陛下求治之心，操之太急。酝酿而为功利，功利不已，转为刑名；刑名不已，流为猜忌；猜忌不已，积为壅蔽。正人心之危，所潜滋暗长而不自知者。诚能建中立极，默正此心，使心之所发，悉皆仁义之良，仁以育天下，义以正万民，自朝廷达于四海，莫非仁义之化，陛下已一旦跻于尧、舜矣。
帝以为迂阔，然叹其忠。
未几，都城被兵，帝不视朝，章奏多留中不报。传旨办布囊八百，中官竞献马骡，又令百官进马。宗周曰：“是必有以迁幸动上者。”乃诣午门叩头谏曰：“国势强弱，视人心安危。乞陛下出御皇极门，延见百僚，明言宗庙山陵在此，固守外无他计。”俯伏待报，自晨迄暮，中官传旨乃退。米价腾跃，请罢九门税，修贾区以处贫民，为粥以养老疾，严行保甲之法，人心稍安。
时枢辅诸臣多下狱者，宗周言：“国事至此，诸臣负任使，无所逃罪，陛下亦宜分任咎。禹、汤罪己，兴也勃焉。曩皇上以情面疑群臣，群臣尽在疑中，日积月累，结为阴痞，识者忧之。今日当开示诚心，为济难之本，御便殿以延见士大夫，以票拟归阁臣，以庶政归部、院，以献可替否予言官。不效，从而更置之，无坐锢以成其罪。乃者朝廷缚文吏如孤雏，而视武健士不啻骄子，渐使恩威错置。文武皆不足信，乃专任一二内臣，阃以外次第委之。自古未有宦官典兵不误国者。”又劾马世龙、张凤翼、吴阿衡等罪，忤帝意。
三年以疾在告，进祈天永命之说，言：
法天之大者，莫过于重民命，则刑罚宜当宜平。陛下以重典绳下，逆党有诛，封疆失事有诛。一切诖误，重者杖死，轻者谪去，朝署中半染赭衣。而最伤国体者，无如诏狱。副都御史易应昌以平反下吏，法司必以锻炼为忠直，苍鹰乳虎接踵于天下矣。愿体上天好生之心，首除诏狱，且宽应昌，则祈天永命之一道也。
法天之大者，莫过于厚民生，则赋敛宜缓宜轻。今者宿逋见征及来岁预征，节节追呼，闾阎困敝，贪吏益大为民厉。贵州巡按苏琰以行李被讦于监司。巡方黩货，何问下吏？吸膏吮脂之辈，接迹于天下矣。愿体上天好生之心，首除新饷，并严饬官方，则祈天永命之又一道也。
然大君者，天之宗子；辅臣者，宗子之家相。陛下置辅，率由特简。亦愿体一人好生之心，毋驱除异己，构朝士以大狱，结国家朋党之祸；毋宠利居成功，导人主以富强，酿天下土崩之势。
周延儒、温体仁见疏不怿。以时方祷雨，而宗周称疾，指为偃蹇，激帝怒，拟旨诘之。且令陈足兵、足饷之策，宗周条画以对，延儒、体仁不能难。
为京尹，政令一新，挫豪家尤力。阉人言事辄不应，或相诟谇，宗周治事自如。武清伯苍头殴诸生，宗周捶之，枷武清门外。尝出，见优人笼箧，焚之通衢。周恤单丁下户尤至。居一载，谢病归，都人为罢市。
八年七月，内阁缺人，命吏部推在籍者，以孙慎行、林钎及宗周名上。诏所司敦趋，宗周固辞不许。明年正月入都，慎行已卒，与钎入朝。帝问人才、兵食及流寇猖獗状。宗周言：“陛下求治太急，用法太严，布令太烦，进退天下士太轻。诸臣畏罪饰非，不肯尽职业，故有人而无人之用，有饷而无饷之用，有将不能治兵，有兵不能杀贼。流寇本朝廷赤子，抚之有道，则还为民。今急宜以收拾人心为本，收拾人心在先宽有司。参罚重则吏治坏，吏治坏则民生困，盗贼由此日繁。”帝又问兵事。宗周言：“御外以治内为本。内治修，远人自服，干羽舞而有苗格。愿陛下以尧、舜之心，行尧、舜之政，天下自平。”对毕趋出。帝顾体仁迂其言，命钎辅政，宗周他用。旋授工部左侍郎。逾月，上《痛愤时艰疏》，言：
陛下锐意求治，而二帝三王治天下之道未暇讲求，施为次第犹多未得要领者。首属意于边功，而罪督遂以五年恢复之说进，是为祸胎。己巳之役，谋国无良，朝廷始有积轻士大夫之心。自此耳目参于近侍，腹心寄于干城，治术尚刑名，政体归丛脞，天下事日坏而不可救。厂卫司讥察，而告讦之风炽；诏狱及士绅，而堂廉之等夷；人人救过不给，而欺罔之习转甚；事事仰成独断，而谄谀之风日长。三尺法不伸于司寇，而犯者日众，诏旨杂治五刑，岁躬断狱以数千，而好生之德意泯。刀笔治丝纶而王言亵，诛求及琐屑而政体伤。参罚在钱谷而官愈贪，吏愈横，赋愈逋；敲扑繁而民生瘁，严刑重敛交困而盗贼日起。总理任而臣下之功能薄，监视遣而封疆之责任轻。督、抚无权而将日懦，武弁废法而兵日骄，将懦兵骄而朝廷之威令并穷于督、抚。朝廷勒限平贼，而行间日杀良报功，生灵益涂炭。一旦天牖圣衷，撤总监之任，重守令之选，下弓旌之招，收酷吏之威，布维新之化，方与二三臣工洗心涤虑，以联泰交，而不意君臣相遇之难也。得一文震孟而以单辞报罢，使大臣失和衷之谊；得一陈子壮而以过戆坐辜，使朝宁无吁咈之风。此关于国体人心非浅鲜者。
陛下必体上天生物之心以敬天，而不徒倚风雷；必念祖宗鉴古之制以率祖，而不轻改作。以简要出政令，以宽大养人才，以忠厚培国脉。发政施仁，收天下泮涣之人心，而且还内廷扫除之役，正懦帅失律之诛，慎天潢改授之途。遣廷臣赍内帑巡行郡国为招抚使，赦其无罪而流亡者。陈师险隘，坚壁清野，听其穷而自归。诛渠之外，犹可不杀一人，而毕此役，奚待于观兵哉。
疏入，帝怒甚，谕阁臣拟严旨再四。每拟上，帝辄手其疏覆阅，起行数周。已而意解，降旨诘问，谓大臣论事宜体国度时，不当效小臣归过朝廷为名高，且奖其清直焉。
时太仆缺马价，有诏愿捐者听，体仁及成国公硃纯臣以下皆有捐助。又议罢明年朝觐。宗周以输赀、免觐为大辱国。帝虽不悦，心善其忠，益欲大用。体仁患之，募山阴人许瑚疏论之，谓宗周道学有余，才谞不足。帝以瑚同邑，知之宜真，遂已不用。
其秋，三疏请告去。至天津，闻都城被兵，遂留养疾。十月，事稍定，乃上疏曰：
己巳之变，误国者袁崇焕一人。小人竞修门户之怨，异己者概坐以崇焕党，日造蜚语，次第去之。自此小人进而君子退，中官用事而外廷浸疏。文法日繁，欺罔日甚，朝政日隳，边防日坏。今日之祸，实己巳以来酿成之也。
且以张凤翼之溺职中枢也，而俾之专征，何以服王洽之死？以丁魁楚等之失事于边也，而责之戴罪，何以服刘策之死？诸镇勤王之师，争先入卫者几人，不闻以逗留蒙诘责，何以服耿如杞之死？今且以二州八县之生灵，结一饱飏之局，则廷臣之累累若若可幸无罪者，又何以谢韩爌、张凤翔、李邦华诸臣之或戍或去？岂昔为异己驱除，今不难以同己相容隐乎？臣于是而知小人之祸人国无已时也。
昔唐德宗谓群臣曰：“人言卢巳奸邪，朕殊不觉。”群臣对曰：“此乃巳之所以为奸邪也。”臣每三覆斯言，为万世辨奸之要。故曰：“大奸似忠，大佞似信。”频年以来，陛下恶私交，而臣下多以告讦进；陛下录清节，而臣下多以曲谨容；陛下崇励精，而臣下奔走承顺以为恭；陛下尚综核，而臣下琐屑吹求以示察。凡若此者，正似信似忠之类，究其用心，无往不出于身家利禄。陛下不察而用之，则聚天下之小人立于朝，有所不觉矣。天下即乏才，何至尽出中官下？而陛下每当缓急，必委以大任。三协有遣，通、津、临、德有遣；又重其体统，等之总督。中官总督，置总督何地？总督无权，置抚、按何地？是以封疆尝试也。
且小人每比周小人，以相引重，君子独岸然自异。故自古有用小人之君子，终无党比小人之君子。陛下诚欲进君子退小人，决理乱消长之机，犹复用中官参制之，此明示以左右袒也。有明治理者起而争之，陛下即不用其言，何至并逐其人？而御史金光辰竟以此逐，若惟恐伤中官心者，尤非所以示天下也。
至今日刑政之最舛者，成德，傲吏也，而以赃戍，何以肃惩贪之令？申绍芳，十余年监司也，而以莫须有之钻刺戍，何以昭抑竞之典？郑鄤之狱，或以诬告坐，何以示敦伦之化？此数事者，皆为故辅文震孟引绳批根，即向驱除异己之故智，而廷臣无敢言。
陛下亦无从知之也。呜呼，八年之间，谁秉国成，而至于是！臣不能为首揆温体仁解矣。语曰：“谁生厉阶，至今为梗。”体仁之谓也。
疏奏，帝大怒，体仁又上章力诋，遂斥为民。
十四年九月，吏部缺左侍郎，廷推不称旨。帝临朝而叹，谓大臣：“刘宗周清正敢言，可用也。”遂以命之。再辞不得，乃趋朝。道中进三札：一曰明圣学以端治本，二曰躬圣学以建治要，三曰重圣学以需治化，凡数千言。帝优旨报之。明年八月，未至擢左都御史。力辞，有诏敦趋。逾月，入见文华殿。帝问都察院职掌安在，对曰：“在正己以正百僚。必存诸中者，上可对君父，下可质天下士大夫，而后百僚则而象之。大臣法，小臣廉，纪纲振肃，职掌在是，而责成巡方其首务也。巡方得人，则吏治清，民生遂。”帝曰：“卿力行以副朕望。”乃列建道揆、贞法守、崇国体、清伏奸、惩官邪、饬吏治六事以献，帝褒纳焉。俄劾御史喻上猷、严云京而荐袁恺、成勇，帝并从之。其后上猷受李自成显职，卒为世大诟。
冬十月，京师被兵。请旌死事卢象升，而追戮误国奸臣杨嗣昌，逮跋扈悍将左良玉；防关以备反攻，防潞以备透渡，防通、津、临、德以备南下。帝不能尽行。
闰月晦日召见廷臣于中左门。时姜埰、熊开元以言事下诏狱，宗周约九卿共救。入朝，闻密旨置二人死。宗周愕然谓众曰：“今日当空署争，必改发刑部始已。”及入对，御史杨若桥荐西洋人汤若望善火器，请召试。宗周曰：“边臣不讲战守屯戍之法，专恃火器。近来陷城破邑，岂无火器而然？我用之制人，人得之亦可制我，不见河间反为火器所破乎？国家大计，以法纪为主。大帅跋扈，援师逗遛，奈何反姑息，为此纷纷无益之举耶？”因议督、抚去留，则请先去督师范志完。且曰：“十五年来，陛下处分未当，致有今日败局。不追祸始，更弦易辙，欲以一切苟且之政，补目前罅漏，非长治之道也。”帝变色曰：“前不可追，善后安在？”宗周曰：“在陛下开诚布公，公天下为好恶，合国人为用舍，进贤才，开言路，次第与天下更始。”帝曰：“目下烽火逼畿甸，且国家败坏已极，当如何？”宗周曰：“武备必先练兵，练兵必先选将，选将必先择贤督、抚，择贤督、抚必先吏、兵二部得人。宋臣曰：‘文官不爱钱，武官不惜死，则天下太平。’斯言，今日针砭也。论者但论才望，不问操守；未有操守不谨，而遇事敢前，军士畏威者。若徒以议论捷给，举动恢张，称曰才望，取爵位则有余，责事功则不足，何益成败哉？”帝曰：“济变之日，先才后守。”宗周曰：“前人败坏，皆由贪纵使然；故以济变言，愈宜先守后才。”帝曰：“大将别有才局，非徒操守可望成功。”宗周曰：“他不具论，如范志完操守不谨，大将偏裨无不由贿进，所以三军解体。由此观之，操守为主。”帝色解曰：“朕已知之。”敕宗周起。
于是宗周出奏曰：“陛下方下诏求贤，姜埰、熊开元二臣遽以言得罪。国朝无言官下诏狱者，有之自二臣始。陛下度量卓越，妄如臣宗周，戆直如臣黄道周，尚蒙使过之典，二臣何不幸，不邀法外恩？”帝曰：“道周有学有守，非二臣比。”宗周曰：“二臣诚不及道周，然朝廷待言官有体，言可用用之，不可置之。即有应得之罪，亦当付法司。今遽下诏狱，终于国体有伤。”帝怒甚，曰：“法司锦衣皆刑官，何公何私？且罪一二言官，何遽伤国体？有如贪赃坏法，欺君罔上，皆可不问乎？”宗周曰：“锦衣，膏梁子弟，何知礼义？听寺人役使。即陛下问贪赃坏法，欺君罔上，亦不可不付法司也。”帝大怒曰：“如此偏党，岂堪宪职！”有间曰：“开元此疏，必有主使，疑即宗周。”金光辰争之。帝叱光辰，并命议处。翼日，光辰贬三秩调用，宗周革职，刑部议罪。阁臣持不发，捧原旨御前恳救，乃免，斥为民。
归二年而京师陷。宗周徒步荷戈，诣杭州，责巡抚黄鸣骏发丧讨贼，鸣骏诫以镇静，宗周勃然曰：“君父变出非常，公专阃外，不思枕戈泣血，激励同仇，顾藉口镇静，作逊避计耶？”鸣骏唯唯。明日，复趣之。鸣骏曰：“发丧必待哀诏。”宗周曰：“嘻，此何时也，安所得哀诏哉！”鸣骏乃发丧。问师期，则曰：“甲仗未具。”宗周叹曰：“嗟乎，是乌足与有为哉！”乃与故侍郎硃大典，故给事中章正宸、熊汝霖召募义旅。将发，而福王监国于南京，起宗周故官。宗周以大仇未报，不敢受职，自称草莽孤臣，疏陈时政，言：
今日大计，舍讨贼复仇，无以表陛下渡江之心；非毅然决策亲征，无以作天下忠义之气。
一曰据形胜以规进取。江左非偏安之业，请进图江北。凤阳号中都，东扼徐、淮，北控豫州，西顾荆、襄，而南去金陵不远，请以驻亲征之师。大小铨除，暂称行在，少存臣子负罪引慝之心。从此渐进，秦、晋、燕、齐必有响应而起者。
一曰重籓屏以资弹压。淮、扬数百里，设两节钺，不能御乱，争先南下，致江北一塊土，拱手授贼。督漕路振飞坐守淮城，久以家属浮舟远地，是倡之逃也；于是镇臣刘泽清、高杰遂有家属寄江南之说。军法临阵脱逃者斩，臣谓一抚二镇皆可斩也。
一曰慎爵赏以肃军情。请分别各帅封赏，孰当孰滥，轻则收侯爵，重则夺伯爵。夫以左帅之恢复而封，高、刘之败逃亦封，又谁不当封者？武臣既滥，文臣随之，外臣既滥，中珰随之，恐天下闻而解体也。
一曰核旧官以立臣纪。