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十五年，修南京内外河道。十八年，浚云南东西二沟，自松华坝黑龙潭抵西南柳坝南村，灌田数万顷。修居庸关水关、城券及隘口水门四十九，楼铺、墩台百二。二十年，修嘉兴等六府海田堤岸，特选京堂官往督之。二十二年，浚南京中下二新河。
弘治三年，从巡抚都御史丘鼐言，设官专领灌县都江堰。六年，敕抚民参政硃瑄浚河南伊、洛，彰德高平、万金，怀庆广济，南阳召公等渠，汝宁桃陂等堰。
七年，浚南京天、潮二河，备军卫屯田水利。七月命侍郎徐贯与都御史何鉴经理浙西水利。明年四月告成。贯初奉命，奏以主事祝萃自随。萃乘小舟究悉源委。贯乃令苏州通判张旻疏各河港水，潴之大坝。旋开白茆港沙面，乘潮退，决大坝水冲激之，沙泥刷尽。潮水荡激，日益阔深，水达海无阻。又令浙江参政周季麟修嘉兴旧堤三十馀里，易之以石，增缮湖州长兴堤岸七十馀里。贯乃上言：“东南财赋所出，而水患为多。永乐初，命夏原吉疏浚。时以吴淞江氵艳沙浮荡，未克施工。迨今九十馀年，港浦愈塞。臣督官行视，浚吴江长桥，导太湖散入氵殿山、阳城、昆承等湖泖。复开吴淞江并大石、赵屯等浦，泄氵殿山湖水，由吴淞江以达於海。开白茆港白鱼洪、鲇鱼口，泄昆承湖水，由白茆港以注於江。开斜堰、七铺、盐铁等塘，泄阳城湖水，由七丫港以达於海。下流疏通，不复壅塞。乃开湖州之溇泾，泄西湖、天目、安吉诸山之水，自西南入於太湖。开常州之百渎，泄溧阳、镇江、练湖之水，自西北入於太湖。又开诸陡门，泄漕河之水，由江阴以入於大江。上流亦通，不复堙滞。”是役也，修浚河、港、泾、渎、湖、塘、陡门、堤岸百三十五道，役夫二十馀万，祝萃之功多焉。
巡抚都御史王珣言：“宁夏古渠三道，东汉、中唐并通。惟西一渠傍山，长三百馀里，广二十馀丈，两岸危峻，汉、唐旧迹俱堙。宜发卒浚凿，引水下流。即以土筑东岸，建营堡屯兵以遏寇冲。请帑银三万两，并灵州六年盐课，以给其费。”又请於灵州金积山河，开渠灌田，给军民佃种。并从之。
十八年，修筑常熟塘坝，自尚湖口抵江，及黄、泗等浦，新庄等沙三十馀处。浚杭州西湖。
正德七年，修广平滏阳河口堤岸。十四年浚南京新江口右河。十五年，御史成英言：“应天等卫屯田在江北滁、和、六合者，地势低，屡为水败。从金城港抵浊河达乌江三十馀里，因旧迹浚之，则水势泄而屯田利。”诏可。
嘉靖元年，筑浚束鹿、肥乡、献、魏堤渠。初，苏、松水道尽为势家所据。巡抚李充嗣画水为井地，示开凿法，户占一区，计工刻日。造浚川爬，用巨筏数百，曳木齿，随潮进退，击汰泥沙。置小艇百馀，尾铁帚以导之。浚故道，穿新渠，巨浦支流，罔不灌注。帝嘉其劳，赉以银币。二年，修德胜门东、朝阳门北城垣河道，筑仪真、江都官塘五区。
十年，工部郎中陆时雍言：“良乡卢沟河，涿州琉璃、胡良二河，新城、雄县白沟河，河间沙河，青县滹沱河，下流皆淤。宜以时浚，使达於海。”诏巡抚议之。
十一年，太仆卿何栋勘畿封河患有二。一论滹沱河。其一言：“真定鸭、沙、磁三河，俱发源五台。会诸支水，抵唐河兰家圈，合流入河间。东南经任丘、霸州、天津入海，此故道也。河间东南高，东北下，故水决兰家口，而肃宁、新安皆罹其害。宜筑决口，浚故道。涿州胡良河，自拒马分流，至州东入浑河。良乡琉璃河，发源磁家务，潜入地中，至良乡东入浑河。比者浑河壅塞，二河不流。然下流淤沙仅四五里，请亟浚之。”部覆允行。
郎中徐元祉受命振灾，上言：“河本以泄水，今反下壅；淀本以潴水，今反上溢。故畿辅常苦水，顺天利害相半，真定利多於害，保定害多於利，河间全受其害。弘、正间，尝筑长堤，排决口，旋即溃败。今惟疏浚可施，其策凡六。一浚本河，俾河身宽邃。九河自山西来者，南合滹沱而不侵真定诸郡，北合白沟而不侵保定诸郡。此第一义也。一浚支河。令九河之流，经大清河，从紫城口入；经文都村，从涅槃口入；经白洋淀，从兰家口入；经章哥ＡＨ，从杨村河入。直遂以纳细流，水力分矣。一浚决河。九河安流时，本支二河可受，遇涨则岸口四冲。宜每冲量存一口，复浚令合成一渠，以杀湍急，备淫溢。一浚淀河。令淀淀相通，达於本支二河，使下有所泄。一浚淤河。九河东逝，悉由故道，高者下，下者通。占据曲防者抵罪。一浚下河。九河一出青县，一出丁字沽，二流相匝於苑家口。故施工必自苑家口始，渐有成效，然后次第举行，庶减诸郡水害。”帝嘉纳之。
明年，香河郭家庄自开新河一道，长百七十丈，阔五十丈，近旧河十里馀。诏河官亟缮治。
十三年，巡抚都御史周金言：“兰家圈决口，塞之则东溢，病河间；不塞则东流渐淤，病保定。宜存决口而浚广新河，使水东北平流，无壅涸患。”从之。
二十四年，浚南京后湖。初，胡体乾按吴，以松江泛溢，进六策：“曰开川，曰浚湖，曰杀上流之势，曰决下流之壑，曰排潮涨之沙，曰立治田之规。是年，吕光洵按吴，复奏苏、松水利五事：
一曰广疏浚以备潴泄。三吴泽国，西南受太湖诸泽，水势尤卑。东北际海，冈陇之地，视西南特高。高苦旱，卑苦涝。昔人於下流疏为塘浦，导诸湖水北入江，东入海，又引江潮流衍於冈陇外。潴泄有法，水旱无患。比来纵浦横塘，多堙不治，惟黄浦、刘河二江颇通。然太湖之水源多势盛，二江不足以泄之。冈陇支河又多壅绝，无以资灌溉。於是高下俱病，岁常告灾。宜先度要害，於氵殿山等茭芦地，导太湖水散入阳城、昆承、三泖等湖。又开吴淞江及大石、赵屯等浦，泄淀山之水以达於海。浚白茆、鲇鱼诸口，泄昆承之水以注於江。开七浦、盐铁等塘，泄阳城之水以达於江。又导田间之水，悉入小浦，以纳大浦，使流者皆有所归，潴者皆有所泄。则下流之地治，而涝无所忧矣。乃浚艾祁、通波以溉青浦，浚顾浦、吴塘以溉嘉定，浚大瓦等浦以溉昆山之东，浚许浦等塘以溉常熟之北，浚臧村等港以溉金坛，浚澡港等河以溉武进。凡陇冈支河堙塞不治者，皆浚之深广，使复其旧。则上流之地亦治，而旱无所忧矣。此三吴水利之经也。
一曰修圩岸以固横流。苏、松、常、镇东南下流，而苏、松又常、镇下流，易潴难泄。虽导河浚浦引注江海，而秋霖泛涨，风涛相薄，则河浦之水逆行田间，冲啮为患。宋转运使王纯臣尝令苏、湖作田塍御水，民甚便之。司农丞郏亦云：“治河以治田为本。”故老皆云，前二三十年，民间足食，因馀力治圩岸，田益完美。近皆空乏，无暇修缮，故田圩渐坏，岁多水灾。合敕所在官司专治圩岸。岸高则田自固，虽有霖涝，不能为害。且足制诸湖之水咸归河浦中，则不待决泄，自然湍流。而冈陇之地，亦因江水稍高，又得亩引以资灌溉，不特利於低田而已。
一曰复板闸以防污氵殿。河浦之水皆自平原流入江海，水慢潮急，以故沙随浪涌，其势易淤。昔人权其便宜，去江海十里许夹流为闸，随潮启闭，以御淤沙。岁旱则长闭以蓄其流，岁涝则长启以宣其溢，所谓置闸有三利，盖谓此也。近多堙塞，惟常熟福山闸尚存。故老以为河浦入海之地，诚皆置闸，自可历久不壅。
一曰量缓急以处工费。
一曰重委任以责成功。
诏悉如议。光洵因请专委巡抚欧阳必进。从之。二十六年，给事中陈斐请仿江南水田法，开江北沟洫，以祛水患，益岁收。报可。
三十八年，总督尚书杨博请开宣、大荒田水利。从之。巡抚都御史翁大立言：“东吴水利，自震泽浚源以注江，三江导流以入海，而苏州三十六浦，松江八汇，毘陵十四渎，共以节宣旱涝。近因倭寇冲突，汊港之交，率多钉栅筑堤以为捍御，因致水流停潴，淤滓日积。渠道之间，仰高成阜。且具区湖泖，并水而居者杂莳茭芦，积泥成荡，民间又多自起圩岸。上流日微，水势日杀。黄浦、娄江之水又为舟师所居，下流亦淤。海潮无力，水利难兴，民田渐硗。宜於吴淞、白茆、七浦等处造成石闸，启闭以时。挑镇江、常州漕河深广，使输挽无阻，公私之利也。”诏可。
四十二年，给事中张宪臣言：“苏、松、常、嘉、湖五郡水患叠见。请浚支河，通潮水；筑圩岸，御湍流。其白茆港、刘家河、七浦、杨林及凡河渠河荡壅淤沮洳者，悉宜疏导。”帝以江南久苦倭患，民不宜重劳，令酌浚支河而已。四十五年，参政凌云翼请专设御史督苏、松水利。诏巡盐御史兼之。
隆庆三年，开湖广竹筒河以泄汉江。巡抚都御史海瑞疏吴淞江下流上海淤地万四千丈有奇。江面旧三十丈，增开十五丈，自黄渡至宋家桥长八十里。明年春，瑞言：“三吴入海之道，南止吴淞，北止白茆，中止刘河。刘河通达无滞，吴淞方在挑疏。土人请开白茆，计浚五千馀丈，役夫百六十四万馀。”又言：“吴淞役垂竣，惟东西二坝未开。父老皆言昆山夏驾口、吴江长桥、长洲宝带桥、吴县胥口及凡可通流下吴淞者，逐一挑毕，方可开坝。”并从之。是年筑海盐海塘。越四年，从巡抚侍郎徐栻议，复开海盐秦驻山，南至澉浦旧河。
万历二年，筑荆州采穴，承天泗港、谢家湾诸决堤口。复筑荆、岳等府及松滋诸县老垸堤。
四年，巡抚都御史宋仪望言：“三吴水势，东南自嘉、秀沿海而北，皆趋松江，循黄浦入海；西北自常、镇沿江而东，皆趋江阴、常熟。其中太湖潴蓄，汇为巨浸，流注庞山、渎墅、淀山、三泖，阳城诸湖。乃开浦引湖，北经常熟七浦、白茆诸港入於江，东北经昆山、太仓穿刘家河，东南通吴淞江、黄浦，各入於海。诸水联络，四面环护，中如仰盂。杭、嘉湖、常、镇势绕四隅，苏州居中，松江为诸水所受，最居下。乞专设水利佥事以裨国计。”部议遣御史董之。
六年，巡抚都御史胡执礼请先浚吴淞江长桥、黄浦。先是，巡按御史林应训言：
“苏、松水利在开吴淞江中段，以通入海之势。太湖入海，其道有三：东北由刘河，即古娄江故道；东南由大黄浦，即古东江遗意；其中为吴淞江，经昆山、嘉定、青浦、上海，乃太湖正脉。今刘河、黄浦皆通，而中江独塞者，盖江流与海潮遇，海潮浑浊，赖江水迅涤之。刘河独受巴、阳诸湖，又有新洋江、夏驾浦从旁以注；大黄浦总会杭、嘉之水，又有淀山、泖荡从上而灌。是以流皆清驶，足以敌潮，不能淤也。
惟吴淞江源出长桥、石塘下，经庞山、九里二湖而入。今长桥、石塘已堙，庞山、九里复为滩涨，其来已微。又有新洋江、夏驾浦掣其水以入刘河，势乃益弱，不能胜海潮汹涌之势而涤浊浑之流，日积月累，淤塞仅留一线。水失故道，时致淫滥。支河小港，亦复壅滞。旧熟之田，半成荒亩。
前都御史海瑞力破群议，挑自上海江口宋家桥至嘉定艾祁八十里，幸尚通流。自艾祁至昆山慢水港六十馀里，则俱涨滩，急宜开浚，计浅九千五百馀丈，阔二十丈。此江一开，太湖直入於海，滨江诸渠得以引流灌田，青浦积荒之区俱可开垦成熟矣。”
并从之。至是，工成。应训又言：
“吴江县治居太湖正东，湖水由此下吴淞达海。宋时运道所经，畏风阻险，乃建长桥、石塘以通牵挽。长桥百三十丈，为洞六十有二。石塘小则有窦，大则有桥，内外浦泾纵横贯穿，皆为泄水计也。石塘泾窦半淤，长桥内外俱圮，仅一二洞门通水。若不疏浚，虽开吴淞下流，终无益也。宜开庞山湖口，由长桥抵吴家港。则湖有所泄，江有所归，源盛流长，为利大矣。
松江大黄浦西南受杭、嘉之水，西北受氵殿、泖诸荡之水，总会於浦，而秀州塘、山泾港诸处实黄浦来源也。氵殿山湖入黄浦道渐多淤浅，宜为疏瀹。而自黄浦、横涝、洙泾，经秀州塘入南泖，至山泾港等处，万四千馀丈，待浚尤急。
他如苏之茜泾、杨林、白茆、七浦诸港，松之蒲汇、官绍诸塘，常、镇之澡港、九曲诸河，并宜设法开导，次第修举。”
八年，又言：“苏、松诸郡干河支港凡数百，大则泄水入海，次则通湖达江，小则引流灌田。今吴淞江、白茆塘、秀州塘、蒲汇塘、孟渎河、舜河、青旸港俱已告成，支河数十，宜尽开浚。”俱从其请。
久之，用仪望议，特设苏、松水利副使，以许应逵领之。乃浚吴淞八十馀晨，筑塘九十馀处，开新河百二十三道，浚内河百三十九道，筑上海李家洪老鸦嘴海岸十八里，发帑金二十万。应逵以其半讫工。三十七、八年间，霪雨浸溢，水患日炽。越数年，给事中归子顾言：“宋时，吴淞江阔九里。元末淤塞。正统间，周忱立表江心，疏而浚之。崔恭、徐贯、李充嗣、海瑞相继浚者凡五，迄今四十馀年，废而不讲。宜使江阔水驶，塘浦支河分流四达。”疏入留中。巡按御史薛贞复请行之，下部议而未行。至天启中，巡抚都御史周起元复请浚吴淞、白茆。崇祯初，员外郎蔡懋德、巡抚都御史李待问皆以为请。久之，巡抚都御史张国维请疏吴江长桥七十二谼及九里、石塘诸洞。御史李谟复请浚吴淞、白茆。俱下部议，未能行也。
十年，增筑雄县横堤八里，御滹沱�