父亲除担任国家的粮食部长外，还担任民主建国会及全国工商联的副主任委员，这两项职务经常涉及有关民族资产阶级的理论、政策问题。早在1957年反右以前，他在两个问题上曾与一些同事发生激烈争论。
第一个是关于民建的性质问题。在1955年5月民建第一次代表大会上，父亲作工作报告时插了几句话，大意是说：“在国际友人面前，可以说民建是民族资产阶级的政党；但同时要说明，这是在中国共产党领导之下的一个政党。如果外宾们说：那你们的党可以说是‘红色资产阶级政党'了，我认为可以欣然承认。”他这番插话中所提的“红色”不过是形容词，用以修饰“资产阶级政党”，本意是强调民建的进步性，不料许多人不同意“红色资产阶级政党”的提法，遂引起了一场争论。
父亲在辩论中引用了列宁和刘少奇关于资产阶级在历史上进步作用的论述，以及刘少奇“红色资本家”的提法作为佐证。他还谈到：“有一次毛主席在最高国务会议上曾指着我说：‘我很同意你的红色资产阶级的说法，难道我们还允许白色资产阶级存在？'我提的是‘红色资产阶级政党'，既然可以说‘红色资产阶级'，为什么不可以说‘红色资产阶级政党'？”
到了1957年反右时，毛泽东改变了说法：“右派中间那些不愿意变的，大概章乃器算一个。你要他变成无产阶级知识分子，他就不干，他说他早已变好了，是‘红色资产阶级'。自报公议嘛，你自报可以，大家还要公议。我们说，你还不行，你章乃器是白色资产阶级。”此乃后话。
第二个争论的问题是中国民族资产阶级的两面性问题。民主革命时期的提法是既有革命的一面，也有软弱、妥协的一面；建国初期的提法是既有有利于国计民生的一面，也有不利于国计民生的一面。1956年公私合营基本完成后，在同年9月召开的中共“八大”政治报告中提出：“国内的主要矛盾已经不再是工人阶级和资产阶级的矛盾，而是人民对于经济文化迅速发展的需要同当前经济文化不能满足人民需要的状况之间的矛盾。”
父亲一直抱着消灭阶级的社会理想，出于响应毛泽东“调动一切积极因素”的号召，曾在一些内部场合探讨新时期民族资产阶级的两面性问题。他提出：如果将“八大”政治报告中改变生产资料私有制为公有的历史任务已经基本上完成的论断，解释为民族资产阶级两面性的物质基础已经基本上消灭了，“那么我们就可以说，民族资产阶级政治上和经济上的两面性也已经基本上消灭了，留下来的只是残余或者尾巴罢了”，“与其笼统地提两面性，还不如在大力鼓舞生产积极性的前提下，具体地指出那些必须改造的资本主义的思想作风”。出人意料的是，他这些在内部探讨的意见却被搬到一些会议上进行公开批判，并被贴上“否认民族资产阶级的两面性”的标签。于是父亲不得不应付一场新的辩论，并一直持续到1957年。
在私营经济大量出现，且在国民经济中重新占有一席之地的今天，问顾这两场辩论，确实令人有不胜今昔之感。在当时的历史舞台上，父亲的悲剧角色似乎已是命中注定。尽管如此，父亲仍保持他直言不讳的风骨，在1956年7月和10月的统战工作座谈会上，他对党派关系、阶级关系、党与非党关系等问题提了不少尖锐的意见，批评了人为制造阶级斗争、阶级斗争简单化、统战工作庸俗化等倾向。
毛泽东当时已对这位老朋友很有看法，他在1957年1月27日的一次党内会议上说：
至于梁漱漠、彭一湖、章乃器那一类人，他们有屁就让他们放，放出来有利，让大家闻一闻，是香的还是臭的，经过讨论，争取多数，使他们孤立起来。他们要闹，就让他们闹够，多行不义必自毙。他们讲的话越错越好，犯的错误越大越好，这样他们就越孤立，就越能从反面教育人民。我们对待民主人士，要又团结又斗争，分别情况，有一些要主动采取措施，有一些要让他暴露，后发制人，不要先发制人。这段话可为后来的“引蛇出洞”策略做注脚。
二、整风期间的三次发言
1957年的春天来得特别早。4月27日，中共中央发布《关于整风运动的指示》，欢迎党外人士帮助整风，并提出应该放手鼓励批评，坚决贯彻“知无不言，言无不尽，言者无罪，闻者足戒，有则改之，无则加勉”的原则。4月30日，毛主席在天安门城楼约集各民主党派负责人座谈，请他们帮助共产党整风。毛说：“现在是新时代和新任务，阶级斗争结束，向自然界宣战。”在此次会议上，他表示自己不准备连任国家主席，并允许透露消息。
5月间，在一派“和风细雨”的迷人春色感召下，知识分子、青年学生和人民群众纷纷直陈己见，对党的工作中存在的官僚主义、宗派主义、主观主义（当时称为“三害”）提出了大量的批评意见，全国进人鸣放高潮。谁也不会想到，仅仅一个月之后，阶级斗争的号角又重新吹响，“向自然界宣战”变成了向“早春天气”宣战。
父亲一直主张独立思考。整风开始前，他在4月15日的一次发言中提出要防止教条主义和个人崇拜。他认为：“革命领袖有时为革命辩护讲的话，就不能机械地用来指导今天的革命工作。”并举出毛泽东在《湖南农民运动考察报告》中“革命不是绘画绣花”和《论人民民主专政》中“即以其人之道，还治其人之身”两句话为例，指出“现在生产建设有些工作细致些，尤甚于绣花”；在革命胜利后对反革命分子的改造中，“也不是采取残酷手段，而是采用革命人道主义的”。他主张：“思想改造工作要做得自然些，不要粗暴，不要神秘，不要仅仅喊没有内容的、抽象的口号，不要神化任何个人。大家都是人，没有哪个人是神，包括毛主席在内。毛主席就一贯反对把他神化起来。”
为发动党外人士帮助整风，中共有关部门5月间在北京分别召开了民主人士座谈会和工商界人士座谈会。当时，父亲的主要精力都放在粮食部的工作上，计算全国粮、油的平衡，准备在即将召开的一届人大四次会议上发言。自1952年主持创建粮食部以来，父亲为了解决六亿人口的吃饭问题，每天都工作十个小时以上，连星期天也很少休息。由于工作繁忙，他在整风期间只参加了三次鸣放座谈会。
在鸣放中，非党人士普遍反映“有职无权”。在5月8日的民主人士座谈会上，父亲提出：“要解决有职有权问题，必须克服宗派主义思想。现在有一部分党员，党内一个是非，党外一个是非，把‘党党相护'当做党性。有人批评了党，明明意见是对的，党员也不承认；有人提的意见尽管是符合党的政策的，但是只要党员负责同志一摇头，非党员要坚持意见也是很困难的。”讲到这里，他声明说，“不过，我是有职有权的。在粮食部里，党组和我的关系是正常的，党组管政治思想领导，我管行政领导，党组和我有了分歧意见，要能说服我，我才同意。但是我这个有职有权，是斗争得来的。现在，可以说，经过斗争达到了团结的目的。”父亲认为，说工商界要进行“脱胎换骨”的改造的提法不妥，“照道教的说法，脱胎是脱凡胎，换骨是换仙骨。现在工商界已经过了五关（战争关、土地改革关、抗美援朝关、五反关、社会主义关），就是说，脱胎换骨的改造，也已经改造过了，如果还要脱胎换骨，只能使工商界增加无穷的忧虑，如何能不消极自卑”？
次日一早，父亲打开《人民日报》，发现自己昨天的发言赫然刊载其上。当天他再度参加座谈会时，便向统战部李维汉部长说：“我认为会议是内部会议，内容是不发表的，发表了我觉得有点意外，我怕会影响大家发言的积极性。”李部长说：“以后发表与否，听各人自便；但发表了，对推动全国的运动有好处。”
5月12日他出席了工商界人士座谈会，但只作了简短发言，鼓励大家畅所欲言。13日他因事没有参加民主人士座谈会，只送去一篇题为《从“墙”和“沟”的思想基础说起》的书面发言，并附一函给李维汉说：“稿子是‘信笔直书'的，草率的，也是坦率的；要不要发表，请领导同志掌握，我并无顾虑。”这篇书面发言也于次日见报。
此前已有不少人士指出，在党与非党之间存在着“墙”和“沟”，于是有党的领导人提出要“拆墙填沟”，开诚相见。父亲在这篇书面发言中提出：“斯大林所说的‘我们共产党员是具有特种性格的人，我们是由特殊材料制成的'这句话，是不科学、容易引起误解的，可能有不少非党人士会以特殊的眼光看待党员，造成某些修养不够的党员以特殊自居。这样，这一句话自然也就成为‘墙'和‘沟'的一种思想基础了。还有很值得注意的一点：一千二百多万党员，只要有百分之一的党员犯错误，绝对数字就是十二万多人。这么多人在领导地位上犯错误，对国家和人民就会造成巨大的损害。”
他还批评了“以党代政”的现象，指出不少党员对国家机构的作用还没有足够认识。国家行政机构的作用不但没有被足够地运用，就连国家的权力机构也没有被足够地重视——县以下人民代表大会开会不正常和不充实的情况是严重的。他主张：党组织有如戏剧的编导，其他国家机构有如演员、艺术技术人员和管理人员。编导一般不必自己上前台，更不应代替其他人员。这样，党组织可以使自己的头脑更加清醒，从而令领导更加全面、主动。
三、反右派斗争正式出台
5月20日凌晨，父亲呷了一口青花瓷杯中已冷的龙井茶，燃起烟斗在书房内踱步。写字台上，平摊着刚刚完稿的《关于民族资产阶级的两面性的问题》。这是《工商界》月刊指定的题目，为了赶在6月10日刊出，他不得不熬夜赶写。自从听了毛主席关于正确处理人民内部矛盾的讲话以后，他感到心情很舒畅，这一夜他在案头直抒己见，一挥而就。但父亲不可能知道，此时在党内一些高干的案头，正放着毛泽东五天前写的党内通讯《事情正在起变化》。这篇文章中有一段后来很著名的话：“大量的反动的乌烟瘴气的言论为什么允许登在报上？这是为了让人民见识这些毒草、毒气，以便锄掉它，灭掉它。”他也不可能知道，一些领悟了伟大领袖战略意图的党内领导，这两天正忙不迭地给某些党外朋友暗中打招呼，劝他们免开尊口，免得日后吃罪不起。父亲更不可能知道，十天之后，毛泽东在一篇题为《关于“特殊材料制成的”——和章乃器先生商榷》的文章上作了批示，该文发表于前一天的《新闻日报》，署名“小雅”，对父亲《从“墙”和“沟”的思想基础说起》一文提出反驳。毛泽东批道：
乔木同志：
此篇似可转载，何时转载适宜，请你和报馆商量一下。
毛 五月三十日
这篇文章与作为反右第一炮的社论《这是为什么？》，一同被安排在6月8日的《人民日报》上发表。
5月31日，父亲出席民建中央召开的工商改造辅导工作座谈会，并即席发言，《大公报》、《人民日报》先后发了新闻。由于两报发表的内容很简略，且互不一致，他只好再度开夜车将发言的大意整理成文，加上《关于工商改造辅导工作的几个问题》的标题，于6月3日送交《大公报》编辑部。
在这两篇文章里，他回顾了不同历史时期工人阶级与民族资产阶级的关系。他认为：阶级最后必须被消灭，但人是可以改造的。从这点来看，阶级本质与人的阶级特性是有所不同的。难道曾经有从娘胎里出来就一定要当资本家的人？“脱胎换骨”的提法会把改造工作变得神秘化，使人望而生畏。
他还对定息的性质发表了看法。当时经济学界有两种意见，一种认为定息是剩余价值，另一种认为是剥削而不是剩余价值。父亲则提出：从整个阶级来说，定息是剥削的残余；而具体到个别的阶级分子来说，定息是不劳而获的收入。
父亲认为：“假如不幸而让教条主义在中国革命当中起主导作用，那不但是民族资产阶级的不幸，也是社会主义革命的损失”，官僚主义是比资本主义更危险的敌人。因为，资本主义已经肯定不可能在我国复辟，而官僚主义却随时可以在我们的思想中甚至工作中复辟。在资本主义当中，我们还可以取其精华，去其糟粕，找出一些在生产、经营上有益的经验和知识，为社会主义服务；而官僚主义则是“一无是处”的糟粕。这就是为什么一个社会主义企业加上了官僚主义效率反而不如资本主义企业的理由。
进入6月以后，形势果然像毛泽东所预言的那样发生了变化。先是由国民党元老何香凝老人出面，于6月1日发表书面谈话说：“有极少数人对社会主义口是心非。心里向往的其实是资本主义，脑子里憧憬的是欧美式的政治，这些人我认为显然是右派了。”这是“右派”首次作为一种政治新概念，出现在新中国的政治舞台上。6月3日民主人士座谈会结束时，毛泽东在李维汉的总结发言稿上加了一句话，说座谈会上提出的批评和意见“有相当一部分是错误的”。
6月5日，初夏的北京落了一场雨。在国务院礼堂召开的工商界人士座谈会上，已有人开始对父亲的言论提出指责。据民建的黄某某老先生在日记中记述：当天下午四时半，周恩来总理来谈中央结束鸣放的日期及对鸣放的看法等问题。夜九时半，黄老从睡梦中被唤醒，紧急召往中南海颐年堂去见毛主席，工商联的陈某某老先生也同时被召见（此前不久，两老曾联名上书，请求毛不要辞去国家主席职务）。毛同两位大老谈了“鸣放中发现种种”，认为：“章乃器是和我们走两条路的”；还谈到“章伯钧反动语”，“他和罗隆基勾结了”。毛泽东希望黄老回到民盟去（他曾是民盟发起人之一，