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此书按张君房自序，原为一百二十卷，《中兴书目》（《玉海》引）、衢本《郡斋读书志》、袁本《郡斋读书后志》《宋史·艺文志》《文献通考》皆著录。《遂初堂书目》无卷数。
《直斋书录解题》作一百二十四卷。《正统道藏》《四库全书》《四部丛刊》本皆作一百二十二卷。重刊《道藏辑要》本不分卷，亦无张君房自序，缺卷甚多。则此书有百二十卷本，百二十四卷本，百二十二卷本等多种。百二十二卷本为今通行本。载《正统道藏》太玄部。
张君房虽称此书乃〃掇云笈七部之英〃而成，但这仅指它的内容是掇《大宋天宫宝藏》七部之英，而不是体例也按七部分类，实际上它是将摘录的七部内容按性质加以归类的。
如卷一道德部，采摘《老君指归》《韩非子》《淮南鸿烈》《混元圣纪序》《唐开元皇帝道德经序》中之语，以总论老子的道德概念，即道教的立教之旨；卷二混元混洞开辟劫运部，引〃道君曰〃及《太始经》《太真科》《上清三天正法经》之语，以论宇宙生成变化，并特引《太上老君开天经》详述老君开天辟地及累世下降作王者师；卷四道教经法传授部，引《上清源统经目注序》《灵宝经目序》《上清经述》《三皇经说》《云台治中内录》等，以论上清、灵宝、三皇诸家的传授系统。
其他各卷无不以纲带目，在一个总题目下引录若干道书。有的题目内容较多，如杂修摄、说戒、诸家气法、金丹、内丹，符图，以及仙籍语论、纪传等、则各列若干卷，以摘录多种道书。可见此书引录的道书虽多，但纲目颇为清晰。至于引录道书的具体数字，已难作出准确统计，因为所引之书，有的标出原名，有的只是某书中的篇名，有的甚至是张君房所拟之名。不过〃大都摘录原文，不加论说〃，基本上保留了原书的面貌。这是它最具历史价值之所在。
《云笈七箓》以上清派为正统，故收载该派道书尤多，叙上清经传授系统和上清修真方法甚详，体现出上清派占居显学地位的时代特征。此外，收录唐代著作也比五代宋初新出的其他道书为多。然而本书除了继续承认老子的教主地位之外，特别突出宋真宗时代出现的圣祖（赵玄朗）崇拜。例如将真宗所制《先天纪叙》和《轩辕本纪》列于纪之首，位居《元始天王纪》《太上道君纪》《混元皇帝圣纪》之上。传则首录宋真宗制序、以宣扬宋王朝君权神授为主要特征的《翊圣保德真君传》，然后继以上清众真传记。
本书在体例上，明显继承了《无上秘要》以〃道〃为首，以〃验〃为足，以〃法〃为主干的格式特征，但结构更为紧凑，分类愈趋合理。《四库全书总目提要》称此书〃类例既明，指归略备，纲条科格，无不兼该。道藏菁华，亦大略具于是矣〃。此书虽属抄录，实具概论性质，对道教的各个方面均有所论述。其价值尤其体现在卷三至卷九，这部分论道藏源流，条分缕析，叙说清楚，《灵宝略纪》《上清源统经目注序》和陆修静所撰《灵宝经目序》等珍贵资料亦因此得以保存。书中还增加了〃语论〃和〃内丹〃两大内容，这对于研究唐宋时代道教的历史，全面了解道教理论，均有重要的意义。本书所收今佚道书有很高的资料价值，即尚存之书亦颇具参校之用。例如《翊圣保德真君传》虽系摘录，然序题宋真宗制，文内黑杀神封号仅〃翊圣保德真君〃六字，可正今本署〃宋仁宗御制《翊圣应感储庆保德传序》〃之误。此书收宋真宗《天童护命经序》以及《太上天童经灵验录》记唐昭宗景福元年（892）诵经灵验事，足证《天童护命经》早出于唐代，北宋徽宗大观三年（1109）四月茅山梁悟真所得确系加句本（据洪迈《夷坚志》，梁加句本凡二百九十二字，多出一百零七字）。
《云笈七箓》素为道教界和学术界所重视。《大宋天宫宝藏》早已亡佚，幸赖此书得以考见其概貌。因此书具有系统、全面和简明等优点，故而人称〃小道藏〃，是了解和研究道教必备的资料。
《无上秘要》
《无上秘要》为目前所知最早的道教类书。北周武帝宇文邕敕纂。据载，宇文邕曾七次召集道士、名僧和文武百官量定儒、释、道三教优劣。力主道教居儒、释之上，因群臣、沙门反对而未果。后定议以儒教为先，道教为次，佛教为后。但佛教徒仍持异议，僧道论争空前激烈。乃于建德三年（574）并废佛、道二教，勒令僧人、道士还俗。因其崇信道教，乃下诏立通道观，设学士，选著名道士、僧人百二十人到通道观研究《老子》《庄子》《周易》。又令道士王延校理三洞经图，撰《珠囊经目》。又据《续高僧传·释彦琮传》称，建德六年亡齐后，宇文邕在通道观道士的帮助下，〃自缵道书，号《无上秘要》〃。
《无上秘要》原一百卷二百九十二品。《旧唐书·经籍志》《新唐书·艺文志》《通志·艺文略》《宋史·艺文志》均著录为七十二卷；《崇文总目》著录仅一卷；衢本《郡斋读书志》作九十五卷，并云：〃右题曰元始天尊说，《艺文志》止七十二卷，不知何时析出二十三通也。〃可见唐代已有残缺，至两宋，先后有七十二卷本、一卷本、九十五卷本传世。
明《正统道藏》太平部所收为其残本，计六十七卷，实缺三十三卷。而所存诸卷中又有缺品。此本多避宋讳，可推知所据为宋本。书前有目录，止于一百卷，凡缺卷、缺品皆不录品目。正文或一卷一品，或一卷数品，或数卷一品。另《宝颜堂秘笈续集》《丛书集成初编》《雪堂丛刻》收载该书一卷残本。
除上述刊本外，尚有敦煌唐写本。据北珍二十卷末题识，系〃开元六年二月八日，沙州敦煌县神泉观道士马处幽并姪道士马抱一奉为七代先亡及所生父母、法界苍生敬写此经供养〃。P．2821为写本目录，详列二百九十二品目，并分义类品例四十九科，阐释编纂次第之义理。据此可考见原书结构及《正统道藏》本所缺品目。S．80系《正统道藏》缺卷（卷十）。
该书始于《大道品》，终于《洞冥寂品》（写本作《归寂寂品》），采撷三洞四辅之精要，分类编纂。其内容遍涉道教宇宙观、生死观、伦理政治主张、神仙信仰及修道成仙思想、规则、方法等诸方面，大致可分为如下几大部分：
第一部分包括道、气、天地人物、劫运、帝王、洲国、德政、慎兵、循物丧真、善恶、众难、诸患、阴阳交隘，阐发〃至道无形，混成为体〃，〃变无化有，皆从气立〃；〃气之所分，生天生地〃，〃众类推迁，循环不息〃；〃劫运交驰，部域弘广〃，〃惟王建国，光宅天下，布德为政，在于慎兵〃；〃人之禀生，各有崖限，违分广求，则乖理伤性〃，以及善恶自招、运会吉凶等思想，说明大道流行和立教之根据。
第二部分陈述神仙信仰，包括天曹科第、地司考录、水官料简等三界赏罚、灵官升降、众圣会议、生死、地狱、圣应和光、真灵位行、仙尊本迹及众圣冠服仪驾、歌乐宫治。
第三部分叙道教经籍图文，包括三宝真文、天瑞地应、符图章颂，经文出所、经符异名、经德、经文存废、遇经宿分、传经法度及次第等事项。
第四部分言修炼方法，包括投简通灵、事师请业、修道冠服、诵经、诫、斋、宝经灵卫、封经秘所、仙相、业报、攘灾谢过、转祸成福、入道防累、修道禁忌、专诚柔弱、山居违俗，似及沐浴、入室、明灯、烧香、叩齿、咒请、起居、思五帝、修步罡、存五行、拘三魂、制七魄、安形神、守三一、疗众病、去三尸、宝一身、履三福、尽忠孝、布功德、发心启愿、辟谷、服气、咽云牙、饵玄根、行胎息、延老住年、彻视听、明六通和灵药神丹诸术。
第五部分包括观试、朝谒、得道人名、升仙灵所，以及变神景、体兼忘、会自然、归冥寂诸事项，意在体现〃行穷上道、位极高真，易景通灵，陶形变质。混同物我，则天地等遗；莫识其由，则视听无寄：斯乃自然之妙旨、冥寂之玄宗。造化神途，于兹验矣〃的得道成仙思想。
《无上秘要》今存残本除去同书异名外，实摘引约一百八十种道书，绝大部分为东晋以后新出道经，尤以上清、灵宝二派道士所造洞真、洞玄部经书居多。其中如《大洞正经注》《道迹经》《真迹经》《洞真太极宝弧暇贰抖凑姹浠呤姆骄贰抖凑嫣⒒剖榫贰短⒒剖榘司硭鼐鳌贰痘嗜司贰兑暇贰抖葱乒偧蛭木贰读楸φ贰抖葱拘忻罹贰缎槲蘧贰渡罚础渡诮叹罚抖葱斩戳檎戮贰抖瓷窬贰抖瓷窦嗲贰度示贰抖疵厣窆偩贰洞谖迩墓傄恰贰墩环ㄎ摹贰墩黄瓮肌返鹊龋档啦刎榛蛉蔽摹４耸橐贾模撬樯偌撸肿阏涔蟆４耸榘慈此母ú恳季敖谖模从吵龅啦厝此母ǚ掷嘟峁挂丫纬桑使庋д哂兰偷牡啦亍ā�
历史上一部分道经如《洞真太上灵书紫文上经》等，曾经离合增损，亦赖此书得以考见。书中因部分卷帙残缺而未注明出处，但仍有参考价值。例如卷八十三至卷八十五（《正统道藏》本缺第八十五卷）按得鬼官、地仙、地真、九宫、太清、太极、上清、玉清诸道顺序录列得道人名，与《真灵位业图》分鬼官、地仙、九宫、太清、太极、上清、玉清七阶位大体一致。这对考察陶弘景原书结构和南北朝神仙谱系均有参考意义。此外，本书引用的经文与明刊道藏本也有出入，可据以校订今本文句。
东晋南朝道经每多一卷短经，有的书撰于不同时代，后人据虚目合之则为一经多卷。《无上秘要》列其卷（篇）目，这对了解道经的存佚十分方便，而对了解经符异名也很有帮助。
《无上秘要》在魏晋南北朝众多道书中堪称巨帙，具有很高的文献价值。是研究魏晋南北朝道教和道经不可或缺的参考资料，也是校勘早期道书的重要依据。法国学者劳格文编有引书索引，载于法国远东学院出版的《无上秘要：六世纪的道藏》（《WU－SHANGPI－YAO：SOMMETAOISTEDUVIeEIEA》，1981）。
《三洞珠囊》
《三洞珠囊》，道教类书。该书始见于《太平御览》引道书目著录，不题撰人、卷数。《秘书省续编到四库阙书目》《通志·艺文略》《宋史·艺文志》皆称三十卷。明《正统道藏》太平部所收残缺甚多，仅为十卷。署题〃大唐陆海羽客王悬河修〃。王悬河为唐高宗、武后时道士，弘道元年十二月二十三日（684年1月15日）于成都建有《道藏经序碑》二通。而书中引录唐代续成的《本际经》、新传的《海空经》和高宗时人尹文操所撰《老君圣纪》，称《庄子》为《南华论》而不名〃经〃，且不避唐讳，可知该书当编定于武周时期。
《三洞珠囊》道藏本卷次非其旧，分三十五品，按品辑录诸家之文，内容涉及仙真神话、道士业迹、斋戒醮仪、服食养生、修炼禁忌、道教名数、天地时空、劫运仙相、神仙位籍等方面。是研究唐初以前道教的重要参考资料。主要特点如下：
一，该书今仅存道藏本，篇幅虽少，但摘引道书却多达百六十种左右，其中有不少为早已散佚之书，故史料价值较高。如已佚之马枢《道学传》，书中征引最多，极有裨于道史之研究。已佚之《文始先生无上真人关令内传》《玄妙内篇》《老君圣纪》《老子化胡经》等，此书多有征引，为研究道、释二教关系不可多得的资料。其他如《老子经通题目》等，亦赖此得以窥其大略。
二，该书引文多注明原书卷数，这不但可以定为辑佚的依据，而且也便于了解他所据本子的内部结构。例如《太平经》，除甲乙十部一百七十卷本之外，还有《太平洞极之经》一百四十四卷本。该书引至第一百四十五卷，可知他摘引的是一百七十卷本。又遍引《太真科》上、中、下三卷，与《道藏阙经目录》的《洞玄灵宝太上高上太真科令》三卷相合，据此知唐代写本《太真科》为三卷，而《正统道藏》正一部所载《玉清上宫科太真文》一卷非《太真科》完帙。引《左玄论》中卷第九品及第十三品，据此知王悬河所见《左玄论》原本三卷，《正统道藏》本《左玄论》四卷，然仅第四、第五品，亦非完帙，且卷篇亦经分析。又如该书卷五《长斋品》引《太玄经》第八《老子传授经戒注诀》，卷六《清斋品》引作《太玄部》第八《老子传授注戒仪注诀》（卷九《老子为帝师品》引同书。〃太玄部〃误作〃太平部〃）。此与敦煌遗书六朝写本〃太平部第二〃相互印证，反映出《太玄经》即《太玄部》其他加《洞真经》《洞玄经》《洞神经》《正一法文经》等等可依此类推。其中某一书分则为一部独立的书，合则为七部经之某一卷或数卷。卷六又引《正一法文》下卷，即知此《正一法文》为另一种传本，并且至少有上、下二卷。此外，注明卷数，亦便于校勘今存道书。
三，据该书所引之内容和王悬河所加按语，可借以考察所辑道书的成书时代和流变。例如所辑《二教要录》，谓隋亦象号开皇元年，则此书当编定于隋代或唐初。《玄门论》第七引《洞神经》第六云：有前、中、后三皇君，〃似梁朝象道家太清境，亦称太清元年也〃，则《洞神经》当编定于南朝梁以后，《玄门大论》成书又在其后。引《赵文和传》言三十二牢狱，谓其〃寻按天师《一千二百官章》辞，奏诣此狱〃云云，可以佐证《千二百官章》确有后人增益。又如所引《化胡经》，文末加按语云，〃《化胡经》乃有二卷不同，今会其异同，录此文出也。〃反映出王悬河所见《老子化胡经》有不同写本，此处所录，乃是他〃会其异同〃之产物。
《正统道藏》太平部又收王悬河《上清道类事相》四卷，亦题〃大唐陆海羽客王悬河修〃，有《仙观》《楼阁》《仙房》《宝台》《琼室》《宅宇灵庙》诸品，其性质、体例等与《三洞珠囊》完全一致。是否为《三洞珠囊》之一部分，待考。
此外，《历世真仙体道通鉴》卷�