哲布尊的意见一出来，得到了大多数人的赞同。土谢图汗于是让哲布尊带领两万人投奔康熙，对此，康熙非常重视，让理藩院尚书阿喇尼前去慰问，将他们安置在归化城、张家口、独石口一带，给他们粮食，给他们牲口、金银还有茶布，并让他们在科尔沁水草地一带游牧。
一连串的胜利让噶尔丹自我膨胀起来，他觉得自己现在是草原上了不得的人物了，康熙不敢不买自己的账。他甚至向康熙写了一封信：“如果喀尔喀等人投奔天朝，希望皇帝能够拒绝他们，或者抓起来交给我，我一定会好好报答皇帝陛下的。”
康熙对噶尔丹的回复是：“朕统治宇内，把大家都看成同胞，一视同仁，希望各族人民能共享太平，没有离乱之苦。希望阁下能和喀尔喀人民和睦相处，不要再滋生矛盾了。”
康熙要求噶尔丹归还喀尔喀的土地，噶尔丹当然不会听从，否则他辛辛苦苦流血流汗是为了什么。
对于野心勃勃的噶尔丹来说，这还只是一个开始……
大漠锋镝，康熙首征噶尔丹
漠北蒙古丧失，漠南蒙古就成为抵御噶尔丹的重要屏障。
在决战之前，康熙依然按照自己的套路先招抚噶尔丹，他屡次派遣大臣对噶尔丹做思想工作，收效甚微。他又要求达赖喇嘛派出一个有名望的喇嘛和清廷大臣一起劝说噶尔丹以和为贵。
噶尔丹在礼节上对清廷使者优待有加，表现得特别恭顺老实，并声明自己也是大中华家族的人，自己就是皇帝的臣民。一方面态度极好，另一方面任何实际行动都不采取，恭顺层次仅停留在言语上，这正是康熙的老祖宗努尔哈赤当年玩的把戏。
经过长年的征战，噶尔丹手下已经有几十万大军了，实力是外交的本钱。噶尔丹仗着自己势大力强，公然拒绝康熙的建议，他对使臣说：“我若与土谢图汗讲和，那我弟弟的命，谁来赔偿？我一定会灭掉喀尔喀的，抓住哲布尊。”
噶尔丹已经得到西藏达赖的支持，他进一步谋求沙皇的支持，噶尔丹几乎每年都要派人进入俄国，希望跟俄国创建军事同盟，并得到俄国的枪炮资助。俄国方面也是来者不拒，只要有甜头的事情都干。
尼布楚条约签订的第二年，噶尔丹就让使者带着信去见戈洛文，希望戈洛文能够出兵协同作战。戈洛文则保证俄国军队会用实际行动支持，对此，康熙保持了高度的警惕。他一方面谋求和平途径解决问题，另一方面命令亲王福全对噶尔丹准备南下的大军进行抵御。八月，康熙又命自己的舅舅侍卫内大臣佟国维、领侍卫内大臣费扬古、理藩院尚书阿喇尼监视噶尔丹的动向，同时，康熙还命令蒙古各部落集结，随时听候调遣。
康熙二十九年（1690年）五月，噶尔丹带兵四万，沿着克鲁伦河下游行军，渡过乌尔扎河，扬言借兵俄罗斯，一同灭掉喀尔喀。康熙立即致书俄国沙皇，质问道：“噶尔丹扬言和你们会兵，共同入侵喀尔喀。喀尔喀已经归顺了我大清，如果误信了谣言，这可是违背誓言重新打开兵祸了，希望你们尽快停止这种可能导致两国纷争的行动。”
上次两次雅克萨之战的惨败，让沙皇对康熙始终心存畏惧。收到康熙的警告，沙皇最终只好收敛，不敢出兵。
噶尔丹是一个勐人，没有沙皇赞助，也绝不会放弃军事计划的。六月，噶尔丹沿着格尔格河进军，来到乌尔会河畔。理藩院尚书阿喇尼带着军队紧紧跟随噶尔丹，阿喇尼的任务是监视噶尔丹，康熙一再叮嘱阿喇尼千万不要和噶尔丹正面冲突，等各路兵马聚集以后再前后夹击。
不过，阿喇尼没有遵守康熙的指示，后续部队还没到来之时，他就向噶尔丹发动了进攻。阿喇尼派遣了两百个蒙古武士偷袭了敌人的前锋部队，然后派五百个喀尔喀人骚扰敌人护送牲口和辎重的队伍。看到敌人的牲口和辎重，蒙古军和喀尔喀军争先恐后地抢夺，军纪一片混乱。看到部队一片混乱，阿喇尼下令撤军，可惜部队已经混乱，不听使唤。噶尔丹立即将部队分成两翼，布阵等待敌人。阿喇尼派遣清军进攻，噶尔丹让部队齐发火器。清军惊恐之下，连连败退。
接着，噶尔丹兵分两路夹击清军，清军溃不成军。阿喇尼擅自出战让康熙很愤怒，革去他的议政头衔，并降四级。
七月，噶尔丹挺军深入乌珠穆沁。康熙明白，必须重拳出击了，他命令哥哥福全为抚远大将军，儿子胤禔为副将军，从古北口出发；和硕恭亲王常宁为安北大将军，和硕简亲王雅布、多罗信郡王鄂札为副将军，从喜峰口出发；康熙自己，则率领中路军，亲自征讨噶尔丹。
康熙这次是铁了心要将噶尔丹一网打尽，为了一举摧毁噶尔丹，康熙屡次派使者去噶尔丹那里，扬言要和谈，实际是为了麻痹噶尔丹。
康熙的舅舅佟国维率领先锋部队，康熙对他说：“先遣部队到达前线后，如果噶尔丹准备逃跑，你们一定要全力追击；如果噶尔丹前来迎敌，千万要稳住，不要主动跟他们硬拼。”
佟国维问：“那我们应该怎么办呢？”
康熙说：“你可以告诉噶尔丹，圣上特派遣和硕裕亲王和皇子前来，和你和谈，申明礼法，从此以后，结盟友好。”
康熙还让人送给噶尔丹牛羊，噶尔丹也派人到清军大营里，一再表示愿意和清廷修好，秋毫无犯。与此同时，噶尔丹强烈要求清廷交还土谢图汗和哲布尊等人，声称只要清廷做到了，自己马上撤军。
七月底，噶尔丹大军深入离北京只有七百里的乌兰布通，由此可见，噶尔丹根本不把康熙放在眼里。清廷抚远大将军福全赶到时，噶尔丹已经占据了有利地形——依林沮水，噶尔丹创造了一个非常有意思的阵形。他让成千上万的骆驼趴在地上，背上放着箱垛子，垛子上盖着湿润的毡毯，士兵们躲在箱垛子后面射箭，这个阵型号称“驼城”。
清军隔河列阵，彻底占据了先进武器的优势，他们用炮火疯狂地轰击对面的驼城，顿时炮火齐发，响声震天，战况激烈，从下午一直打到晚上，驼城被轰得七零八落，清军骑兵和步兵同时出击，将敌人的营垒全部攻破，但清军也付出了惨重的代价，康熙的舅舅佟国纲就在这场战役中中枪身亡。
由于夜晚已来临，清军不得不收兵。
晚上，噶尔丹的使者济隆带着七十多人来讲和，竭力为噶尔丹开脱，济隆说：“这事也不能完全怪噶尔丹，喀尔喀几个部落的人也不太厚道，他们的部下无知，抢了我们的牲口。我们的汗不过是一个小头目，怎么敢在大清皇帝面前嚣张。只不过他仇视土谢图汗和哲布尊，才犯了错误，现在他已经不想索回土谢图汗和哲布尊了。”
连夜，噶尔丹还派人送来一封亲笔信，表示：“现在蒙皇帝示好，以后不敢再犯喀尔喀了。”明明是被打服了，还说是示好，噶尔丹不愧是个聪明人。
当时康熙不在场，福全相信了噶尔丹的谎言，自作主张，放了噶尔丹，还让其他部队不要阻截噶尔丹。就这样，噶尔丹顺利地逃脱。如果这时福全能够大军齐出，噶尔丹早就被擒获了，后来那些麻烦就能避免。可惜，福全心地仁厚，相信了他，为了这事，事后他还受到康熙的责备，被革去议政并罚薪一年。
在逃跑这块，噶尔丹表现出了不亚于战场上的英勇，他连夜偷渡什拉穆楞格河，翻过大碛山，一路逃到科布多。虽然脱离险境，噶尔丹的部队也遭受了重大的损失，只剩下几千伤残兵。
人已经逃走了，康熙本着穷寇莫追的原则，给噶尔丹发出了最后的警告：“以后不得再侵犯归附清朝的喀尔喀一人一畜，如果违反誓言，必定追击到底一网打尽。”
灭其主力，康熙第二次亲征
放走噶尔丹后，康熙仍然不信他，康熙觉得噶尔丹这个人狡诈成性不可相信。
康熙在张角隘口，独石口、大同和宣府一带，随时准备出征，保持着高度警惕的姿态。
乌兰布通惨败后，噶尔丹处境极为凄惨，没有牲畜，人员大量减少。为生计所迫，噶尔丹不得不低头请求清廷给一些粮食和白银，以解燃眉之急。清朝的理藩院一口回绝，康熙却法外施恩，赏赐给噶尔丹千两白银，同时派遣大臣招降噶尔丹，承诺只要归降，一定妥善安置，让他们过上幸福的生活。
噶尔丹也是一个高明的对手，他看出康熙的两手做法，也还之以礼，派出两千男女到清军驻地，表面是归顺，暗地里让这些人充当奸细，四处搜集情报。安稳一段时间后，噶尔丹又要求清廷将多尔济和哲布尊交给自己，对于噶尔丹的无理要求，康熙给予了严厉的谴责。
噶尔丹被拒绝后，心里很不服气，开始在边境挑起事端。康熙派遣使者到阿拉布坦那里通好，噶尔丹的部署半道截击他们，将使者们杀害，劫走全部行李。此外，噶尔丹还挑唆其他人背叛清朝，阻止班禅入京。
康熙三十四年（1695年）秋，噶尔丹率领三万骑兵渡过克鲁伦河，对喀尔喀部落进行大肆抢掠。上次战败让噶尔丹记忆犹新，所以这次他没有进入漠北，只是扬言等借到俄罗斯六万鸟枪兵，将大举进攻，这分明是公然向康熙宣战。
康熙必须回应噶尔丹的挑衅，当然征讨的困难康熙也非常清楚，他说：“朕亲历其间，比较了解塞外情形，自古以来，这里就是难用兵的地方。那里是不毛之地，经常无水，到了沙漠地带，运粮特别难……”
困难重重不过是为了表示康熙的钢铁决心，康熙又说，噶尔丹违背约定，横行无忌，如果不灭了他，边境将永不得安宁。康熙召集三品以上的武官商讨灭敌之策，大家都认为非常困难，都不愿劳师远征。在这种情况下，康熙仍然坚持剿贼，更令人吃惊的是，康熙居然要再次御驾亲征。他后来回忆这段经历说：“我上一次征讨噶尔丹，众人都劝阻，只有费扬古支持我。后来两次征讨，就没有人赞同我了，是我执意如此。”
这一年是康熙三十五年（1696年），四十二岁的康熙带领十万兵马，兵分三路，再次前往大漠讨伐噶尔丹。东路军由抗俄名将萨布素率领，西路军由抚远大将军费扬古统领，中路军是康熙亲率的禁卫军。
行军途中，无论多小的事情，康熙都要亲自过问，然后做出具体的指示。远征大漠，粮草还可以自己带，但是淡水却带不了那么多，寻找水源是最重要的一个环节。饮水问题主要靠掘井解决，这事由户部侍郎思格色负责，他负责掘井，掘好一口井后，他回来向康熙禀报。康熙问他：“一口井能解决多少人马的饮水问题？”
思格色回答不上来，康熙很生气，骂他为官昏聩，让议政王大臣撤了他的职，贬为一般的士兵。后来，康熙派遣副都统阿迪视察水草情况，阿迪回答说：“现在冰雪冻住了，不容易开掘。”
康熙很生气，说：“用兵之道，贵在神速，大兵行军，断不可缺水，时当春季，地脉当融，即使冰冻也可以凿开。”
世上最怕认真二字，康熙的命令下达以后，没过多久，就掘出了好几口井，把地下的冰层凿开后，醉人的清泉就涌出来了，全军一片欢腾。为了方便大家饮水，康熙让军队围绕着井扎营，这样士兵可以从不同的方向饮水，不会造成拥挤。每口井康熙都让官兵把守，以保证用水的安全。
康熙每天都起得很早，起来后他就看到军营里炊烟缭绕，心中颇多感慨。
在这段漫长的征途中，面对着沙漠的风光和草原的广阔，康熙心中难掩诗意之情，在征途中，他写下了一首诗：四月天山路，今朝浩瀚行。
积沙流绝塞，落日度连营。
战伐因声罪，驱驰为息兵。
敢云黄屋重？辛苦事亲征。
在这首诗中，康熙表达了为了国家为了人民不辞辛苦坚持亲征的战斗精神，也流露出了一定的自豪感，所以他才敢很有底气地反问：“帝王中，像我这样御驾亲征，穿越沙漠、高山、草原的有几个呢？”订/阅/v/信/whair004
康熙有一个特点，一旦做出了决定，一定会坚持到底。大军到达科图时，有传言说噶尔丹已经逃走了，远远地不知躲在什么地方。扈从大臣佟国维、索额图、伊桑阿等人反复启奏，希望康熙能够班师回北京，留下西路兵对付噶尔丹就行了。这些大臣平时在北京城里养尊处优，过着天堂般的生活，现在要来这塞外遭罪受，肯定不适应。他们请求康熙回京是可以理解的，更多的还是一种自私的心理，并不是为了康熙。
康熙很愤怒，严厉地斥责了他们。康熙说：“怯懦是最大的无耻，半途而废是世上最没出息的行为。”
康熙一般很少这么愤怒的，可这时必须愤怒，佟国维、索额图这些人的想法并不是少数人的想法，很可能代表了大多数人的心理，一旦这种心理蔓延开了，一定会影响士气动摇军心。所以，康熙必须向全军表现出自己的决心，不灭了噶尔丹绝不班师回朝。
康熙对大臣们说：“如果有不敢奋勇向前，怕死退后的，杀无赦。我们一定要杀了噶尔丹，或者擒住他，所以我们是不能后退的。如果我们撤退的话，噶尔丹必会集中兵力歼灭西路军，所以，希望大家勇往直前，直捣对方老巢，从今以后不要再说后退两个字。”
中路军慢慢地靠近了噶尔丹的驻地，但是西路军还没有到来。其实，这西路军行军路上出了一点状况，途中人畜相继死亡，许多有水草的地方被噶尔丹给烧毁，前路一片灰烬，西路军不得不绕道而行，因此耽误了行期，没法如期和中路军在土拉会师。
看到西路军久久没有到来，大臣们开始议论纷纷，有的说中路军应该暂缓前进，等待西路军的到来。有的说不用等西路军了，为了防止噶尔丹窜逃，应该火速出击。
康熙陷入了沉思，半晌，他想出了一条妙计：“噶尔丹以前不过是一个强盗，向来没有远见卓识，他听信别人的话，以为我军不能到这里，所以胆敢侵略喀尔喀。现在我军靠近噶尔丹，费扬古的西路军很快就会到土拉。如果我们等待费扬古到来一同出击，肯定来不及了，如果中路军贸然和噶尔丹全面交锋正面拼杀，仍然要冒大风险。现在最好的情况是，我们慢慢靠近噶尔丹，然后派遣使者请噶尔丹过来会盟，噶尔丹如果知道我亲自来了，必定会逃窜。噶尔丹一�