这种安排对于天国是有利的，洪秀全并无军事和行政才能，而且也不愿太劳神费力，杨秀清只要不威胁到他的一把手地位，他还是愿意让他处理军政大事的。自从冯云山和萧朝贵战死，杨秀清的地位已经无人撼动了，洪秀全有危机感也是难免的。
杨秀清和洪秀全虽然是一个阵营的，但穿的并不是同一条裤子，两人的政见和做事风格可以说是截然相反的。鉴于洪秀全悲剧的科举历程，他对儒家有一种刻骨铭心的仇恨，想要打倒所有的孔家店。杨秀清虽然没有读过书，也许正因为没读过书，对孔孟之道没那么多的仇恨，他更看重读书人的作用，所以很反感洪秀全的“灭孔”运动。
为了阻止洪秀全焚书坑儒，杨秀清假装天父下凡，要洪秀全立即停止这种自戕的行为。洪秀全不甘心，但也不能不住手。洪秀全也是一个很偏执的人，杨秀清如此不给他面子，他心里自然恨不得将杨秀清千刀万剐。
这还只是个开始。
一天，杨秀清与韦昌辉等人商讨政事的时候，当时洪秀全的几个女官也在这里。杨秀清忽然倒地，站起来时已经是天父了，天父说洪秀全已经变得专横跋扈，经常虐待身边的宫女。接着，天父对这四个女官说，你们以后不要去伺候天王了，到东王府伺候东王吧！
杨秀清这是干吗呢？可能是这四个女官长得比较漂亮，他垂涎美色；也有可能是这四个女官很有才能，东王日理万机，需要她们帮忙。但这么做等于是羞辱洪秀全，难道杨秀清不知道？
杨秀清当然不是不知道，而是此时他觉得已经没必要忌惮洪秀全了，军政大事全操于他一人之手，而且他在天国里的威望已经很高。此时，倒是洪秀全非常忌惮杨秀清。
如果说虐待女仆确实有错的话，那么杨秀清指责洪秀全四岁的儿子恣意妄为就有些过分了，一个四岁的小孩，在雨里玩耍，杨秀清却说这种行为过于放纵，为了防止他将来虐待子民，必须禁止。
当然，洪秀全虐待妇女是事实，洪秀全生气的时候，曾经一脚踢伤怀孕的妇女，导致后者流产。
杨秀清当然也不是一味地以天父的身份批评洪秀全，他也曾以下属的身份建议过洪秀全，这时候，洪秀全往往听不进去。每逢这时候，杨秀清就玩天父下凡的游戏。杨秀清这么做当然让洪秀全很难受，但对于天国的稳定还是有好处的，因为洪秀全是一个性格粗暴的人，处事方式也非常简单，看不惯的不喜欢的就杀，杨秀清做事要认真谨慎得多，这样就避免了许多冤狱。
在对待男女分营的事情上，洪秀全是一个非常固执的人，杨秀清从人性的角度很反感这样，他觉得革命虽然重要，但也不能泯灭人伦，男女之爱是人的天性，所以不应该禁止男女分营，应该允许他们每隔二十天或是三十天能够回家跟老婆团聚一次。杨秀清还建议不应该把象征帝王的“龙”打入妖魔鬼怪的行列，洪秀全是个反传统的人，所以龙在他眼里也是妖魔鬼怪中的一个。而杨秀清却认为龙是中华民族的象征，不应该打入牛鬼蛇神的行列。
也许是迫于形势，洪秀全公开赞扬杨秀清坦诚、无畏、忠实，所以应该被尊为“劝慰师”和“圣神风”，所谓的“劝慰师”和“圣神风”就是三位一体中的圣灵，估计洪秀全这么做也是无奈的。
如果说洪秀全是天父的儿子的话，那么杨秀清似乎正在一步步高升，要把天父的儿子从天国的宝座上挤下来。用今天的话说，杨秀清是一个非常上进的人，已经是二把手的人，再往上爬，洪秀全岂不要从顶端摔下来。
1853年12月，杨秀清几次天父附体，羞辱洪秀全的两大心腹，韦昌辉和秦日纲。杨秀清有时闲得无聊，就会突然倒地，然后让侍女去传唤韦昌辉。韦昌辉到了之后，必须五体投地听杨秀清训诫。杨秀清坐在轿子里，韦昌辉必须在一旁恭敬地当个跟班。就连杨秀清的奴仆都可以把韦昌辉玩得团团转。秦日纲的处境也好不到哪儿去，他甚至还要为东王抬轿子。
也是因为这个原因，韦昌辉和秦日纲对洪秀全更加依赖，他们知道只有这个人能够帮自己除掉杨秀清，虽然这个人没什么能力，但他毕竟是天国的最高领导人，至少名义上是这样的。私下里，韦昌辉经常跟杨秀清唱对台戏，杨秀清曾建议洪秀全要节俭，又不是开时装店，干吗弄那么多龙袍。韦昌辉却对洪秀全说：“天王大哥，你现在富甲天下，龙袍当然是越多越好。”
后来，杨秀清知道了这事，洪秀全出来打圆场：“秀清就是古代敢于直言的正直大臣啊，昌辉只是心疼我这个做哥哥的，你们两人都是爱我啊，只是方式不一样而已。”
对杨秀清来说，他是容不下有人再称王，韦昌辉虽然是北王，但在他眼里也只是一个跟班的。杨秀清只想在太平天国内部创建一个四人领导集团，这四人中除了他自己和洪秀全，其他两个都是不存在的。一个是长兄耶稣，一个是三哥冯云山，洪秀全是老二，杨秀清是四弟。
毫无疑问，太平天国已经分化为两个阵营，这两个阵营不存在什么是非，只存在好坏之分。以杨秀清为首的一派，代表的是更专业更有远见的利益集团，他们的目的是一统江山，再创盛世。以洪秀全为首的一派更多的是关注既得利益，为了既得利益，韦昌辉和秦日纲这些人聚拢在洪秀全周围。
杨秀清曾以上帝的口吻说过这样的话：“千古英雄不得除，流传全仗简中书。”意思很明显，就是让洪秀全珍惜文化和典籍。
杨秀清清楚地看到，走向传统文化的对立面只会威胁天国的事业。杨秀清的看法是对的，当时有很多人对太平天国的统治不满，有读书人，也有一般的劳苦福斯。所以，曾国藩拿太平天国毁坏传统的事情大做文章。杨秀清是一个政治家，洪秀全是个权谋家，政治与权谋在中国的传统文化里很难区分，但多少还是有一些区别的。政治是为了求大治，在求大治的过程中难免会做出一些权谋之事，譬如唐太宗发动宣武门兵变。而权谋则是为了个人利益不惜牺牲一切。一个是以大治为最高标准，一个是以个人利益为最高标准。
1855年，杨秀清已经病魔缠身，躺在床上的时候他也不忘日理万机，权力就像鸦片，很容易上瘾。杨秀清每次扮演天神下凡时，排场越来越大，他的家属和部属地位已经非常高了，大家整整齐齐排列在宫殿里。杨秀清如果要出巡的话，所有人都必须在宫外提前一两个时辰，恭敬地等候在那里。有时候连洪秀全也不得不跪在天王府门口恭候杨秀清的到来，如果杨秀清不想亲自动身的话，洪秀全还必须跑到东王府听候圣旨。
到此时，洪杨二人之间虽然表面上风平浪静，事实上已经到了你死我活的地步了。自古一山不能容二虎，权力斗争从来没有双赢机制，双赢只存在于现代的商业和政治活动中。
杨秀清往最高权力路上奔走之时，韦昌辉和秦日纲最辛苦了。如果杨秀清心血来潮，半夜天神附体，韦昌辉必须连夜赶到东王府，倘若迟到一分钟，杨秀清就让人用板子伺候韦昌辉。堂堂一个北王，落到这步田地，我们可以想象他心里的怨恨。
洪秀全把秦日纲提拔为燕王，后来因为西征失利，又被杨秀清废掉了。
借刀除东王
洪秀全越来越难受了，因为杨秀清开始干涉他的私生活。
虽然洪秀全的私生活有许多可以指责的地方，但作为一个天王，有人对你的私生活指手画脚，这简直是无法忍受的事情。杨秀清经常谴责洪秀全对母亲不孝，洪的不孝是事实，当上天王之后，洪秀全脑子里全是酒色，哪里还有什么母亲。
杨秀清虽然骂得在理，但洪秀全心里很不舒服。
杨秀清是太平天国里唯一一个将军政大权掌握在手中的人，之前和之后都没有人做到这一点，包括洪秀全除掉杨秀清后，他也没能将权力都控制在手中。在军事方面，杨秀清拥有最高的裁决权，哪怕他生病时也是这样。可能在政务上有些事情他还得跟洪秀全打声招呼，但在军事上他说一不二，前方将领任何大的军事行动都出于杨秀清的决策。
北伐和西征都是杨秀清一手作出的决策，北伐是失败了，但震动了清廷的心脏部位。西征也遭遇了重大挫折，但杨秀清临时易帅，终于挽救了危局。这一系列军事行动都证明了杨秀清卓越的战略眼光，湘军在西征战场上溃败，围困天京的清军大营也被一一攻破，心力交瘁的勐将向荣最终一命呜呼。
胜利很容易激发人的野心，洪杨二人之间的矛盾本来就找不到出路，随着杨秀清威望的提升，两人的矛盾加速激化。洪秀全不可能退位，而杨秀清也不可能把自己辛辛苦苦创建起来的基业拱手让人。
本来九千岁和万岁只隔了一千岁，一个台阶而已，但杨秀清受不了。他很希望跟洪秀全平起平坐，杨秀清也是一个权力欲望很强的人，有时候欲望一强，难免就会过于心急。
这不，杨秀清过早地提出要跟洪秀全平起平坐，以天父的名义命令洪秀全封自己为“万岁”。洪秀全是什么反应呢？他心里一定非常吃惊非常害怕，虽然他知道这一天迟早会来，但来得太早了。他这时候担心的还不只是自己的天王宝座，而是身家性命。杨秀清说出“万岁”时，洪秀全就知道已经到了生死存亡的关头了。
此时，朝政已完全控制在杨秀清手中，军事大权、司法大权完全由他掌控，前方将领也多听从杨秀清指挥。杨秀清如果要杀掉洪秀全，只是举手之劳，甚至连举手都不用，只需说一句话而已。杨秀清为什么没有杀洪秀全，以至于最后反被洪秀全杀了呢？
可以这么说吧，杨秀清没想过要杀掉洪秀全，也许他真实的想法是逼洪秀全退位。作为一个政治家，杨秀清很清楚地知道，如果干掉了洪秀全，天国的这些把戏全都要穿帮，一旦这些统治的神话破灭，天国就会元气大伤。神话一旦穿帮，杨秀清能不能稳住局面，连他自己都不知道。所以，他要做的是跟洪秀全平起平坐，一个天国，两个万岁。杨万岁在前台掌权，洪万岁在幕后享乐。
为了给自己造势，杨秀清在太平天国的科考中出了这么个题目：《四海之内有东王》。而且这年春节，杨秀清还在自己的家门前挂上对联：参拜天父，永为我父；护卫东王，早做人王。这已经是非常赤裸地要上位了，洪秀全只能答应封他为万岁。与此同时，洪秀全也在密谋除掉杨秀清。洪秀全知道，这次博的不只是权力，还有身家性命。
杨秀清早已把韦昌辉和秦日纲这些人支到前线去，洪秀全要除掉杨秀清必须把这些人召回，这是一项高难度的动作，因为天京城内到处都是杨秀清的密探。
为洪秀全送信的还有一个爱尔兰人，爱尔兰人拿了一笔丰厚的钱财，跑到秦日纲的大营里，将天京的事情和盘托出。根据爱尔兰人的描述，杨秀清神灵附体时，洪秀全都要匍匐在地上。杨秀清曾经声色俱厉地问洪秀全：“你打江山，多亏了何人？”洪秀全说：“四弟。”杨秀清又问：“你既然知道四弟有大功劳，为什么不封他万岁呢？”洪秀全说：“应该封四弟为万岁。”杨秀清问：“东王世子也只是千岁吗？”洪秀全说：“东王子孙后代都是万岁。”
据说杨秀清后来也觉得自己做得有些过分了，称自己是万岁，洪秀全是万万岁。这个爱尔兰人还说杨秀清虽然很跋扈，但确实是一个有魅力的领导人，他相貌高贵，和蔼可亲。
洪秀全自己手中没多少兵，就一些亲兵，靠这些人没法除掉杨秀清，但韦昌辉、秦日纲、石达开手中有兵啊！韦昌辉受了杨秀清不少气，最难堪的是有一次韦昌辉的士兵闹兵变，杨秀清当众打了韦昌辉几百军棍，差点把他打残。挨打之后，韦昌辉还说东王依法办事，赏罚分明，让人心服口服。还有一次，韦昌辉的哥哥跟杨秀清的小舅子争地皮，韦昌辉居然把自己的哥哥五马分尸。韦昌辉也是厉害的角色，把刀悬在心里，忍术很厉害。
秦日纲是跟着韦昌辉混的，同样对杨秀清恨之入骨，洪秀全选择这两人是没错的。但选择石达开就有问题了，石达开虽然也有理由恨杨秀清，因为之前他的岳父黄玉昆得罪了杨秀清，被杖打三百，革职查办。但另一方面，杨秀清又很器重石达开，石达开跟杨秀清的关系到底怎样非常难说。
根据史料记载，石达开是反对洪秀全诛杀杨秀清的，他跑到天京来阻止，可惜为时已晚。世人称石达开为奇男子，他奇特的地方，并不仅仅在于凌迟的时候泰然自若一声不吭，而是这个人的心思不可捉摸。除了岳父被打之外，他跟杨秀清没什么大的矛盾，两人之间更多的是明主和良将的关系，这也是为什么他被捕后没有说杨秀清一句坏话，后来又请示洪秀全诛杀韦昌辉和秦日纲。
但石达开也有欲望啊，他手握重兵，东王一旦被杀，没有人能控制得了他。他就可以取代杨秀清的位置，然而，杨秀清既然被杀，难保他以后也不被杀，所以他是很矛盾的。加上世人普遍认为石达开的性格优柔寡断，所以我们很难断定他对诛杀杨秀清的真实态度，但仍然能找到一些蛛丝马迹。
杨秀清器重石达开是大家都看到的事实，大家看不到的是杨秀清很有可能对石达开非常猜忌。没有证据表明杨秀清对石达开非常猜忌，但是我们可以作出合理的推测，石达开是诸王之中兵权最重的一个人，也是能力最强威望最高的大王，能力和地位仅次于杨秀清。杨秀清也许看不起洪秀全，但他一定忌惮石达开，他不敢对洪秀全动手的一个重要原因就是怕激起石达开叛变。
杨秀清的性格很像雍正，雄才大略但是猜忌心非常重，韦昌辉和秦日纲被他折磨得死去活来，石达开也担心杨秀清将来有天会这样对自己。石达开被俘后写了个《自述》，在《自述》中他有两点歪曲事实：一、他说洪秀全主动诛杀韦昌辉，其实是他以兵权威胁洪秀全诛杀韦昌辉；二、他说洪秀全是主动封杨秀清为万岁，韦昌辉不服气，所以诛杀了杨秀清，其实是杨秀清逼宫，洪秀全借刀杀人。
石达开为什么要歪曲事实呢？他这么做的目的无非是说天京事变跟自己