玛巴大师一同在嘎栋寺里闭关。在闭关专修的时期中，听受了很多文殊法门，并且对上师即本尊作猛利的祈祷。依本尊近修法，精勤静修。
特别是宗喀巴大师从无量劫来早已具有熟修佛道的修力，以此他对于闻、思、修学所有经论，心中油然生起纯粹是为救度众生而须得修成佛道的这一发心，绝不掺杂一些为此生名利恭敬、眷属圆满、自比他胜等（世间八风）种种的发心。大师每次讲说，语句总是熨贴悦耳，意义总是比他人所说更为殊胜突出，在数量众多的僧伽海会中，每立一自宗见解，他人总是难以推翻，而也不是只用各种方便能驳倒他人为满足，就连类似这样的染污作法一点也没有的。大师他绝不是为了自胜而褒贬他人，以及自作善巧、骄慢自矜地显示自己的智慧，使他人称誉自己等种种的原因而讲说，与及辩论和著作。可以说大师从最初闻思修学起到他圆寂的一生时期，任于何时中，要寻觅出上面所说那样世间作法的话，凡是诚实正直的人士，谁也无法说出。凡是对佛法有一些信仰倾向的人，谁都认为宗喀巴大师没有不正的才智，而不由自主地，认识到大师的一生是最为稀有令人生起敬信的大德史事。
正因为如此，宗喀巴大师决择经论意义，都是如佛那样，依解脱与趣入成佛的一切上下诸道，以及完全如诸大车轨所有教义那样紧记心中来作研究。而且这样做，不是运用一己的聪明利根随顺教理，只就他人的语句来研究，而作为可依的经教，这样的态度，在大师本性中是不存在的。他是依开显佛的经论的大车轨所指示的教理来如理地分析佛经中了不了义，最后运用了义经义极其深细的教理来观察，去求获得定解。如在极渴的痛苦中去寻求饮水那样的心情，去寻求钻研佛经教义。宗喀巴大师曾经亲口这样说：“现在藏中一般大智善知，作为群中英士的人们，对于解释佛经的诸论，只须一阅，不费力地就能清晰想起某种教义在某一论中；对他人宣说，也能使听者很能了解，容易领会在心里。这种功能我是早就有的，但是这种功能是不可靠的。如果用精细的智理很好地观察研究，最初所知道的认为好像都是对的那些东西，多数都归于取消而不成立。以此用精细智理很好地考究，还没有结束这种考究的中间，纵然对于某一教义作出决断，但这也是每入于不真实的方面。”
宗喀巴大师又说：“那时我生起了这样一种心情，想到依圣龙树父子的究竟正见，以及《密集五次第》、与其中极难通达的幻身道次第，通达则能获大义，不通达则易堕邪见险处，以及修空性与无上密道去求得佛果等法，自己还没有真实证得，只不过是知道这些口头句义，对于能开示龙树父子的真实意旨的善知识，不管是在印、藏、尼泊尔，或卫、藏、康等处，知道哪处有这样上师的住处，为了寻觅这样的善知识，哪怕经千辛万苦甚至牺牲生命，我有立刻必须去寻求的猛勇心情。”那时，由喇嘛乌玛巴作传述语言人，宗喀巴大师也就请问文殊菩萨，关于中观正见、显密的差别、无上密道中极其重要诸点、五次第数目决定之理等无量法义。为了决疑从辩驳中以启问教理为主。那时，宗喀巴大师启问文殊菩萨甚深中观等很多显密究竟要道的当中，文殊菩萨对宗喀巴大师宣说了中观应成与自续二派的差别，与及俱生、分别两种我执是怎样执著的我，比量智所破的粗细分别，通达正见的量度，应成派见宗规建立世俗谛的方法等教义中极难研究的最深要义，与及显密两乘共道与不共道的类别，密集五次第的体性，次第数目决定等极难通达的不共要义。宗喀巴大师听后，复对菩萨说：“还没有得到了解。”菩萨叮咛道：“这些法义，可以暂时记录下来，不要忘掉。一、对于上师即本尊殷重祈祷，专修本尊法；二、勤修积资净障二法，以及用智理来细研诸经论等三者合并起来精修，还须得常时精进，一点也不懈怠。再加上我文殊所说的这些教义作增上缘，就能迅速获得通达。”
宗喀巴大师由于有想通达中观正见及密集金刚教义的强烈愿望，他请问菩萨：“寻求能教授这样法义的上师，藏中以谁人为好？”菩萨对他说：“没有比仁达瓦再好的，但是他也不能解决你所有的疑难，只好由乌玛巴来为你作译传，我为你讲说，是再好没有。不过乌玛巴很快须回垛康地区。以此你现在不必讲说，暂行离开世事，依上面谈过的三者合并起来住静专修，很好地精修所缘，不久即可获得通达那些法义。”由于菩萨又说：“关于依哪种法要和经论去研求法义的问题来说，经论是无量的，而且印度所有班智达的著述，不可认为都是丝毫无误的。”以此大师复请问菩萨道：“那么，完全只依月称论师所释龙树菩萨的论义，是否可以认为丝毫没有错误呢？”菩萨答道：“月称论师是上方有一世界中，佛前极具智慧毅力的一位大菩萨，他为光显龙树宗法，如愿受生此间界，他所著释龙树意旨，无论显密都没有丝毫错误，是必须对他生起决定信受的。”
喇嘛乌玛巴在文殊菩萨前，请问宗喀巴大师的夙世本生事记。菩萨说：“在释迦如来住世时，此师受生为印度婆罗门子。那时，他值遇持比丘律仪的菩萨名牟比洛卓（义为胜解智），当即对这位菩萨欢喜承事，听受很多法义。由这位菩萨引导来到释迦如来前，此师得见如来而发大心。当时，以洁白水晶珠鬘一百零八虔诚敬供如来，而发宏愿，是以此因缘种下通达无谬空性正见的种子。现此生圆寂后将往生兜率在至尊弥勒菩萨前，听受无量大乘法义，成为菩萨号‘绛伯领波’（义为吉祥藏）。”宗喀巴大师往生兜率的史事，一切智克主杰请问宗喀巴大师将来如何时，是宗喀巴大师亲口对克主杰说：“我下生将往生兜率，这是我的师长乌玛巴及上师金刚手等很多上师，都异口同声这样说的。”
那时，宗喀巴大师本意是略重讲说弘法，喇嘛乌玛巴也同意宗喀巴大师的意思。因此，乌玛巴复请问菩萨说：“宗喀巴年轻就已经是这样大的才智，能作广大的饶益。如果现在仍然续作讲说广弘事业，对有情与正法是能作大饶益的。在正应当弘说的现在时期中，顿然舍事专修，他人也将对我有异言，以此仍请暂时许宗喀巴广说弘法为宜。”菩萨答道：“哪种能利益佛教和有情，这不是你能知道的。他人对你有异言，也须当忍辱。如不静住专修，不能延寿。利益也只能得到相似的。以此仍然以舍事专修为宜。”
于是宗喀巴大师与喇嘛乌玛巴二人在吉学区的嘎瓦栋寺闭关专修，各住一静室，饮食时共聚一处。在共聚用茶时，由乌玛巴为宗喀巴大师启问菩萨作传述人，大师在菩萨前，听受了很多教法和启问了不少法义。那时，乌玛巴正专修菩萨传授他的“修定所缘”。宗喀巴大师想自己若也殷勤祈祷专修本尊文殊菩萨，所得实益或许较大，即以此种想念向乌玛巴说明。乌玛巴说：“这样作是很可以的。”于是宗喀巴大师昼夜殷勤祈祷专修上师即本尊文殊菩萨。没有经过很多的日期，有一天顿见坛中现起如坛大小圆曼陀罗，如涂上鲜美的蓝色，十分光明莹洁，久看不厌，遍满五色虹霓状的霞光，光中有文殊菩萨，结跏趺坐，身红黄色，极其庄严，久看不厌。大师还没有将情形向乌玛巴说，而乌玛巴反先对宗喀巴大师说：“你好像已见著本尊了。”这样显现的本尊相，宗喀巴大师从此以后，任何时间里，只要宗喀巴大师想见的时候，一作祈祷即刻显现。这是宗喀巴大师秘密地告诉他的得意弟子克主．玛尾利玛（义为善成说日，即克主杰）时说的。此后，宗喀巴大师在本尊文殊菩萨前，听受了文殊菩萨阎曼德迦独勇金刚随缘灌顶，及无上瑜伽等诸密法，内、外、密三种阎摩法王等灌顶和加持，三摩地四灌顶等法。文殊菩萨为宗喀巴大师作独勇金刚灌顶时，现起独勇金刚身相为作灌顶；在作内密两种等灌顶时，文殊菩萨所现独勇金刚，即时变现为双身相而作灌顶；在作荡金却嘉（具誓护法）灌顶时，文殊菩萨即刻现起能怖金刚相，而对阎摩法王嘱咐护教命令。宗喀巴大师又从乌玛巴座前，听受文殊菩萨授与乌玛巴所有供修及诸事相，与观修所缘次第等很多教法。
宗喀巴大师决心专修后，请问菩萨随带哪些侍徒为宜？菩萨指示令带喇嘛绛伯嘉措（义为妙吉祥海）等安多地区四弟子以及前藏四弟子，共八大弟子。此后，喇嘛乌玛巴将回垛康地区，宗喀巴大师送到拉萨的时候，心想师徒暂时将不能相会，以此同乌玛巴相商在这具足加持的圣地──拉萨，殷重祈祷文殊菩萨，再传授一些修行摄要的教授。于是就在拉萨“脱顶玛”的南边金顶佛殿的檐下，陈设庄严供养，殷勤祈祷文殊菩萨，获得菩萨为说一些摄修行要义的偈颂。宗喀巴大师事后渐次将这些要义记录在著述中。那时，文殊菩萨所说的教授秘要根本颂文，见于宗喀巴著述的《言教小集》中。此外，菩萨还开示有难以数计的经教要义和观行法门。那时，文殊菩萨还对宗喀巴大师说：“此后应当勤祈上师即本尊，忏除过去所积罪障，增长广大资粮；并依大车轨智理细研显密经论教义。这样三者合修的方法，不断地勤修，不久将获证究竟正见，与一切显密无谬教义的决定通达。如果现在从事广讲法义，所得也不过相似的利益，以此宜舍事住静专修。”菩萨再三鼓励教诲说：“愚昧难调诸众生，为之广说益不大，以此住静勤专修，自他俱得欢喜道。”菩萨对宗喀巴作了这样的鼓励后，宗喀巴大师也很好地经过一番考虑，于是决定舍事住静专修。当乌玛巴在秋季起身往垛康地区去的时候，宗喀巴大师送到拉萨，也就在拉萨的阁康顶寺中师徒二人殷重祈祷本尊，大师即在乌玛巴前求得密集不动如来的四种灌顶。
此后，宗喀巴大师去到觉摩隆，在秋末为众广讲法义。到了猴年将近冬初的时候，大师寿数满三十六岁，由觉摩隆起身，随带绛噶瓦．伯敦桑波（义为吉祥贤）、垛敦．绛生瓦（义为菩提师子）、上座仁清绛称（义为宝幢）、上座桑炯（义为贤护）等前藏四大弟子，及喇嘛垛敦．绛伯嘉措（义为妙吉祥海）、格西．协饶扎（义为智称）、格西．绛伯扎喜（义为曼殊吉祥）、格西伯炯（义为吉祥护）等安多地区四大弟子。那时，细喀．勒乌仲巴为大师师徒承事服役，供给一切所需资具。大师师徒九人舍事而来到阿喀地方，冬春两季都住在阿喀却隆寺中，从那时起，是由对宗喀巴大师生起大信心的阿喀父子作施主，供给一切资具，承事服役。
宗喀巴大师住在阿喀却隆寺的时候，初修时想到净障集福的重要，师徒等精修四力忏净积资的时候，大师修三十五佛礼忏，及供曼陀罗供时，指端俱裂，仍精进苦行。如格西．卓隆巴大师说：“如果没有译出《大方广佛华严经》，藏中诸菩萨怎样能学得菩萨行呢？”以此当时大师师徒还细阅《华严经》等，开示广大佛子行的诸大经典。宗喀巴大师向他的得意弟子克主杰说：“增长大乘种姓能力的殊胜方便，这对于菩萨来说，他的卓越的毅力，是难以测量的。以此过去诸大菩萨都曾经学过广大无边的佛子行；现在及未来诸大菩萨也须得学习，无边佛经中所说的怎样学习佛子行的那些情况。我从现在起将进入那样学习的情况中，为了毫不畏怯，欢喜勇悍地进入佛子行，我对于经中所说的一切菩萨毅力和广大诸行，常时不断地依它作为修心的所缘而修。初修时，略发生艰难，后来经过很好的熟习，不待用功，而能自然地任于何时都不生畏怯，欢喜勇悍地进入佛子难以测量的毅力与卓越诸行。”这样精修，住阿喀却隆寺中的宗喀巴大师与门徒八人，努力勤修忏罪积福的时候，宗喀巴大师在修礼忏三十五佛的当中，常时亲见三十五佛现身。那时，大师曾见至尊弥勒菩萨，身如纯金色，体量高大，诸宝严饰，手执花枝作说法印，在宝座上作结跏趺坐。并见药师如来，身著黄衣。又见善妙坐相的至尊弥勒，如沙门像，身著袈裟，手持那伽树枝，以净瓶为标帜。又见无量寿佛等很多佛菩萨现身。大师认为这些现相，都是观修所现，没有认作决定而生执著。那时，由于大弟子中绛伯嘉措（妙吉祥海）也观修现见文殊菩萨真实身及语相，以此文殊菩萨对他说：“宗喀巴所见诸相，并非普通的幻相，须殷重祈祷，未来有极殊胜因缘。”绛伯嘉措自己所见文殊菩萨，宗喀巴大师曾多次考察请问甚深法义，所答等无有不合理的，以此大师心中诚信。
此后，大师师徒转往精奇寺礼弥勒像，广兴供养，并发宏愿。继后来到达波默隆区的甲索普寺过冬，在这里宗喀巴大师获得修行功力的增长与很多不可思议功德。那时，大师见著文殊菩萨，身相高大，德相庄严。有无量诸佛菩萨从而围绕，并有圣龙树、提婆、佛护、龙智、月称、无著、世亲、陈那、法称、功德光、释迦光、天王慧、敬堪布、噶玛那西那（莲花戒）、阿瓦亚雅等很多班智达，与及哼扎菩提王、大婆罗门沙惹哈、鲁亨巴、枳布巴、纳波觉巴（黑尊者）等很多获得大成就者现身。宗喀巴大师仍然认为这些现相，是观修所现，不可执以为真。以此文殊菩萨复行开示他说：“这些现相非寻常可比，应该殷重祈祷。这是当依他们所著论述，将能利益自他有情的缘起征相。”那时，大师又见能怖金刚现身，首臂圆满，身量极大，十分威严。从此以后，大师每天修能怖金刚自入法，从未断缺。大师又见如过去所见这般庄严海会的文殊菩萨，从菩萨心中出一利剑，剑柄在菩萨心中，剑端直入大师心中。菩萨心中流出黄白色甘露，极其光亮，如流水般顺剑流入大师心中。大师感觉全身普遍生起难以言喻的大乐。当时并现起有很多已认识与未认识的弟子，张口承接充满盈溢出来的甘露；有些弟子口中流入很多，有些只流入少许，有些口虽张著，但没有�