有地球的变迁乃是由现今的自然过程经过漫长的时间逐渐积累而成。
与均变说相反，以法国古生物学家居维页（Baron George Cuvier）为代表的灾变学说（Catastrophism）认为，地质记录所显示的乃是多次因天灾引发的突然剧变而非连续的均变。赖尔与达尔文是同代人。赖尔的均变论能提供达尔文的自然选择理论所需要的漫长的历史时间。达尔文推出《物种起源》后，赖尔的均变论逐渐被普遍接受。然而，化石的证据对均变论是相当不利的。
化石记录显示，很多生物突然同时绝灭，然后很多新种突然同时出现，接著是一段长期稳定的时期。其中最著名的两次物种大绝灭是二叠纪大绝灭（Permian Extinction）和“K…T” 大绝灭。二叠纪是一个地质时期（被认为约在2。5亿年前）。在那次绝灭中，海洋中百分之五十的无脊椎动物的“科”（Family），百分之九十以上的动物的“种”一同绝灭。K…T表示白垩纪（Cretaceous）和第三纪（Tertiary）这两个地质时期的交界处。恐龙在白垩纪（被认为约在六千五百万年前）非常多，但进入第三纪立即消失得无影无踪。到现在为止，恐龙绝灭之谜仍未解开。多数证据趋向于认为是天灾（如大量的殒石撞击地球等）所致。人们的常识也不利于均变论。比如说，煤是植物的遗体形成的，而石油是动物的遗体变成的。世界各地都常常发现大片大片的煤田和含油的岩层。说明在这些区域，动、植物是同时大量死亡、同时被埋藏在地下的。物种形成后是相对稳定的。“活化石”清楚表明这一点。“活化石”是指人们先在化石中发现，其后方知至今仍然活著的生物。银杏 （Ginkgo Biloba） 和水杉属植物（Metasequoia） 是中生代（The Mesozoic） 的著名松柏类植物，有完整的化石记录。几十年前才知道，这两类树在中国仍然活著！这些活树与化石相距一、两亿年（按同位素测年法）之遥，两者的性状却无差异。腔棘鱼（Coelacath）也是这样的活化石（见后述）。
中间环节的缺失
一般人都以为，化石为进化论提供了充分依据。其实，达尔文主义的最大困难正是化石的证据。进化论最大的敌人不是宗教领袖而是研究化石的专家们。达尔文发表《物种起源》不久，在德国的一个石灰岩层发现一个动物化石，被取名为“始祖鸟”（Archaeopteryx），兼具爬行动物和鸟类的特征，被认为是由爬行类进化到鸟类的中间类型。进化论者为之雀跃，以为进化论已找到充分的证据。然而达尔文本人十分清楚，化石的证据显明中间类型的缺失，对他的理论是致命伤。但他推诿于化石记录的不完全。
经过一百多年的努力，科学家们已发现许多保存相当完整的地层，对其中所保存的化石也作了深入而系统的研究，中间类型的化石仍难寻觅。如果动物真是从无脊椎到脊椎动物，从鱼类到两栖类、爬行类，然后再到鸟类和哺乳类这样进化来的，那么中间类型的活物或化石应该随处可见，俯首皆拾才对。如果说达尔文当年尚有借口，那么今天的进化论者面对化石的难题再不能自圆其说了。
更有甚者，像始祖鸟、腔棘鱼（Coelacath）这两种著名的中间类型的化石现已得而复失了。始祖鸟的某些爬行动物的特徵（如前肢有爪），已在今天的活鸟中发现 16。其次，原以为始祖鸟是半爬半飞的；现据其爪的形状，已被认为是一种已能栖息在树上的鸟17。第三，中国科学家近年在辽宁省发现了与始祖鸟同期的现代鸟的化石，说明始祖鸟并非鸟类的祖先 18 。由上述发现，始祖鸟已失去鸟的祖先的地位。腔棘鱼化石的骨骼粗壮，而且胸鳍中有小骨；古生物学家推想：一旦胸鳍变为前肢，就可以登陆，变成两栖类了。一九三八年，渔夫在西印度洋捕获一种鱼，其骨骼与腔棘鱼化石几乎完全一样。然而，它根本没有适应陆地生活的任何生理特徵（如肺等）19。
不管怎 说，始祖鸟、腔棘鱼多少沾一点“中间类型”的边儿。相比之下，骨骼在外、肉质部分在内的软体动物（如蜗牛、蛤蚌等）是如何翻个个儿变成骨骼在内、肉质部分在外的脊椎动物的，一点线索都没有。由单细胞生物进化到软体动物的证据也找不到，连借口也难寻。
按自然选择理论，适者生存。达尔文说：“如果我们看每一种生物都是从另一种不知名的生物传下来的话，那么它的父母及其它过渡期的中间型应该被这新的更完美的新种消灭了。制造新种的同时就消灭了旧种”20。按此，始祖鸟应该比爬行类更进化，而鸟类又较始祖鸟的适应力强。可为什么比始祖鸟原始的爬行类和比始祖鸟更进化的鸟类现在都存活于世，而唯独始祖鸟被淘汰了呢？推而广之，在现今的地球，从最原始的病毒到最高级的人类，各种类型的动、植物都共存著，恰恰中间类型都没有了；在现存的物种中没有，在化石中也找不到。这是进化论违反常理之处。符合逻辑的解释是，这些中间类型的生物也许根本没有出现过。
分子生物学的证据
分子生物学的发展，使人们可以详尽比较生物间的大分子的分子结构。基于进化时间与分子差异成正比的假设，提出了“分子钟”的概念。然而，分子钟并不支持进化的预期。潘伯滔博士说：“从人类和猩猩中提炼出来的四十三种蛋白质被上述的核酸杂交法、免疫法测验、电泳测度法和比较氨基酸排列的方法测量后，所得的结论乃是：在同科（Family）不同属（Genera）的种（Species）中，其遗传距离比猩猩与人类之间的距离还大得多；而猩猩与人类乃是属于两个不同的科”21。钱锟博士也指出：“可惜，除了在微进化上稍微能应用之外，分子时钟反而使进化论者之间产生极大的矛盾。例如，蛙类形态相似，但蛙彼此之间巨分子的差异，竟然等于蛙类与多类哺乳动物之间的距离。细胞色素C（Cytochrome）是被人研究得最详尽的蛋白。应用在广进化上，发现细菌与鱼类、昆虫、植物、甚至与人几乎等距；与进化的预期完全不符”22。
综上所述，达尔文的自然选择的假说与事实之间有很多矛盾。随著时间的推移和研究的深入，这些矛盾变得更加尖锐而不可调和。詹腓力尖锐地指出：“在此我要提出一个最基本的问题。既然达尔文主义有这么多问题，进化论又缺乏更理论的构架来取代，为什么我们不重估整个构架？科学家有什么理由绝对确知所有的生物真是从唯一的简单生物开始的呢” 23？
科学还是哲学？
科学（主要指实验科学）与哲学的一大区别是，科学要求重复求证。达尔文的进化论则更像哲学。钱锟指出：“詹氏引用朴柏分析科学与伪科学方法比较爱因斯坦与达尔文治学的方法。爱因斯坦不顾一切，大胆预测普遍相对论应有的结果。如果预测与实验的结果不符，他的学说就有被推翻的危险。达尔文从起头就没有提出任何冒险性的实际实验。他首先以雄辩解除化石记录并不支持进化的困难。他又依靠人工繁殖以及微进化作为广进化最终极的证据。所以，这门科学从开始就走错了”24。
很早就有学者指出，“适者生存”是哲学上的一种“赘述”，一种重复。“适者”与“ 生存”互为因果，因此“适者生存”是合逻辑、打不倒的“真理”。当代达尔文的代言人儒斯（Michael Russ）一九九三年在世界最大的科学组织AAAS会议上宣布，经过十年法庭论战，最终承认进化论有不可论证的哲学基础。当时全场一片死寂25。
尽管有人不愿意承认进化论有不可论证的前设，但事实的确如此。进化论的推理是：有相似性状就有亲缘关系，但此推理不一定正确。有亲缘关系的生物定有相似性状；但有相似性状不一定必有亲缘关系。正如，亲哥儿俩长得很相像；但长的很相像的未必是亲哥儿俩。李志航博士说：“在目前物理学中，所有电子都是一样的。然而有些电子来自早年的宇宙，有些电子在加速器中产生，有些则出自中子的蜕变。所以不能说它们有同样一个源头 “ 26。不同生物有相似的器官、组织、结构、甚至相似的大分子或基因，这可以有两种解释：一、它们有亲缘关系；二、并无亲缘关系，但因要适应类似的生态环境。这两种解释都有道理，但都无法用科学求证。且不说现在找不到中间型的生物，即使将来找到了大量中间型生物，进化论充其量也只是一种解释方法或一种可能性，并不能证明其必然性。
七、创造论与进化论
前面我们谈到了许多关于进化论所面临的困难。它只是一个假学，一个未被证明、也无法完全证明的假说。那么，是否因为进化论不对，所以创造论就对了呢？不是。两者并没有这种因果关系。进化论的崛起只是百余年的事，而《圣经》早在三千多年前就毫不含糊地宣告了创造论。只因进化论者大肆宣扬进化论是已被证实的真理，并以此质疑、反对创造论，所以，说明进化论的真实情况，仅是为了消除误解，以正视听。如前所述，人们相信创造论，是因为相信《圣经》是神的无误的启示；同时，创造论也日益在科学研究中展现出它的真实性。前面谈到的宇宙的起源是如此，人类的起源也是如此。人是按神的形像和样式被造、有神的灵的活物（创一26…27；二7）。“这新人是照著神的形像造的，有真理的仁义，和圣洁” （弗四：24）；“这新人在知识上渐渐更新，正如造他主的形像”（西三：10）。人有神的形像是指有与神相像的特徵。神是独一主宰，所以人有相对的自由意志；神是造物主，人有一定的创造性；神是真理，故赋予人理性；神是公义、圣洁的，于是把他的律法写在每个人心上；神是个灵，所以使人成为有灵的活人，与生俱来就向往永恒，寻求敬拜永生神。这些，是人最独特之处。连无神论者也说，人是“万物之灵”。这清楚表明，人和其他动物之间有截然区别，有本质差异，其间有不可跨越的鸿沟。别的生物不能变成人，人也不可能是由猿猴进化来的。
八、论战的实质
既然达尔文的进化论从一开始就面临著如此多的困难，为什么进化论却能冲破西方有神论的强大思想体系破土而出并被广泛接受呢？如果达尔文主义真象前面所分析的那样四面楚歌，为什么许多国家的教科书里仍教授进化论而不讲授神创论呢？这是很多人的疑问，也曾使笔者颇为困惑。不少人以为，达尔文的进化论能如此迅速地风靡全世界，想必在学术上有独到之处，有充分的科学依据。这种疑惑是源于一种误解，以为进化论和创造论之争是学术之争，以为是科学上的新发现才使人们由创造论转向进化论的。其实，进化论与创造论之争不是学术之争，而是哲学、信仰、世界观之争。为了说明这一点，我们需要简略地回顾一下现代科学的发展历程。
第五章已谈到，在中古时代，亚里斯多德的理性主义雄踞西方科学界、思想界。对亚里斯多德的宇宙观，周功和牧师是这样描述的：“至于宇宙论，亚里斯多德的看法是：宇宙乃由五十五个同心圆球所构成。最中心的圆球是地球，向外依次为水、气、火以及天上星体的圆球。……每个圆球都有灵性，神在最外圈的圆球以外，而产生转动。这样的转动是此圆球对神的吸引的一种反应，带动整个宇宙各圆球的转动。如此，神就是使圆球旋转的终极因” 27。中古教会受亚里斯多德的影响，认为圣经中的神是宇宙的终极因或第一因，同时相信地球是宇宙的中心。
由于哥白尼、伽利略等人的努力，日心说被确立，揭开了以观察、实验为主要手段的现代科学的序幕。这是一个巨大的进步。但是，人们在抛弃亚里斯多德的地心说的同时，把神是宇宙的第一因的观点也抛弃了。虽然在现代科学发展初期涌现出以牛顿为代表的一大批杰出的基督徒科学家，但在现代科学发展的过程中，反对超然因素，站在纯粹自然的立场观察、描述自然的自然主义（或人文主义）的世界观逐渐在科学界占据优势。牛顿时代，人们都相信神是宇宙万物和人的创造者。到达尔文时代，神的创造受到怀疑，生物的来源就留下了空白。因此，试图用物理、化学的自然方法来解释生命之源的各种假说就应运而生。达尔文并不是进化论的第一位倡导者。在他以前，进化的思想已经出现了。进化思想的产生是对神的信仰衰落的结果。池迪克博士（Dr。 Donald E。 Chittick）指出：“达尔文曾经历信仰崩溃。有人或以为达尔文是经过多年研究，才接受了进化论。其实，在他对信仰的信心减退的时候，他对进化论的信心才建立起来。进化论被用以弥补否定‘创造’后遗留下来的空缺。并不是进化论有什么吸引人的地方，能把科学事实解释得更加合理。进化论只是人摒弃‘创造’后，用作弥补空缺的代替品而已”28。达尔文推出进化论的过程正是如此。
前面已经谈到，达尔文在发表《物种起源》时就面对著几个极为严重的困难。第一是化石的难题：寒武纪生命大爆炸和过渡型生物的化石罕见。他本人承认化石的证据是“最明显的反对我的进化论的最大理由。”他也坦白地说，对此“我不能提供满意的答案”，“自然界好象故意隐藏证据，不让我们发现过渡性的中间型”29。
第二个困难是进化所需要的漫长时间。他提出的自然选择假说主张连续、渐进的变化。与达尔文同时代的英国著名物理学家凯尔文（W。 Thomson，Lord Kelvin）用物理学计算地球的年龄只有一千五百万年到三千万年，不足以令进化论成立，使达尔文很恼火。但开尔文用物理定律所得的结论，达尔文又无从反驳，故他称凯尔文为“讨厌的幽灵”。同时，尽管化石的记录支持地球环境突变或灾变的假说30，但达尔文仍接受了与化石证据不符的赖尔的�