竺可桢本来打算维持浙大到大变局的最后一小时，但4月29日他就被迫离开浙大到了上海。4月28日，即红旗插上南京城头的第四天，他接到杭州市政府转来的杭立武电报：“俞市长烦速转浙大竺校长，望早莅沪。教授愿离校者到沪后可设法。晓峰已到。杭立武。”杭立武时为国民党政府教育部长。因为4月26日竺可桢听说军警闯入上海交大、逮捕80多名学生的消息，他为浙大师生的安全感到担忧，他曾于27日接连走访浙江省教育厅长、省政府秘书长、省保安司令，询问军队是否会进浙大捕人，并未得到确切的答复。他放心不下，所以当即给杭立武复电：“沪校疏散，浙大师生震惊，此时暂难离杭。”＇2＇同一天晚上，他得到了省主席和保安司令“决不入浙大捕人”的保证，加上杭立武4月29日又一次来电催他。所以他虽感为难，但还是决定暂时离开浙大，他的日记对当时的心态有详细的记录。
因余觉部中既有电嘱余去沪，余虽复电谓师生见沪上报载疏散十五大学莫不震惧，但昨晚郑石君已谓省府决无来浙大捉人之意，故余已无留浙大之理由。兼之杭州谣传日多，谓余将出任维持会副主席，故余若再留浙大，极难剖白对于政治上有何关系，因之决计暂时避开。不料晨间又接杭立武电，谓有要事相商，速来沪云云，因此余之地位遂成untenable＇站不住脚＇，不可避免的要离杭了，否则只能辞职离校，但后一着亦须离杭遂行。于是再四思维，不得不出之一走。＇3＇当天下午大雨不止，他没有带家属一同离校。原定两点三十分开车，结果焦灼地等到晚上十一点十四分才开车，大批士兵蜂拥上车，一路上也都有士兵上车，而且一度因士兵抢车辆而停车。车厢人满为患，其中95％是兵，他在日记中说：“余闻一军官谈国民党与共产党之战，目前共军得势已无可挽回。……又一军人谈在沈阳如何脱走情形，从不闻有同仇敌忾之意气，亦无愤恨复仇之心理，所谓军无斗志也。”＇4＇直到4月30日中午十二点半，火车才到达上海西站，人满为患，他只能从车窗跳出，出站时军警要上海身份证，“颇有刁难”。等到达中央研究院安顿下来，他就安排陪他同来的姚维明回杭州，并请转告夫人陈汲（允敏）“决不去台湾或广州”。当天下午三点，他见到杭立武，所谓“要事相商”果然是要他去台湾或厦门，他都拒绝了，并提出辞职。当晚，杭立武送来旅费二千万，他只是“当袁洋五元”了事。＇5＇ 可以说从他到上海的第一天起就没有想过要去台湾。
5月2日早晨，他到街上买烧饼充饥，《新闻报》上有钮永建、竺可桢飞台湾的消息。“见之使我大为惊惶，不知此消息之何来。缘张默君确于三十日乘坐考试院专机赴台北，钮永建亦在内云。……又遇晓峰，立武正在搬家，似日内即将出发者。渠仍劝余去台湾，且谓办护照须在广州云……”国民党行政院及各部早在南京陷落前就已迁至广州，当时竺可桢应邀去巴黎参加科学与其社会关系委员会会议，也必须到广州才能办理护照。＇6＇当天，他就给严仁赓、苏步青写信，告诉他们未去台湾，“于狂风骤雨中仓皇出走，抛十余年共患难之友朋、生徒、妻子于不顾”，事出无奈，希望他们见谅，并表示自己已向教育部辞去浙大校长职务，回中央研究院。至于上海各报所谓他昨天已飞抵台湾的报道，他说：“近代物理学尚未发现分身之术，兄等置之一笑可耳。”实际上是辟谣。＇7＇5月6日，竺可桢“途遇蒋经国”。据他事后告诉接近的人，蒋经国曾劝他去台湾，他婉言谢绝了。浙大学生谢觉民回忆，多年后去台湾，蒋经国单独邀请他午餐，亲口对他说：“当年我奉父命，邀请令师竺可桢先生前来台湾，可惜他未能前来。”＇8＇5月17日中午，他接到傅斯年台北来电，邀他去台湾大学，他在日记中说：“得孟真自电，嘱赴台大。余将函复辞谢。因余十四年长浙大，若欲重执教鞭，亦非有一年之温习静读不可也。”＇9＇5月19日晨，竺可桢接到杭立武广州来电：“请上海医学院朱院长接洽，乘机飞穗，已为兄办护照，并闻，弟杭立武辰巧。”＇10＇巧即十八日，杭立武说替他办好了护照，就是指去巴黎的事。之前5月9日，竺可桢曾打电话给Unesco（巴黎科学与其社会关系委员会）的施茂德，知Unesco尚未有回电。此时陈毅的大军离龙华机场已只有五里。
5月20日，因为护照已办妥，竺可桢到中央银行，“拟提取所存六百余元美金以为万一赴法国出席科学会议可作为旅费，不料私人存款亦须在广州提取，故此款又落空矣”。他感叹：“凡奉公守法之人往往吃亏，此现政府之所以不能受人爱戴也。”＇11＇从“万一赴法国出席科学会议”中“万一”一词即可知，竺可桢实也并没有下决心去法国，至于广州、台湾则从来没打算去。无论时局如何演变，他已选择留下，不想再上国民党这条船了。
5月27日，上海已解放，《大公报》报道了“竺可桢未去台湾”的消息。1949年，在去留之间，竺可桢为什么会毫不犹豫地选择留下，从他当年的日记和当事人的回忆来看，至少有三个主要因素。一是他对国民党的腐败、暴戾十分不满，并深感绝望。二是他对浙大和学生的感情深厚，不愿离开。三是中共地下党对他积极争取，团结尊重他。
希望能苦干到底
当1949年来临的时候，竺可桢尚未最后意识到曲将终、人将散。但他对国民党的腐败、暴戾有着很深的反感，并深感绝望。上海解放之后，他日记中的两段话基本上代表了他对国民党的评价，5月26日他和友人谈及政局，“以为国民党之失，乃国民党之所自取。在民国二十五六年蒋介石为国人众望所归，但十年来刚愎自私，包揽、放纵贪污，卒致身败名裂，不亦可惜乎？余谓唐明皇开元、天宝二个时期截然不同。有一杨国忠已足以偾事，何况如杨国忠者尚不止一人乎”。 5月27日他在日记中写道：“民十六年国民党北伐，人民欢腾一如今日。但国民党不自振作，包庇贪污，赏罚不明，卒致有今日之颠覆。解放军之来，人民如大旱之望云霓。，不要如国民党之腐败。”＇12＇他曾几次在日记中提到蒋介石心腹爱将汤恩伯的贪婪。
3月23日，当他听说汤“在沪曾要求七千条金子为代价，可以撤兵之说”后，感叹“目前买卖货物，价值较大者均值百抽一为保安捐，真可谓苛政猛于虎矣”。＇13＇5月20日他又记下了汤向中央银行提取金子一万条及所有银元的传说，并进一步议论——“空穴来风，非无根之谣乎？上海各校闻传将以关金发薪，依照底数每元关金作八十万金圆（市价二百四十万），而袁洋价已二千七百万一枚，则教授薪亦不过袁洋三数枚而已……”＇14＇竺可桢对国民党缺乏好感并非始于1949年，1961年12月30日他为申请加入共产党而写的思想自传中说：“对于一般的国民党党员我是瞧不起的，不但是我自以为做科学和教育事业为清高，我从宋子文、孔祥熙的明目张胆贪污行为，更觉得官是做不得的。”宋是他在哈佛大学时的同学，“功课很平凡”，做了财政部长，“数年之间顿成富翁”。他埋头科学研究，不太关心时事，可对宋、孔他们的贪污腐败，他是打心眼里蔑视。不过他对蒋有好感，认为他北伐消灭北洋军阀有很大功劳。“到了1941年以后，蒋介石不顾舆情，一天天地压迫学生，我才慢慢地对他失去幻想。”抗战胜利后，他曾在杭州和江问渔以及少数浙大同事说过：“为国家前途计，为蒋介石个人计，最好的办法是蒋通电下野。”＇15＇可以说，他对国民党经历了从失望到绝望的一个过程，他曾数次拒绝加入国民党，因为他“素来对于政党毫无兴趣，而且深恶痛绝陈立夫的作风和宋子文、孔祥熙的贪污”，他公开主张“大学是超政治的，三青团不应进入大学”。＇16＇到1943年，“那时大学校长几乎全已加入国民党，只有他一个人不是党员。那一年教育部强迫各大学负责人到重庆入训练团，未经他的同意就公布他为三青团的监事，所以当他们要他填写入党志愿书时他就填了，反正入不入党也没有关系了（还领有党证）。三青团与国民党合并后，他居然被列名国民党中央委员。但他从未交过党费，从未参加过党员会议，更不用说中央委员会会议。抗战胜利后，陈布雷几次来信要他登记，他都复信拒绝了。＇17＇
见证最后的白色恐怖
在1949年的名人抢夺战中，国民党方面虽然一再想拉竺可桢去台湾，但对他也是心存芥蒂，并早已将他列入所谓“和平分子”的黑名单。4月15日，竺可桢的朋友周普文告诉他，曾见到过特务人员的两张黑名单，一张是“反动分子”，不易见到。一张是“和平分子”，很多知识界的朋友都榜上有名，竺可桢也名列其中。＇18＇国民党特务的这张“黑名单”对于竺可桢最终下决心不去台湾，恐怕不会没有影响。他在思想自传中讲到1949年的选择时说到杭州解放前三天离开浙大到上海中央研究院的原因：“首先由于国民党特务视浙大为眼中钉，而且从他们看来我是站在学生方面，是他们的对立面，在他们撤走以前，有可能做些对我不利的事情。其次，我对共产党办学方针毫不了解，不如回中央研究院重理旧业为适当。”＇19＇对于蒋介石排除国民党内的异己，将深得杭州市民拥护、对浙大多有照顾的浙江省主席陈仪免职、幽禁，竺可桢在日记中多次表示了不满。
2月17日一早，他从《大公报》获知陈仪被免职。“公洽到杭后，对于浙大备极爱护，如教职员工之给无价米、吴大信等五人之无条件释放。一旦换调，不知日后省府之是否更变政策也。”
2月18日，“有人以为上月二十六吴大信＇等＇释放时浙大学生大贴标语，省府置之不问不闻，与此次之更调有关，因特务方面必扩大其辞以报告蒋也。余以此知余地位之危险。陈叔谅早有言，谓浙大学生应加取缔，不知校中教职员全不管事，而使余首当其冲也。季谷谓陈公洽星期一九点去上海。任显群则已先时离杭，因任之作风，非有陈公洽之雅量不能相容也”。
2月21日，“省长陈公洽、市长任显群离杭去沪，市民送者极为拥挤，在太平洋影戏园开会”。陈仪临行前，竺可桢去送行，谈了十分钟。“余告以过去渠对于浙大同人给与无价米每月七斗，同人极为感激，而对于学生之越轨行动保安司令部和特务机构均欲严办，总由渠个人加以宽容之办法尤为难得。据云渠此次之免职，重要原因之一为一月二十六吴大信＇等＇五人释放＇时＇沿途游行并贴标语，特务报告更夸大其词一事所致。余得此消息于公洽之口，心中极为不安，因公洽去浙是一极大损失，因其人确有理想，且具胆识也。” 陈仪与任显群离杭前夕还交代说浙大学生办的《每日新闻》千万不要向校外发行，“不然必起冲突”。＇20＇3月3日，竺可桢在南京和翁文灏见面。“陈公洽之看管亦为事实。……三点朱骝先来谈，知陈公洽免职命在十七日前一周已到，广州孙哲生亦不明底蕴，后在上海遇浙警察＇？＇长，知陈公洽确不见客，谓其曾函共产方面，愿单独媾和云……”
3月4日，竺可桢回到杭州。“李季谷来，知陈公洽确被监视于衢州汤恩伯家中，因渠曾亲笔函某长君，劝采取个别与共产党取得和平之故云云……”＇21＇6月6日，他前天听说陈仪“已被押至台湾”，但告诉他的人“认为无性命之忧”。＇22＇7月4日，“李季谷来，知外传陈公洽在台与张学良被一同枪毙之说不确”。＇23＇不过，陈仪最后还是被蒋下令杀害了。
在上海最后的白色恐怖中，竺可桢更是见证了国民党的暴戾，他在日记中一一记下了国民党败退前的罪行。
5月6日，他从上海医学院朱恒璧那里知道，国民党士兵4月26日曾进入复旦，校长章友三受到侮辱。“谓不许友三声张，且搜查其寓所至三次之多，而主持之者皆系学生也。复旦校舍亦受破坏。交大驻兵至万人，在校中搜出左派宣传刊物至二卡车之多，使王之卓不能抗议驻兵云。”＇24＇5月8日、9日，他听说陈鹤琴前日曾被上海警察局拘捕，因左翼的中小学教职员联谊会曾发帖请陈鹤琴为顾问。请柬尚未发出就遭检查，陈以此而被捕。“局中刑事科长适酒醉”，有人问如何发落，“科长乘醉狂言曰一律枪毙。其草菅人命如此”，“后经章友三、王之卓、朱恒璧等四校长向市长力保，由陈良面批交警察厅毛森释放。余闻之毛发为之森然”。＇25＇5月22日，他在霞飞路看见“有黄牛党以高价买卖银元而枪毙”，不过他认为“昨日枪毙者计六人。但抬高银元黑市决非六人所能为力，亦冤哉枉也”。＇26＇6月20日，蒋介石派飞机轰炸上海，竺可桢认为“此时轰炸上海，徒苦人民，实乏意义也”。＇27＇正是对国民党的暴戾有清楚的认识，他才逐渐对蒋介石和国民党政权从失望继而绝望。
“应该有独立之思想”
对浙大和学生的深厚感情，对竺可桢选择留下也有着举足轻重的影响。长期以来国民党强硬势力总是指责他“放纵学生自由，甚至纵容共党”，甚至将浙大称为“共匪之租界”，其实是毫无根据的。他一贯信奉孟子、王阳明的性善说，在浙大，他就是以这样的观点看待学生，认为每个学生都是好的，除非他以自己的行为证明自己是坏人。他理解学生对现状的强烈不满，正如他在1948年6月22日的日记中说的：“学校为社会之缩影。因政治不安定，所以学生喜作政治活动。”但他向来不赞成学生从事政治活动，更不认同学生的左倾。
到1948年7月5日，他还对学生说：“目前苏联供给我们以马列主义，美国供给我们以白米面包，但吾人而有知，应该有独立之思想，不能人云亦云，食人唾余更属可鄙。”1949年1月2日晚，他观看了学生游艺会，其中有“讥讽