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最容易做的当然是整顿好军队的指挥系统。彼得委任两个军事指挥官来代替权力相当的指挥官，其中每个人都各指挥一个兵种。陆军交给大元帅阿列克谢·谢苗诺维奇·舍英，而为了指挥暂不存在的海军，彼得召回了自己的宠臣列福尔特。这两位既没有军事才能，也无战绩可言。领主舍英当时在宫内大走红运，但火药味从未闻过。而欧洲大陆国家生人的瑞士人列福尔特，是个快活神仙，性好诙谐，最怕干操心费力的事儿。他到亚速比所有的人都晚，而回莫斯科比任何人都早，这样他就没有接触海军的指挥。当时彼得身边没有其他军事长官。其实在这种情况下也无妨，因为他本人就是远征的实际领导者，而舍英和列福尔特只不过是唱唱配角而已。
1696年1月底，彼得安葬了哥哥伊万之后，2月去沃罗涅什造船厂，那里已开始实现真正伟大的计划一一在大陆国家创建海军。这个果断的挑战行为在多年以后变成了现实。而目前要加速建造平底和帆桨大船。从周围附近地方召来几千名木匠，建造了一千三百只平底木船。彼得也亲自手执利斧，参加劳动。
5月初，集结在沃罗涅什的军队和战船组成了二十六个舰队向南进发。月底，军队已占领了亚速城墙下的堑壕，并开始攻城。但要塞未能攻克，它的命运取决于海军。开始，哥萨克士兵乘小船进攻亚速城墙边的卸了载的上耳其军舰，并将其歼灭。然后，俄国海军分舰队出现在亚速海上。在旋泊场上停着装载四千名土耳其士兵、各种食品和装备的军舰，他们试图冲进亚速，但未能成功。要塞已陷入重围，驻军接受了投降条件，俄军指挥官向他们提出的先决条件是，必须引渡投敌分子杨森，在去年的围攻中，土耳其人就是按照他的告密行事，致使偷袭一举成功。
在围攻、封锁和猛烈炮击要塞过程中，彼得始终是决策人。“第一炮手”在军舰上，在堑壕里，向城里射击，毫不畏惧地出现在敌人面前。御妹纳塔利娅·阿列克谢耶夫娜公主听到谣传，说皇兄走近敌方城堡，已进入敌军炮火射程之内。彼得在给她的回信中开玩笑他说，他并非迎着子弹走去，而是子弹向他飞了过来。
要塞几乎被夷为平地。重新修复要塞的工作进行得相当顺利。彼得对海军的力量满怀信心，他开始寻求合适的港口，最后选中了塔干罗格港。
派好留守亚速的驻军之后，俄军于 8月便挥师北上了。这时彼得又在琢磨另外一件事情——如何组织莫斯科人为胜利归来的军队祝捷。此举是彼得首创，在写给俄籍荷兰人安德烈·维尼乌斯的一封信里，彼得曾暗示：“用凯旋门对统帅及两年来立下汗马功劳的诸君表示敬意。”彼得仔细推敲着祝捷仪式的全部细节，甚至指定了设立凯旋门的地点。
在得到报告说祝捷事宜可望在 9月下半月准备就绪以后，沙皇就不急于赶回莫斯科。途中他曾在自己臣属的领地滞留了很长一段时间，视察了一些工厂。 9月底，彼得到科洛缅斯科耶村。参加远征的军队将如期来到这里，并激情满怀地准备通过凯旋门。
这次空前壮举首都居民都亲眼看到了。一种纯世俗的典礼代替了伴有祈祷和钟声的宗教仪式，骑兵和步兵的洪流，蜿蜒几公里，陆军总司令舍英和海军上将列福尔特成了享受这种殊荣的主角。为了祝贺他们，在凯旋门前有人朗诵诗歌。在这个场面里，使莫斯科人最为惊奇的是，懒洋洋地歪坐在马车里的“教皇大公”尼基塔·佐托夫在为游行队伍开道，而沙皇却穿着黑色德国服装，头戴插着白羽毛的帽子走在海军上将列福尔特后边。他肩上扛着菱形长矛。
凯旋门是一座高达十米、仿效古希腊罗马文学和历史人物雕像和文字装饰而组成的宏大建筑物。这里可以看到大力神赫拉库利士、战神马尔斯以及描绘围攻亚速的图画和题词。有的异常庄严，如：“我来了，看见了，战胜了。”；有的含有讽刺，针对那些不走运的上耳其人说的：“唉，我们失去了亚速，唯有逃命才是活路”；或者“从前我们在草原上寻欢作乐，如今好不容易才从莫斯科逃脱”。
场面令人眼花缭乱，但久已习惯于另一种仪式的莫斯科人，看到这种排场却莫名其妙。沿街麋集的人群，默不作声地目送着一队队骑兵走过，他们眼神中流露出来的惊奇和警觉多于兴奋。没有人欢呼雀跃，也听不见高声祝贺，这要等到几年以后才能出现。
为胜利者祝捷的种种铺张活动对取得的胜利没有什么现实意义。但彼得却甘之如饴。随着亚速的占领，俄国就开始走向海洋，但成为海上强国还相去甚远。争取黑海的出海口，争取海峡的使用权，尚需进行相当艰巨的征战。
似乎有这样一种不确切的说法，彼得对所有这些目标的实现早已有成竹在胸。而其实这个计划是一步一步形成的。此刻令彼得寝食不安的是，如何坚守占领区，如何击退土耳其的卷土重来的进犯。
彼得对海军力量还是信得过的。海军既能保证他征服亚速，也一定能保证他守住亚速，甚至能够朝更远的地区推进。沙皇在第二次亚速远征后班师回莫斯科时，这个计划就已在他胸中酝酿成熟。他向领主杜马下达手谕，阐明占据亚速和建设海军的思想。领主杜马决定，三千名射击军官兵连同家属进驻亚速。关于海军只通过一项原则性决议。然而，国库空虚，拨不出建设海军的经费。有限的国家预算中拿不出这笔开支。于是便着手制订新的繁重的赋役制度。为了海军建设，建立了向僧俗两种土地所有者征收的“税收制”。果然不出所料，这些人又把新开支的重担转嫁到了农民头上。
同时，又增加了其它的徭役，动员劳动居民去修建塔于罗格海港，以便巩固亚速和滨海一带的占领区。
新措施一个接一个。沙皇为建设海军发布了一连串的新指令。海军需要熟悉业务的军官队伍，而造船厂又需要造船专家。这两种人材目前俄国都缺乏。于是彼得当机立断：派御前大臣出国学习海军。在列入名单的三十五名青年人中，二十二人领有公爵衔。1696年12月，沙皇心血来潮：派使节出国游说，以便组成一个欧洲列强的反土耳其联盟。除了外交任务以外，外交使团还完成其他多种使命，诸如雇用海员、船长、造船专家，购置大炮、枪支和仪器。派遣那些取得亲王封号的外交使团的准备工作迅速展开使团定名为“大使团”。按照外交渠道同一些国家的政府交换信件，外交使团要假道这些国家并预定和这些国家进行会谈。此外还为购置贵重礼品拨了专款。为配备外交使团的人员，从档案馆调出有关欧洲列国外交事务的文件，制定了工作细则。其中有一条是沙皇为留学生制定的。彼得把学习计划事先规定为两期。第一期作为留学生用来攻读必修科目，掌握海军的基本知识，即航海技术和军事指挥能力。第二期主要用来攻读选修科目，掌握造船技术。
创建海军可以说是彼得的第二个独立行动，这个行动给国家生活打下了深深的烙印，它要求人民作出比对亚速远征所付出的还要大的牺牲。对下民来说，这些牺牲过分沉重，对他们的要求过于苛刻。然而沙皇立志振国兴邦，对贵族出身的人也毫不姑息。对此后者也啧有烦言。那些留利克世系和格底敏世系的确袭贵族，从来在宫廷里过的是无忧无虑的生活，他们的官阶也是按部就班一级一级往上升，但是现在却被指派到完全陌生的边远地区去过旅居生活，到了那里，他们要下大劲干力气活，从此抛却鲜衣美食而要为一日三顿操心。
正在筹备“大使团”行装的紧张时刻，首都发生了两件事，这直接涉及到彼得和他的创举。
在莫斯科郊外安德烈耶夫修道院院长阿夫拉米长老的内室常有一小群人在那里聚谈。他们互通消息，议论朝政。这些年来莫斯科的生活当中很有些可资谈论的话题。人们看见沙皇正旁若无人大刀阔斧地组建军队，又见他醉心于造船业并经常出入德侨区。他们认为这种行为有失体统，与沙皇的地位身份不合。阿夫拉米认为，向沙皇禀报这些民间怨尤此其时矣。于是便发生了阿夫拉米长老上书沙皇的事件。在奏折里，长老为沙皇的刚愎自用、为他纵情玩乐以及对母妻亲属和领主的忠谏拒而不纳表示忧虑。阿夫拉米请求沙皇单独召见他。
结果是阿夫拉米长老因此被关进普列奥勃拉任斯科耶政厅的监牢。审讯表明，在长老内室的议论只是口头说说而已，并没有造成危及政府的行动。因此那一小群议论朝政者被从轻发落。
更严重的一次是1697年 2月揭露出齐克列尔团长的阴谋。卷进这次阴谋的不少是一些地位显赫、系出名门的头面人物。齐克列尔是个沽名钩誉的外国人，早在1671年就开始在俄国供职，因此他已完全俄罗斯化了。1682年 5月，他站在素菲娅和米洛斯拉夫斯基家族一边，积极参与了射击军的叛乱。在1689年的未遂宫廷政变中他反戈一击，站到了彼得一边。但齐克列尔职务的晋升不象这位钻营家所梦想的那么快。他是射击军团的团长，取得杜马贵族的官衔，然后他作为地方官被派往遥远的维尔霍图里耶。在调回莫斯科之后，齐克列尔得到了新的委任，又一次离开首都，赶赴已被征服的亚速，并去建设塔干罗格港。由此可见，彼得不信任齐克列尔，牢记他和米洛斯拉夫斯基家族的关系，老让他呆在边远地方。齐克列尔于是萌了殺君的念头。他想方设法在旧部射击军的士兵当中找一个执行者。“当皇上从使节政厅一出来，你们可暗中埋伏，然后把他杀死。”齐克列尔对射击军兵士说。
一些出身世袭贵族的同谋者共同参与了齐克列尔的策划，他是通过姻亲与这些贵胄结交的，贵族中间，同彼得对立的有侍臣阿列克谢·索科夫宁，领主马特维·普希金以及他们的亲戚。
一俟了解到了这一阴谋，彼得抓紧调查，咬牙切齿，杀气腾腾。沙皇长时间坐镇普列奥勃拉任斯科耶，亲自审问那遭到酷刑的被告人。阴谋的主犯被处以极刑。行刑仪式也是出自彼得的精心安排。
彼得认为早已死去的伊万·米洛斯拉夫斯基是齐克列尔阴谋冥冥中的指使人。于是有人就把这个领主的棺材从坟墓里挖了出来，放在由猪猡驾着的雪橇上，运到普列奥勃拉仕斯科耶刑场，然后放到断头台上。被处死者的鲜血汩汩流到米洛斯拉夫斯基的遗骸上。翌日，死者的头被插在木撅子上放在莫斯科市内示众。
看样子，彼得在揭露了有若干个贵族家族和射击军兵士参与的齐克列尔的阴谋之后，应该打消到国外去的念头了。然后这个阴谋丝毫也没妨害“大使团”的筹备工作，没有改变沙皇的初衷。彼得委派罗莫达诺夫斯基大公和领主季杭·斯特列什涅夫主持国事。
1697年 3月 2日，大使团的先遣队出发了。俄罗斯国家还从来没有向自己国家以外派出数量如此之众、人物如此之杂的外交使团。弗朗茨。列福尔特被委任为第一大使。他之所以被推尊居了高位是因为他有海外关系，生性开朗，平易近人，同时还有善于交际的本领。
使节政厅的领导者、天才的外交家费多尔·阿列克谢那维奇·戈洛文被委任为第二大使。戈洛文具有多年外交工作经验，其中包括主持和中国的谈判，签订了1689年的尼布楚条约。这个平易近人、慷慨好客的人以完成任何一种任务时的认真精神而著称。英国大使威特沃尔报告本国政府说，俄国外交部门的这位领导者“乃莫斯科国家最审慎最富有经验之第一人”。外交使团第二号人物戈洛文实际上是它的真正领导——彼得诏令的主要执行者。筹备外交使团的全部工作都由戈洛文草拟。
彼得委任普洛科菲·波格达诺维奇·沃兹尼岑担任第三大使——这是个体态肥硕、性格孤僻的人，“一副令人讨厌的面孔和傲慢的神态”，就象外国人形容的那样。在三十年的供职期间，他从外交部门的一个低级官员爬到了杜马书记的位置，沃兹尼岑曾多次在上耳其、波兰、奥地利和威尼斯以大使馆工作人员和紧急信使的身份完成外交任务。他是灵活多变外交场中的老手，凡涉及俄国利益的事他寸步不让，在谈判时决不给对方钻空子。
三个大使秉性各不相同。他们互相取长补短，故此能够不辱外交使命。同他们打过交道的波兰大使向国内报告说：“三位大使对欧洲状况了如指掌，他们卓尔不群，待人接物和蔼可亲。”
外交使团由三十五名留学生组成，其中有化名为彼得·米哈伊洛夫的沙皇。许多使团的成员都有侍从。使团的编制预先规定了很大数量的服务人员——从牧师、医生、通事到厨师、面包师，甚至还有侏儒。有上千辆雪橇供使团使用。
彼得在使团里占有双重地位：他是正式被列入学习航海科学队伍的成员之一。与此同时，他还是外交使团的实际首脑，而作为首席大使的列福尔特在使团里则充当前台角色。
彼得加入外交使团这件事终于露了马脚。在里加，人们已对此有所猜测，虽然他们没有抓到确切证据。
沙皇隐姓埋名，离开了不大好客的里加。他在库尔兰公国也没有暴露身份，虽然当时也有人说，外交使团米塔瓦受到了客客气气的隆重接待。
彼得乘船来到哥尼斯堡设法与俄国接近的德国勃兰登堡选帝侯弗里德里希三世（原译作胖特烈三世）举行了秘密会晤。彼得用荷兰语同他交谈。
在隆重接见、盛大宴会和各种娱乐的间隙，外交使团