时，命亲兵以洋枪轰击，杀无辜19人之多，真所谓丧心病狂，衡诸国法、天理、人情，都非杀不可。
然而京内消息隔膜，江南人“都曰可杀”，京朝大老，却颇有人为何桂清缓颊。先是当江南大营一破，文宗忧虑苏常不保，大学士军机大臣彭蕴章还说：“何桂清驻常州，筹划精详，又有张国梁、张玉良一批骁将，文武协力，战守有余，苏常必保无虞。”不数日败讯到京，文宗痛责彭蕴章无知人之明，因而解除军机大臣的职务。同时，何桂清被革职查办，以曾国藩为两江总督兼钦差大臣，督办江南军务。
当时湘军还未入江苏地界，江苏的最高地方长官是薛焕，他是何桂清所提拔的人，自然向着何桂清，其次是浙江巡抚王有龄，也要救何桂清，所以多方庇护，一再联衔上奏，“请弃瑕录用，俾奋后效，以赎前愆”，文宗不许。于是又说他在上海激励团练，运动内应，设法光复苏州，请求等到苏州克复，再赴京伏罪，文宗又不许。以后英法联军内犯，文宗出奔，接着发生辛酉政变，肃顺被诛，恭亲王掌国，两宫太后垂帘听政，由于这一连串的大事，拿问何桂清一案，便拖了下来，容他在上海苟且偷生了两年。
同治元年四月，朝中大局已定，于是何桂清不能不就逮，解到京城下刑部大狱，主审的秋审处四总办中，有一个是直隶司的郎中，名叫余倬光，正好是常州人，冤家遇着对头，何桂清就没有活路了。依照大清律，“封疆大吏失守城池”应得的罪是“斩监候”，但秋后处斩，须先经御笔“勾决”，这就有了一丝生机，到时候可以设法为他乞恩缓决。所以余光倬加上一条罪名，说他“击杀执香跪留父老19人，忍心害理，罪当加重”。因而拟了“斩立决”，余光倬必杀何桂清，虽有私憾，但论法则亦实无活理。当时的刑部尚书是云南昆明人赵光，他是嘉庆二十五年的进士，这一榜是名榜，出了个连中三元的广西人陈继昌，榜眼叫许乃普，就是许乃钊的胞兄，以此渊源，赵光对何桂清如何制和春、张国梁的肘，如何失陷苏常、如何纵兵殃民，十分清楚，所以传说在何案定谳覆奏的折子中，赵光有这样的警句：“不杀何桂清，何以谢江南百万生灵？”赵光为人庸愚，但这句话却是义正辞严的公论。
慈禧太后当时垂帘未几，处事以君臣“同治”为宗旨，对于刑部定拟的罪名，不肯轻作裁决，降旨命大学士六部九卿科詹科道会议，这就是明朝的“廷议”，是件很郑重的事。会议结果，如刑部所议，而慈禧太后还不忍轻杀大臣，另有一道懿旨。
懿旨上这样说：“何桂清曾任一品大员，用刑宜慎，如有疑义，不妨各陈所见。”这意味着，“上头”预备网开一线，所以跟何桂清有交情的、受了运动的，或者间接有关系可能受株连的，本以为何桂清罪无可逭，救亦无用，而在廷议中默无一言者，此时纷纷上疏论救，总计有17人之多。
一马当先的是大学士管部的祁隽藻，他的行辈甚高，在当时已列入耆宿之列，山西寿阳人，所以多称他为“寿阳相国”。此人还存着清初贰臣的观念，当曾国藩办团练，出师有功时，他居然以为汉人一呼而集万千众，非朝廷之福。此时上疏救何桂清，首先就引用嘉庆的谕旨：刑部议狱，不得有加重字样。认为余光倬所拟，不合祖制。此外如工部尚书万青藜、御史高延祜，都是声名不佳的人物，而薛焕感恩知遇，又以重金替何桂清在京里走门路，所以初夏被逮，到深秋还拖在那里。
慈禧太后为了笼络大臣，倒不一定想杀何桂清，但正人君子饶不过他。首先是最早参劾何桂清的御史卞宝第，抗章驳祁隽藻。原疏抬出仁宗睿皇帝的圣谕，这顶帽子太大，本难指驳，而卞宝第驳得十分痛快，他说仁宗上谕，只就承平时期寻常罪名而言。轻轻一语，就把他那顶大帽子卸掉，然后又说：道光年间浙江提督余步云失定海，咸丰年间湖北巡抚青拕失武昌，皆以失陷封疆伏法，其时祁隽藻当军机大臣，没有听见他说什么话，“何独于何桂清护惜若此？”这个奏折一发抄，时论大快。
不过，何桂清生死之机，最后决于一个人，就是曾国藩。
当时京卿中有个李棠阶，河南人，跟倭仁、曾国藩都是当年做京官时讲理学的朋友，慈安太后听文宗生前提到过这个人，所以特旨内召，任用为太常寺正卿，当浮议嚣张时，李棠阶上一个密折，说是：“刑赏大政，不可为谬悠之议所挠，今欲平贼，而先庇逃帅，何以作中兴将士之气？”这是撇开刑律及何桂清个人的祸福，以大局军务为着眼点，东南军事在着着进展之时，自然不能做出打击士气的事情来，所以，连慈禧太后看了这个奏折以后，态度也迅速地转变了。
何桂清这一案的关键，本在他为何由常州脱逃？如果这一点能有所辩解，则可以不死，所以刑部审问时，他提出一份薛焕等人所具的公禀，请他退到苏州，以保饷源重地，证明他本心并不打算弃地。事过境迁，当时是否有必要退至苏州？是非无从判断，同时这张公禀，究竟真的出于当时，还是事后补具，以为卸责的余地，亦无从查究，因而朝廷特意降旨，命现任两江总督曾国藩查核具奏。
曾国藩身在两江，疮痍遍地，目击心伤，而且他带着兵负破敌的全责，亦不能不为士气着想，因此，一向不大肯说题外之话的他，覆奏措词，如老吏断狱，犀利无比。
曾国藩的覆奏是这样说：“督抚权尊，由来已久，司道以下，承迎风旨，不敢违拒，若此类者，无庸深究，疆吏以城守为大节，不当以僚属一言为进止；大臣以心迹罪状，不必以公禀有无为权衡。”
这几句话精警绝伦，无人可驳。而在曾国藩覆奏未到以前，救何桂清的祁隽藻等人，费尽九牛二虎之力，已搞出一丝生机，至此又复断送。
祁隽藻他们所想的办法，就是将何桂清的罪名，弄成斩监候。为达成此一目的，分两方面迂回进行，一方面在廷议中格于公论，仍照刑部所拟“从重拟以斩立决”；一方面由祁隽藻领衔上奏，说“遍察刑律如临阵而退、弃城先逃等条，罪至斩监候而止”。加重罪名至斩决，“是为拟加非律”，也就是说超乎律法以外，非臣下所得擅请。然后由军机面奏，拟发上谕：此案既叠经廷臣等会同刑部定拟罪名，自应按律科断，即不必于法外施刑，以昭公允，何桂清着仍照本律，定为斩监候，归入“朝审”“情实”，秋后处决。此后为定照定律，详慎用刑之意起见，非为何桂清情有可原，将来可从末减，致蹈轻纵也。
这道上谕，看起来合法、合理，一秉大公，毫无可议，其实是军机上欺两宫太后问政未几，不谙制度，用的是瞒天过海的手法，因为这年是同治元年，凡遇改元，太后皇帝整生日等等庆典，照例“停勾”，所谓“归入‘朝审’‘情实’，秋后处决”，根本是空话。
所谓“朝审”，起于明朝英宗复辟以后的天顺三年，将待决之囚，在霜降以后处决以前，作一次最后的审判。对各省的死囚而言，此一程序称为“秋审”，而刑部狱中的死囚，则称为“朝审”，由刑部特选精干的司官人员，组织秋审处，主办其事。朝审或秋审的结果，分为五类：情实、缓决、矜疑、留养、承祀，最后两类多为独子以承宗祧，奉养父母，可以不死，缓决、矜疑则尚待进一步审讯，惟有情实一类，则在勾决之列，须另缮黄册呈览。不过，这年虽然停勾、招审册，仍应照呈，何桂清的罪名，已指明为“情实”，却由于打通了秋审处的关节，而余光倬势孤不能力争，所以未将上谕中“非为何桂清情有可原，将来可从末减，致蹈轻纵”的“紧要之语”叙入，企图蒙混过关，不想又遇到了一个硬铮铮的对头。
这个对头就是李棠阶。军机大臣中除了恭亲王以外，本以恭亲王的老丈人桂良为首，桂良在咸丰八年与英法公使在上海议和时，深得何桂清的助力，所以何桂清被逮到京，他亦很出力相救。哪知这年夏天一病而亡，军机大臣空出来一个缺，秋天补了李棠阶，此时便根据曾国藩的覆奏力争，因而降旨切责刑部，严加申饬。
于是刑部补具手续，特降谕旨：已革两江总督何桂清一犯，因廷臣会议，互有异同，酌中定议，将该犯比照带兵大员失陷城寨本律，予以新监候，秋后处决，已属法外之仁。
今已秋后届期，若因停勾之年，再行停缓，致情罪重大之犯，久稽显戮，何以肃刑章而示炯戒？何桂清著即行处决！
于是何桂清被绑赴菜市口，一刀斩讫。而余光倬则跟何桂清的私党结了怨，而本来已考上了御史，而且“京察”一等，照例立即可以升补，为人借故弹劾，京察一等及御史记名，一律撤销，竟致闲废。
＊＃＃现在再回头来谈王有龄。
他是咸丰十年闰三月初到杭州的，一到先办善后，李秀成初次攻占杭州，虽只逗留了七天功夫，但杭州府属的百姓，死了二十几万。城是空城，大小衙门统通烧光，无钱无粮，而要抚辑流亡，确是大不易之事，好在他跟浙江的关系特深，又有朱大器帮忙，勉强修葺城墙，制造器械，将张国梁所部以及他自己从江苏带来的亲兵，总共三千人不到，分驻各处，算是防务粗定。
但不过一个月的功夫，江苏的局势急剧恶化，太平军势如破竹地一路打过来，占领松江，并已迫近浙江边境，果然，四月二十四日嘉兴失守。此时如果长驱南下，杭州可能早已不守，但太平军的基本战略，是要巩固“天京”外围，如果进攻杭州，则一线深入，自蹈危地，为兵家所忌。
太平军当时的第一目标是上海，如能攻占上海，则不但海关的洋税，大堪润泽，而且有了通外洋的海口，购旧船二十艘，水陆并进攻湖北的计划可以实现，同时军械粮食，亦可犹得源源接济。因此，嘉兴的一支兵，为攻上海的后备，自然不肯用于无用之地的杭州。
但是，东北面的压力虽不重，西北面却又吃紧，广德失守，总兵米兴朝退至孝丰。接着，陈玉成佯攻扬州，牵制官军的任务，由于李秀成席卷吴中而完成，回金陵休养数日，于六月初五日由宜兴入浙江，连占长兴、于潜、临安，13天攻到余杭，离杭州只有几十里的路了。
其时浙江的兵力，以不受徐有壬欢迎的张玉良一军为主，正在嘉兴一带防守，浙江除了湖州附近以外，就数嘉兴到杭州这一段最富庶，为保饷源，这一路不能不着力防守，所以张玉良一军不能撤回相救。此外，福建的援兵未到，江西有援兵三千人，却远在玉山，只有守门的三千余人，可以调遣，带兵官叫刘季三，是个总兵，受命拦截，在杭州城北的拱宸桥遭遇，王有龄亦带队上城墙助战，刘季三总算打得不错，身先士卒，亲以洋枪毙敌。太平军暂时退走，但大队有十几万人之多，而官军总数只得一万三千，就在这众寡悬殊，形势危殆之际，陈玉成忽然得了重病，不能指挥。
于是陈玉成全军撤退，余杭、临安、于潜、富阳、新城等地，相继克复，杭州暂时转危为安。但是，军饷却成了大问题。
浙江全省军饷，每月需四十几万。当时筹饷的方法，各地大同小异，大同者，取之于商民的厘捐，小异者，税源因地因时而有差别。浙江的厘捐，以丝茶为大宗，皖南一途，兵连祸结，茶商裹足，此外行销江西徽州的所谓“饷盐”，亦由于烽烟处处，道路艰难而无法运销，厘捐收入，大不如前。
除本省自筹以外，又有所谓“协饷”，靠比较平靖而富庶的省分协助，浙江每月的协饷是：江西6万、湖南3万、四川5万。此时都自顾不暇，根本不解，只偶尔福建有所接济。
这样通扯计算，每月要差半数，王有龄虽以善于筹饷著名，但差额过大，亦有难于弥补之苦。
幸好，李秀成对上海发动的攻势，受到了有力的打击，所以整个东南大局，犹有可为。
＊＃＃江苏膏腴之地，其时只剩下冯子材一军苦守镇江，以及上海与浦东三县而已。但上海由于租界的关系，造成了畸形的繁荣，所以关税百金，数倍于往昔。在何桂清未失苏常以前，上海的官商就有自保的计划，官则苏松太道吴煦作主，商则四明公所的董事杨坊为首。同时，英法领事为了维护其在上海侨民的生命财产及商业利益，亦支持吴煦与杨坊的计划。
这个计划是招募洋人编练洋枪队。有个美国纽约人，叫做弗立克·华尔，军校出身，在国内犯了法，亡命到上海，本来是想投效太平军的，为人所劝而中止。结果为吴煦所物色——一说华尔为美国领事署所逮捕，预备押解回国，归案审判，经吴煦代为向美国领事说项，得获解放，华尔受惠感恩，是自愿投效的。
华尔所编组的洋枪队，以菲律宾人为主，总数只一百，另外招募了几百中国人，一半改穿西服，冒充外国人，一半仍着常服，跟在队伍后面，聊壮声势。就凭这一支怪队伍，经过一个半月的训练，居然大败太平军于松江。
主要的原因，中国人当时虽已会用洋枪，但由洋枪而来的“兵法”，却茫然无知。当华尔率队出发之前，他就下了严厉的命令：“有进无止，止者斩！”等到两军相接，李秀成的所属陆顺德的部卒，枪炮齐发，火网甚密，华尔只是下令“卧倒”，太平军的枪炮完全虚发。等打过一阵，华尔下令还击，120人的排面，打了一排枪，第二批接着来，然后第一批趁此空隙装子弹，接着第二批再打。一共只打了3排枪，太平军就死了几百人，败退入城，华尔领先冲锋，跟着到了城里，展开巷战，太平军四散溃逃，松江城就这样轻易地克复了。
当华尔出发以前，吴煦曾经禀明已升为江苏巡抚的薛焕，只要攻入松江，太平军的一切，以及官府库藏，都归洋枪队所有。因此，太平军一退，华尔首先就清查战利品，谁知打开府库一看，空空如也，太平军早已席卷而去。华尔跟吴煦提出交涉，�