选、验封、稽勋、考功四司并五部属，皆称清吏司。建文中，改六部尚书为正一品，设左、右侍中，正二品位侍郎上，除去诸司清吏字。成祖初，悉复旧制。
永乐元年，以北平为北京，置北京行部尚书二人，侍郎四人，其属置六曹清吏司。吏、户、礼、兵、工五曹，郎中、员外郎、主事各一人。刑曹，郎中一人，员外郎一人，主事四人，照磨、检校各一人，司狱一人。寻户曹亦增设主事三人。后又分置六部，各称行在某部。十八年定都北京，罢行部及六曹，以六部官属移之北，不称行在。其留南京者，加“南京”字。洪熙元年，复置各部官属于南京，去“南京”字，而以在北京者加“行在”字，仍置行部。宣德三年复罢行部。正统六年，于北京去“行在”字，于南京仍加“南京”字，遂为定制。景泰中，吏部尝设二尚书。天顺初，复罢其一。
按吏部尚书，表率百僚，进退庶官，铨衡重地，其礼数殊异，无与并者。永乐初，选翰林官入直内阁。其后大学士杨士奇等加至三孤，兼尚书衔，然品叙列尚书蹇义、夏原吉下。景泰中，左都御史王文升吏部尚书，兼学士，入内阁，其班位犹以原衔为序次。自弘治六年二月，内宴，大学士丘濬遂以太子太保、礼部尚书，居太子太保、吏部尚书王恕之上。其后由侍郎、詹事入阁者，班皆列六部上矣。
户部。尚书一人，正二品左、右侍郎各一人，正三品其属，司务厅，司务二人，从九品浙江、江西、湖广、陕西、广东、山东、福建、河南、山西、四川、广西、贵州、云南十三清吏司，各郎中一人。正五品。宣德以后增设山西司郎中三人，陕西、贵州、云南三司郎中各二人，山东司郎中一人。员外郎一人，从五品。宣德七年增设四川、云南二司员外郎各一人，后仍革。主事二人，正六品宣德以后增设云南司主事七人，浙江、江西、湖广、陕西、福建、河南、山西七司主事各二人，山东、四川、贵州三司主事各一人。照磨所，照磨一人，正八品检校一人，正九品。所辖，宝钞提举司，提举一人，正八品，副提举一人。正九品典史一人，后副提举、典史俱革。钞纸局，大使、副使各一人，后革副使。印钞局，大使、副使各一人，后俱革。宝钞广惠库，大使一人，正九品，副使二人，从九品，嘉靖中革。广积库，大使一人，正九品，副使一人，从九品，典史一人，嘉靖中，副使、典史俱革。赃罚库，大使一人，正九品，副使二人，从九品，嘉靖中革。甲字、乙字、丙字、丁字、戊字库，大使五人，正九品，副使六人，从九品，丁字库二人，嘉靖中革一人，并革乙字、戊字二库副使。广盈库，大使一人，从九品副使二人。嘉靖中革。外承运库，大使二人，正九品副使二人，从九品。后大使、副使俱革。承运库，大使一人，正九品副使一人。从九品。嘉靖中革。行用库，大使、副使各一人，后俱革。太仓银库，大使、副使各一人。嘉靖中，革副使。御马仓，大使一人，从九品副使一人。军储仓，大使一人，从九品副使一人，后大使、副使俱革。长安、东安、西安、北安门仓，各副使一人，东安门仓旧二人，万历八年革一人。张家湾盐仓检校批验所，大使、副使各一人。隆庆六年并革。
尚书，掌天下户口、田赋之政令。侍郎贰之。稽版籍、岁会、赋役实征之数，以下所司。十年攒黄册，差其户上下畸零之等，以周知其登耗。凡田土之侵占、投献、诡寄、影射有禁，人户之隐漏、逃亡、朋充、花分有禁，继嗣、婚姻不如令有禁。皆综核而纠正之。天子耕耤，则尚书进耒耜。以垦荒业贫民，以占籍附流民，以限田裁异端之民，以图帐抑兼并之民，以树艺课农官，以刍地给马牧，以召佃尽地利，以销豁清赔累，以拨给广恩泽，以给除差优复，以钞锭节赏赉，以读法训吏民，以权量和市籴，以时估平物价，以积贮之政恤民困，以山泽、陂池、关市、坑冶之政佐邦国，赡军输，以支兑、改兑之规利漕运，以蠲减、振贷、均籴、捕蝗之令悯灾荒，以输转、屯种、籴买、召纳之法实边储，以禄廪之制驭贵贱。洪武二十五年，重定内外文武官岁给禄俸之制。正一品，一千四十四石。从一品，八百八十八石。正二品，七百三十二石。从二品，五百七十六石。正三品，四百二十石。从三品，三百一十二石。正四品，二百八十八石。从四品，二百五十二石。正五品，一百九十二石。从五品，一百六十八石。正六品，一百二十石。从六品，九十六石。正七品 ，九十石。从七品，八十四石。正八品，七十八石。从八品，七十二石。正九品，六十六石。从九品，六十石。未入流，三十六石。俱米钞本折兼支。
十三司，各掌其分省之事，兼领所分两京、直隶贡赋，及诸司、卫所禄俸，边镇粮饷，并各仓场盐课、钞关。浙江司带管在京羽林右、留守左、龙虎、应天、龙骧、义勇右、康陵七卫，神机营。 江西司带管在京旗手、金吾前、金吾后、金吾左、济阳五卫。 湖广司带管国子监、教坊司，在京羽林前、通州、和阳、豹韬、永陵、昭陵六卫，及兴都留守司。 福建司带管顺天府，在京燕山左、武骧左、武骧右、骁骑右、虎贲右、留守后、武成中、茂陵八卫，五军、巡捕、勇士、四卫各营，及北直隶永平、保定、河间、真定、顺德、广平、大名七府，延庆、保安二州，大宁都司、万全都司，并北直隶所辖各卫所，山口、永盈、通济各仓。 山东司带管在京锦衣、大宁中、大宁前三卫及辽东都司，两淮、两浙、长芦、河东、山东、福建各盐运司，四川、广东、海北、云南黑盐井、白盐井、安宁、五井各盐课提举司，陕西灵州盐课司，江西南赣盐税。 山西司带管在京燕山前、镇南、兴武、永清左、永清右五卫，及宣府、大同、山西各镇。 河南司带管在京府军前、燕山右、大兴左、裕陵四卫，牧马千户所及直隶潼关卫、蒲州千户所。 陕西司带管宗人府、五军都督府、六部、都察院、通政司、大理寺、詹事府、翰林院、太仆寺、鸿胪寺、尚宝司、六科、中书舍人、行人司、钦天监、太医院、五城兵马司、京卫武学、文思院、皮作局，在京留守右、长陵、献陵、景陵四卫，神枢、随侍二营，及延绥、宁夏、甘肃、固原各镇。 四川司带管在京府军后、金吾右、腾骧左、腾骧右、武德、神策、忠义后、武功中、武功左、武功右、彭城十一卫及应天府、南京四十九卫，南直隶安庆、苏州、松江、常州、镇江、徽州、宁国、池州、太平、庐州、凤阳、淮安、扬州十三府，徐、滁、和、广德四州，中都留守司并南直隶所辖各卫所。 广东司带管在京羽林左、留守中、鹰扬、神武左、义勇前、义勇后六卫，蕃牧、奠靖二千户所。 广西司带管太常寺、光禄寺、神乐观、牺牲所、司牲司、太仓银库、内府十库，在京沈阳左、沈阳右、留守前、宽河、蔚州左五卫，及二十三马房仓，各象房、牛房仓，京府各草场。 云南司带管在京府军、府军左、府军右、虎贲左、忠义右、忠义前、泰陵七卫，及大军仓、皇城四门仓、并在外临清、德州、徐州、淮安、天津各仓。贵州司带管上林苑监，宝钞提举司，都税司，正阳门、张家湾各宣课司，德胜门、安定门各税课司，崇文门分司，在京济州、会州、富峪三卫，及蓟州、永平、密云、昌平、易州各镇，临清、许墅、九江、淮安、北新、扬州、河西务各钞关。
条为四科：曰民科，主所属省府州县地理、人物、图志、古今沿革、山川险易、土地肥瘠宽狭、户口物产多寡登耗之数；曰度支，主会计夏税、秋粮、存留、起运及赏赉、禄秩之经费；曰金科，主市舶、鱼盐、茶钞税课，及赃罚之收折；曰仓科，主漕运、军储出纳料粮。凡差三等，由吏部选授曰注差，疏名上请曰题差，答刂委曰部差。或三年，或一年，或三月而代。
初，洪武元年置户部。六年，设尚书二人，侍郎二人。分为五科：一科，二科，三科，四科，总科。每科设郎中、员外郎各一人，主事四人。惟总科郎中、员外郎各二人，主事五人。八年，中书省奏户、刑、工三部事繁，户部五科，每科设尚书、侍郎各一人，郎中、员外郎各二人，主事五人，内会总科主事六人，外牵照科主事二人，司计四人，照磨二人，管勾一人。又置在京行用库，隶户部。设大使一人，副使二人，典史一人，都监二人。十三年，升部秩，定设尚书一人，侍郎二人。分四属部：总部，度支部，金部，仓部。每部郎中、员外郎各一人。总部主事四人，度支部、金部主事各三人，仓部主事二人。寻罢在京行用库。二十二年，改总部为民部。二十三年，又分四部为河南、北平、山东、山西、陕西、浙江、江西、湖广、广东、广西、四川、福建十二部。四川部兼领云南。部设郎中、员外郎各一人，主事二人，各领一布政司户口、钱粮等事，量其繁简，带管京畿。每一部内仍分四科管理。又置照磨、检校各一人，稽文书出入之数而程督之。十九年，复置宝钞提举司。洪武七年，初置宝钞提举司，提举一人，正七品；副提举一人，从七品；吏目一人，省注。所属钞纸、印钞二局，各大使一人，正八品；副使一人，正九品；典史一人，省注。宝钞、行用二库，各大使二人，正八品；副使二人，正九品；典史一人，省注。寻升提举为正四品。十三年罢，至是年复置，秩正八品。二十六年，令浙江、江西、苏松人毋得任户部。二十九年，改十二部为十二清吏司。建文中，仍为四司。馀见吏部。成祖复旧制。永乐元年，改北平司为北京司。十八年，革北京司，设云南、贵州、交阯三清吏司。宣德十年，革交阯司，定为十三司。其后归并职掌。凡宗室、勋戚、文武官吏之廪禄，陕西司兼领之。北直隶府州卫所，福建司兼领之。南直隶府州卫所，四川司兼领之。天下盐课，山东司兼领之。关税，贵州司兼领之。漕运及临、德诸仓，云南司兼领之。御马、象房诸仓，广西司兼领之。明初，尝置司农司，寻罢吴元年置司农司。卿，正三品；少卿，正四品；丞，正五品；庸田署令，正五品；典簿、司计，正七品。洪武元年罢。三年复置司农司，开治所于河南，设卿一人，少卿二人，丞四人，主簿、录事各二人。四年又罢。后置判录司，亦罢。洪武十三年置判录司，掌在京官吏俸给、文移、勘合。设判录一人，正七品；副判二人，从七品。寻改判录为司正，副判为左，右司副。十八年罢。皆不隶户部。
总督仓场一人，掌督在京及通州等处仓场粮储。洪武初，置军储仓二十所，各设官司其事。永乐中，迁都北京，置京仓及通州诸仓，以户部司员经理之。宣德五年，始命李昶为户部尚书，专督其事，遂为定制。以后，或尚书，或侍郎，俱不治部事。嘉靖十五年，又命兼督西苑农事。隆庆初，罢兼理。万历二年，另拨户部主事一人陪库，每日偕管库主事收放银两，季终更替。九年裁革，命本部侍郎分理之。十一年复设。二十五年，以右侍郎张养蒙督辽饷。四十七年，增设督饷侍郎。崇祯间，有督辽饷、寇饷、宣大饷，增设三四人。天启五年，又增设督理钱法侍郎。
礼部。尚书一人，正二品左、右侍郎各一人正三品其属，司务厅，司务二人，从九品仪制、祠祭、主客、精膳四清吏司，各郎中一人，正五品员外郎一人，从五品主事一人，正六品。正统六年增设仪制、祠祭二司主事各一人。又增设仪制司主事一人，教习驸马。弘治五年增设主客司主事一人，提督会同馆。所辖，铸印局，大使一人，副使二人。万历九年革一人。
尚书，掌天下礼仪、祭祀、宴飨、贡举之政令。侍郎佐之。
仪制，分掌诸礼文、宗封、贡举、学校之事。天子即位，天子冠、大婚，册立皇太子、妃嫔、太子妃，上慈宫徽号，朝贺、朝见，大飨、宴飨，大射、宴射，则举诸仪注条上之。若经筵、日讲、耕耤、视学、策士、传胪、巡狩、亲征、进历、进春、献俘、奏捷，若皇太子出阁、监国，亲王读书、之籓，皇子女诞生、命名，以及百官、命妇朝贺皇太子、后妃之礼，与诸王国之礼，皆颁仪式于诸司。凡传制、诰，开读诏、敕、表、笺及上下百官往来移文，皆授以程式焉。凡岁请封宗室王、郡王、将军、中尉、妃、主、君，各以其亲疏为等。百官于宗王，具官称名而不臣。王臣称臣于其王。凡宗室、驸马都尉、内命妇、蕃王之诰命，则会吏部以请。凡诸司之印信，领其制度。内阁，银印，直纽，方一寸七分，厚六分，玉箸篆文。征西、镇朔、平羌、平蛮等将军，银印，虎纽，方三寸三分，厚九分，柳叶篆文。宗人府、五军都督府，俱正一品，银印，三台，方三寸四分，厚一寸。六部都察院、各都司，俱正二品，银印，二台，方三寸二分，厚八分。衍圣公、张真人、中都留守司，俱正二品，各布政司，从二品，银印，二台，方三寸一分，厚七分。后赐衍圣公三台银印。顺天、应天二府，俱正三品，银印，方二寸九分，厚六分五厘。通政司、大理寺、太常寺、詹事府、京卫、各按察司、各卫，俱正三品，苑马寺、宣慰司，俱从三品，铜印，方二寸七分，厚六分。太仆寺、光禄寺、各盐运司，俱从三品，铜印，方二寸六分，厚五分五厘。鸿胪寺各府，俱正四品，国子监、宣抚司，俱从四品，铜印，方二寸五分，厚五分。翰林院、左右春坊、尚宝司、钦天监、太医院、上林苑监、六部各司、宗人府经历司、王府长史司、各卫千户所，俱正五品，司经局、五府经历司、招讨司、安抚司，俱从五品，铜印，方二寸四分，厚四分五厘。各州，从五品，铜印，方二寸三分，厚四分。都察院经历司、大理寺左右司、五城兵马司，大兴、宛平、上元、江宁四县，僧录司、道录司、中都留守