此后，他观察到如果真诚求学的话，若非有决心不松懈一点点时间，不断地探寻学法院中所有经论教理，不经过一番苦功夫，则将发生对诸善巧大德不生喜敬的过患。于是进入顺合与自己出生乡土的一所学法院（归扎什伦布寺管辖的）──脱桑岭（义为闻思洲）中求学。那时，他自己身边仅有一位侍者格西班觉（义为善知识富有）相随，愿以一名普通小僧人自居。但是尽管这样谦卑守持苦行，而扎什伦布寺所有喇嘛阿阇黎等仍然对他尊重，都对他顶礼承事。特别是寺中现任法台高位的班钦．桑珠伯桑（义为如意成就吉祥贤）也来拜谒他。事后有一僧人问班钦道：“今天法座和温萨巴大师会面了吗？”答道：“很好地会面了。可是我二人并没互相礼拜。”僧人问道：“是什么原因呢？”班钦大师故意开玩笑说：“他是在向一切智根敦主（义为僧成，班钦传为僧成转世）顶礼，我是在对温萨巴．洛桑邓珠（传洛桑却季绛称为温萨巴转世）顶礼。所以说，我二人并未互相顶礼。”那时，寺中所有主管各殿堂及管理戒规师等，许多教师导师们，都对大德洛桑却季绛称恭敬作礼，并再三请求他接受在聚会僧众的大会佛殿中，无论如何坐在那最高的一个座位上去。但是他婉言谢绝说：“这样做妨害大而意义小。”以过去宗喀巴大师的意趣来说，也是乐于以一介小僧自居，而进入僧院中真诚求学。这样他没有接受请求的时候，法座班钦大师再三请求说：“那么，无论如何你当接受一个毛织的花座垫，在僧众位列中以示一点区别，因为这样同一般小僧们坐在一起，既不必为难，而且也没有什么罪过。”这样作虽是仍然未合大德洛桑却季绛称的本意，但是碍于法座班钦大师之命难违，只好遵师命而应允。
继即在脱桑岭学法院中，阿阇黎班觉嘉措的座前，开始去研习辩论方式时，发生许多殊胜缘起征相。特别是在静室门前，见著一位瑜伽母，手捧著满盛牛奶的颅器而来，他当即依密宗母续部的教导，心生左绕瑜伽母并顶礼的观想。瑜伽母即生起笑容高举颅器，向大德洛桑却季绛称前作供养状。他自己微向前走动了一下，心想细看瑜伽母真容是怎样的，转眼一看时忽然不见了。继即对于辩论方式做到符合要求，这不仅是他过去生中长久薰习之力所致，并且他在桑杰耶喜大师前，已经听受过一切显密要道中所有难义，而内心复依教义去精修。以此，当时来到学法院中，他虽是对道与非道的分析，已是智理无碍的人物，但到了学院约一月的当中，他完全韬光隐晦而处。
到了结夏时，他返温萨寺。那时克珠．桑杰耶喜大师为以他为首的温萨寺僧众，传授《懀洞笫α有蟹ń彩凇烦写惺冢啊斗ㄍ醢尤峭咧魅反兴惺凇Ｌ乇鸲运鋈舜冢淖诳Π痛笫Χ还舶舜蠓ㄒ际停八セ姑挥刑芄男矶喙喽ァ⑺娲凸喽サ确ㄒＴ谇锛荆刺芰酥磷鹈芾杖瞻退鞯氖璧人惺凇Ｋ闹猩鹆讼舶啪采搅值闹救ぃ鞒稣庋氖瑁骸�
“南无姑如曼殊廓喀雅。
皈礼于谁得真救，礼佛足趾新月光，照我心莲常鲜艳，愿于何时亦不萎。
人天导师佛世尊，迄今亦逝仅闻名，犹如流水去不返，摇动世间岂有常。
住寿无量远古人，至今唯余一名称，末劫浊世诸众生，无怪寿命如闪电。
已摧生老病死敌，战胜烦恼诸智人，均已随时次第去，如我怎不死速临。
应观寿命如风吹，莲瓣尖端随转露，轮回美满如毒蛇，摇舌频舞有何欣。
梵天帝释转轮王，轮回福乐虽造极，仍堕无间狱火中，智者谁复生贪恋。
世间美满如狂澜，真实如狂骄慢辈，不久被卷入海涛，此如漏舟之有法。
总之高末将衰危，生皆归死聚终离，佛语无欺随所说，皆是世间所常见。
佛日所放大光明，谁心未受此慈光，入八无暇黑暗洲，此生难获福善机。
若观众生尊卑变，怨家相逢亲别离，生老病死现相时，自亦如是何不见。
如夏虚空所现虹，亦如流云时聚散，青春本以坏为性，智者对此谁信依。
富有金山并玉井，人尽我友死皆空，七圣财为常在财，无上菩提是常友。
以故八风戏论网，应以慧剑速斩除，佛所赞叹寂静林，何不住修取甘露。
草原虹般彩楼阁，平铺水晶以为地，果实繁结叶阴处，行者消遣乐其中。
如是月灯耀清辉，星如悬珞入夜时，精勤瑜伽其中乐，少分三有中难寻。
充满莲香水流清，美艳水禽悦耳鸣，孔雀童子乐起舞，此处具义暇满身。
繁茂花果满林薮，增长心乐深山丛，悦意绿叶构小屋，我喜于中修禅乐。
悦意深山隐洞中，摒弃欲境诸散乱，安住四圣种生乐，纵是南面王亦无。
犹如天堂西藏境，细微恶行亦远离，三业清净妙道中，自然安住内心乐。
斯从经教取精髓，烦恼心疮皆净治，愿开百门三摩地，戏观无边胜功德。
说此语者为喜悦，寂静山林一沙门，愿如所说助道长，慧贤法幢是我名。”
如上的诗歌，是有很多的。继于冬季法会开始时，他复去到扎什伦布，遍游一切编制有广大经论教理的寺院中，研习教义时，十分精进用功，以致掌心磨结厚茧，指甲缝间都裂如莲瓣。继后，在己丑年四月大供养节时，他返回温萨寺，听受上师桑杰耶喜，讲授胜乐依彩土曼陀罗灌顶法后，随即复往扎什伦布。当时，天花正蔓延各方，大德洛桑却季绛称也受天花的传染，但仍不断地勤学经教。上师桑杰耶喜方听得他患天花的消息，立即赶到扎什伦布为他修法加持，并面授有关暂时和永久修善的最后教言，只住了三日也就返回温萨寺。当天，他即想喝酥茶，侍者不愿他饮茶（对病不利）而加劝阻。他仍心有所畏地喝了酥茶，侍者也不再强行劝阻。总之，二十七、二十八两天，只是身感疲乏，而并无任何病痛。五天中痘即脱险，获得痊愈。那时，他的身边仍然只有侍者格西一人。据说以病期那样短而又没有疤痕来揣测，当时他人也生起是否确有其事的怀疑。但是在那时上师桑杰耶喜赶去对他作加持，并传法授权加持他成为耳传法主的情节，是载在《桑杰耶喜传》中，如前文所说那样。
此后，学法院诸阿阇黎、仁波切等，坚持要大师对《释量论》立宗答辩，他也就欣然同意。在许多智者集聚海会中，宣说出无垢理智之音声，如法称论师再来一般，一切智者心悦诚服。天花病愈后，连续闭关一月多，合修的文殊、怖畏金刚法，其间虽出现很多稀有梦兆，但没传出。某时，亲自现见五色彩虹帐中，现一月轮。其上白色“阿”字周边“雅麻热则”字，如水晶般透亮围绕，发出光明，遍照自他一切情器世间，获得文殊怙主，究竟耳传教授，文殊静猛合修的殊胜加持证悟。后惊悉克珠．桑杰耶喜圆寂，回到温萨寺，供养肉身，并修宝塔于内宝外围，且内塑身像，此诸情况已于克珠．桑杰耶喜传记中言讫。
继在扎什伦布寺研习中观诸经论，获得无碍辩才，依教依理破驳对方，压倒一切邪论。俨然成为阿阇黎月称再来于此间藏土。继于辛卯年七月初三日，在高幢殿中，请班钦．当却扬迫为亲教师，阿阇黎仁清伯觉嘉措（义为宝富海）为作羯磨师，班钦．拉旺洛卓为作教导师。以及在足数的具信僧伽当中，正式受具足比丘圆满大戒，俨然成为导师释迦牟尼再来于此间雪域西藏。当年的秋末，大德洛桑却季绛称去到前藏，在拉萨大小昭主要两尊佛像等前，供献施设意显诸供，发大宏愿，以此发现许多殊胜加持的瑞相。供养发愿完毕后，去到甘丹寺，遵依甘丹赤巴（承继宗喀巴大师法座教主）及藏王季学巴等的劝勉，在僧俗千百万众的大会当中，立四论宗。始终未发现有能胜过他智理辩才的人物。以此他那尊胜诸方的美名，传遍于大地之上。
他在甘丹于朗喀称金大师座前，主要听受时轮金刚法类的灌顶、摄续、广释、总示灌顶等经教诵授。枳布巴师传胜乐内外两种灌顶、喜金刚颅器及兵器两种灌顶、大轮灌顶、马头金刚极密灌顶、纳布巴师传胜乐灌顶、红阎摩五尊法、噶当派十六精滴灌顶、及毗卢遮那灌顶等，瑜伽续部的一些灌顶，并无量寿、阿閦佛等作行两部密续的许多灌顶，红色三法的随赐灌顶、及三法全部教授的承传诵授，白胜乐，白亥母智明母，大梵母、侠热玛那天女、尸林主双尊、四臂母、黄毗沙门随赐灌顶、噶当六典、噶当派教史、布顿所作佛教史、喻法宝积根本释、法王朗喀称金（义为虚空名称）所作能怖金刚生圆二次第、亲友书明句释、入中论本释、菩提道次第广论等承传诵授。
又在阿阇黎金刚持格敦绛称（义为僧幢）的座前，听受了密集四家注承传诵授解说、及格敦嘉措（义为僧海）所作一切零散著述的诵授、长寿灌顶、金刚手邬扎法、黄色毗沙门随赐灌顶等。又在阿阇黎朗嘉伯桑的座前，听受了各部密续及俱生五次第明灯论诵授、西藏所译密集本续释等的诵授、察师所传四臂明王灌顶等法要。又在泽脱瓦．大菩萨当却伯坝（义为正法吉祥焰）座前，听受黑忿怒金刚灌顶，及开启天门、厥法具缘登岸三法教典诵授等，全部觉法教授，并得传授了与以上诸法有关许多甘露法要。同时他在朝礼野巴及察贡塘等处时，也详细阅读所受诸法典。在野巴驻锡七天的当中，他都在一心专修法要。并对仲巴桑敦巴等许多住山静修比丘们，传授菩提道次第及修心导释等法要。后来在返寺的途中，察扬寺的贡波护法也来护佑，示现了加被的象征。特别是他在贡塘寺用手握著贡波护法的脚，猛利地嘱托护持事业时，护法的脚真实地动起来了。
继即回到温萨寺，他在修夏期间，为喇嘛、阿阇黎、及博通十论法师等许多听法善知识聚会中，他乐意地广讲《菩提道次第略论》，结合略论的导释，并引许多佛经和印度古德所作经论，来庄严充实所讲。以此，听讲的善知识们都十分心悦。阁芒寺院阿阇黎雄康饶绛瓦对他说：“我听过甘丹退院法座等卫藏许多上师说法，我是一个硬头皮不轻易点头称是的人。但是我听上师你所说的法要，很能利益我心，使我生起较他师更为殊胜的信心。”在秋季里，他也就在温萨寺中，闭关专修许多大曼陀罗法门。此后洛桑巴从前藏也回来到他的座前，于是铸造了上师桑杰耶喜的鎏金铜像，高如人量。于戌辰年铸造完工后，他依胜乐彩土曼陀罗修大开光法，并以财物给诸铸工使其满意。
此后他想到温萨寺未来法流宏昌起见，复在寺中塑造许多经像。当经像建造完毕时，他内心生起这样的思想：“现在我此生中，须做的杂务，我想就这样结束吧！应立即摒除世间八法所有诸想分别，不和专为此生利乐的人们见面，从此尽我形寿一心专修。”并将此意告诉了洛桑巴后，立即闭关专修，下座的时间也都在细阅诸经论。这样修行善法约有六七个月的时间，对于修善生起了极大意乐。他在这样不断地修心时，内心生起虽仅是道之开端，但修时并未发生困难的感觉。并且他那时心生极大厌离的出离心，总想此生如大德侠瓦日巴及密勒日巴那样，一生专修。当他这样想的时候，（梦中）宗喀巴大师示现在他面前的空中，对他开示说：“为利自他众，不应闻厌足，三地诸菩萨，亦多闻无厌。”
于是不久他即出关，随顺梦中指示，听受无边灌顶，传经、教授，并对于诸大经论本释，也详细阅读。此中反覆地读诵《现观庄严论》、《一乘宝性论》、《中观根本智论》、《宝鬘论》、《六十如理根本论》、《亲友书》、《四百颂》、《入中论》、《集学处本论》、《入菩萨行论》、《菩提道炬论》、《修心本论》、《密集根本续》、《胜乐根本续》、《时轮第二品》、《时轮略续摄义》、《龙树五次第论》等许多大经论。复为杰仁波切．扎仁巴（义为吉祥宝），措钦堪布仁甲玛巴等约有十位善知识，传授胜乐灌顶及剖解导释，以及那塘百法随赐灌顶、二十一尊度母随赐灌顶、八千颂经教诵授、噶当派六种法典诵授、菩提道次第导释等许多法要。他也在受法善知识等前，听受那若空行母灌顶及其他两尊空行母随赐灌顶，文殊法门、八足随赐灌顶、大般若经、经本颂、三百颂、现对法集论及俱舍本释明义论、一切经集论、阿底峡尊者百法小集、龙树中观六论、弥勒五论、洛卓却炯（义为智法护）所作，关于能怖金刚生起次第克主杰著述补遗等经教诵授。他们昼夜不断彼此互相传法。
他自己谦卑谨慎地回到温萨寺，当时他心中很喜悦寂静处所，想现在就离世务专修，不稍退转，如过去获得成就的大德们一样的行者。在这样做的阶段中，虽然只是衣食的烦扰未断，但想到不要流为名不符实的离世务修行者“无二狮子”那样，于是修辟谷诸法，同时练习风息幻轮等法。他虽是已修得很彻底，但为了精益求精更增功用起见，在初冬他去到乍甲地方、努力精修，仅用了七天功夫，已达到如噶举派中行者那样，虽在隆冬脱去披衣也无妨害的功用。这样精修不乱的当中，由明净莹澈的心境，发而作出许多诗歌，一些记在书册中的诗歌是这样的：
“南无姑如曼殊廓喀雅。
堪依上师三宝前，至心皈依求摄受，显密道中所出生，三歌心语我今说。
现在能有自在时，勿空实义如扬糠，作业应喜于善法，一心精行为有义。
此生愿望作非难，后世长远实可怖，可怖长途迎送中，备足行粮是善图。
往昔任享五欲味，思彼心要何样有，现在切勿作自欺，应住无悔适意中。
自从最初入胎时，已向死主前进行，时光刹那亦不住，性缓有闲受魔惑。
须知如空现霓虹，彩色虽艳速消逝，青春健美增长时，亦将刹那变无常。
此如夏雨云中电，浊世寿短仅数日，人死从不依老少，应重后世不放逸。
亲眷犹如云聚散，生命不固如水沤，财物受用如华梦，以此应弃执常念。
珍此暇满之人身，不仅难得且易坏，现�