后来鳌拜专权乱政就钻了这个空子。
鳌拜是镶黄旗人，是清朝开国元勋费英东的侄子。显赫的门第和卓著的战功使他青云直上，位至公爵。鳌拜野心勃勃，善于玩弄权术，骄横跋扈，人多惮之。身为四朝元老的索尼尽管德高望重，这时已年老体弱，力不从心了。遏必隆为人怯懦，没有主见，又加上与鳌拜同属一旗，利害相关，所以总是随声附和。苏克哈萨虽然在四大臣中仅居索尼之次，但他资望浅，又与索尼素有嫌隙，与姻亲鳌拜也时常反目，常常在辅臣中处于孤立无援的境地。这样，协商辅政的局面不久便被打破了，大权逐渐落到了一心独揽朝政的鳌拜手中。他任人唯亲，广置党羽，不断扩大自己的势力。大学士班布尔善、吏部尚书噶褚哈、工部尚书济世都是他安插在要害位置的亲信。遇到政事，他们常常私定对策，然后才上奏皇帝，甚至拦截奏章，阻塞康熙同臣下的直接联系，以便把持朝政，架空幼帝。
康熙六年（公元1666年），鳌拜为对自己的正白旗有利，执意调圈已耕作了几十年的旗地，引起土地荒芜和民怨沸腾。户部尚书苏纳海、总督朱昌祚、巡抚王登联名上书反对，鳌拜大怒，硬逼康熙同意处死3人，未能得逞后，竟矫旨将3人绞死。
索尼看到了鳌拜如此跋扈，深感愧对先帝的重托而又无能为力。因此在康熙14岁时就多次上书要求康熙亲政，以削夺鳌拜的权力。
康熙得到祖母太皇太后的允许，按照祖制遂于康熙六年七月初七举行亲政大典。康熙亲政前，索尼已去世，鳌拜的野心进一步膨胀，想越过苏克萨哈和遏必隆，占据索尼的位置，进而成为宰相，更加大权独揽。于是，他拉拢苏克萨哈推荐他，遭到拒绝。旧恨新仇使鳌拜立意除掉苏克萨哈。苏克萨哈自知斗不过鳌拜一伙，为了免除杀身之祸，欲急流勇退，故上书请求去守侯先帝陵寝。康熙不理解苏克萨哈的行动，一面派人去询问原因，一面请议政王大臣会议议处。鳌拜怕苏克萨哈的要求一旦获准，自己也要效仿他交出辅政大权。便给苏克萨哈罗织了心有怨恨等24条罪状，必欲处以极刑。议政王大臣会议在鳌拜的操纵下，奏请将苏克萨哈凌迟处死。收到奏章，康熙十分震惊。他认为苏克萨哈是前朝重臣，又勤勤恳恳辅佐七载，理应酬报，又何罪之有？他当即召见议政王杰书和鳌拜、遏必隆等人，指出复奏有误。鳌拜先发制人，强词夺理地说：“我同苏克萨哈本来没有什么怨仇，只是他欺君罔上，才秉公而断，要对他重重治罪。不然，再有人学他的样子就不好办了。”康熙说：“欺君罔上的人眼下不是没有，苏克萨哈还是守规矩的。”康熙不允鳌拜所请，鳌拜恼羞成怒，瞋目挥臂，连日在金殿上强奏，他的党羽们也亦步亦趋，为虎作伥，终于威逼年少的康熙下了绞死苏克萨哈的命令。面对鳌拜的步步进逼，康熙已经忍无可忍了。但康熙深知鳌拜党羽众多，势力很大，加上他是武将出身，有一身好武艺，不是轻易能制服的，如果稍有不慎就会祸及自身，因此，他在暗中加紧了除掉这个权奸的筹划。由于现有的侍卫大多受鳌拜控制，不甚可靠，康熙第一步先从各王府中挑选了上百名亲王子弟做他的侍卫，组成善扑营，整天让他们摔跤弄拳，不出一年，便个个练得武艺高强。鳌拜听说此事，以为皇帝年少贪玩，并未放在心上。第二步封鳌拜为一等公，鳌拜更觉得平安无事了。第三步任命索额图为一等侍卫。索额图是索尼的儿子、康熙的叔丈人，他同康熙以下棋为名，制定了擒拿鳌拜的整体方案。为了保证行动万无一失，康熙事前把鳌拜的党羽先后差遣出京办事，他又召集善扑营成员进行动员。康熙问大家：“你们惧怕皇上还是鳌拜？”侍卫们齐声答道：“独畏皇上！”这一天，康熙召鳌拜单独进宫议事，鳌拜像往常一样大摇大摆地走进宫内，只见康熙端坐中间，两旁是威风凛凛的少年侍卫。鳌拜见势不妙，还想故伎重演，大发淫威，不料康熙一声令下，少年侍卫们一拥而上，七手八脚便拿下了鳌拜。这个横行数年、权倾朝野的权奸顿时成了阶下囚。康亲王杰书奉康熙的命令审讯了鳌拜。不久，便公布了鳌拜结党专政的30条罪状。最后念其当年搭救清太宗皇太极有功，赦免了他的死罪，让他在监禁中度完了余生。康熙还依据罪行轻重惩处了鳌拜的党羽，罪大恶极的济世等人被处死，其余的被革职降级。与此同时，受鳌拜诬陷的苏纳海等人得到了昭雪。苏克萨哈的后人承袭了他的爵位和世职。康熙对各级官员进行了大规模调换，并下达了《圣谕十六条》，意在刷新朝政，彻底清除鳌拜的恶劣影响。
年仅16岁的康熙在战胜鳌拜集团的斗争中，显示出惊人的魄力和才智。从此，他便将朝政大权牢牢掌握在自己手中，开始充分施展自己的政治才能。
二、力平三藩收复台湾
康熙亲政后，经过一番考虑，将当务之急的治国大事列出，然后亲自书写了“三藩、河务、漕运”的条幅悬挂在宫中柱子上，以随时提醒自己。由此可见解决三藩是康熙朝夕不忘的首要大事。三藩，是指明朝降将吴三桂、尚可喜、耿仲明三个藩王，他们分别盘踞在云南、广东、福建三个省区。三藩王在明末清初先后降清，为清兵入关立下了汗马功劳。吴三桂被封为平西王，尚可喜和耿仲明也分别被授予平南王和靖南王的封号。
尚可喜因为年老多病，已把藩事交给儿子尚之信主持。尚之信残忍狂暴，酗酒嗜杀，连老子也不放在眼里。他曾经割下行人的肉喂狗，甚至无故刺死尚可喜派来送信的官监取乐。尚可喜担心儿子早晚会闹出事来，同时也不甘心受他的挟制，便在康熙十二年（1673）春上书，请求回辽东老家养老，早已有撤藩打算的康熙遂命令撤掉尚藩，将其全部兵士撤回原籍。消息传来，吴三桂和已承袭靖南王爵号的耿精忠（耿仲明之孙）都惊恐不安，他们也上书假意要求撤藩，来试探朝廷的动向。
康熙召集了众臣议定撤藩之事。大部分人持反对意见。他们提出了种种理由：有的认为撤藩后要派军队去原藩地镇守，劳费太大；有的为吴三桂说情，说他镇守边关，地方安定，没有谋乱的征兆。议政王贝勒大臣们也议论纷纷，莫衷一是。只有兵部尚书明珠、户部尚书米思翰、刑部尚书莫洛等少数人坚决主张撤藩。20岁的康熙皇帝力排众议，做出了最后裁决：“从其所请，将三藩全部迁到山海关外。”他指出，三藩王手中都握有重兵，已形成了尾大不掉之势，吴三桂等人怀有野心，蓄谋已久，如果不及早除掉三藩，势必养虎成患，危害天下。于是，康熙派侍郎折尔肯、学士傅达礼赴云南，户部尚书梁清标赴广东、吏部侍郎陈一炳赴福建，催促办理撤藩事宜。
吴三桂当年为报家仇勾引清军入关屠杀农民起义军，使清兵得以长驱直入。他事明叛明，降清又心怀异志。镇守云南后，吴三挂利用独占一方的特权，招降纳叛，横征暴敛，不断扩充实力，在三藩中势力最大。他的野心也随之膨胀起来。他以藩府名义任命的官员，吏、兵二部不得干预，他推荐的被称为“西选”的官员遍及天下。凡要害地方，他都千方百计安插进自己的死党。他的儿子吴应熊被选为皇太极之女的额驸（即驸马），从而成为吴三桂安插在京城的耳目。吴三桂属下有53佐领、士兵1。2万多人。每年朝廷向吴藩支付的俸饷就达900多万两白银。吴三桂还自行征税、开矿、铸钱，与西藏互市茶马，聚敛财富，秣马厉兵。诡计多端的吴三挂在加紧准备叛乱的同时怕露出马脚，遂大兴土木，搜罗美女，做出安于享乐、胸无大志的样子来麻痹朝廷，暗中加紧操练，待机而动。
康熙十二年（公元1673年）冬，吴三桂认为时机已到，遂自封为“天下都招讨兵马大元帅”，举起“兴明讨虏”的旗帜，公开叛乱。
吴三桂公开叛乱后，他分布在各地的党羽纷纷响应。各地的告急文书频频传至京城，举朝震惊。原来反对撤藩的人乘机诋毁，认为吴氏叛乱是撤藩引发的。大学士索额图竟要求杀主张撤藩的明珠等人以谢叛逆。年轻的康熙皇帝临危不惧，严厉驳斥了这些护藩的论调。他说：“三藩势焰日炽，撤亦反，不撤亦反，因此决不仿效汉景帝诛晁错以平七国之乱的做法。”随后，康熙下达了武装平叛的命令。
这时其他两藩也举起了反旗，一时战火燃遍了大半个中国。康熙认为吴三桂是三藩之乱的祸首，灭掉吴三桂，其他叛军就会不打自散，于是他确定了重点打击吴三桂的策略。康熙任命勒尔锦为靖寇大将军，命令他由湖南进剿叛军，严防叛军东犯湖广；又派将军瓦尔洛进驻四川，断绝叛军入蜀之路；同时命莫洛率兵驻扎西安，阻止叛军进兵西北。
曾经嚣张一时的吴三桂在康熙周密的布署和接连打击之下，见大势已去，还想垂死挣扎，急急忙忙演出了登基称帝的丑剧。康熙十七年三月，吴三桂派人在衡阳草草修建了百余间庐舍，用黄漆涂刷房顶权做皇宫。三月十八日，吴三桂匆匆登上了临时搭成的祭坛祭祀天地，改国号为周，彻底扔掉“复明”的遮羞布，将自己的狼子野心大白于天下，处境不仅没有好转，反而更加孤立。此时，清军的攻势更加锐不可挡，吴氏小王朝日益陷入内外交困的境地。年已67岁的吴三桂惶惶不可终日，仅仅做了不到5个月的“皇帝”，突患中风噎嗝症死去。吴三桂死后，由儿子吴世Ъ袒饰弧�
康熙十九年年，康熙下令清军分三路进军吴三桂的老巢云南，向叛军发起总攻。不久清军攻入云南，将昆明包围得水泄不通，守军大都投降，吴世ё咄段蘼罚詈笾缓么┐髯呕实垡鹿诜咀陨薄？滴醵辏ü�1681年），历时8年、祸及大半个中国的三藩之乱终于被平定了。
三藩之乱被平定后，康熙决意收复台湾。当时统治台湾的是郑成功12岁的孙子郑克王爽。
明末国势衰败，兵备废弛，台湾岛遂被乘虚而入的荷兰殖民者占领。康熙元年二月一日，仍在坚持抗清的郑成功收复了被侵略者霸占38年的台湾。就在这一年，郑成功之子郑经在属下的拥立下自称为王，统兵反对郑成功。年仅39岁的郑成功在病中突然遭受如此沉重的打击，忧愤而死。三藩之乱中，郑经曾与耿精忠合谋进攻广东，约定事成后平分天下。耿藩降清之后，郑经仍旧纠合部属骚扰沿海一带，烧杀抢掠，一派海盗行径。郑经这时已经背弃了郑成功据台抗清复明的初衷。在清军的打击下，郑经很快在东南沿海失去了立足之地，率部回到台湾。康熙二十年（公元1681年）郑经死后，他的长子即位，但不久就被侍卫冯锡范等人绞杀。冯锡范又拥立自己的女婿、郑经的幼子郑克王爽为王，篡夺了大权。此时，郑氏集团已经失去了人心，台湾政局动荡不安。
三藩基本平定后，康熙接受了福建总督姚启圣的建议，决定乘郑氏集团内乱的时机用武力收复台湾。康熙用武力收复台湾的决心已下，任用得力的军事将领便成了当务之急。姚启圣曾经多次保举郑成功旧部施琅任福建水师提督，后来施琅又得到别的大臣的大力推荐。但由于施琅为降将，遭到不少非议。康熙力排众议，于康熙二十年七月向议政大臣们郑重宣布：任命施琅为福建水师提督，加封太子少保。
施琅走马上任后，立即着手调整兵力，训练水师。为了等待适当的时机，出师时间一拖再拖，转眼到了康熙二十一年，一时群言四起。这期间，施琅与姚启圣又在进剿安排上意见相左，施琅三次上书要求授予他专征权，由他统领军队自行进剿。尽管康熙对一再推迟出兵也有不满，但他没有被舆论左右，考虑到海战须蹈不测风浪，事先很难猜度，他采取了十分慎重的态度。他用人不疑，为了确保战斗胜利，同意了施琅的请求，给予他专征大权。
康熙二十二年七月，施琅率领2万多名官兵，分乘230多艘战船，直捣澎湖。清军战舰云集海面。争先恐后进攻，反而影响了攻势，又赶上潮落风逆，施琅的指挥船顺流而下，陷入重围。提督衔署右营游击蓝理奋不颐身地冲入重围，与施琅合力攻打，4艘敌船被打沉。激战中，蓝理被炮火击中，肠子流出，但稍加包扎，又投入了战斗。施琅也不顾自己血流满面，仍然指挥着战船突围。初战失利后，施琅对水师进行了短期整顿，遂与郑军展开了决战。清军船队以5只船为一个作战单位，称为“五梅花”战术，相互配合默契，以5打1形成局部优势进击敌船。战斗从清晨一直持续到傍晚，矢石如密集的雨点，炮火遮住了天空。经此一战，郑军主力几乎全军覆没，台湾的门户被打开了。困守孤岛的郑克王爽见大势已去，不得不派人向清军送上降表。收到降表，康熙认为：如果不准许其投诚，郑军残部还可能流窜他处制造事端，不如招抚为善。他还决定对归降的郑氏大小官员加恩予以安置。康熙的谕旨打消了郑克王爽最后的疑虑。八月十三日，施琅率领的清军在鼓乐声中登上台湾岛，郑克王爽率属下列队恭迎。至此，台湾又回到了祖国的怀抱。
台湾回归后，围绕台湾的弃守朝廷中又出现分歧。有人以台湾孤悬海外为理由，主张把台湾人全部迁进内地，放弃台湾。有人竟然主张把台湾赐给荷兰人，令其世守输贡，以示圣朝天威。旋琅为此专门在台湾进行了实地考察，据实据理驳斥了弃台的论调。他上书康熙，力陈台湾为江、浙、闽、粤四省安全的要害，为东南之保障，弃之必酿成大祸，留之则永固边防。因此，台湾不仅不能放弃，还必须加强防务。康熙接受了施琅的建议，在台湾设立台湾府和台湾、风山、诸罗三县，并向台湾派遣了8000名驻兵，向澎湖派遣了2000名驻兵。这样就大大增强了东南海防，并且促进了台湾经济文化的发展。
三、激战雅克萨平定噶尔丹
东北地区一直被满族视为祖先的发祥地。十七世纪，沙俄将侵略魔爪