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约一磔手高时，菩萨身形更见庄严，而入于母亲自己身中，所有围绕侍眷及迎接菩萨诸人也都入于母亲身中。其余众人向母亲作礼拜右绕，供养赞叹等。到了第二天，大师母亲顿感智识明利，极其快爽。从此以后，哪怕是在不必防害警惕的时间中，也自然生起珍摄自身，谨守梵洁等行。大师父亲在梦中，见有意想是从柳叶宫金刚手菩萨掷出一支火焰金质金刚杵，入于大师母亲身中，以此他说：“我们或将生一有力的孩子。”到了将分娩的时候，大师母亲在梦中，见有僧伽和很多人士手捧五供，口中说是要到供佛经堂中去作供养，问佛堂在哪里。复见过去曾经梦见过的白色童子拿著一柄水晶钥匙，边说“在这里”，边在大师母亲当胸现有一黄色一门户上，用钥启开，取出过去入于其身的那一尊金身，其已稍染垢秽。过去的童女又来到眼前，手持净瓶注水沐浴金身，复用孔雀尾翎扫拭，继即听著唱起梵赞供养金身菩萨。从梦醒来，恰是第六甲子丁酉年（元顺宗至正十七年，公元一三五七年，传中未明载月、日，按住胎日计算，当在十月二十五日）拂晓明显出现的时候，宗喀巴大师在这很多瑞相示现的当中平安诞生。那时，梵天帝释等诸善神齐声宣说：“现在众生有了救怙主，佛教将得到振兴，魔军失败，善神胜利！”等吉祥赞颂的声音，响彻了从南赡部洲直到有顶天界。十方诸佛菩萨也祝愿宗喀巴大师能成大义，并散香花。秘密主金刚手及多闻天王等谨慎跟随大师防护一切灾厄。新生在雪域西藏，继承诸佛的圣种胜苗芽──宗喀巴大师的德相，顶圆如伞盖、天庭饱满、眉目清秀、鼻正丰隆、耳肉长垂、肢节平舒、腹部圆大、诸根明利、肌肤白如君陀花色，舌如莲瓣柔滑而长，唇红如频婆果（或作苹果）等妙相，美妙庄严，见者无不喜悦。
宗喀巴大师的父母也不平凡，往昔劫中大师作广大弘法利生事业时，他们曾经发下心愿供养成办大师顺缘，如愿获得大师的降生。大师的父亲秉智勇坚毅的性情，富有好施，种姓高贵。他虽是富裕的世族人家，然而并不骄慢，凡来乞求均慈心相待。他是一位修文殊菩萨菩萨的瑜伽者，平素常诵《文殊真实名称经》。大师的母亲容貌美严，心诚无欺，尤其悲悯贫穷无依等人，确是一位堪作佛母者。在宗喀巴大师诞生后的第二天，当地村后，有一位修能怖金刚获得成就的大德叫却杰．顿珠仁钦（义为成义宝），他运用神通得知这一喜事，立即准备了甘露丸和合的食物，与及护身的金刚结，为配合缘起还备有一轴有加持的能怖金刚画像，并应怎样护养圣童方法的书信等。派遣了一位戒行清净的侍徒携带上物送给圣童，并向大师的父亲庆贺。继后问大德是怎样得知的？大德说：“我在梦中，得见本尊能怖金刚，当即祈祷愿能常时得见本尊容颜。得本尊示说：‘明年此时，我将来到这里村前，你当安住等到那时。’我为了观察这是什么因缘，因此入定细观，知道本尊化身即是你刚生的圣童。”继后大德还对圣童作了很多避灾延寿，及修文殊菩萨和妙音佛母等法来增长智慧旳方法。
当宗喀巴大师从母胎初生下时，剪断脐带滴下的鲜血，入土后长出了一株白栴檀树，后来树枝繁茂，叶有亿数，每一叶上都长有狮子吼如来像，因此，那棵树和地方叫“姑绷”，译义为“十万佛身”。到后来达赖喇嘛索朗嘉措（福海）来到姑绷地方檀香树前，供盛大供养，并且吩咐说：“像这样有特殊加持的树，是很稀少的。”建议树的外围，用白银包装起来建成一座菩提宝塔。他很意乐在姑绷地方，新建一座能宣说和修学宗喀巴大师显密圆满教义的寺院。于是依照他的吩咐建立起了“姑绷绛巴岭”（译义为十万身像慈氏洲，即通称的塔尔寺。檀树塔的外面，又新生出一株檀树，这株新檀树的枝叶上面，也天然长出“阿惹巴扎那”（文殊菩萨心咒）及“底、吽”等种子字形。这树的枝叶，服食后能生智慧除瘟疫，这是大众所共见共知的。
这样的宗喀巴圣童，他虽是出现在这浊世中，他却是如出生在污泥的莲花，而不为污泥所染，任何浊世的染污也不能沾染他。当他在童年时代，自身虽是幼童，但是他却离开了幼童所有恶习，很自然地没有嬉戏放逸的行为，天性中自能防护一切罪行。他对大众说话是很和雅，没有嗔心与怒气；常以助人为乐，对来乞求者从不吝啬；对无依无救怙的人们，特别慈悲怜悯而诚挚地和他们谈话。他的智慧深浅难量，很自然地自己知道寻求正法，做种种广大菩萨行。他是如幼儿吮乳，不待教导而天性自知，即能如法而行的。宗喀巴圣童到了三岁的时候，迦玛巴法王若比多杰（义为游戏金刚）给他受优婆塞戒，取名叫“恭嘎领波”（义为庆喜藏）。就在这一年，大师的父亲迎请法王顿珠仁钦来家的时候，法王赐给大师父母很多马匹和羊群，而请求将三岁孩童给他，大师父母欢喜地应允。继后，宗喀巴大师将满七岁的时候，才去到法王顿珠仁钦的座前。在宗喀巴大师还没有出家之前，法王顿珠仁钦也就教导宗喀巴大师令他进入《能怖金刚十三尊曼陀罗》（坛城）给他灌顶，成熟地令他进入金刚乘法门。又给大师以枳布巴师传胜乐金刚，及喜金刚，金刚本尊灌顶，赐密名叫“邓约多杰”（义为不空金刚）。法王顿珠仁钦并为大师授了持明及三昧耶密戒，宗喀巴大师即能依师所授，守护诸戒如护自己眼珠那样不犯过染。宗喀巴大师刚到法王那里和学习诵经的很多人住在一起时，还没有等待到上师教授，他仅是用心思察经文，也就能诵读如流。宗喀巴大师得灌顶后还没有出家之前，虽是年仅七龄，但是他已经将胜乐、喜金刚、普明、阎曼德迦等很多仪轨牢记在心。他多次专修阎曼德迦及胜乐法门、对枳布巴师传胜乐自入法也专修了不少次数，对其他本尊瑜伽及念诵次第也同时修行。在这时，宗喀巴大师于每晚的梦中，都见著薄伽梵二臂金刚手的威德身像，清晰现起，这样经过很长久的时间，其他很多佛菩萨像也在梦中显现。特别是阿底峡尊者常来梦中示现，后来宗喀巴大师到藏时见著阿底峡尊者的造像，他说：我过去在梦中所见的像与此像是一样的。这是表现宗喀巴大师将成为受持昔日阿底峡尊者为振兴佛教来藏，成熟应化众生令得解脱，而开示之显密圆满道次第，持此法幢诸大德中之翘楚的前兆。
这样宗喀巴圣童年满七岁，即从俗家中离家而出家，允作僧伽的法幢。又经善达自他宗海具足教证诸功德，崇高无比的上师顿珠仁钦为作亲教师，并曾经亲近卫藏、尼泊尔等处很多善巧有成班智达，精研无数显密教要的善知识名须鲁生格（义为童狮子）的大弟子名须鲁绛秋（义为童子菩提）为作阿阇黎，给宗喀巴大师传授沙弥戒，取名洛桑扎巴（义为慧贤名称吉祥）。法王顿珠仁钦（义成宝）早知宗喀巴大师将成为法王，以此从宗喀巴大师孩童时代，他即将宗喀巴大师求得到手，自己作为养护的主人。他对宗喀巴大师十分爱护，如培植药树幼苗般培养宗喀巴大师得到出家，并成就宗喀巴大师进入金刚乘法门；鼓励宗喀巴大师往卫藏各地求学深造，及为备顺缘和资具，对宗喀巴大师有无比的恩德。所以宗喀巴大师只要一听说法王顿珠仁钦的名讳，立即举手加额，合十作礼，每在节日敬供法王顿珠仁钦，从来没有间断。
继后，宗喀巴大师心中生起这样的决定，他想到身为出家众应作二事，是读诵闻思及断惑修定，可是首先当从根本，彻底地由闻思解释佛意的大车轨诸大经论，进而生起一切经论教义皆是教授而精勤修习；这样自心很好地受持圆满无缺的佛教后，从而为其他具缘有情广为教导，令佛正教在此世间得到弘扬光大。宗喀巴大师到了十六岁的时候，得到法王顿珠仁钦的鼓励，并且自己也生起极大的兴趣，准备前往过去曾受一切法王、译师、班智达诸大德们的慈恩教化，令佛圆满正法得到弘扬光大的地区──卫藏方面去。法王顿珠仁钦特别详细地对宗喀巴大师叮咛，到卫藏方面应当如何去作闻、思、修学。他为了使宗喀巴大师容易牢记他的教言起见，特别将自己的教诲写成颂句如下：
“孺子慧贤名称悉，汝是昔修善业者，早餐正法甘露味，决有前生善薰习。”
又有颂说：
“摄广中略大般若，而成《现观庄严论》，汝当勤奋先学习。精研此论善巧已，
于他经教渐贯通，知已心中勿忘失，进而学习诸菩萨，道及广行等建立，
《经庄严论》能示此，善巧诸支均应学。开示生死与涅槃，总别诸相所依法，
是即《辨法法性论》。远离无际中观道，为示此道彼经论，《辨中边论》应修学。
心中清净之法性，一切众生皆本有，此性是为如来藏，示此义有《宝性论》，
总学慈氏五部论。能作善巧所披铠，广颂是为《释量论》，《量决定论》为中本，
略义《正理一滴论》，此为本身三部论。《因论》、《一滴品类论》，
与及《成他相续论》，说此犹如诸余支。如是从彼法称师，所出因明七部论，
能于赡洲扬圣教，著称犹如日月光。以后应学下诸论。
又有颂说：
“具足慧贤汝应知，若于离边中观见，愿生胜解有意乐，
当学龙树所著作，中观道理诸大论。”
顿珠仁钦复对宗喀巴大师教诲说：“你当彻底地听受凡随于二大车轨的诸经论，继当以所闻教义作修行心要而修，务令心中生起决定；然后依自己所得那样决定的意旨，对其他具缘的人们广弘宣说，而使圆满的佛教得到继续住持与弘扬光大。”又教诲说：“汝多生的本尊为能怖金刚；防护灾难应依金刚手等；生起智慧当依文殊菩萨五字明；延寿当依无量寿；成就顺缘当依多闻天子；消灭违缘成就顺缘应依智慧怙主六臂明王及当金却嘉（义为具誓法王）等。以上诸尊我今授与你，须依我教依而修，对于行法供施等不可间缺。”等语。宗喀巴大师在上师顿珠仁钦前回答说：“愿依上师的教诲而行。”同时对师顶礼祈求加持后，他也就接受了止贡寺中为寺供养化缘的执事名仁钦伯（义为宝吉祥）邀大师共同上道的请求，及弥勒巴也前来作伴，遂一同起身赴藏。癸丑年秋季，大师到达止贡山林，当时止贡京俄仁波切却季嘉波（义为法王）在位，大师当即晋谒止贡法王，在法王座前听受了《大乘发心仪轨》及《大印五法》等很多深法。继后大师本意想到他处去求学的时候，由于一些伴友的劝动，同到察巴著名医生名叫根却交（义为宝依处）那里，学习医学诸论，及《八支医书》（马鸣造）等教授，并练习医疗上的一切手续，成为善巧精熟的医学者。后来大师在病中时，虽延医生十七、八人会诊，但关于对何病应用何种药，及怎样配药，调和药性寒热等问题，各医生都是请问于大师作主，依师所示来配制。医生们也都说：“现在藏中一切著名善巧的医士中，也没有能如宗喀巴大师那样善巧的。我们到大师座前去用药，以此而听受了很多药性差别的启示，比较我们过去所学，增进了更大的智慧。”
宗喀巴大师在学医处住了不久，也就前往德哇巾（极乐寺）大寺，在极乐寺大师涅塘巴．扎喜生格（义为吉祥狮子）及住持格公巴（义为善如愿）二师座前听受经论。云敦嘉措（义为德海）作诵读主教师，复请大阿阇黎乌金巴作大师的诵读副教师。于是大师很好地学习般若波罗密多教授──《现观庄严论》根本颂及释论，仅用了十八天的工夫，也就将所有论文完全熟悉后，又再听受绛嘉所著释论，也将所有文义熟悉。没有经过很久的努力研究，即将般若波罗蜜多所有文义学得极其善巧。教师及同学们对于宗喀巴大师这种难量的慧力，莫不生起极为稀有之心。宗喀巴大师前在家乡安多地区时，曾经将《大乘经庄严论》学熟在心，并为他人讲说。但由于极乐寺大善知识绛仁（义为文殊宝）对于慈氏诸论极其善巧，以此大师复在绛仁座前很好地听受慈氏诸论，并且得到体会。大师住在极乐寺，有一时候，文殊菩萨化身的藏王具德上师索朗绛称（福幢）前赴却仲寺（法城寺）时，宗喀巴大师往座前晋谒，也就在座前听受了曼殊五字明结缘灌顶，及枳布巴师传《胜乐金刚身曼陀罗结缘灌顶》、《古贡（二臂明王）结缘灌顶》等法。大师住寺约有两年，将《般若波罗蜜多现观庄严论》学得极其善巧，大师那时年满十九岁，去到桑朴及极乐寺等处，游各学院辩论场，大师才智及法语圆满的美名从此远扬，而成为一切善巧的善知识心中乐愿接引的人物。
继后，大师打算去到后藏，当到达仁蚌山区时，从娘堆绕道而去到夏陇�