Ｗ�9日军不敢停留，一面派飞骑进驻中坜，以为侦察队之后援，一面向南继进，至大湖口火车站前扎营。此时，日军始发现与后方的联系已被吴汤兴切断。义军向日军步步逼近，从四面八方猛烈发射。不巧此时忽降大雨，义军始停止射击。雨停后，义军又开始进攻，日军被迫死守营地。此夜，日军传令骑兵拟突围北上向师团报告情况，但遭到义军截击，只好返回宿营地。十五日，日军又派出几起传令骑兵，皆被堵回。在此日的战斗中，日军“惟发排枪，弹如雨下，鲜命中。吴军多山民，善狙击，弹无虚发，日军仆者相续。”注10十六日凌晨一时，日军趁义军进攻暂停之机向北突围，奔至中坜，始得与第三中队会合。
北白川能久闻第四中队逃回，又命近卫步兵第二联队长阪井重季大佐为支队长，率步兵第二联队、骑兵一小队、野战炮兵第一中队和机关炮第四队（各四门炮），再次南侵。六月十九日凌晨三时，阪井支队在台北府城北门外集结，于当天过海山口到桃仔园。二十日，抵中坜。是夜，阪井接侦察骑兵报告：“大湖口西南高地有身着当地居民服装之守兵”。随即下达进攻命令：
“一，支队于二十一日沿铁道向大湖口前进。
二、前卫于午前五时自集合地出发，向大湖口西南高地进发，对凤山、新车及古车方向实行搜索。
三、支队主力于午前五时十五分自集合地出发，在杨梅坜的一个中队为搜索骑兵行动，其他中队待主力到达后进入序列。”注11
六月二十一日晨六时，日军前队进至杨梅坜，与部分义军遭遇。义军“占据有利地形，鸣锣击鼓，吹笛奏笙，顽强地进行抵抗。”日军依仗武器精良，用山炮向义军猛轰，迫使义军后退。下午三时，阪井支队进至大湖口车站，义军的抵抗更加猛烈，据日方记载：“位于停车场右方海岸上的村落里有兵营，第一中队第三小队向兵营逼近射击，虽然数次发起冲锋，但敌军据垒壁顽强抵抗，我军不易攻占。第二中队第一小队向前助攻，炮兵亦前往支援，直至次日晨仍未攻陷。”先是，阪井重季抵大湖口后，估计对大湖口附近之义军不难一举驱散，因有如下之命令：
“一、敌军出没于我前哨线前方约一千七八百公尺处，支队于二十二日向新竹县前进，沿铁路东南山上的道路前进。
二、搜索骑兵于午前四时三十分自宿营地出发，对新竹县方面实行搜索。
三、前卫于午前四时四十分自宿营地出发，向新竹县前进，对新车和古车方向实行搜索。
四、支队主力于午前四时四十分自宿营地出发。”注12
今见义军据点久攻不克，只好下令停止进攻，仍按昨日的命令进攻新竹。
六月二十二日上午十一时，阪井支队进至新竹城下，以机关炮队发炮掩护，步兵发起冲锋。吴汤兴义军“非素练，又苦饷械不继，新竹巨室复观望不供应”注13，仍奋力抵抗，毙伤敌人十四名。然义军终于抵不住日军的猛烈轰击，牺牲五十余人，为避免过多的伤亡，暂时撤出城外。十一时四十五分，日兵攀城墙而入，打开城门，大队拥进城内。在此以前，新竹知县王国瑞及提督首茂林二营已弃城内渡。新竹遂陷。
注释：
注1 洪弃父：《台湾沦陷纪哀》，见《民族英雄吴汤兴文献》，《台湾风物》第9卷，第5、6期。
注2 大槻正秋：《台湾征讨史》，第80页。
注3 连横：《台湾通史》下册，第722页。
注4 《民族英雄吴汤兴文献》，《台湾风物》第9卷，第5、6期。
注5 洪弃父：《台湾战纪》，见《中日战争》（6），第336页。
注6 吴德功：《让台记》，见《割台三记》，第42页。
注7 吴德功：《让台记》，见《割台三记》，第43页。
注8 《日清战争实记》第34编，第9页。
注9 《日清战争实记》第34编，第1页。
注10 洪弃父：《台湾战纪》，见《中日战争》（6），第377页。
注11 《日清战争实记》第34编，第4页。
注12 《日清战争实记》第34编，第5、6页。
注13 洪弃父：《台湾战纪》，见《中日战争》（6），第337页。
二 日军新竹受阻与暂缓南进
日军虽占领了新竹城，然城外各庄仍在义军的掌握之中。事实上，新竹日军已处在义军的包围之中。但是，桦山资纪和北白川能久都对形势缺乏正确的估计，认为义军不过是乌合之众，不难一举荡平。特别是新竹的占领使他们滋长了骄傲的情绪，“以为台湾不过手掌大小之地，以一旅之众即可一举歼灭”。注1因此，六月二十四日，由北白川向近卫混成第二旅团长山根信成发出了南进的训令。但是，桦山和北白川都没有料到，日军不仅难以进兵新竹以南，而且连新竹以北的局面也很难控制。
六月二十三日，即日军占领新竹的第二天，日军设在中坜的兵站部即遭到义军的袭击。是日下午二时许，义军三百多人从东、西、南三面包围了日军中坜兵站部，至一百五十公尺距离处进行射击。日军第三中队的机关炮兵立即应战，虽猛烈射击，义军都没有后退的迹象。兵站部派骑兵突围赴桃仔园请求增援，因被义军堵击，未能达到目的。双方相持至下午七时，义军始停止进攻。目睹这次战斗的《东京日日》报特派记者石冢氏写道：“去年日清战争期间，兵站线长达五百余里，所没兵站亦不少，却从未遭遇敌军如此猛烈之袭击。”注2为之哀叹不已。
六月二十五日，即北白川能久发布“南征”令的第二天，日军又遭到义军两次袭击：
一次发生在头亭溪。是日，日本近卫骑兵大队长涩谷在明中佐，亲率近卫骑兵小队及步兵第一联队第六中队，自台北护送粮食纵队往新竹。上午九时，涩谷率骑兵沿铁路线先行，第六中队继后。当进至头亭溪村时，忽有义军约五十人从竹林中猛烈射击。涩谷下令包围竹林，义军便进入道旁的民房，利用墙壁上的枪眼射击敌人。日军向民房发起冲锋，“但以砖石砌成的墙壁十分坚固，枪弹不能贯通”。于是，日军纵火焚烧民房后又向南行，前进大约两千公尺时，又被七八十名义军拦截射击。义军仍利用民房墙壁的枪眼打击敌人。日兵“拔出刀剑逼近墙壁，冲锋数次，不断呐喊，而土墙坚固，骑兵和步兵对之毫无办法”。此时，日军已有十人伤亡，便纵火将民房焚毁。日军自称：“土著强兵，视死如归，对他们不得不出此果断措施。”注3这支日军护粮队步步被阻，只能缓慢地向新竹移动。
另一次发生在新竹城。先是在六月二十四日，阪井支队即接到义军“集结内山，即将来袭新竹”的情报。于是，阪井重季下令在城东南占领高地，以防义军由此路来袭。果然，二十五日上午十时五十分，义军五、六百人向日军前哨逼近，“扛旗敲鼓，猛烈射击。（日军）哨兵知众寡难敌，以信号求援。”注4阪井急命第一大队长前田喜唯少佐率第四中队应战。前田命令机关炮队占领阵地，向义军发射排炮。但义军占据有利地形，日军的排炮毫不奏效。前田急调山炮前来，进行轰击。战斗持续到下午四时十分，义军始停止攻击。这是义军第一次反攻新竹。
义军的这两次袭击，虽未取得很大的战果，却使日本侵台军感到步履维艰，开始明白要想一下子占领全台并不是那么容易的。
于是，桦山资纪决定政变“南征”计划，暂缓南进。北白川能久致电鲛岛重雄称：“本来计划于七月四日自基隆港起锚，然目前风浪极为险恶，即使在打狗、安平两港亦不易登陆，何况实行敌前登陆不能不慎重考虑。今接桦山总督命令：暂缓从基隆起锚，各将校皆集合于台北待命。”注5
桦山资纪之决定改变“南征”计划，并不是不急于占领全台，而是要待完全控制台北新竹间的局势后，再全力南侵。为此，桦山一面加紧对台北新竹间抗日义军的扫荡，一面对台北人民施行残暴的统治。他以所谓“钦命台湾总督”的名义公布了《台湾人民军事犯处分令》，其第一条即规定：
“台湾人民干犯下列条目者，罪当死刑：
一、抵抗大日本帝国之陆海各军及反叛行为者；
二、毁坏铁道、水陆电线、道路桥梁、军械子药、森林、垒栅、水道、火车、船舶、船厂、以及署衙军用之土地，房物或物件者；
三、为寇贼引路或隐藏奸细，并有帮助抵抗大日本国之行为或劫夺者；
四、将大日本军舰、军用船舶之军饷及军用物资之数量密报敌人者；
五、大日本国军舰、军用船舶之向导有欺诈行为者；
六、制造谣言或喧哗吵闹，扰及大日本国军队、军舰及军用船舶之安稳者；
七、投毒于井泉河流或使之污秽不堪饮用者；
八、将鸦片烟并吸烟工具交付大日本军人、军属及从军者，或让其吸烟者。”注6
但是，日人的高压政策不但未收到预期的效果，反而激起了台湾人民的更加坚决的反抗。
注释：
注1 大槻正秋：《台湾征讨史》，第80页。
注2 《日清战争实记》，第34编，第13页。
注3 《日清战争实记》第34编，第14页。
注4 《日清战争实记》绍34蛔．箔10页。
注5 《日清战争》第35编，第20页。
注6 《日清战争实记》第35编，第21页。
三 台北新竹间的战斗
日军占领新竹后，由于新竹以北地区义军蜂起，粮道受阻，不得不暂时推迟执行“南征”的计划，以便集中兵力镇压台北新竹间的抗日义军。
当时，台北新竹间的抗日义军主要有三支：
第一支义军，以胡嘉猷为首。胡嘉猷（一八三九——一九二O年），又名阿锦，号甫臣，新竹安平镇人。原籍广东梅县。父胡珠光，于道光年间从军来台。解甲后，业铜器修理，迂居新竹城。甲申法军侵台，胡珠光为清军修炮械，以功授粮总官。胡嘉猷“幼勤学，屡试不第，援例捐监生。及父死，袭其职，赏戴五品蓝翎。”注1台湾民主国成立后，胡嘉猷起而响应，亦组织义军备战。及日军占领新竹，胡嘉猷以安平镇为根据地，屡率义军袭击日军兵部，使据守新竹日军的后路受到极大的威胁。据日军森田工兵少尉致东京友人书称：“安平镇乃贼首胡嘉裕（猷）的据点……构筑巢穴，呈割据之势。其队伍之剽悍，与一闻炮声即逃之清兵相比，实不可同日而语。他们在丛林中实行坚固的家屋防御，经常袭击我兵站线，夺我粮食，杀戮我兵。我先头部队有此后顾之忧，而不能向新竹以南进兵。”注2于是，日军决定进攻安平镇，以使新竹的后路得以畅通。
六月二十八日，日军近卫步兵第一旅团长川村景明少将，命令第一联队第一大队长三木一少佐率部进攻安平镇。是日凌晨四时，日军从中坜出发，向安平镇前进。日军在行进途中多次遭到义军袭击，勉强进至目的地。上午八时，日军开始进攻。义军“以竹丛中的家屋为据点，顽强地抗御”。日军因在明处，有多人中弹。此时，“军医指挥担架兵及护士搜索伤员，开始包扎。不料此时受到来自家屋内的射击，且腹背受敌，毫无办法，只好冒险靠近主力以为掩护，才能对伤员进行治疗”。三木见久攻不下，便施出纵火的惯伎，命令士兵“收集茅草，在竹林中放火，但不知何故，火总是烧不起来”。注3战至十时半，三木下令撤退，抬着伤兵回到中坜。
七月一日，三木一又率队前来，对安平镇发动了第二次进攻。
经过六月二十八日之战，三木发现义军防战的特点是：“以家屋为阵地，周围有土垒、堡垒或竹林环绕，加之四面全是水田，敌军只从墙壁上的墙眼里向外射击，难攻易守。”注4因此，为准备这次进攻，又增调了一个炮兵中队和一个工兵中队。是日凌晨，日军从中坜出发，将步兵、炮兵、工兵分为两队，向安平镇行进。上午七时半，炮兵中队首先发炮轰击。胡嘉猷“以旧式大炮还击，沉着应战，日军仍不利”。注5九时半，三木命令步兵与工兵合围胡嘉猷和另一位义军首领黄娘盛所住之家屋。义军固守不退，坚决抗击。不久，日军即“死六、七名，负伤多人”。战至下午三时，义军的“气势毫未减弱”，而日本“炮兵已将炮弹全部打光，攻击却毫不奏效”。于是，三木命工兵爆破屋墙，终于炸开了一个缺口。但是，义军弹如雨注，拚死奋战，并从日军背后进行抄袭。五时，日军丢下死者的尸体，“背负着轻伤的十一名伤员”，“用担架抬着剩余的八名重伤员”注6，撤回中坜。日军的第二次进攻又遭到了失败。
经过六月二十八日和七月一日两次作战，“日军死伤四十余人，义军伤亡仅十余人而已。”胡嘉猷因水井被炮轰毁，“汲饮维艰，乃退龙潭陂”。注7七月六日，日军步炮联合部队自中坜出发，对安平镇发动了第三次进攻。日军进入安平镇后，发现义军已经撤离，便放火烧毁了全部房屋。
胡嘉猷义军至龙潭陂后，即以此为根据地，“时而袭击中坜，时而破坏沿途交通”，成为日军的心腹之患。于是，北白川能久决定增派军队前往镇压。近卫步兵第二旅团长山根信成少将受命，率步兵第三联队第一大队、炮兵第四中队、骑兵一个小队及工兵一个中队（缺一个小队），组成一个混成支队，并任支队长。混成支队于七月十二日自台北出发，至桃仔园宿营，十三日抵中坜。当日，山根发布了进攻令：
“一、根据当地居民报告，龙潭陂有少数土匪。原在安平镇之贼首胡嘉猷现在铜锣寨，集合了土匪百余名。
二、支队于十四日向龙潭陂前进。……
三、前卫（第三中队）于午前自宿营地出发，向龙潭陂前进。
四、右侧警戒（第四中队）随带两名通信骑兵，于午前四时五十分自宿营地出发，经安平镇往铜锣寨方向搜索敌情。
五、主力（第一、第二中队）于午前五时三十分自宿营