军政府采元帅制，设大元帅、元帅。大元帅、元帅由国会非常会议选举。在《中华民国临时约法》恢复前，大元帅为国家行政元首，对外代表“中华民国”，元帅协助大元帅筹商政务。下设外交、内政、财政、陆军、海军、交通六部及都督若干人。各部总长由国会非常会议选举，提请大元帅任命。在总长缺位尚未选出前，由大元帅先任命署理。都督赞助军政府工作，由宣布与段政府断绝关系的都督充任。
9 月1 日，国会非常会议选举孙中山为大元帅。2 日，选举陆荣廷、唐继尧为元帅。同时，选出各部总长。10 日，孙中山就职，宣布中华民国军政府成立。从此形成南北对峙局面，标志着“护法”斗争的开始。但是，军政府的实权为桂系军阀陆荣廷、陈炳焜所操纵。不久，西南军阀在英、美帝国主义拉拢下，与北方直系军阀相勾结。当直系头目冯国璋提出和议主张时，他们便通电响应、酝酿改组军政府，排挤孙中山。
1918 年5 月，孙中山被迫辞去大元帅职务。操纵非常国会的政学系，为了讨好西南军阀，通过修改军政府大纲，废除元帅制，改为总裁会议制，增设政务院、军事委员会、参谋部，取消都督若干人设置。政务院下设参事会，各部改隶政务院。军政府行政权归总裁会议，政务院襄助执行。5 月20 日，选举孙中山、唐绍仪、伍廷芳、岑春煊、陆荣廷、唐继尧、林保怿等为总裁，岑春煊为主席总裁。
改组后的军政府，表面看来，好像一切方针、政策、人事任免等重大问题，都要经过总裁会议共同讨论决定，但实权完全操纵在桂系军阀手中。5月25 日，孙中山愤离广州去上海，在辞大元帅通电中表明对军阀的认识，说：“顾吾国之大患，莫大于武人之争雄，南和北如一丘之貉。虽号称护法之名，亦莫肯俯首于法律及民意之下。”①孙中山领导的资产阶级民主革命陷入了绝望的境地。
北洋政府地方机关北洋政府建立的地方机关，十分纷杂，变易频繁，大致有立法机关、行政机关、军政机关和特别行政区机构。
（一）地方立法机关1。省议会。
1912 年3 月北洋政府成立后，陆续颁布《省议会议员选举法》（1912年9 月4 日）、《各省第一届省议会议员名额表》（1912 年9 月25 日）、《省议会议员选举施行细则》、《省议会议员复选区表》（1912 年10 月2① 邹鲁编：《中国国民党史稿》第3 册，商务印书馆1944 年增订版，第1085 页。日）、《省议会暂行法》（1913 年4 月2 日）等法规，各省开始成立省议会。按规定，各省议会组成人数，最多的直隶为184 名，最少的吉林、黑龙江、新疆为40 名。议员的产生，采间接选举制，分初选和复选，初选一般以县为单位，复选由若干初选区组成。但复选区由于各省情况不同，因而数目也不一样，多的如云南22 区，少的如吉林7 区，一般均在10 至20 区之间①。议员任期3 年，连选连任。其职权主要是：议决权，建议权，监督权。
但是，“二次革命”后，袁世凯非法解散国会的同时，认为省议会不宜于统一国家，于1914 年2 月26 日下令一律解散。袁世凯死后，省议会与国会一样奉命恢复，但在军阀割据的形势下，并未完全恢复，即使恢复也未起到立法机关的作用，反而成了军阀们实施暴政的点缀品。
2。县议事会。
北洋政府县议事会系沿袭清末并略加改变而成立的立法机关或民意机关。它由县所属城镇乡选出议员组成，其人数根据各县人口多寡而定，最多60 人，最少20 人。议员任期与省议员相同。但“会议的召集、开会、闭会、延会等，均由县知事决定，也有规定由议长召集的（如江苏），但须预先通知县知事”②。它所作出的决议，县知事不仅可以提交复议，而且可以撤销。因此，县议事会的职权十分有限，“几乎在县知事的控制下”运作③。
随着袁世凯统治的加强，民意机关成为他独裁的累赘。1914 年2 月3 日，他以“自治机关，由多数暴民专制，动称民权，不知国法”等罪名④，下令停办各级地方自治，解散县议事会。袁世凯死后，各省陆续有所恢复，但大都成了地方军阀粉饰“民主”的装饰品。
（二）地方行政机关北洋政府成立后，鉴于地方行政制度十分混乱，1913 年1 月8 日颁布《划一现行各省地方行政官厅组织令》。根据《组织令》，废除了清朝的府、州、厅，增设特别区，在省与县间增加道一级，形成省、道、县三级制度和政权机关。
1。省行政机关。
1912 年，南京临时政府成立后，各省基本上采取军政、民政合并管理办法，其政权机关为都督府。袁世凯政府成立后，为了加强统治，强化中央集权，分散地方权力，1913 年1 月提出在地方实行军民分治，设立行政公署，作为管理行政机关，并由总统直接任命民政长负责。当时除山西、江苏、福建、湖北、江西、四川等省基本实行外，其他各省大都由都督兼民政长。1914 年，袁世凯为贯彻中央集权和恢复帝制打下基础，进一步实行军民分治。5 月23 日公布《省官制》，将行政公署改为巡按使署，民政长改为巡按使。同时，鉴于民政长没有兵权，便将地方武装拨给巡按使指挥。财政、司法拨归巡按使监督。
1916 年6 月，袁世凯死后，黎元洪继任总统，段祺瑞掌握北洋中央实权。7 月6 日，命令将巡按使署改为省长公署，巡按使改为省长。同时增设一个① 钱实甫：《北洋政府时期的政治制度》上册，第213 页。
② 钱实甫：《北洋政府时期的政治制度》下册，第296、29 页。
③ 钱实甫：《北洋政府时期的政治制度》下册，第296、29 页。
④ 白焦编：《袁世凯与中华民国》，荣孟源、章伯锋主编：《近代稗海》（三），四川人民出版社1985 年版，第84 页。
由12 人组成的参事会，作为省长咨询机构，并增设警务处、交涉使署等组织。1917 年9 月，北洋政府又在各省设立直属教育、实业两部领导的教育、实业厅。至此，省行政机关的体制和领导关系是：省长公署下设政务、军务、财政、教育、实业等厅及参事会、交涉使署、警务处，其中财政、教育、实业三厅及交涉使署、警务处属中央有关部和省双重领导。
从上可见，省行政机关经过三次变化，变化的特点不仅是名称、组织的改变，而且还设立不直隶省行政机关的教育、实业等厅之类的组织。同时，北洋政府统治者为了巩固统治，企图采取军民分治来削弱地方势力，但这未能达到预想的目的，一切行政实权仍然掌握在盘踞一方握有兵权的军事首领手中。
2。道行政机关。
1913 年1 月8 日，北洋政府公布《划一现行各道地方行政官厅组织令》。3 月8 日，国务院拟定《各道观察公署暂行办法》。随即各省纷纷划分道并建立道政府。其政权机关为观察使署，首脑为观察使。1914 年，袁世凯提出进一步实行地方军民分治的同时，5 月23 日公布《道官制》，将观察使署改为道尹公署，观察使改为道尹。这一改变，伴随着北洋军阀统治的始终。道政权机关的体制，采取分科办事办法，其职权，最初笼统地规定为在省监督下，管理道内行政事务和省委任之事。改为道尹公署后，才作了较为具体的规定，除管理道内行政事务、考核道内行政官吏、颁布道单行规程外，还有监督道内财政及司法行政，节制调遣驻扎道内地方武装，监督考核所属各县行政官吏以及受托监督区内的其他特殊官署行政等权力。
3。县行政机关。
袁世凯政府成立时，各县行政首脑名称颇不一致。1912 年11 月26 日，命令各县将行政官吏名称一律暂时改为“知事”。1913 年1 月8 日，公布《划一现行各县地方行政官厅组织令》，将各省府、厅、州一律改为县，机关名为“县知事公署”，行政首脑通称“知事”。1914 年5 月25 日，又正式颁布《县官制》，明确规定：“县置知事，隶属道尹为县行政长官。”直至1921 年以前，名称和性质大体上固定下来。
县政权体制，除县知事外，采取分科办事，最初数额不同，名称不一，职权划分也不明确，到1913 年1 月《组织令》公布后，才逐渐趋于一致。按各县事务繁简，分设2 至4 科，分管各项具体事务。县行政公署职权大体与道相似，只是主管范围限于县行政区域。
4。基层政权。
北洋政府成立后的基层政权，是指县以下的基层政权组织。这种组织，在1919 年五四运动前，大致是：在北方沿袭清末的城、镇、乡制，在南方是自定的市、乡制。南北两制大同小异，只是城、镇改为市，即城和镇的合称。城、镇、乡都是县下的一级，其区别主要是：城是指府、州、厅、县所在地的城厢（废府、州、厅后，指县所在地），镇是指县城以外人口聚集的市镇，乡是指区域在五万人以上或不满五万人自然形成区域中的市镇、村庄、屯集等地区。
城、镇、乡的政权机关，城、镇为镇公所，乡为乡公所。城、镇公所置镇董1 人，管理本镇行政；乡公所置乡董1 人，管理本乡行政。一般城、镇和乡，还设有镇佐、乡佐协助镇董、乡董工作。
以上是北洋政府地方行政系统和政权体制，按照这种系统和体制对人民进行统治。
（三）地方军政机关北洋政府是军阀统治的政府，各派军阀在帝国主义支持下，为了争夺地盘，内战连绵不断。虽有袁世凯表面的统一，然而这种“统一”，到袁死后变成公开的分裂。各派军阀无论在袁世凯统治时或死后，他们通过地方军政机关控制地方大权，维护自己的统治。北洋政府统治者，为了巩固自己的地位和维护本身的统治，有时建立这样或那样的机构，笼络地方军阀。因而地方军政机关十分紊乱，变动也很频繁，大致有下列机关。
1。省军政机关。
1911 年的辛亥革命中，起义各省在废除总督、巡抚制度的同时，建立了都督府，设置都督，管理军政和民政；其他省区仍然保持清朝地方制度。袁世凯在北京建立北洋政府后，1913 年1 月8 日颁布《现行都督府组织令》，各省军政机关名称才基本划一起来。
孙中山领导“二次革命”失败后，北洋军阀势力得到了发展，袁世凯统治进一步加强。与此同时，各省军阀割据也在酝酿。袁世凯担心这些军阀势力成为他专制独裁的新障碍，因而制定废督裁军计划，企图缩小行政区域，便于对地方军阀进行控制。这一计划遭到各地军阀强烈反对，于是改为先废督后改道的计划。1914 年6 月30 日宣布废除都督府，7 月18 日公布《将军行署编制令》，实行将军制，置将军府于京师，都督改为将军，都督府改为将军行署。但是，这一计划还未完全实施，袁世凯统治就宣告结束了。
袁世凯死后，黎元洪继任总统，段祺瑞掌握实权，1916 年7 月6 日命令撤销将军府，改将军行署为督军公署，将军为督军，一直到1923 年以后才有所变化。
省军政机关及其首脑名称，虽然不断改变，但它的本质并未发生变化，仍然是封建军阀镇压人民的军事机构。
省军政机关的体制，无论是都督府、将军行署、督军公署，大体上都相同，除军政首脑外，主要成员有副官长、参谋长、参谋、副官、书记官或书记等。内部组织有军务、军需、军医、军法四课。但是，并不是所有省都单独设置军政机关，未设置的省份则在省行政机关内设军务厅，并以行政首脑兼管军事。
值得注意的是：各省军政首脑按规定只限于管理所辖省区的陆军，而实际上，一省的行政、司法及中央直辖的铁路、税收、钱粮等无不被他们把持和支配，他们甚至单独或联合反抗中央，成为一省的霸主。
2。地区性军政机关。
袁世凯在北京建立北洋政府后，为了笼络军阀巩固自己的统治地位，按其军阀势力的消长，建立地区性军政机关。
地区性军政机关，就其名称有巡阅使署和经略使署，军政首脑为巡阅使和经略使。它们所辖范围，有两省、三省、四省和无省区的。如川粤湘赣经略使署、直鲁豫巡阅使署、蒙疆经略使署、两湖巡阅使署、长江巡阅使署等。巡阅使署和经略使署组织体制，大体相同，一般设有参谋长及秘书、参谋、副官、政务、军务、军需、军医、军法等8 处。除此而外，直鲁豫巡阅使署还设有顾问、咨议及宪兵司令1 人，宪兵100 人。有些巡阅使，为了达到某种目的，还设有派出机构。如直鲁豫巡阅使署在北京设有驻京侦缉处，就是一例。
上述巡阅使署和经略使署并不是都能够控制它所辖区域和范围，主要看掌握这一机关军阀势力大小而定。如长江巡阅使因牵涉到各省军阀系统不同，始终是有名无实的空头衔；直鲁豫巡阅使曹锟不仅控制所辖区域，而且把势力伸展到江苏、湖北、陕西、江西乃至四川、福建等省。
同时，北洋政府为了调和地方军阀之间以及和中央之间的矛盾，有些地区还设副使署和副使。副使一般由省军政首脑兼任。
这些使署和副使署，按规定是管辖地区军政的机构，统辖区域内陆军，会同区内各省军政首脑，筹办处理区内军事事务。其实不然，凡是在那些军阀势力所能达到的地区，无论军政和民政，都在他们控制之下。因此，这些军阀便成为那一地区的太上皇。
3。临时性军政机关。
临时性军政机关，一般指护军使署和镇守使署。这种不同名称的使署，不是北洋政府统治地区所有省份都有，即使设立也不是长期存在，而是随设随撤。
在两种不同使署中，护军使署的职权和所辖区域，按照1913 年12 月19日颁布的《护军使暂行条例》规定，分为没有省军政机关省区和设有省军政机关省区两种。前者实际上成为该省最高军政机关，其职权、�