两相对比，胡适对蔡元培是全部否定，蔡元培对胡适则是部分否定，主张索隐与考证并存。两人一处于主动地位，一处于被动地位。
平心而论，蔡元培为自己著作的辩护是缺乏说服力的，情节考证有必要，一些古代小说作品可以索隐，这是没有问题的，但这要根据作品的实际情况具体分析，并不能由此证明《石头记索隐》的正确性。他所总结出的三种方法：品行相类法、轶事有征法和姓名相关法，从本质上讲，前两种是附会，后一种是猜谜，这倒恰恰点出了《石头记索隐》的致命伤，正如顾颉刚1922年3月13日在给胡适的书信中所说的：
若必说为性情相合，名字相近，物件相关，则古往今来无数万人，那一个不可牵到《红楼梦》上去！
自然，蔡元培为自己所作的辩护也并非毫无力量，他无意中指出了中国古代文学创作和阅读的一种影射和索隐传统。不过，他对胡适自传说的批评却是很有力的，指出了自传说的弊端所在。
在论战过程中，蔡元培也将自己的文章送给胡适听取意见，1922年2月17日，他在给胡适的信中这样写道：
承索《石头记索隐》第六版《自序》，奉上，请指正。
此事在胡适1922年2月18日的日记中也有相应的记载：
下午，国学门研究所开会，蔡先生主席。我自南方回来之后，这是第一次见他。他有一篇《〈石头记〉索隐》六版《自序》，是为我的考证作的。蔡先生对于此事，做的不很漂亮。我想再做一个跋，和他讨论一次。
从胡适颇有些不满的口气看，他是非常自信的，认为蔡元培的错误十分明显，不应该进行反驳。不过对蔡元培的反驳，他还是作了回应。在《跋〈红楼梦考证〉》一文中，他承认“有几种小说是可以采用蔡先生的方法的”，如《孽海花》、《儒林外史》；但他同时又指出，蔡元培的方法的“适用”是“很有限的”，“大多数的小说是决不可适用这个方法的”，随后引用了顾颉刚所列举的索隐派两种前后矛盾及不合情理的理由。
最后，他还强调了作者生平考证的重要性，指出它是情节考证的“第一步下手工夫”，并再次呼吁：
要推倒“附会的红学”，我们必须搜求那些可以考定《红楼梦》的著者、时代、版本等等的材料。向来《红楼梦》一书所以容易被人穿凿附会，正因为向来的人都忽略了“作者之生平”一个大问题。
这个回答加上先前的《红楼梦考证》改定稿，应该说基本上批倒了蔡元培的索隐式研究法，蔡氏无法为自己作更有力的辩护，也就没有再专门写文章回应。
有意思的是，胡适仅仅说希望和欢迎大家“评判我们的证据是否可靠，我们对证据的解释是否不错”，但他并没有正面回答蔡元培对《红楼梦》自传说的质问。否则，他也许可以借此发现自己在研究中存在的问题。
胡适的学生顾颉刚和俞平伯也以不同的形式参加了这场辩论，顾颉刚在给胡适的书信中提供了两个批评索隐派的理由，并对蔡元培走上索隐之路的根源给予分析，认为“是汉以来的经学家给与他的”。俞平伯则直接撰写《读蔡孑民先生石头记索隐自序》一文，与蔡元培进行论辩。