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这种二元结构危害是巨大的，其一，它使劳动力存在歧视价格，导致社会生产效率的损失，因为它影响到劳动力资源效能的有效发挥；其二，这种结构状态实际上使整个经济处于隐性失业状态，大量隐性失业的劳动力在政府控制之下没有表现出来，一旦政府无法有效控制，这种状态会迅速显性化；其三，这种结构使处于垄断供给状态下的城市劳动力逐步形成一种“利益结构的贵族化”，这种贵族化结构导致城市劳动力供给需求的结构性不对称，从而导致失业与劳动力短缺并存状态；其四，也是更为重要的一点，这种二元结构导致中国劳动力市场整体供求的不对称，具体表现为，大量高素质劳动力短缺，而低素质劳动力过剩，形成劳动力市场“供给过剩”与“供给短缺”并存的反市场状态，这种结构性短缺与过剩并存的状态可能会进一步恶化，制约中国经济的进一步发展。
中国城乡二元结构形成的二元的劳动力市场结构，在推进市场化建设的进程中，随着政府管制职能与控制力的弱化，劳动力从低价格市场向高价格市场流动、隐性失业显性化就成为必然的趋势。民工潮、高失业在国家经济改革进程中出现，就成为一种符合市场规律的经济状态。加上企业经营、市场竞争、产品结构等问题的出现，进一步‘“火上浇油”，加剧了失业绝对量扩大和劳动力结构性过剩与短缺并存的态势，形成中国经济的就业困境。
（2）再看资金市场。中国金融制度是以国有银行为核心的制度体系构建，主要是为了发挥“强迫储蓄”职能，保持较高的储蓄率以支持“政府点菜、银行掏钱”的国有经济融资发展模式。因此，在改革前，民营金融作为分散国有银行吸收储蓄的竞争对手基本是不存在的，改革后也是十分谨慎发展的。但发展到今天，已经基本形成以产权制度为核心的国有金融与民营金融共同运作的二元结构体系，这样就人为地划分为国有金融资金供求市场与民营金融资金供求市场。
我们知道，在市场经济条件下，资金的使用价格（成本）由供给和需求共同决定，作为民营金融，其控制的整个社会资金不足10％，而国有金融控制的社会资金则达到90％以上。国有金融虽然在逐步推进商业化改革，但政府控制模式并没有实质性改变，政府的资金仍然主要用于支持国有经济的发展，民营经济资金使用因所有制歧视和其它因素限制而绝大部分被排除在外。国有金融资金使用的计划性还很强，因此资金使用成本被人为的压低，加之占有全社会资金90％以上，所以，资金的使用成本就比较低。而民营金融则是自负盈亏，其运作是按照市场规则出于盈利目的使用资金，同时，以全社会10％的资金拥有量，远远不够改革后逐步兴起、对整个国民经济增长做出70％贡献的民营经济的资金需要，所以，资金使用成本较高。这样，国家以产权制度为核心形成的金融二元结构导致了资金市场上的二元，不同的市场之间存在巨大的资金价格差异，对银行来讲，即存在着巨大的利差。
银行是“依靠借别人的钱赚别人的钱的特殊企业”，在市场经济条件下，银行资金使用的最终目标是为了利润。因此，在两个市场存在巨大利差的情况下，资金使用者把资金由低利润市场转移到高利润市场就成为一种理性经济行为。在计划经济体制下，由于不存在由民营金融和民营经济供求形成的资金市场，所以，国有金融资金使用市场在统一价格下运作，不存在资金使用转移的可选择途径。而在逐步迈向市场经济的进程中，随着民营经济、民营金融和资本市场的发展以及政府对国有金融控制力度的弱化，国有金融不仅客观上使用资金具有了可选择的方式和途径，而且主观上具有了这种能力，尤其是在1998年1月1日中央银行取消“信贷配额”限制后，国有金融使用资金的市场化程度大大提高。因此，资金作为社会资源的一部分，市场作为其配置方式逐步起到越来越重要的作用。而与此同时，由于民营经济自身发展的原因，严重妨碍了有效的资金需求，因此，民营经济发展作为整个国民经济增长的重要支撑逐步弱化，引起整个国民经济增长的走低。在这种情况下，国家以扩张性货币政策为核心实施全面的宏观调控，以期启动经济的发展就无法达到“资金预期流向”目标，反而导致资金在金融市场与银行之间的“体内循环”。
所谓体内循环，就是在实施扩张性政策时，由于资金使用成本降低和资金量的扩大，能够使投资变得更加有利可图和信贷可获得性提高，因此，必然提高银行的贷放积极性和企业投资的积极性。但由于企业的普遍资质较差，加之企业缺乏有效的投资热点和改革导致的企业风险意识提高，形成在扩张性宏观政策下“银行惜贷”与企业“慎贷”并存的反市场现象。因为银行的资金使用是有成本的。所以，在这种情况下，银行把资金违规投向资本市场或进入同业拆借市场牟取利差，从而形成资金在金融体系转动，与实际经济脱钩的现象，这就是“体内循环”。“体内循环”直接导致扩张性政策失效或低效。从而形成中国经济的资金困境—扩张性政策对实际经济没有影响，相反却导致一方面因资金使用不规范扰乱金融市场秩序，另一方面在逐步积累通货膨胀压力。
（3）再看商品市场。商品市场是由商品需求主体即消费者和商品供给主体即企业的交易活动共同组成的。商品市场的价格水平取决于供求主体的供求均衡点，也就是说取决于消费者的有效需求和企业的有效供给平衡点。中国的消费者由农村和城市居民构成，商品供给者由国有企业和民营企业共同构成。也就是说，中国的商品市场均衡要取决于这四者的相互作用力的平衡。但中国的情况是什么呢？
其一，商品需求状况。中国的消费者由农村和城镇居民组成，由于收入差别，他们的有效需求即有能力的需求是不同的。在计划经济时代，由于“短缺经济”状态，城乡消费者为满足基本的生活需要而凭票购买商品，而随着1979年经济体制“放权让利式改革”的推进，整个国民收入结构由“集财于国”向“分财于民”转变，国民收入分配状况发生了巨大变化，城乡居民的收入得到大幅度提高，相应的购买能力随之提高，进而推动整个生产的发展。当然，这种购买能力还只是一种满足基本生活需要的购买，是一种层级较低的消费。
随着经济的发展，居民的基本生活需要逐步得到了满足，更高层次的需要出现，但这需要更高的收入水平来支撑。中国农民收入在1979—1984年得到大幅度提高后，随着经济的不断发展，农产品尤其是粮食价格相对走低，直接影响到农民的收入水平，这也是对农产品进行保护价格收购的深层原因。因此，面对更高层次、更高价位、科技含量更高的产品，农民的购买能力相对却在降低，如电视机、录音机、电冰箱和洗衣机等所谓的“四大件”在农村的普及率还十分低就是一个证明。而对于城市居民，在满足了吃穿用之时，面对着住（住房）和行（现代化的交通工具）的需求，而住行都是巨额消费，是较高价位的商品。但随着经济体制改革尤其是企业改革的推进，减员增效、机制重构和资产重组成为经济转型的常态，一方面能够经营的企业大量工人下岗，另一方面经营较差的企业倒闭、破产导致大量工人失业，加之国家社会保障体系的不完善和建设滞后，直接导致城镇居民的收入大幅度下降，再加上医疗保险和住房体制等福利制度的改革，很多工人前几年因改革开放收入增加产生的储蓄，现在成了“活命钱”，直接影响到居民对商品的购买。也就是说，在当前由于劳动力市场的困境，导致居民的整体购买力很弱。
其二，商品供给状况。商品供给由国有企业和民营企业共同决定。中国的国有企业从1984年的“放权让利式改革”开始，由于政府与企业不分、政府与银行不分直接导致的银行与企业不分的“三位一体”的经济运行机制没有打破，因此，虽然以提高国有企业经营效率为目标的改革使企业的自主权得到大幅度提高，但对这种扩大的权力并没有随着改革形成有效的机制约束。因此，这种扩大的权力在政府对国有经济控制力随着改革不断弱化的进程中却成为企业“倒逼”银行的能力，即银行对企业形成了一种“债务性依赖关系”。这样，整个国有经济在改革过程中就形成两个反市场规律的“倒逼机制”，即作为扩大自主权的国有企业，在因资金问题经营出现困难时倒逼银行继续放贷，而银行因为支持国有经济发展，所以资金周转出现问题就倒逼政府（中央银行是其资金管理的代表），这样就形成了一个怪圈：国有企业盲目扩张→政府指示银行对企业放款支持→银行资金出现突破计划或周转困难→要求作为政府资金管理代表的中央银行扩大信贷计划或以准备金予以支持→中央银行要求中央政府增发货币→支持经济发展的需要→企业盲目扩张。之所以成为怪圈，就在于债务人不仅可以欠债不还，而且还可以以此为理由重借新债，这种怪圈的形成根源在于经济运行“三位一体”的制度基础没有打破，因此，企业的投资扩张冲动在没有制度约束的情况下就被进一步放大和扭曲，不仅使投资剧增，而且导致大量资金的无效配置，从而推动这一怪圈的加速运转。最终的结果只能是全社会的通货膨胀压力加大和显化，进而制约经济的发展。中国19881992年之间形成的“投资膨胀、抢购风和通货膨胀”，这一怪圈运作是其主要成因之一。
这种怪圈的影响是严重的，它不仅导致国家大量资金的无效或低效配置，更重要的是导致企业的盲目扩张和重复性建设增加。在国家市场化进程中存在地区市场分割的情况下，就导致了全国各地“大而全、小而全”的整体企业生产状况，从而导致国家产业结构的趋同。这种产业结构趋同，随着市场化程度的提高，地区之间的市场壁垒逐步被消除，加剧了企业之间的竞争，因此，很多企业在市场中逐步被淘汰，面临着产品结构的调整。随着市场化进程加快，中国金融体制改革尤其是“拨改贷”和银行商业化改造与企业机制改革力度加大，政府与企业、政府与银行逐步分离，直接导致银行与企业的逐步分离，在这种情况下，政府由“父亲”变为“法官”，银行由“难兄难弟”变为市场交易伙伴，成为利益交换关系，企业的约束既有政府的硬约束，也有市场的硬约束，但这时市场上商品供给由于产业结构趋同已经基本饱和，产品大量积压，产品结构调整和技术改造所需资金在双重硬约束之下已经难以有效满足，由此，企业经营陷入困境。也就是说，企业供给原有的产品结构已经无利可图，必须进行结构调整，而结构调整所需资金已经难以得到有效满足。
其三，非国有经济的发展。中国的非国有经济，在改革初期对整个经济的发展和稳定都做出了极大的贡献。但随着改革的深入，其对整个经济的内在制约日益突现出来：一方面，非国有经济（尤其乡镇企业）的发展，初起是一种爆发型的，即是多年压抑的生产力和社会闲置财货资源的新组合，一旦这种受压制的潜能充分释放出来，其增长的力量也就趋于消失；同时，其发展虽然是在国有经济的夹缝中，但却是在政策优惠的沃土上实现了自己的资本积聚。改革的深入，不断使这些夹缝和优惠政策失去了应有的优势和特殊地位，非国有经济的处境就不那么轻松了，1998年非国有经济的投资零增长和融资难现状，都充分说明这一点；另一方面，在国有经济需要进行战略性重组之时，非国有经济也面临着结构性转换的难题。非国有经济存在的最大问题就是管理和规模结构问题。时至今日，无论是管理还是规模结构上，私营经济都已走到自身的顶点，要取得较好的发展，必须尽快进行结构性调整和扩张。但非国有经济与国有经济同样面临着融资难问题，90年代后期非国有经济增长大幅度下降，主要根源就在于此。时至今日，私营经济仍步履维艰。
从商品供求市场来看，一方面存在大量需求潜力无法满足，另一方面存在大量商品的供给过剩无法消化，从而形成反市场的“过剩”与“短缺”并存的独特商品市场困境。也就是说，整个经济陷入消费层面“买不起”和“买不着”并存，供给层面“卖不出”与“无力供应”并存的困境之中，表现出明显的反市场态势。这种困境，实际上是由于城乡二元结构、金融二元结构和公有经济与民营经济二元结构在中国整体渐进式改革进程中相互作用、共同构成复杂的结构体系形成的，是具有中国特色的独特经济困境。用西方经济学引入劳动力市场扩展的IS—LM模型解释，中国的微观经济市场存在着严重的非均衡刚性，这种刚性是由一系列刚性—工资刚性、就业刚性、资金价格刚性、商品成本刚性——构成，而这一系列刚性的形成，则是由于政府一系列政策与制度长期交织运作积累而成的。改变这种状态，必须推进政府职能的转变与市场经济体制建设。
上面微观经济运行的三个市场都存在严重的结构性问题，从而导致中国经济的宏观经济困境。而中国区域经济，主要是存在以产业结构差异为核心的二元结构，这种产业结构差异，不仅是产业层次的差别，更重要的是还表现在生产方式、融资方式、产业结构等的差距上，这一切的根源在于政府干预经济的方式与市场化程度的差别，当然，这种差距是由于政策和国家整体改革战略部署造成的。
（4）最后看区域结构。我们知道，国民经济整体是由各个区域经济共同构成的，区域经济的综合水平与发展趋势，基本上代表着国家整体的国民经济发展状况。同理，微观经济市场状况也同样表现在区域经济的�