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经过几年经营，到刘备屯驻樊城时，他们已经拥有了一支万余人的军队。在刘备的周围，聚集了关羽、张飞、赵云等武将，诸葛亮、徐庶、孙乾、麋竺等谋士。由于刘备善于用人，荆州一带许多人士都归心于他。
赤壁之战，立足荆州曹操统一北方后，雄心勃勃，企图一举南下，统一全国。当时南方有江东的孙权、荆州的刘表和益州的刘璋三大势力。刘表割据的荆州之地，北据汉、沔，利尽南海，是一个非常富庶的地区。这里距离中原最近，曹操担忧刘备一旦夺取荆州，将刘表的七八万水陆军和数以千计的战船全部据为己有，必将构成对自己统一事业的威胁，于是决定先从荆州下手。
建安十三年（208 ）八月，曹操率领十多万大军南征，直指襄阳。就在此时，刘表突然病死，其次子刘琮继任荆州牧。大臣劝刘琮投降曹操，刘琮说：现在我和你们占据全楚之地，守着我家先辈的家业，坐观天下，为什么不行呢？有个叫傅巽的大臣对他说：你自认为比得上刘备吗？刘琮回答：我不如他。傅巽分析说：假如刘备有足够的能力抵御曹操，那么刘备就不会甘居于您之下。希望您能当机立断。刘琮慑于曹操的军威，于这年九月，就派使者向曹操投降了。当时屯驻樊城的刘备，对曹操南征和刘琮不战而降等事一无所知，刘琮也不敢将乞降的事告诉他，所以，直到曹操大军抵达宛（今南阳市）城，刘备才听到消息。刘备兵微将寡，腹背受敌，形势非常严峻。经过商议，决定向南撤退，约好在江陵（今湖北江陵）会合。江陵是重要的军事基地，可以西接益州牧刘璋，东联江东的孙权，而且那里屯积了不少军需物资，有利于同曹操周旋。刘备派关羽率领水军乘船走水路，自己率余众经襄阳南撤。经过襄阳时，诸葛亮建议刘备攻杀刘琮，以便占据荆州，刘备说：刘表临死前，将刘琮托付给我，现在为了保全自己，背信弃义，我实在不忍这么干。不然，我死后有什么脸见刘表？于是刘备主动邀请刘琮一起南撤，刘琮没有接受。但刘琮左右的人和其他一些荆州人都归附了刘备。到达当阳（今湖北当阳东北）时，跟随刘备的百姓多达十余万。由于带着数千车物资，队伍行动缓慢，有时一天只能前进十多里路。有人提醒刘备说：“宜速行保江陵，今虽拥大众，被甲者少，若曹操兵至，何以拒之？”刘备回答：成大事者以人为本，今人归我，我怎么能忍心抛弃他们？依然照旧行进。刘备后来在当阳境内的长阪被曹操追上，结果兵众四散，几千车物质也被曹操截获。刘备带领诸葛亮、张飞、赵云等数十骑逃脱，斜趋汉津，恰好与关羽的水军相会。前来迎接的刘表长子刘琦也带着一万多人随后赶到。合兵以后，刘备所部共两万多人，一同前往夏口（今武汉市汉阳）。
曹操南征以来，一路收编了刘琮的七八万水陆军队，缴获了大量粮草和武器。占领江陵后，他决定乘胜顺江东下，一举消灭刘备、刘琦，然后再图江东。
当曹操南征、刘表病死的消息刚刚传到江东的时候，孙权就感觉到形势不妙，连忙派鲁肃前往荆州观察动静。鲁肃找到刘备、诸葛亮，已是长阪之败以后，当时刘备正准备投奔苍梧（今广西梧州一带）太守吴巨。鲁肃劝刘备说，与其远投岭南，不如近联孙权。建议他们向东撤退。诸葛亮见情况紧急，也劝刘备向孙权求救，于是刘备一面率领队伍向东撤退，一面派诸葛亮去见孙权。
当时孙权拥军柴桑（今江西九江市西南），观望曹刘成败。诸葛亮跟着鲁肃来到柴桑，为了促成孙刘联盟，他用计激孙权说：曹操现在攻破荆州，威震四海，将军如果能以吴越之众与他抗衡，就应早日与他绝交；如果抵挡不住，为什么不按兵束甲，向他称臣呢？孙权听后大怒说：我拥有全吴之地，十万之众，岂能受制于人。于是决定与刘备共同抗曹。诸葛亮为了坚定孙权取胜的信心，解除后顾之忧，仔细地分析了当时的形势：“豫州（指刘备）军虽败于长阪，今战士还者及关羽水军精甲万人，刘琦合江夏战士亦不下万人。曹操之众远来疲弊，且北方之人，不习水战；又荆州之民归附曹操，为兵势所逼，并非心服。今将军如能命猛将统兵数万，与豫州协规同力，破曹操必矣。荆、吴之势强，鼎足之形成矣。”孙权听了大喜，立即派周瑜、程普、鲁肃等统领三万水军，跟随诸葛亮与刘备会合，迎击曹操。
建安十三年（208 ）十月，曹操亲统大军自江陵顺流而下，与逆水西进的孙刘联军相遇于赤壁（今湖北武昌县西赤矶山）。当时曹军士兵大多水土不服，染上疾疫，初战即败，于是撤退到江北的乌林，和联军隔江相对。后来联军利用火攻，大败曹军，曹操留下曹仁、徐晃驻守江陵，乐进驻守襄阳，自己带领军队退回北方。
经过赤壁之战，孙权的统治得到巩固，刘备也乘机向江南发展势力。他表奏刘琦为荆州刺史，又南征武陵、长沙、桂阳、零陵，这四郡的太守先后投降，刘备因此占据了荆州的江南部分。不久，刘琦病死，刘备做了荆州牧，领兵屯驻油口，改油口为公安（今湖北公安）。刘备以诸葛亮为军师中郎将，使督零陵、桂阳、长沙三郡，征收赋税，供军政费用。为了加强孙刘联盟，共同抵御曹操，孙权嫁妹给刘备，在鲁肃的建议下，孙权又同意刘备的请求，将南郡借给他，即所谓“借荆州”。后来，曹操正在写字时，听说孙权借荆州给刘备，连笔都落到地上了。至此，刘备在荆州立足已稳。为了实现诸葛亮《隆中对》中提出的目标，刘备集团开始谋划，准备夺取西面的益州。西取益州，奠定基业益州包括今天的四川全部和云南、贵州的大部分地区，地方广大，土地肥沃，素以“天府之国”著称，但在刘焉、刘璋父子的统治下，这里成为一个社会矛盾尖锐复杂的地方。公元208 年，曹操打下荆州，刘璋曾归附曹操。赤壁之战后，刘璋断绝了同曹操的关系。孙权曾遣使和刘备商议，试图共同攻取益州，刘备因为另有打算，拒绝了孙权的建议。
原来，刘备在此之前，已经与刘璋方面的人士有了一些接触。刘璋在赤壁之战前，派部下张松，赤壁之战后又派部下法正，先后拜见过刘备。刘备不但热情地接待，而且借机询问了许多益州的情况。张松、法正见刘备才能突出，善于用人，于是都对他十分倾心，把益州的地理形势和府库钱粮、人马兵器等情况，都告诉了刘备，甚至还画了益州详细的山川地理形势图，供刘备参考，使刘备“尽知益州虚实”。张松、法正从刘备那里回益州后，都劝刘璋与刘备结好，后来二人又密谋寻找机会迎接刘备入蜀。
谋臣庞统这时也劝刘备尽早占据益州，他说：“荆州荒残，人物殚尽，东有孙吴，北有曹氏，鼎足之计，难以得志。今益州国富民强，户口百万，四部兵马，所出必具，宝货无求于外，今可权借以定大事。”最后，他还提醒刘备：“今日不取，终为人利耳。”
建安十六年（211），益州牧刘璋听说曹操准备派大将钟繇率军进攻汉中的张鲁，十分恐惧。张松乘机向刘璋进言：“刘豫州，使君之宗室而曹公之深仇也，善用兵，若使之讨鲁，鲁必破。鲁破，则益州强，曹公虽来，无能为也。”巧妙地向刘璋提出了迎刘备入蜀的建义。刘璋为了抵抗曹操，派法正领兵四千，携带厚礼，前往荆州迎接刘备。法正出发前，主簿黄权曾提醒刘璋：刘备是一个有雄才大略的著名人物，接他来益州，如果以部下对待，他不会满意；如果以宾客礼对待，一国不容二主，势必造成累卵之危，请他作长远考虑。但刘璋根本就听不进他的意见。所以当时就有人说刘璋此举是引狼入室。
果然，法正一到荆州，就劝刘备乘机占据益州，他说：刘璋懦弱可欺，又有张松作内应，您肯定能占领益州；成功以后，凭借益州险阻，利用那里的财富，不愁成不了大事。刘备听后点头称是。
刘备以接受刘璋的邀请为名，率领步卒数万人，与庞统、黄忠等进入益州，留下诸葛亮、关羽、张飞等守荆州。刘备经江州（今四川重庆市）、垫江（今合川）抵涪县（今绵阳市东北），刘璋率步骑出城热烈欢迎。刘璋让刘备做了行大司马，兼领司隶校尉，又将杨怀、高沛统领的白水军交给刘备，让他去攻打张鲁。张松让法正提醒刘备，可以乘机袭杀刘璋，谋臣庞统也赞成这么做。刘备认为此事非同一般，不能仓猝，就暂时按刘璋的意图，率领约三万人，带着大量的武器装备，向北前进，去攻打张鲁。当前进到葭萌（今四川广元西南）的时候，刘备根本不再考虑什么讨伐张鲁的问题，而是停下来拥军自保，“厚树恩德，以收众心”，为夺取益州作准备。
建安十七年（212）十月，曹操进攻孙权，孙权请刘备回救荆州。刘备以孙权和他势同唇齿为借口，派使者请刘璋给予一万兵力及武器粮草，以便他援救孙权。刘璋对刘备不讨张鲁，却去援救孙权相当不满，只勉强答应给兵四千，武器粮草等也都只给刘备要求的一半。刘备借机激怒将士说：我为刘璋征讨强敌，将士辛勤劳顿，无暇安宁；刘璋虽然资财积累丰富，对我们却如此吝啬，这怎么能让大家为他拼死作战呢？使军中上下都对刘璋产生了不满情绪。在成都的张松认为刘备真的要离开益州，赶紧给他写信说：“今大事垂手可立，怎么就放弃而走呢？”不料此事被他的哥哥广汉太守张肃所告发。刘璋当即捕杀了张松，然后下令各守关将领不得放刘备通过。刘备闻讯大怒，果断诱杀了刘璋的白水军督杨怀、高沛，收编了白水军，接着与黄忠、卓膺率兵进驻涪城，准备继续南下进攻刘璋。
刘璋得到消息，慌忙派刘璝、冷苞、张任、邓贤等迎击，结果连吃败仗，退守绵竹（今四川绵竹东南）。刘璋又派李严总督绵竹诸军，准备反击，不料李严倒戈投降。至214 年刘备兵势加强，于是分兵攻占附近诸县，最后将刘璋包围在雒城（今四川广汉西北）。与此同时，刘备下令留守荆州的诸葛亮火速领兵西上。诸葛亮留下关羽驻守荆州，自己立刻与张飞、赵云统兵入蜀。一路上，诸葛亮、张飞、赵云攻下巴东、江州、江阳（今四川泸州）、犍为（今四川彭山西）、巴西（今四川阆中）、德阳（今四川遂宁东南）。214 年五月，刘备攻下雒城，刘璋逃至成都。刘备乘胜追击，在成都与诸葛亮的军队会师。当时，成都城内有三万精兵和可供一年支出的粮食布匹，不少人还想固守。但刘璋见大势已去，无心抵抗，便说：我家父子在益州二十余年，对老百姓无恩无德，已经让他们四处奔波，攻战三年了，我怎么能忍心再让他们为我受苦呢！于是在这年六月出降。刘备终于取得了益州。在此之前，马超前来投奔，刘备闻讯，特别高兴地说：这下准能取得益州了。在庆祝胜利的酒宴上，刘备掩饰不住内心的喜悦，对庞统说：“今日之会，可谓乐矣。”庞统直言不讳地说：“伐人之国而以为欢，非仁者之兵也。”刘备听后一时大怒，但转念细想，又觉得庞统说的不无道理。另外，他想到，夺取益州，只是统一大业的第一步，今后的历程很可能更艰难，不可盲目乐观。
占据益州后，刘备自称益州牧，以诸葛亮为军师将军，依靠法正、关羽、张飞、赵云、马超等文臣武将，收拢了董和、黄权、李严等一部分刘璋旧部，初步具备了封建统治的规模。从此，刘备外出征战，诸葛亮镇守成都，足食足兵，配合十分默契。
作为外来势力，刘备占领益州后，吸取刘璋的教训，一开始就注意搞好与当地“土著”以及刘璋旧部的关系，只要不公开反对他，就加以笼络和任用。黄权曾极力反对刘璋迎刘备入蜀，刘备入益州后，黄权还闭城坚守，直到刘璋投降后，他才投降。对这样的人，刘备也不计前嫌，加以任用。这样，刘备较好地调和了主客之间的矛盾，使他的统治得到初步的稳定。
刘备刚刚进入成都时，有人主张将成都内外的一些土地房屋分赐诸将，赵云提出反对意见说：现在天下尚未平定，切不可追求安乐。益州百姓遭受了战争的祸害，我们应该把土地房屋归还给他们，使他们安居复业，我们也可以征调赋税徭役，满足财政军事的需要。刘备从统治者的长远利益考虑，很痛快地采纳了他的意见。另外，攻破成都时，兵士将财宝钱物争抢一空，后来军用不足，刘备很是担忧。有个叫刘巴的建议说：这不难，您只要铸造钱币，平抑物价，开展官市，就行了。刘备照他说的办了。不久，财政状况果然有了好转。
刘璋统治益州时，由于地方豪强和官僚们的专横自恣，侵夺百姓，不仅阶级矛盾尖锐，而且统治阶级内部也因分赃不匀而矛盾重重。进入益州后，诸葛亮采取了“先理强，后理弱”的政策，来改变这种现状。“理强”即是限制、打击“专横自恣”的豪强官僚“理弱”即是扶植农民发展生产。
在刘备的支持下，诸葛亮厉行法治，对那些为非作歹以及敌视刘备集团的豪族官僚进行了严厉的打击。有些人因此攻击诸葛亮刑法峻急，法正也写信劝诸葛亮说：我们刚刚占据益州，还没有垂恩德于地方，就施用权威，按主、客关系论，我们也应该多行点恩德，把刑罚、禁令放得宽一些，以示安慰。诸葛亮回信说：刘璋暗弱，自焉已来有累世之恩，文法羁縻，互相承奉，德政不举，威刑不肃。蜀土人士，专权自恣，君臣之道，渐以陵替；宠之以位，位极则贱，顺之以恩，恩竭则慢。所以致弊，实由于此。吾今威之以法，法行则知恩，限之以爵，爵加则知荣；荣恩并济�