业有关的联邦法律都是违宪的。美国两百年来的发展变化都未尊重立宪者原意。“即使贸易与其他事务的界限忽略了所谓‘经济现实’，而且这样看起来反复无常或率性而为，但是，我们必须坚持宪法原则，不得让国会权力过多介人州际事务。”几十年来，还没有大法官发布过他这样的言论——他提出的方案将令联邦政府大部分工作陷人瘫痪——但托马斯才不在乎这个。正如他说的：“尽管我更愿回到对宪法原意的理解，但我不得不承认，现在来检视过去 60年来的立法工作已为时太晚。”
托马斯一直在孤军奋战，致力于挽救被1937年最高法院司法革命放逐的宪法条文。尽管很少有大法官支持他，但至少在自己的办公室内，托马斯还是拥有无上权威。在所有大法官中，托马斯雇用法官助理的标准最为严格，整个筛选过程都充斥着意识形态内容。他授权自己的前法官助理们组成一个小组，专门负责对应征者的观点进行审查。其他大法官只要求法官助理赞同自己的立场，托马斯却附加了一系列意识形态检验。应征的法官助理者必须连过三关，接受三轮交叉盘问。第一轮面试由法学教授杰克·戈德史密斯（Jack Goldsmith）进行，接下来一轮由法学教授余约翰（John Yoo）与华盛顿律师、托马斯的第一任助理克里斯托弗·兰多（Christopher Landau）进行。（戈德史密斯和余后来都为乔治· W。布什总统工作。）最后，现任助理组成的小组将与每位应征者座谈，让他们回答各类问题，内容涉及堕胎、联邦主义、贸易条款、死刑、搜查和扣押等各个方面，以确认这些未来的助理们会赞同托马斯（包括他们自己）的极端观点。经过这样的层层面试，为求保险，应征者们还被要求与托马斯会面，后者会与他们简单交谈，聊聊其家庭情况和兴趣爱好。对此，托马斯解释道：“我可不想雇用一个和我意见截然相反的助理。这看起来就像训练一头猪，既浪费了时间，又把猪给激怒了。”在托马斯雇用的前40名法官助理中，只有一个是黑人。
托马斯的极端立场并不局限于贸易条款问题。整个1990年代，伦奎斯特、肯尼迪和奥康纳都想重新界定州权，先后在几起案件中宣布联邦法律侵害了州权，这些发展趋势有时也被称为“联邦主义革命”，当然，现在看来有些矫枉过正。总体来看，最高法院在联邦与各州之间关系上进行的调整，仍显得适度而节制。比如，最高法院限制国会立法权限，要求其不得禁止公民起诉本州政府官员；同时，他们又解释联邦法律，申明公民无权起诉各州政府。这些判决当然很重要，但很难称得上革命，其所限制的联邦权力，也与绝大多数人民的生活无关。
托马斯一直加人这类州权案件的判决意见，但经常发表协同意见，认为最高法院应当增大削弱联邦权力的力度。比如，他认为国会无权将贿赂州政府官员或地方政府官员的行为列为联邦罪行，尽管这类案件几十年来一直由联邦检察官负责起诉。1997 年，最高法院推翻了联邦控制枪支的法律之一，《布雷迪法案》（Bmdy Bill）的部分内容，取消了要求各州与地方执法官员对购买手枪者进行背景核査的规定。托马斯虽然在斯卡利亚撰写的多数意见上签了字，但还是在自己的协同意见中提出了更进一步的建议，认为应当宣布所有控枪法案统统违宪。他写道：“历史证据和学术研究都表明，宪法第二修正案中列明的‘持有和携带武器的权利’是一项基本人权。”对宪法原意的解读，偶尔也会令托马斯转向自由主义立场，比如，他经常对言论自由的范围给予更宽泛的界定——在这一领域，他倾向于加入最高法院中间温和派的意见——但他的保守派司法理念却是始终如一。为了让法官助理们更好地体会那种孤军奋战的感觉，托马斯要求新任法官助理必须观看1949年拍摄的那部改变自安·兰德作品的电影《源泉》（The Fountainhead），那部电影某种程度上是向个人主义致敬，反映了一位建筑师坚持自我，不断抗争的经历。
伦奎斯特很少把重要案件的多数意见交给托马斯撰写，因为他的极端立场根本无法说服其他同僚加人，这样自然没法形成多数意见。1999年，在一起涉及禁止确立宗教条款的案件中，伦奎斯特指定托马斯负责撰写该案意见，结果他连4票都没凑齐。因此，托马斯撰写的意见书开头常常是尴尬地“宣布最高法院的判决”，而非惯常的“发布最高法院的意见”。奥康纳在单独意见中称，自己之所以拒绝加人托马斯的意见，是因为他试图“让政府对宗教教化提供帮助”。
事实上，托马斯基本没有撰写过什么重要的法院意见。分给他撰写的多数是些琐碎议题，而且大法官们早已达成一致意见，在最高法院内部，这类案子被称作“蹩脚案” （dogs）。不过，当被问及个人最得意的一份法律意见时，托马斯提到1996年的一起案件，在那个案子中，最高法院一致推翻了下级法院对一名因操纵列车挂钩受伤的铁路工人进行赔偿的裁定。托马斯曾在一次演讲中说：“那个赔偿很不合理。这个案子跟多数人都没有什么关系。但我写的意见很有趣，在里面回顾了火车的发展历史。“（事实上，正如记者托尼·莫罗＇Tony Mauro＇最初报道的那样，最高法院的判决很不合理。托马斯的意见使得在两列机车挂钩之间遭遇事故的铁路工人很难获取赔偿。判决作出许多年后，那起案件中的原告威廉·海尔斯＇William Hiles＇仍然卧床不起。）
托马斯与同僚们的最大不同，或许在于他完全不顾及遵循先例原则，更不尊重过去的法律。只要他觉得这个判决错了，就打算予以推翻，从不在乎它作为判例在教科书上呆了多久。他曾写道：“当宪法原则与那些在文本、历史和结构上都偏离宪法原意的不合理判例发生冲突时，我将毫不犹豫地打破僵局，维护宪法原意。”在最高法院大法官中，无论是左翼的布伦南，还是右翼的斯卡利亚，都倾向于尊重本院先例，除了托马斯，还从没有人如此胆大妄为，居然要抛弃延续两百多年的遵循先例原则。2005年，斯卡利亚在出席纽约市的一次犹太人集会时，有人请他比较一下他与托马斯的司法理念，“我是一个宪法原旨主义者，”他说，“但我没疯。”
虽然托马斯在意识形态上被孤立，投票时也不被重视，在法庭上更是一言不发，但仍然有许多人喜欢他。
大法官、法官助理、法警、餐厅伙计、看门人——都能被托马斯性格中表露出的温和宽厚所感染。他的爽朗笑声经常打破法院走廊上的宁静。与其他同僚不同，托马斯能记住每年来的新任法官助理们的姓名，即使是政敌的助理也不例外。他经常请这些年轻的法律人到自己办公室聊天，一聊就是两三个小时。有一年，托马斯对斯蒂文斯的一名法官助理很有好感，对方是位女同性恋，她的同伴是一名职业滑雪运动员。托马斯很喜欢她俩，还把那位滑雪运动员的照片放在自己办公桌上。还有一次，他的一位前法官助理的妻子生命垂危，托马斯夫妇在医院陪了好几个晚上，安抚他们熬过难关。
托马斯不仅对法官助理如此，对他人也很友善。他会在模拟法庭与法学院学生聊天，在球场或赛车场与普通民众交朋友，并邀请他们来最高法院参观。他们每次过来，都会与托马斯一直聊到晚上。如果电视里正在播放橄榄球比赛（特别是托马斯钟爱的达拉斯牛仔队的比赛），他会分发雪茄，邀人与他一起观赏。到最高法院工作后，托马斯经常与法官助理们在法院顶层的体育场打篮球，那里是著名的“美国最高院“（highest court in the land）但这位大法官第一年就不小心弄伤了膝盖，从此就很少再打篮球了。
尽管托马斯在法庭上很少向律师发问，但他并非一直保持沉默。他坐在布雷耶右边，俩人经常窃窃私语，互开玩笑，还时不时发出一阵阵笑声。有时声音太过嘈杂，以至于坐在托马斯另一侧的肯尼迪不得不把身子前倾，以排除干扰，听清别人在辩论时说些什么。布雷耶和托马斯还经常互相传小纸条，彼此戏谑调伲。“州权高于一切？”在一次庭审时，布雷耶写道，而托马斯则顺手回应：“这是你们对罪犯的态度吧，哈！”这可不是装出来的交情。而是同僚之间热情关照的最好写照。
这一时期，托马斯的生活中又多了一项乐趣。1990年代中期，他与前妻所生的儿子贾马尔（Jamal）去弗吉尼亚军事学院读书。（因为这个原因，托马斯曾在1996年的一起案件中申请回避，该案的多数意见后来由金斯伯格撰写，要求弗吉尼亚军事学院不得拒绝接纳女生。）第二年，托马斯6岁的侄孙小马克·马丁（Mark Martin Jr。）搬来与他同住。马克的父亲因买卖可卡因而锒铛人狱，他母亲实在无法独立抚养4个孩子。托马斯也是在这个年纪被他外祖父收养，并因此得以从恶劣的生活环境中解脱。在年届五十之际，重拾为人之父的体验，使托马斯的生活重新注人许多乐趣。
托马斯的交通方式也因此改变。长期以来，这位大法官都痴迷于“陆地巡洋舰”这类大型车辆，经常开着它从家里出发，驱车24英里去最高法院上班。小马克到来后，托马斯订购了一辆普雷沃斯特大客车，里面装备了轻型家具、卫星电视和随车携带的简易厨房——他把这辆车称为“轮胎上的公寓”。托马斯很喜欢这个交通工具，不仅把它当作“公共汽车”，还把它的照片搁在案头，与布克· T。华盛顿（Booker T。Washington）、弗雷德里克·道格拉斯（Frederick Douglass）和温斯顿。丘吉尔（Winston Churchill）的照片放在一起。一到假期，甚至在许多周末，托马斯都会带着太太和小马克出游，或是参加野餐露营，或是观看全国汽车比赛协会的赛事。他们待在全国运动汽车竞赛协会赛事附近的营地或停车场那里。托马斯通常会利用沃尔玛允许休闲车在其停车场过夜的政策（这在休闲车圈子里很有名）。在这些地方，托马斯很容易跟其他“休闲车主”打成一片，有人认出了他，而很多人不认得他。2004年，托马斯获得了休闲车行业协会颁发的“美国精神”奖。“休闲车主的身份帮助我把工作做得很好，”他在演讲中说。“我生活的世界十分远离尘嚣。成年后的大部分时间都是在华盛顿度过的。开休闲车让我走出去、看到真实的美国。在休闲车营地，你向每个人挥手致意，他们都会还之以礼。”
尽管托马斯在工作中与人为善，但他仍对自己在确认听证会上的遭遇耿耿于怀。几年来，他桌上一直放着那次52 ： 48表决的投票者名单。但是，他抱怨的对象可不仅仅是那些投反对票的参议员们：“25年前，当我离开乔治亚州时，那些不当举止或粗野行为都是一些顽固盲从者所为，”1993年，他在梅肯市的一次演讲中说，“具有讽刺性的是，时至今日，这些凭一己之见攻击他人的人们已经改头换面，遍布在大学校园、新闻媒体、好莱坞以及那些所谓‘文化精英，之中。谁是他们攻击的目标？是那些敢于质疑社会与文明内的种种骗局者，是那些坚持固有价值并拒绝盲从者，是敢于对新近的意识形态的狂热说不者。”这既是托马斯演讲的主题，也是他未来十年秉承的理念——对抗那些曾经反对过他的“精英们”。朋友或同事或许会说托马斯当年的愤怒早已平息，但那看起来是不可能的。2007年，他在接受《商业周刊》购法）的采访时声称，他认为新闻媒体“普遍靠不住，因为对于我该怎么想或该怎么做，他们早有成见”。
托马斯从不直接点出敌人的名字——“自作聪明的评论员和自称无所不知的家伙”，他有次这样描述说——谁都看得出他在说谁。排在名单前面的，当然是那些曾经在确认听证会上投票反对过他的参议员。在他眼中，绝大多数媒体也是所谓“精英”中的一部分，他的朋友曾援引他的话说，他生命中最快乐的一天，就是取消订阅《华盛顿邮报》那天。同时，托马斯也很讨厌自己的母校耶鲁法学院，有段时间，他办公室的壁炉架上还放着一张写有“耶鲁真恶心”的汽车保险杠标语条。在他心目中，耶鲁的家长式作风过于严重，而且在确认听证会这一关键时刻抛弃了他（耶鲁校方支持了同为耶鲁毕业生的安妮塔·希尔）。1998年，他接受一份现在已关张的保守派杂志《进展》（HeaAwjy）的访问时说：“从耶鲁法学院毕业时，我连份工作都找不到。这就是它所能给我的。我想我得把学位还给它，而且我也这么做了。”6年后，在圣母玛利亚法学院 （Ave Maria School of Law）的开学典礼上，托马斯在接受该校荣誉学位后，语带讽刺地说：“与母校决裂后，我确实需要一个法学院学位。”托马斯经常参加天主教与福音派背景的小型法学院的模拟法庭和开学典礼，但他从未回过耶鲁。在前面的演讲中，他形容自己的原则就是“远离常春藤盟校”。
托马斯之所以拒绝在开庭时提问，或许源于他内心积怨犹存。1980年代，这样的缄默不语很难引起人们注意，因为这一时期的几位大法官——布伦南、马歇尔、布莱克门——都很少发问。但是，到了 1990年代，另外8位大法官在法庭上都很活跃，这就显出托马斯格外与众不同。经常有人问托马斯为何如此沉默，他给出的答案五花八门。有时他会说，他只会在其他大法官漏掉自己感兴趣的问题时提问。有时他又会说，倾听比论说获益更多。在私底下，他有时会抱怨同僚们插话太多，卖弄学识。2000年，托马斯向一个学生团体解释自己保持沉默的原因时说，自己年轻时一直说的是古勒语（Gullah），这是乔治亚州海岸的一种方言，因此自己“养成了倾听的习惯”。最后一种解释很是特别。托马斯幼年在乔治亚州生活时，可能说过一阵噶勒语，但他从6岁起就开始与他说英语的外祖父居住在萨瓦纳，那里可没人讲什么古勒语