达赖指定桑结嘉措继任这个位置。第巴相当于藏王，是西藏这块地方最高行政长官，地位仅次于宗教领袖达赖。对于这样的一个职位，桑结嘉措以自己太年轻、资历不够为由拒绝了。布达拉宫的财务总管扎仓涅巴罗桑巴金担任了这个职位，不过他仅仅是起一个缓冲作用，目的是让桑结嘉措稳着陆。三年后，这个人就辞职了，桑结嘉措稳稳地坐上了这个位子。
五世达赖还专门颁布文告，详细介绍桑结嘉措的学识、品德和能力，希望僧众同意他当上第巴。这份文告至今还在布达拉宫正门入口处德阳厦过厅的南墙上，下面端端正正地打着五世达赖的两只金粉手印，由此可见五世达赖的良苦用心。
康熙二十一年（1682年）二月二十五日，五世达赖在布达拉宫圆寂，这就意味着西藏最高权力出现真空。桑结嘉措果断地做出“秘不发丧”的决定，也有一种观点认为，这是五世达赖的意思。
桑结嘉措的保密工作做得相当彻底，每个环节都受到严密的控制，他们在布达拉宫里选择了一个跟五世达赖长得很像的人，让这个人伪装成达赖，在宝座上摆摆样子。同时，对外宣布达赖要长期进修，一切事务由第巴暂行处理。桑结嘉措不愧是一个能力非常强的人，他一方面要代理达赖处理政教事务，一方面还得保护达赖的肉身，并修建灵塔。最关键的是，还得在神不知鬼不觉的状态下寻找转世灵童。
桑结嘉措为了巩固自己的权力，秘密与噶尔丹勾结，反对和硕特部的顾实汗子孙，顾实汗是成吉思汗弟弟的十九世孙。桑结企图通过噶尔丹的力量赶走和硕特部落。康熙第一次亲征噶尔丹之时，桑结嘉措曾经派遣济隆活佛到噶尔丹军中诵经；噶尔丹战败后，济隆活佛又以讲和为由拖延时间，让噶尔丹得以逃跑。
正是在这期间，发生了真假达赖之争。
真假达赖
康熙三十五年（1696年），清军在昭莫多打败噶尔丹。在缴获的物品中，康熙发现了桑结嘉措和噶尔丹交往的文书，此外，还从投降的战俘中得知五世达赖早已圆寂。
八月，康熙派人持敕书到西藏，揭露桑结嘉措勾结噶尔丹、欺骗朝廷的罪行。使者来到后，要桑结嘉措就以下四个问题作出答复：一、五世达赖早已去世，为何不向皇帝报告？秘不发丧到底是什么意思？
二、为何要跟噶尔丹狼狈为奸，帮助噶尔丹搞分裂活动？济隆活佛为何不但不阻止噶尔丹，反而为噶尔丹诵经助威？噶尔丹战败后，济隆活佛为何用缓兵之计让他逃走？应立刻将济隆活佛送到北京来。
三、五世达赖圆寂后，为什么不让五世班禅主持事务呢？清廷邀请五世班禅进京时，为何恐吓班禅说：“你这么做的话，噶尔丹将会击杀你。”请立刻让班禅主持政务，并让班禅进京朝觐。
四、立刻将嫁给青海和硕特部的噶尔丹女儿送到北京来。
康熙在诏书中毫不客气地表示，如果没有给上述问题一个圆满的答复，将立即发兵进攻西藏。软硬兼施是康熙的看家本领，在处理各种问题上他做得游刃有余，随心所欲不逾矩。
桑结嘉措针对康熙的强硬，不敢不给出答复：一、五世达赖圆寂已经十六年，当时情况紧急，时运艰难，为了防止西藏地区发生动乱，所以才秘不发丧。现在六世达赖已经十五岁了，我们将在康熙三十六年为他举行坐床典礼，恳请皇帝在此之前对此事保密。
二、济隆活佛确实有罪，我们已经革去他的职位，并抄没他的家产。我们一定会遵旨将他送到北京的，还望皇帝开恩，不要杀了他。
三、五世班禅没有赴京不是因为那个原因，只是你们派出的使者说出了一些恫吓的言语，所以才没去的。关于班禅何日赴京，我们一定会详加讨论的，到时给皇帝一个圆满的答复。
四、噶尔丹的女儿是在噶尔丹攻打喀尔喀之前嫁给博硕克图济农的儿子，他们结婚前噶尔丹还是一个很老实的人，所以他的女儿实在是无辜的，希望皇帝不要拆散他们，以免妻离子散，多不和好。
康熙毕竟是一个明君，虽然他对桑结嘉措很不满，但是为了各民族的团结和友好，他还是做出了让步。康熙本着“不生事为贵”的原则，宽恕桑结嘉措的罪行。桑结嘉措也履行了自己的承诺，将济隆活佛送到北京。济隆到北京后，遭软禁病死。
尽管得到康熙的原谅，但桑结嘉措已经无法控制住西藏的局面了。康熙三十七年（1698年）正月，噶尔丹的侄子策旺阿拉布坦便上疏弹劾桑结嘉措：“第巴桑结嘉措这个人在达赖死之后秘而不宣，分明有什么不可告人的企图……他诈称达赖之言，在喀尔喀中制造混乱，如此好事唯恐天下不乱的喇嘛，实在是自古未有。希望皇上能够明察，不要让法门受玷辱，请陛下荡涤法门，使之干净吧！第巴这个人做的坏事当然远不止于此，他还徒刑班禅，派两个红帽喇嘛诈称是达赖的化身，第巴如此破坏法门清誉，实在是天理难容神佛共怒啊！”
康熙对此并没有做出明显的表态，他很清楚，策旺阿拉布坦是在跟桑结嘉措争权，如果处理不好，肯定会引起麻烦。
看桑结嘉措不顺眼的远远不止策旺阿拉布坦，和硕特部汗王对第巴也非常不满。康熙四十年（1699年），和硕特部的达赖汗去世，其子旺扎尔继位，两年后，旺扎尔的弟弟拉藏汗赶走哥哥，自己登上汗位。拉藏汗继位后，跟桑结嘉措的矛盾更加激烈，并于康熙四十四年（1705年）在拉萨发生战争，桑结嘉措兵败被杀。这样一来，和硕特蒙古重新取得在西藏的统治地位。
拉藏汗的这些军事行动无疑深得康熙欢心，心腹仇敌被拉藏汗清除了，康熙的心情是喜悦的，他给予了拉藏汗充分的信任。
西藏问题是非常复杂的，矛盾盘根错节，宗教领袖达赖和军事集团和硕特汗王是自古就存在矛盾，他们都想夺得西藏的最高统治权。顾实汗死后，青海的台吉们和西藏的和硕特汗之间为了争权也发生了冲突，青海的这些台吉们内部又有许多分歧和矛盾。各种势力都想挟持达赖以提高自身的威望，真假达赖就是在这样的情况下发生的。
五世达赖死后，居然出现了三个六世达赖。
真假达赖之争的肇始者是拉藏汗。康熙四十四年七月，拉藏汗突然给康熙上了一道奏章，陈述了“假达赖”事情的整个经过，拉藏汗的意思是由桑结嘉措确立的仓央嘉措六世达赖根本不是真的转世灵童，这个仓央嘉措好酒好色，哪有佛门高人的半点样子。拉藏汗请求康熙废黜这个达赖，然后寻找真正的转世灵童。
这个仓央嘉措到底是个什么人呢？他的表现又有什么异于活佛的地方呢？
仓央嘉措来到布达拉宫后，他的表现跟前世完全不一样，他也很聪明，不过他的聪明停留在对爱情和诗歌的追求上，跟人们印象里的活佛迥然有别。他写了很多有名的诗句，我们不妨摘录几首：心中爱慕的人儿，若能够百年偕老，不亚于从大海里面采来珍奇的异宝。
凛凛草上霜，飕飕寒风起。
鲜花与蜜蜂，怎能不分离？
为爱人祈福的幡儿，树在柳树旁边。
看守柳树的阿哥，请别用石头打它。
一个活佛居然是写情诗的高手，这是人们无法接受的。桑结嘉措生前也试图纠正他这种离经叛道的倾向，可是根本不起作用。当桑结嘉措被杀后，拉藏汗将他押往北京。令人吃惊的是，在行至西宁口的时候，这位“假达赖”居然病故。究竟是不是病故无人清楚，有人说他是被害，也有人说他到五台山云游去了。
仓央嘉措死后，拉藏汗受命寻找真正的转世灵童。拉藏汗立伊喜嘉措为新的六世达赖，伊喜嘉措当了十一年达赖，而且经过班禅和康熙皇帝的确认，但是始终无法得到藏族人民的承认。西藏人民始终认为仓央嘉措是六世达赖的真身，尽管拉藏汗苦口婆心地告诉人们仓央嘉措种种离经叛道的行为，可惜无法动摇百姓对仓央嘉措的信仰。由于西藏内部对这个达赖不信任，康熙四十八年（1709年），康熙以青海台吉和拉藏汗不合为由，派遣侍郎赫寿入藏，协助拉藏汗管理西藏事务。这是清廷第一次派遣驻藏大臣，由于西藏的局面比较复杂，康熙派人到西藏封五世班禅为班禅额尔德尼，通过提升班禅的宗教地位来缓解西藏的宗教危机。
由于西藏上下对伊喜嘉措很不满，拉藏汗的压力很大，如果这个傀儡得不到西藏人的拥戴，那他的统治权就会受到威胁。后来，拉萨上层找到了一个名叫格桑嘉措的人为真达赖的转世灵童。康熙再次让班禅确认这个真假，班禅仍然认为这个是真的。
康熙皇帝废黜仓央嘉措的行为引起了西藏人民的抵触情绪，他支持的拉藏汗在西藏也深陷政治危机。在西藏内部，逐渐酝酿起一股风潮，企图寻求准噶尔部落的人来赶走拉藏汗。
后来西藏发生动乱，拉藏汗被杀，伊喜嘉措被囚禁在拉萨的药王山上。
入藏平叛
西藏上空风云变幻，准噶尔首领策妄阿拉布坦对西藏窥伺已久，他感到夺取权力的机会到了。
早在康熙四十五年（1706年），策妄阿拉布坦就试探性地邀请仓央嘉措到准噶尔来讲学，遭到拉藏汗的拒绝。为了消除拉藏汗的戒心，他又改变政策，与拉藏汗和亲。康熙五十三年（1714年），策旺阿拉布坦和拉藏汗结为儿女亲家，与此同时，他又积极联络西藏的反对势力，密谋推翻拉藏汗的统治。
康熙五十五年（1716年）十一月，策妄阿拉布坦派堂弟策零敦多布以护送女婿噶尔丹丹衷（拉藏汗的儿子）夫妇回藏省亲为借口，秘密组织了一支六千人的军队向西藏进发。此外，策旺阿拉布坦还组织了三百人，对格桑嘉措所在的青海塔尔寺进行突然袭击，计划抢夺格桑嘉措，然后护送格桑嘉措进入布达拉宫。
策零敦多布不走寻常路，选择了一条极为隐蔽的路线。他从南疆和田出发，翻越巍峨的昆仑山脉，再途经阿里，抵达藏北的那曲。这条路线非常艰险，海拔很高，一路上人烟稀少，之所以选择这条路有两个原因，既能避免被清军发现，又能出其不意攻击拉藏汗。
当这支部队出现的时候，完全出乎拉藏汗的意料。在藏北纳木错湖畔，拉藏汗匆匆和敌人展开战斗，但这一切出乎拉藏汗的意料，他始终觉得和谈是可能的，因此贻误了战机。再加上准噶尔军队事先已经对西藏内部进行了分裂瓦解，拉藏汗的军队很快就被打败。随即，准噶尔军队包围了布达拉宫，杀死拉藏汗，囚禁了伊喜嘉措。
准噶尔军控制西藏后，开始进行了一系列的屠杀和劫掠，非黄教的寺庙被摧毁的有五百多所。
由于西藏地方遥远，康熙很晚才得知这个消息。他立即派遣满族将领额伦特和蒙古族将领色楞去征讨，两人统帅七千人，从青海出发。色楞率领先锋部队侦查，额伦特带主力尾随。不过，这次出征因为准备不充分，而且两个将领脾气不和，在到达藏北那曲一带时遭到准噶尔军队的袭击，清军大败，额伦特战死。这次失败的主要责任还在于色楞，色楞有勇无谋，轻敌冒进，他带着先锋部队进入敌人埋伏圈后，看到敌人后退，不知是计，拼命追赶，结果让全军都深陷泥潭，再加上粮草也被敌军切断，结果全军覆没，色楞本人也阵亡。
准噶尔取得了这次胜利，非常得意，他们继续向东进军，打算和清廷争夺巴塘、里塘等地，甚至企图进犯青海、云南。
清军失败的消息传到朝廷后，大家熟悉的场面又出现了，王公大臣们纷纷说西藏偏远，地形险恶，不宜出兵；康熙却力排众议，认为如果不出兵西藏，边境将不堪设想，所以必须出兵。当然，在出兵之前，康熙要总结上次失败的原因，在康熙看来，失败的原因就是不够重视，准备不足，派出的兵力不够多。
这次，康熙任命皇十四子固山贝子胤祯为抚远大将军，统领三路大军开赴前线，号称三十六万大军，实际数目可能也就五六万人。
为了孤立准噶尔，康熙还进行了政治工作，争取青海蒙古王公的支持。
康熙五十七年（1718年）十月，康熙提拔四川巡抚年羹尧为四川总督，康熙的目的是让年羹尧开辟由四川进军西藏的路线，能够保证各路兵马随时开入西藏，让西藏断掉天高皇帝远的念头。年羹尧上任之后，不负所望，在成都驻兵，并设立驿站。康熙还让大臣带领满洲兵一千人、蒙古兵一千人、吐蕃兵两千人、绿营步骑兵各一千人，护送新达赖入西藏，所有这些事情都由年羹尧总理。
虽然康熙很积极地备战，务求胜利，但是大臣们还是很担心，实际情况正如康熙所料，清军所向披靡。准噶尔军队根本就没有做出有效的抵抗，其时，藏人早就对准噶尔部不满，准噶尔军队在西藏的残暴行径引起了藏人的不满。清军进入拉萨后，藏人普遍表示欢迎。
清军进入拉萨这天是九月十五日，拉萨上空晴朗无云，满汉大臣、蒙古各部落的首领、西藏的喇嘛贵族纷纷欢迎清军，然后在布达拉宫为格桑嘉措举行隆重的坐床典礼。
根据《清圣祖实录》的记载：“喇嘛人等感激圣主再造弘恩，罔不踊跃欢欣，男女老幼襁负来迎。见我大兵，群拥环绕，鼓奏各种乐器……”
清军护送达赖入藏，由此赢得了藏族人民的欢迎，充分体现了康熙处理民族问题的高明手段。
接下来，康熙要做的是重建西藏的行政机构。
康熙让清军统帅延信将军先成立临时的军政府，军政府的主要责任是清除准噶尔分裂势力的余孽，并打击准噶尔的支持者。对于那些违法作乱的喇嘛也丝毫不留情面，该杀的杀，该囚禁的囚禁。
到康熙六十年（1721年），终于完成了西藏政府的改组工作。康熙废黜了西藏地方政府中的第巴一职，改设多名噶伦共同负责行政工作，这是康熙为了促进西藏稳定而实行的分权制度。刚开始的时候封了三名噶伦，这三名噶伦都是当地人，但是都非常忠于清廷。康熙既采用了藏人治藏的方法，又直接控制了西藏的地方政府，一举两得。
在蒙古王、众贝勒、台吉和酋长们的请求下，康熙允许他们在拉萨为自己创建丰碑，永垂不朽。随后，清军在拉萨留下三千人的驻藏军队，为了