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但是，涅斯捷罗夫并未就此善罢甘休。1717年，这位总督察官将此事直接捅到沙皇那里去了。报告中列举了加加林的种种营私舞弊劣迹：敲诈勒素，贪污中饱，甚至把为叶卡捷琳娜从中国买来的珠宝也据为己有。
彼得任命了一个由近卫军军官而不是由枢密官组成的调查委员会。委员会成员之一利哈列夫收到沙皇的一道诏令，要他前往西伯利亚就地调查前省督加加林的劣迹，沙皇命他秉公办事。
加加林对罪行供认不讳。他向圣上承认办事不公，治省不严，收受贿赂以及用吃空额的办法窃取国家财产等罪行。最后他恳求皇上恩准他以有罪之身去修道院修行以了此余生。
沙皇没把这个贪污犯送往修道院，而是将他送上了绞架。1721年 7月，当着沙皇、大臣和处决犯的所有亲属的面，加加林在司法院楼前被绞死。
继加加林之后，揭发他的涅斯捷罗夫也被送上了绞刑架。在领导督察官的那些年月里，涅斯捷罗夫靠他这些下级的帮助和自己的努力，曾经揭发不少贪污盗窃犯，他对抓“小鱼”不感兴趣，却死死盯着“那些炙手可热的”大人物的一举一动。因为这样能抓大案，比之捉几个偷十来个卢布就心满意足的小贪污犯能更快地扬名。多尔戈鲁基家的两位公爵雅科夫和格里戈里兄弟、盐商富户斯特罗加诺夫、沃尔康斯基公爵等人都是经他揪出来而后落入法网的。
涅斯捷罗夫为人刚直不阿、能对各枢密官、省长以及其他大臣铁面无私的弹劾的好名声，传到了彼得那里，于是任命他为总督察官。有感于圣上的知遇之恩，涅斯捷罗夫禀告沙皇，为后继有人，他已命亲生子开始学习督察业务。
1718年有过这么一起事。雅罗斯拉夫省的督察官收受贿赂，窝藏逃兵，征兵不力。对这个省督察官的劣迹的审理工作，竟长达四年之久，要不是彼得介人，那末这一案件的卷案很可能淹没在文件堆里日久不了了之。经查明，负该省督察官确有犯罪行为，因此被处以极刑。但侦查工作并未到此结束。
在审查罪行期间发现，涅斯捷罗夫明知他的这位下级犯有罪行，但由于受贿而将这件案子压了下来。经彼得批准，判处涅斯捷罗夫死刑。沙皇不得不命令枢密院，在全国范围内物色一位合适的人选以递补这个空缺，在那个时代廉洁奉公的人是少了一点儿！
沙皇的另一位战友阿列克谢·亚历山德罗维奇·库尔巴托夫险些也遭到涅斯捷罗夫同样的下场。这位有名的放印子钱的人官倒越作越大，和涅斯捷罗夫一样，他也出了纰漏：原来他见钱眼开，把手伸到国库去了。
当彼得获悉阿尔汉格尔斯克省副总督库尔巴托夫接受贿赂并排挤外国商人时，下令撤消他的职务。从1714年起，库尔巴托夫开始受审。他声称有人诬陷他。只供认在阿尔汉格尔斯克有人向他送过一点食品和“一点小意思”，库尔巴托夫辩解说，“我受礼是因为他们死乞白赖，我自己真的没有开口要过。”
案情错综复杂，审讯工作进行了许多年，1721年 3月，库尔巴托夫向彼得控告审讯人员偏私，大摆自己以前的功劳，哀求免他一死“因为我已郁悒成疾，将不久于人世。”过了几个月库尔巴托夫就死了。在他名下应扣回的款子有一万六千多卢布，其中一万二千卢布是他从国库挪用的。
不过，拿加加林和库尔巴托夫侵吞国库挪用公款，涅斯捷罗夫营私舞弊等人的案子同缅希科夫的盗窃国家财产一比，那简直是小巫见大巫。从1713年起，这位特级公爵就不断地受到审查。丑闻一件接一件。每次他都表示悔过，付清了罚款，信誓旦旦，表示“要在风烛残年对陛下尽忠。”
这位特级公爵手脚不干不净的事沙皇是否知情？显然他是知道的。只要看一看这位公爵在京都的豪华至极的府邸、他的马车，酒池肉林的生活，就足可以断定他的钱来路不明。就连他本人对此也不否认。在审判中无法抵赖时，他就承认他动用了公款，但国库需要时他也掏过自己的腰包。
对俄国宫廷内幕了如指掌的外国使节，曾不止一次向本国政府报告说，缅希科夫恐怕捱不过了，因为圣上对贪污犯是从不轻饶的。但每次他们都错了。彼得整缅希科夫的方法不是用大棒敲打，就是罚款，要么就是从他多得不计其数的领地中没收一部分田庄，或是将他加以软禁。特级公爵倒是手松得很，他大大方方地将数以万计或十万卢布计的罚款缴纳国库，然后换个样马上又能把这笔钱捞回来。宦海中的缅希科夫时而浮起，时而沉没，但是命运女神也奈何他不得，他天生乐天知命，事情过后便又是好汉一条。
他立过案的最后一桩丑行，是与所谓波切普案件有关。波尔塔瓦大捷后，公爵从斯科罗帕德斯基统帅手中接收了波切普城，但他还嫌这份礼太薄，于是又擅自将不少新土地划归这座城市，因而受到指控。缅希科夫眼看要倒霉，但这一回他又逢凶化吉。1723年 2月普鲁士公使曾就此事向国王作了汇报：“缅希科夫公爵，由于担惊受怕和等待判决而骨瘦如柴，甚至得了病，但他还是把绞索从脖子上扯下来了。据说，在魔鬼重新诱惑之前，他得到了完全赦免。”
值得注意的是，缅希科夫本人完全伏罪。他上书沙皇，内中写道：“有关波切普城划界一事，臣自认无意开脱罪责。”
彼得向来对贪污犯执法如山，但却从轻发落了这当中的主犯，沙皇的宽大是从何说起呢？
每当彼得审理缅希科夫的贪污行为时，他当然有些念旧之情。但是这不足以制止彼得惩办罪犯。不过这里有一个重要的情况，那就是彼得对缅希科夫的同情非同一般。他们之间的旧谊也不能同彼得和海军上将阿普拉克辛或“凯撒大公”罗莫达诺夫斯基的交情同日而语。
只有舍列麦捷夫和缅希科夫这两名统帅，彼得才放手让他们指挥重要战役。就性格和指挥才能而言，特级公爵与舍列麦捷夫截然不同。老元帅谨慎、沉着，行动从容不迫，对每一个决定都要斟酌再三，缅希科夫则相反，热情而急躁。舍列麦捷夫从不冒险，而缅希科夫则具有冒险的天性。有关舍列麦捷夫的勇敢精神和他带兵的情况还不清楚。至于缅希科夫作战时则确实身先士卒。他不畏艰险，出生入死，他坚信，射中他的子弹尚未铸成。一句话，缅希科夫有他自己的一套指挥风格，凡是要求统帅表现出勇敢、具有冒险精神、动作迅速、强攻猛打的地方，彼得就派他去那里。每当解决一次战斗，或者决定整个战役胜负的时候，缅希科夫总是身临其境。试回忆一下缅希科夫向巴图林的闪电般的进击，捣毁叛徒巢穴的情景就可以了。在波尔塔瓦城下，缅希科夫指挥骑兵冲锋从而破了查理十二的计策那件事，几十年来人们记忆犹新。在彼列沃罗奇那附近俘获大量瑞典人那一仗，也是行动果决的缅希科夫亲自指挥的。
在内政方面他的功绩也不容抹煞。他在当首都省的总督时，对彼得堡的建设也尽了心力。每当沙皇离开这个“乐园”时，临行时必定把首都的保卫和安全事宜向特级公爵交待一番，而后者也总能克尽职守，勉力去完成。
对于缅希科夫，可以这样说，他具有许多美德，但是他有一个缺点，那就是酷爱公家的钱财。
直至彼得驾崩之前，缅希科夫保住了除陆军院院长之外的全部职位，但却失去了沙皇从前对他的那种信任。在缅希科夫同彼得最后几年的通信中可以看出，过去二人当中的那种亲昵态度、互相信赖和热情没有了。
在彼得晚年，轰动朝野的事件接二连三，其中最后一件是莎菲罗夫案件。这一案件所以令人瞩目主要因为它发生在枢密院里，最高政府机关中的那种风气和国家重臣的道德面貌可以从这件案例中窥见一斑。
扮演这出丑剧的主角是一个名叫帕维尔·彼得罗维奇·莎菲罗夫的男爵和枢密院副总监察格里戈里·斯科尔尼雅可夫一皮萨列夫。本来他们早已失和，时有龃龉，到了1722年，彼得出发去里海远征，他的那只“眼晴”——总监察官亚古任斯基不在首都，斯科尔尼雅科夫一皮萨列夫临时代理他在枢密院的职务，这时二人之间爆发一场激烈冲突。
开始，斯科尔尼雅科夫一皮萨列夫想办法同莎菲罗夫和解，想说服他归附那个在波切普案件中为缅希科夫遮丑的枢密官集团。但联盟没有成功，于是斯科尔尼雅科夫一皮萨列夫决定让那位男爵尝尝不识抬举的滋味。莎菲罗夫有过一次在当时来说上不了纲的舞弊行为。这下便被枢密官这帮人抓住了小辫子。原来莎菲罗夫曾利用枢密官职务之便，徇私舞弊，使他的亲弟弟领取超额薪傣。对这类小小不言的舞弊行为，一般人都是睁一只眼、闭一只眼的。可是这次却使莎菲罗夫大吃苦头。这位副总理大臣已经知道起诉的内幕，也知道原告在舞弊方面的罪行也不比莎菲罗夫少，因而没有把这当成一回事。枢密院的会议变成了吵吵嚷嚷的集市，枢密官则变成了彼得在一份诏令中所形容的那种“女商贩”。他们大喊大叫，乱成一团，谁也不听谁的，不惜使用各种污言秽语，竞相指责对方，冲突到此并未结束。
对手们知道要让莎菲罗夫发火轻而易举，于是决定再次向他寻衅吵架。10月31日，枢密院正在研究邮政工作。负责邮政部门工作的莎菲罗夫，本不应出席会议，因为讨论的问题与他本人有关。皮萨列夫建议莎菲罗夫退出会议厅。这个要求合情合理，如果莎菲罗夫不把副总监察官的每一句话都认为是对他的恶意攻击的话，大概他是不会提出异议的。于是对骂又重新开始了。
“我不能你让我走我就走，你无权把我赶走。”
斯科尔尼雅科夫一皮萨列夫宣读沙皇的一道诏令作为回敬，诏令规定审议案件时，不得有在政府机关工作的亲属参加。
莎菲罗夫固执他说：
“你不能把我这个枢密官赶走，关于亲属应该回避的诏令对这件事不适用。”
副总理勃然大怒，这时他的嘴巴就没人把关了。
“你是我的死对头，你个贼娃子。”他起劲比划着，冲着斯科尼雅科夫一皮萨列夫大喊起来。
缅希科夫和总理大臣戈洛夫金也参与了对骂，他们当然是站在副总监察官一边。
“你们统统都是我的死对头，这件事你们管不着！”
“看来，你总不能把我宰了吧”缅希科夫故意挑衅说。
“就该把你宰了，你把所有的人都打死了！”莎菲罗夫反唇相讥，说道。
缅希科夫、戈洛夫金和布留斯声言他们受了莎菲罗夫的侮辱，再也无法忍受他的下流无耻的行为，于是示威似地离开了枢密院。留下来的枢密官们宣布，他们准备继续开会，但是斯科尔尼雅科夫一皮萨列夫立刻站起来说：
“我也走，莎菲罗夫管我叫小偷。”
枢密院会议开不下去了。过了一天，缅希科夫提议，应当撤消莎菲罗夫的枢密官职务。与会者把这一意见记录在案，但却不敢免除沙皇所任命的莎菲罗夫的枢密官职务。为慎重起见，大家宁愿等候皇上回来再作处理。
莎菲罗夫何以斗胆同权势显赫的缅希科夫斗呢？也许，他想一不做，二不休索性把这位宠臣打倒，因而此刻缅希科夫的名声在沙皇眼里已经越来越吃不开了。大约两周以后，两人中间又爆发了一场争吵。
莎菲罗夫本该好好考虑这件事的后果，但是他嘴巴缺个把关的。见人就挖苦，故此伤了众。
枢密院发生的事件被彼得知道了，因为莎菲罗夫和斯科尔尼雅科夫一皮萨列夫都把状告到沙皇哪里去了。这时彼得刚从里海远征归来，命令成立一个最高法庭委员会，对此案进行调查。莎菲罗夫很快发现他已败诉，于是向彼得递交一份呈文；请求圣上赦罪。
法庭决定从严判处：判处该犯以死刑。法官们遵循的是1722年 4月17日的那份诏令，其中沙皇将法律称之为“真理的堡垒”，凡象“按张选牌”那样对法律随意取舍的人，应予严惩不贷。
1723年 2月15日严寒的早晨，克里姆林宫里挤满了人群：莫斯科人纷纷前来观看处决枢密官兼副总理大臣莎菲罗夫。死囚用雪橇拉到断头台前，法庭宣读了判决书。一位目击者写道：莎菲罗夫“按照俄罗斯习惯面向教堂，画了几次十字，然后跪下来把头放到断头台上。但是刽子手的助手们把他的两腿伸直，使他不得不趴着，大肚子朝下。”刽子手举起斧头，但却把斧头砍到了断头台上。这时，枢密院秘书宣读了沙皇的诏令，把死刑改判流放西伯利亚。
后来，流放西怕利亚又改为流放诺夫哥罗德。在那里，莎菲罗夫及其一家受到严密监视。他从流放地获释，那已是彼得死后的事了。其他两位支持过莎菲罗夫的枢密官，戈利岑公爵和多尔戈鲁基公爵也受到了惩罚，不过很轻微。1723年11月，彼得又颁布了一道诏令，对枢密院中高级官吏行为准则作了规定：“今后如有胆敢违抗命令如莎菲罗夫者，着即就地逮捕法办。”
这样，沙皇留了莎菲罗夫一命。
如何解释沙皇对自己最亲密的战友之一采取如此残酷的惩罚手段呢？在莎菲罗夫之前，被处死的有加加林和涅斯捷罗夫。彼得对他们两人都十分了解，但是论他们的功劳和对皇上效忠的程度，与莎菲罗夫可说无法相比。
莎菲罗夫有一种当时极为罕见的本事——写得一手漂亮的政论文章。当彼得需要阐明北方大战发生原因的官方观点，叙述这场战争的一些最主要战役，向本国和外国读者说明为什么北方大战打了这么多年的时候，他就要靠莎菲罗夫那支生花妙笔了。这位副总理大臣亲自撰写了一篇《论北方大战之起因》的论文，的确称得上字字珠玑。这篇洋洋洒洒的长文�