲。在两人论争期间，蔡元培帮胡适借到了其久寻不遇的《四松堂集》刻本，为胡适解决了有关曹雪芹生平的一些问题，胡适为此很是兴奋，在《跋〈红楼梦考证〉》一文中写道：“我寻此书近一年多了，忽然三日之内两个本子一齐到我手里！这真是‘踏破铁鞋无觅处，得来全不费工夫’了。”
不仅如此，蔡元培还对考证派另一位主要人物俞平伯的著作表示欣赏，在1923年4月5日的日记中，他这样写道：“阅俞平伯所作《红楼梦辨》，论高鹗续书依据及于戚本中求出百十一本，甚善。”
同样，胡适也把《雪桥诗话》借给蔡元培，让他了解其中所载曹雪芹情况。两人的这种雅量和胸怀是后世许多学人无法企及的，堪称典范之举。蔡元培日后回忆这件事时，颇有些今昔之叹，如他在1937年4月11日的日记中这样写道：“忆在北平时，曾向胡适之君借阅初、二集，然仅检读有关曹雪芹各条，未及全读也。”
坚持个人的意见，同时也不排斥他人的见解，蔡元培的治学态度还是颇为开明的，认识到这一点，才能见及其全人。老实说，这种胸怀不是谁都有的，能遇到这样的对手，对胡适来说，也是一种荣幸和福份。反观后来的红学界，为一点鸡毛蒜皮的小事，动不动就吵得鸡飞狗跳，反目成仇，难免让人生出今不如昔之叹。
尽管蔡元培的许多具体红学观点在今天看来是站不脚的，但他决不该受到嘲笑，以他在当时的身份和声望，能花费如此多的时间和精力来为《红楼梦》写一部专著，这本身就是一件值得大书特书的事情，可谓开风气之先，它客观地扩大了《红楼梦》在社会上的影响，对后来的《红楼梦》研究具有可贵的倡导和启发意义。何况他的研究态度是十分严肃、认真的，方法上的错误也是有其根源