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进化论者的一种推测是，寒武纪动物群的祖先可能是软体动物，很难形成化石。但这种推论是站不住脚的。因为，在伯基斯页岩中有很多软体动物的化石。在澄江化石群中，许多动物的软体组织如胃肠、口腔、神经等都保存完好，清晰可辨。
一九九五年四月在中国南京召开了“寒武纪生命演化大爆炸、环境和资源国际讨论会”。与会者高度评价了我国澄江化石生物群的研究成果。同时，《人民日报》（海外版）于一九九五年五月二十五日发表了纽惟恭的题为〈澄江化石生物群研究成果瞩目〉的评论文章。文中写道：“近十年来，该所（指中国科学院南京地质古生物研究所…笔者注）对澄江化石生物群进行了系统的综合性研究，采集了成千上万的珍贵化石标本，发表了许多重要论文，引起全球古生物学界的轰动。研究表明：寒武纪生命‘大爆炸’是全球生命演化史上突发性重大事件，现代生命的多样性起源于此，又经过几次重大突变演化而成。对其进行深入研究，可能对传统的进化论是个动摇。”
接著，《人民日报》（海外版）在一九九五年七月十九日又发表了另一篇署名为丁邦杰的评论文章：《向进化论挑战的澄江化石》。文章说，“十九世纪，英国科学家达尔文创立了著名的生物进化论。其中一个核心论点便是：生物物种是逐渐变异的。但是，经科学家长期研究发现距今5。3亿年的寒武纪早期，地球的生命存在形式突然出现了从单样性到多样性的飞跃。于是，‘寒武纪生命大爆炸’的命题被提出来了，只是由于种种原因，在过去相当长的时间里，这一命题难以被充分认识。”
最近，《人民日报》（海外版）（一九九九年十一月五日）在头版新闻报导说，中国古生物学家在“寒武纪生命大爆发”的研究中取得重大突破：发现了地球上最古老的脊椎动物“昆明鱼”和“海口鱼”。报导说：“寒武纪生命大爆发是地球三十八亿年生命演化历史上规模最为宏大、影响最为深远的生物创新事件，它在不到地球生命发展史1％的‘瞬间’创生出了 90％以上的动物门类。”（可详见Nature杂志一九九九年十一月四日号所载的专文）
多年来，达尔文的进化论在中国被视为不容质疑的科学真理。今天这种“闯禁区”的文章能在中国最权威的报纸《人民日报》登载出来，意义深远。这说明，一批诚实、严肃的科学家基于研究结果，已开始冲破各种思想束缚，勇敢地向不符合客观事实的权威理论挑战。我相信，这仅仅是开始。
地球的生命来自外星球？
由于生命由无生物逐渐进化而来的“无生源论”或“生物自生论”的观点遇到上述许多无法逾越的难题，不少科学家开始放弃了这种观点。李志航说：“怪不得因发现核酸DNA结构而世界闻名的Crick氏这样说：‘每次当我写一篇关于生命来源的文章后，总发誓以后绝不再写这类文章，因为猜想的东西太多，确知的事实太少了。’ （可惜，发了誓以后他还继续写！）”10但其中一些人仍不愿接受神创造生命的创造模式，转而提出“生物外来论”（Panspermia）的假说。Francis Crick也说过：“若生命没有藉自然程序来开始，除非我们赞成特别创造的论点，否则生命必始于他处，并将地球殖民地化”11。科学家们一直在陨石中找微生物，但至今没有成功。原以为火星很可能有生命，但无人驾驶的太空飞船一九七六年在火星登陆后发现火星是生命的荒漠，连水都没有。美国太空总署并不灰心，又先后向月亮、金星、水星、土星和海王星等发射了飞船，结果仍使人失望。即使如此，科学家们又把希望寄托在太阳系以外的外太空。不少人相信，外太空可能有高级智慧生物，并由他们把原始生命送给地球的。美国国会于一九八九年拨款一亿美元，用以“寻找外太空智慧”（Search for Extraterrestrial Intelligence）的计划。
寻找外太空智慧并非无稽，笔者对UFO等也有浓厚兴趣。但是，如果在诸多事实面前仍坚持排除生命有超然起源的创造论的观点，转而求助于外太空生物，并不能解释生命起源的终极原因。即使有一天科学家真的证明了地球上的原始生命来自外星球，我们仍会面对我们今天所面对的难题：外星球的原始生命又是如何起源的呢？
六、自然选择面对的困难
达尔文进化论的中心思想是自然选择或物竞天择。它主要是说，生物都不断发生变异，不断产生新的性状。有的变异更具有竞争能力，有的则不利于生存。这样，在众多的变异中，适合环境的物种就被保留下来，不适应者就被淘汰，即所谓适者生存。久而久之，生物就不断由低级向高级进化。可是，达尔文关于自然选择的观点面临著越来越多的理论上和实践中的难题。
进化的原料和动力
分子生物学兴起后，一些学者开始寻求进化论的理论基础。他们认为，因为在自然界，生物的基因在不断发生突变（mutation），基因突变导致生物性状发生变异。也就是说，基因突变是进化的原料，自然选择则是进化的动力。这种被称之为“新达尔文主义”的论点乍听之下很有道理，但却经不住推敲。的确，基因突变的现象是普遍存在的，但突变的速率很低，在每一代中只有10…4～10…6。更重要的是，这些突变中99％以上都是致死的或有害的。这种有害的突变为何能成为进化的原料呢？
有人会争辩说，虽然99％的突变有害，总有1％或千分之一的基因突变是有益的；这些有益的基因突变经漫长岁月即可导致进化。这种争议是缺乏根据的。前面已谈到，即使以每秒钟十万次的重组速率，三百亿年中尚无法自然形成一个最原始的生命的DNA分子，在短短的几十亿年的地球历史（姑且说有几十亿年之久）中，以这样低的无害的基因突变速率怎么可能完成从细胞到人的进化过程呢？
把自然选择作为进化的动力，理论上也讲不通。自然选择只是使适者生存。自然选择只是一个被动的“筛”而已，并无主动的导向的功能。物种变异加上自然选择，可能增加物种横向的多样性。如象一支白毛鸡演化为黄毛、花毛鸡等。这些鸡处于同一“进化”水平，只在横向增加了亚种、变种等。但自然选择没有把生物纵向地由低等进化到高等的功能。正象前文谈到的，这种由单到繁的进化过程是违反热力学第二定律的。自然选择本身既没有能量转换系统又无蓝图或指令系统，故暂时逆热力学定律而导致生物进化是不可能的。
进化的方式：连续式还是跳跃式？
按照达尔文的自然选择思想，物种的变化是各种微小变化的累积，进化应该是连续不断的。但这种设想显然与实际情况不符。在自然界，各类生物之间都是有明显区别的。如果进化是连续的，生物分类将无法进行。现行的分类法就是根据各生物类群间差异的大小将它们分为门、纲、科、属、种等类的。这种分类单位不完全是分类学家主观的意念，也有一定的客观标准。比如说，关于“种”的生物学定义，其中一条便是，种间杂交不能产生后代或即使产生后代，后代却没有生殖能力。虽然在植物中有远缘杂交的实例，这一条在动物中似比较严格。比如，马和驴交配后可以生骡子，狮、虎杂交也可生子，但其子皆无生育能力。所以，马和驴，狮和虎属于不同生物种。现存生物类种间的明显区别与连续进化的学说是矛盾的。
是不是那些在连续进化中产生的中间类型，因不适合环境而死亡，因而导致现存生物之间性状的不连续性？假如果真如此，一定会有相当数量的中间类型的生物的遗体在化石中保存下来。然而，化石记录中所看到的，也同样是物种性状的不连续性。地质学中各种地层和地质时代的划分主要是根据所谓“标准化石”。标准化石的特点是数量多、分布广、易于认别和只存在于较短的地质时期之中。由于不同地层的标准化石全然不同，地层的划分、不同国家、地区的地层之间的比较、等同才有可能。如果化石的性状是连续性渐变的，地层和地质年代的划分就无从谈起。
除了在实践中暴露出的无法调和的矛盾外，进化的方式问题的争论更反映了进化论者在进化理论方面的严重分歧。大家都知道，很多生物器官都需要各种恰到好处的配合才能正常发挥功能。眼睛就是最好的例子。眼睛由眼睑、眼毛、眼膜、晶状体、视网膜等精细的结构组成，有感光细胞将光刺激转化为电讯号并将它们迅速传到脑部，在脑的指挥下使眼能迅速和准确地对外界刺激作出反应。眼睛的功能是任何最高级的照相机无法企及的。但按进化论的观点，眼睛的结构与功能也是一点点地进化来的。可是，眼睛的各部分以及它与大脑的联系等怎么都那么凑巧地同时进化到这样准确的程度使眼睛有正常的功能呢？其中任何一部分配合稍差一点，眼睛就无法起作用。试想，在进化过程中，10％，50％，甚至99％进化程度的眼睛如何发挥功能呢？眼睛的形成，是很难用进化来解释的。
达尔文本人对此也相当困惑。在他的著名的《物种起源》（Origin of Species）一书的第六章〈理论的难题〉（Difficulties of the Theory）的“极其完美和复杂的器官” （Organs of Extreme Perfection and plication）这一节中，他直言不讳地写到，“眼睛有调节焦距、允许不同采光量和纠正球面象差和色差的无与伦比的设计。我坦白地承认，认为眼睛是通过自然选择而形成的假说似乎是最荒谬可笑的。”（To suppose that the eye with all its inimitable contrivances for adjusting the focus to different distances； for admitting different amounts of light； and for the correction of spherical and chromatic aberration； could have been formed by natural selection； seems； I freely confess； absurd in the highest degree。）
在《物种起源》发表以后，他仍坦诚道，“到目前为止，每次想到眼睛，我都感到震骇。” 其实精妙器官何止是眼睛！脑部、心脏、消化系统、循环系统、神经系统、肌肉系统、骨骼系统、生殖系统等也都是非常精密、复杂的，也是一点差错也不允许的，同样也很难用自然选择来解释。
基于这种理论上的困难和中间型物种的缺乏，全力支持达尔文的赫胥黎（Thomas H。 Huxley）曾私下多次劝告达尔文接受跳跃式的进化观点，并警告说，“你这样毫无保留地接受自然界绝无大跃进的观点，使你陷入不必要的困难之中”12 。但按达尔文的看法，大跃进（或大突变）进化，如眼睛的突然形成，就等于是一个神迹。而达尔文深知，他的学说最具吸引力、最独到的地方乃是比较科学化、拒绝一切科学无法解释的超然主义，用纯自然的观点解释生物的起源；他只有用渐进、微小的变化来解释复杂的大变化，才能持守他这种彻底的唯物主义立场。他明确地说：“如果有人能证明，任何现有的复杂器官，不可能是从无数连续的、微小的突变而来，我的学说就得完全瓦解了”13。他给他的朋友、著名地质学家赖尔（Charles Lyell）的信中对跳跃式进化的观点持严厉批评的态度，“如果我的自然选择理论必须借重这种突然进化的过程才能说得通，我将弃之为粪土。……如果在任何一个步骤中，需要加上神奇的进步，那自然选择理论就不值分文了”14。
达尔文用灭种的假说使自己摆脱困境，坚持连续进化的观点。他说，那些进化的中间环节的生物因不适应环境而灭亡，保留下来的生物之间则显示出进化的不连续性。倘若达尔文的这种解释是正确的，一定可以找到许多被绝灭的中间环节的生物的遗体。如果说当年因化石资料尚不充分，可以使这种假说勉强过关的话，那么一百多年后，在充分的化石证据中根本找不到大量的绝灭的中间类型的痕迹的今天，达尔文的连续进化思想，进一步被进化论者置疑就在情理之中了。
然而，如果是跳跃式的大突变的进化，一方面自然选择的渐变理论将被推倒，另一方面却无人能对这种大突变的原因找出令人满意的答案。詹腓力指出，“细察之下，大突变主义的最大问题，在于它本身只不过是进化论与特别创造论之间毫无意义的中间路线。正如道斯所说，你可将《圣经》中记载的人在尘土中被造看作大突变。从化石的证据看，大突变就是说新物种不知为何从无变有。以科学理论来评价，‘大突变式的进化”就是当年达尔文首先指称的：垃圾！”15连续、渐进的自然选择理论既站立不住，跳跃的大突变主义又缺乏立论依据。进化论正陷入空前的危机中。
进化的过程：均变还是突变？
十八世纪末期，哈顿（James Hutton）出版的《地球概论》（Theory of the Earth）一书标志著近代地质学的开端。哈顿在该书中系统地阐述了“自然划一原则”（The Principle of Uniformitarianism）。他的一句名言是：“今天乃是解释过去的钥匙。”也就是说，藉著对现今地质现象的观察来解释地球发展的历史。现代地质学的奠基人、英国地质学家赖尔（Charles Lyell）在他的著名的《地质学纲要》（Principle of Geology）一书中进一步完善了“自然划一原则”，认为所有地球的变迁乃是由现今的自然过程经过漫长的时间逐渐积累而成。
与均变说相反，以法国古生物学家�