永乐八年，大雅死，子宗鼎袭。初，宗鼎凶暴，与其副使黄禧构怨，奏讦累年。朝廷以田氏世守其土，又先归诚，曲与保全，改禧为辰州知府。未几，思州宣慰田琛与宗鼎争沙坑地有怨。禧遂与琛结，图宗鼎，构兵。琛自称天主，禧为大将，率兵攻思南。宗鼎挈家走，琛杀其弟，发其坟墓，并戮其母尸。宗鼎诉于朝，屡敕琛、禧赴阙自辨，皆拒命不至，潜使奸人入教坊司，伺隙为变。事觉，遣行人蒋廷瓚召之，命镇远侯顾成以兵压其境，执琛、禧械送京师，皆引服。琛妻冉氏尤强悍，遣人招诱台罗等寨苗普亮为乱，冀朝廷遣琛还招抚，以免死。帝闻而锢之。
以宗鼎穷蹙来归，得未减，令复职，还思南。而宗鼎必得报怨，以绝祸根。帝以宗鼎幸免祸，不自惩，乃更逞忿，亦留之。宗鼎出诽言，因发祖母阴事，谓与禧奸，实造祸本。祖母亦发宗鼎缢杀亲母渎乱人伦事。帝命刑部正其罪，谕户部尚书夏原吉曰：“琛、宗鼎分治思州、思南，皆为民害。琛不道，已正其辜。宗鼎灭伦，罪不可宥。其思州、思南三十九长官地，可更郡县，设贵州布政使司总辖之。”命顾成剿台罗诸寨。成斩苗贼普亮，思州乃平。十二年遂分其地为八府四州，贵州为内地，自是始。两宣慰废，田氏遂亡。
正统初，蛮夷长官司奏土官衙门婚姻，皆从土俗，乞颁恩命。帝以土司循袭旧俗，因亲结婚者，既累经赦宥不论，继今悉依朝廷礼法，违者罪之。景泰间，思南府奏府四面皆山，关隘五处，无城可守，乞发附近土军修筑。命巡抚王来经画之。
镇远，故为竖眼大田溪洞。元初，置镇远沿边溪洞招讨使，后改为镇远府。洪武五年改为州，隶湖广。永乐十一年仍改府，属贵州。领长官司二：曰遍桥，曰邛水十五洞。领县二：曰镇远，即金容金达、杨溪公俄二长官司地；曰施秉，即施秉长官司地也。洪武二十年，土官赵士能来朝，贡马。三十年，镇远鬼长菁等处苗民作乱，指挥万继、百户吴彬战死。都指挥许能率兵会偏桥卫军击败之，众散走。永乐初，镇远长官何惠言：“每岁修治清浪、焦溪、镇远三桥，工费浩大。所部临溪部民，皆佯、儣、亻苗、佬，力不胜役，乞令军民参助。”从之。
宣德初，镇远邛水奥洞蛮苗章奴劫掠清浪道中，为思州都坪峨异溪长官司所获。其父苗银总劫取之，聚兵欲攻思州。因令赤溪洞长官杨通谅往抚，银总伏兵杀谅，又掠埂洞。命总兵官萧授调辰、沅诸卫兵万四千人剿之，会于清浪卫，指挥张名讨银总，克奥洞，尽杀其党，银总遁。正统三年革镇远州，以镇远、施秉二长官司隶镇远府。十二年，巡按御史虞祯奏：“贵州蛮贼出没，抚之不从，捕之不得，若非设策，难以控制。臣观清水江等处，峭壁层崖，仅通一径出入，彼得恃险为恶。若将江外山口尽行闭塞，江内山口并津渡俱设关堡，屯兵守御，又择寨长有才干者为办事官，庶毋疏虞。”从之。十四年命振偏桥卫，以被苗寇杀掠，不能自存，有司以请，从之。
天顺七年，镇守湖广太监郭闵奏：“贵州洪江贼苗虫虾等纠合二千余人，伪称王侯，攻劫镇远屯寨。抚谕不服，请合兵进讨。”命总兵官李震、李安等分道入，贼退守平坤寨，官兵追至清水江，获虫虾，并斩贼首飞天侯、苗老底、额头等六百四十余人，并复黎平之赤溪湳洞，贼平。弘治十年改镇远金容金达长官司为镇远州，设流官。时土官碖父子罪死，土人思得流官，守臣以闻，报可。
万历末，邛水长官司杨光春贪暴，土目彭必信济之箕敛。苗不堪，将上诉改设流官，光春与必信遂谋反，言官兵欲剿诸苗，当敛金赎，得金五百余。都御史何起鸣诇知之，捕光春下狱，瘐死。于是每四户择壮兵一人，立四哨，不为兵者佐糗粮鱼盐，简土吏何文奎等掌之。必信复醵诸苗金，诉于朝，言巴也、梁止诸寨为乱，指挥使陶效忠不问，反索土官杨光春金而杀之。改旧例用新法，不便。书上，意自得，归谒知府王一麟。一麟缚之下狱，檄诸苗，言：“若等十五洞所苦者，以兵饷月米三斗过甚耳。然岁给白虫铺米，每洞月八斗，他于平溪驿剩余征银两，皆可足饷。我为若通之，毋为必信所诬。”苗皆悦服，乃坐必信罪。时有土舍杨载清者应袭推官，尝中贵州乡试，命于本卫加俸级优异之。
天启五年，巡抚傅宗龙奏：“苗寇披猖，地方受害，乞敕偏沅抚臣移镇偏桥，勿复回沅，凡思、石、偏、镇等处俾练兵万余人，平时以之剿苗，大征即统为督臣后劲，庶苗患宁而西贼之气亦渐夺矣。”报可。
铜仁，元为铜人大小江等处军民长官司。洪武初，改为铜仁长官司。永乐十一年置铜仁府。万历二十六年始改铜仁长官司为县治。领长官司五：曰省溪，曰提溪，曰大万山，曰乌罗，曰平头著可。乌罗者，本永乐时分置贵州八府之一也，所属有朗溪长官司、答意长官司、治古长官司，而平头著可长官司亦隶焉。
宣德五年，乌罗知府严律己言：“所属治古、答意二长官石各野等聚众出没铜仁、平头、甕桥诸处，诱胁蛮贼石鸡娘并筸子坪长官吴毕郎等共为乱，招抚不从。缘其地与镇溪、酉阳诸蛮接境，恐相煽为乱。请调官土军分据要地，绝其粮道，且捕且抚。事平之后，宜置卫所巡司以守之。”事闻，命总兵官萧授及镇巡诸司议。于是授筑二十四堡，环其地守之。兵力分，卒难扞御。贼四出劫掠，杀清浪卫镇抚叶受，势益獗。七年，巡按御史以闻，且言生苗之地不过三百余里，乞别遣良将督诸军殄灭。授言：“残苗吴不尔等遁入筸子坪，结生苗龙不登等攻劫湖广五寨及白崖诸寨，为患滋甚。宜令川、湖、贵州接境诸官军、土兵分路并力攻剿，庶除边患。”从之。既降敕谕授，言：“暴师久，恐蹉跌为蛮羞，或抚或剿，朕观成功，不从中制。
八年，授奏言：“臣受命统率诸军进攻贼巢，破新郎等寨，前后生擒贼首吴不跳等二百一十二人，斩吴不尔、王老虎、龙安轴等五百九十余级，皆枭以徇，余党悉平。还所掠军民男妇九十八口，悉给所亲。获贼妇女幼弱一千六百余口，以给从征将士。”并械吴不跳等献京师。帝顾谓侍臣曰：“蛮苗好乱，自取灭亡，然于朕心，不能无恻然也。”授威服南荒，前后凡二十余年。
正统三年革乌罗府，所属治古、答意二长官司，乱后残民无几，亦并革之，以乌罗、平头著可隶铜仁，以朗溪隶思南，从巡按御史请也。景泰七年，平头著可长官司奏其地多为蛮贼侵害，乞立土城固守，从之。成化十一年，总兵官李震奏：“乌罗苗人石全州，妄称元末明氏子孙，僭称明王，纠众于执银等处作乱，邻洞多应之。因调官军往剿，石全州已就擒，而诸苗攻劫未已。”命镇巡官设策抚捕，未几平。嘉靖二十二年，平头苗贼龙桑科作乱，流劫湖广桂阳间，甚獗。帝以诸苗再叛，责激乱者，而起都御史万镗往讨之。明年，镗奏叛苗以次殄灭，惟龙母叟虽降，然其罪大，宜置重典。命安置辽东。未几，龙子贤复叛。二十六年，湖贵巡按御史奏官军讨贼不力，降旨切责。三十九年，总兵官石邦宪剿之，擒首恶龙老罗等，遂平。
黎平，元潭溪地也。洪武初，仍各长官司。永乐十一年改置黎平、新化二府。宣德十年并新化入黎平。领长官司十三：曰潭溪，曰八舟，曰洪舟泊里，曰曹滴洞，曰古州，曰西山阳洞，曰湖耳，曰亮寨，曰欧阳，曰新化，曰中林验洞，曰赤溪湳洞，曰龙里。
初，洪武三年，辰州卫指挥刘宣武率兵招降湖耳、潭溪、新化、万平江、欧阳诸洞，于是诸洞长官皆来朝，纳元所授印敕。帝命皆仍其原官，以辖洞民，隶辰州卫。既改龙里长官司为龙里卫，又增立五开卫以镇之，隶思州。二十九年，清水江蛮金牌黄作乱，都司发兵捕之，金牌黄遁去。捕获其党五百余人，械至京，以其胁从，宥死，戍远卫。既有言金牌黄匿宣慰家者，诏勿问。三十年，古州洞蛮林宽者，自号小师，聚众作乱，攻龙里。千户吴得、镇抚井孚力战死之。宽遂犯新化，突至平茶，千户纪达率壮士击之。达突阵杀数人，以枪横挑一人掷之，流矢中臂，达拔矢复战。贼惊曰：“是平茶纪蒙邪？”遁去。蛮称官为蒙云。已，复炽，命湖广都指挥使齐让为平羌将军，统兵五万征之。既以让逗遛，命杨文代之。又命楚王桢、湘王柏各率护卫兵进讨，城铜鼓卫。未几，让擒宽等，械入京，诛之。三十一年复平其余党，并俘获三十冈等处洞蛮二千九百人以归，遂班师。
永乐五年，寨长韦万木来朝，自陈所统四十七寨，乞设官。因设西山阳洞长官司，以万木为屯长。宣德六年改永从蛮夷长官司为永从县，置流官，以土官李瑛绝故也。又割思州新溪等十一寨隶黎平赤溪湳洞长官司。正统四年，计砂苗贼苗金虫等纠合洪江生苗，伪立统千侯、统万侯名号，劫掠四出，命都督萧授调兵剿之。贼首苗总牌等为都督吴亮所戮，洪江生苗遂诣军门降。授谕遣之，命千户尹胜诱执苗金虫，斩以徇。
景泰五年，巡抚王永寿以苗贼蒙能攻围龙里、新化、铜鼓诸城，乞调兵剿之。时贼欲取龙里为巢穴，攻破亮寨、铜鼓、罗围堡诸城，都指挥汪迪为贼所杀。朝议以南和伯方瑛为平蛮将军，统湖广诸军讨之。蒙能纠贼众三万出攻平溪卫，瑛遣指挥郑泰等以火枪攻，毙贼三千人，能亦死。而能党李珍等尚煽惑苗众，官军计擒之，克复铜鼓、藕洞，连破鬼板等一百六十余寨，覃洞、上隆诸苗悉降。
天顺元年，镇守太监阮让言：“东苗为贵州诸苗之首，负固据险，僭号称王，逼胁他种，东苗平则诸苗服。臣会同方瑛计议，并请师期。”于是颁谕四川、湖广诸宣慰、宣抚会师讨贼。三年，督理军务都御史白圭以谷种山箐，乃东苗羽翼，宜先剿。因同瑛进青崖，令总兵李贵进牛皮箐，参将刘玉进谷种，参将李震进鬼山。所向皆捷，克水车坝等一百十七寨。诸将复合兵青崖，攻石门山，克摆伤等三十九寨。仍分兵四路，进攻董农、竹盖、甲底等四百三十七寨。贼首干把猪退守六美山。合兵大进，斩五千余级，生擒干把猪，送京师伏诛。先是，麻城人李添保以逋赋逃入苗中，诡称唐后，聚众万余，僭称王，建元武烈。署故贼首蒙能子聪为总兵官，遗之银印敕书，纵兵剽掠，震动远近。至是为李震所败，余贼大溃。添保仅以身免，潜入鬼池及绞洞诸寨，复煽诸苗劫攻中林、龙里，亦为震擒，伏诛。
万历二十八年，皮林逆苗吴国佐、石纂太等作乱。国佐本洪州司特洞寨苗，颇知书，尝入永从学为生员，素桀黠，皮林诸苗推服之。因娶叛人吴大荣妾，为黎平府所持，遂反。自称天皇上将，阳听抚而阴与播贼通。纂太亦自称太保，杀百户黄钟等百余人，与国佐合兵围上黄堡。参将黄冲霄讨之，败绩。杀守备张世忠，焚五开，破永从县，围中潮所。总兵陈良玭、陈璘合湖、贵兵进讨，亦失利，国佐益横。二十九年命巡抚江鐸会兵分七路进剿，苗据险不出。陈璘潜师夺隘，纵火焚其巢。国佐逃，擒之，纂太亦为他将诱缚，皆伏诛。
安顺，普里部蛮所居。元世祖置普定府，成宗时改普定路，又为普安路，并属云南。洪武初为普定府，十六年改为安顺州，隶四川。正统三年改属贵州。万历中改安顺军民府，以普安等州属焉。普安，故军民府也，初隶云南，寻废为卫。永乐间改为州，始隶贵州，领长官司二：曰宁谷，曰西堡。
洪武五年，普定府女总管适尔及其弟阿甕来朝，遂命适尔为知府，许世袭。六年设普定府流官二员。十四年城普定。十五年，普定军民知府者额来朝，赐米及衣钞，命谕其部众，有子弟皆令入国学。十六年，者额遣弟阿昌及八十一砦长阿窝等来朝。二十年诏征普定、安顺等州六长官赴京，命以银二十万备籴，遣普定侯陈桓等率诸军驻普安屯田，明年，越州叛苗阿资率众寇普安，烧府治，大肆剽掠。征南将军傅友德击走之，旦诣军门降，遂改军民府为指挥使司。二十三年，西平侯沐英奏普安百夫长密即叛，杀屯田官军及驿丞试百户。调指挥张泰讨之于盘江木窄关，官军失利。更调指挥蒋文统乌撒、毕节、永宁三卫军剿之，乃遁。二十六年，普定西堡长官司阿德及诸寨长作乱，命贵州都指挥顾成讨平之。二十八年，成讨平西堡土官阿傍。三十一年，西堡沧浪寨长必莫者聚众乱，阿革傍等亦纠三千余人助恶。成皆击斩之，其地悉平。
永乐元年，故普安安抚者昌之子慈长言：“建文时父任是职，宜袭，吏部罢之。本境地阔民稠，输粮三千余石，乞仍前职报效。”命仍予安抚。十三年改普安安抚司为普安州。十四年，慈长谋占营长地，且强娶民人妻为妾，杀其夫，阉其子。事闻，命布政司孟骥按状。慈长纠兵万余围骥，骥以计擒之，逮至京，死于狱。
天顺四年，西堡蛮贼聚众焚劫，镇守贵州内官郑忠、右副总兵李贵请调川云都司官兵二万，并贵州宣慰安陇富兵二万进剿。至阿果，擒贼首楚得隆等，斩首二百余级。余贼奔白石崖，复斩级七百余，焚其巢而还。十年，安顺土知州张承祖与所属宁谷寨长官顾钟争地仇杀。下巡抚究治，命各贡马赎罪。
成化十四年，贵州总兵吴经奏，西堡狮子孔洞等苗作乱，先调云南军八千助防守。闻云南有警，乞改调沅州、清浪诸军应援。十五年，经奏已擒斩贼首阿屯、坚娄等，以捷闻。
弘治十一年，普安州土判官隆畅妻米鲁反。米鲁者，沾益州土知州安民女也，适畅被出，居其父家。畅老，前妻子礼袭，父子不相能。米鲁与营长阿保通，因令阿保讽礼迎己，礼与阿保同烝之。畅闻怒，立杀礼，毁阿保寨。阿保挟鲁与其子阿鲊等攻畅，畅走云南。时东宁伯焦俊为总兵官，与巡抚钱钺和解之。鲁于道中毒畅死，遂与保据寨反。畅妾曰适乌，生二