此后还有1908年3月的广东钦州、廉州和广西上思起义；4—6月的云南河口起义，加上前面的六次，粤、桂、滇八次起义都告失败。但孙中山从不为一时的失败而动摇自己的信念。他坚信：“吾党经一次失败即多一次进步。”而此时的清王朝已处于风雨飘摇之中，边疆和内陆的义举接二连三，遥相呼应；光绪皇帝在涵元殿卧床不起，病入膏肓；74岁的慈禧太后在革命炮火中，也感到自己的末日来临。8月，迫于形势，清政府公布了宪法大纲、议院选举法要领等，定预备立宪期为9年，但这已经无法挽回清廷日益临近的死亡。
继续论战保皇派
在孙中山为革命奔走的同时，康梁的保皇党也没有停止他们的活动。
1906年夏天，“保皇党”筹备改组政党，将组织定名为“帝国宪政会”，得到满清权贵的支助，后来闹了分裂。自同盟会成立以来，革命形势发展迅速，梁启超则意图筹组新党，与海外保皇会另成系统，杨度、张謇、郑孝胥、熊希龄等都是梁启超所物色的人选；袁世凯、端方、赵尔巽等满清权贵为其暗中赞助人，意欲拥戴载沣、载泽为正副总裁。梁启超认为，在革命党人已蔓延全国的情况下，他必须尽全力一争，甚至认为“今者我党与政府死战，犹是第二义，与革党死战，乃是第一义，有彼则无我，有我则无彼”。
梁启超在“保皇党”机关报《新民丛报》对孙中山提出的“民生主义”大事抨击。《民报》也立即与他展开论战，当时民报已出刊十号，梁启超痛感穷于应付，受梁之托的徐应奎于是前往游说《民报》主编章太炎，又拜访宋教仁，说梁“已改变方针，其保皇会已改为国民立宪会矣，君可与《民报》社相商，以后和平发言，不互相攻击。
宋教仁将此番话告知孙中山与胡汉民，但两人皆不以为然。因政见迥异，两派论战依旧如火如荼进行。
1907年10月17日梁启超等在东京成立“政闻社”，以配合清政府的“预备立宪”。举行成立仪式时，张继率领革命党员出席。当梁启超致词时提到朝廷下诏，实行君主立宪时，张继等人上前，将会议捣散。保皇派与革命派之间，已由文攻转为武斗了。
1908年9月11日，“保皇党”机关报《南洋总汇报》记者以“平实”的笔名，发表《论革命不可强为主张》的文章，提出革命不能行于今日，以及革命足以瓜分中国的看法。孙中山也以“南洋小学生”的笔名，在新加坡《中兴日报》上发表《平实开口便错》一文，指出：“时势者，纯乎人事之变迁也；革命者，大圣人大英雄能为，常人亦能为”。9月12日，孙中山再发表《论惧革命召瓜分者乃不识时务者也》一文，引土耳其、摩洛哥为证，指出革命决不招致瓜分。论战辨明了真理，最终就连新加坡保皇分会会长、侨商中向保皇党捐钱最多的邱菽园也与保皇党脱离了关系，并在报上批评康有为。
算起来，这已是革命党人与保皇党人的第3次论战，这次论战在海外引起很大反响，当时南洋、香港甚至日本的报纸，几乎天天都有关于中国前途大论战的文章，从某种角度可以说，这次论战决定了中国的政治前途和命运。
第一次倒孙风潮
同盟会成立后，革命内部出现了分裂，章太炎、陶成章、张继、刘师培等掀起倒孙风潮，无疑使艰难的革命雪上加霜，孙中山又面临一场新的考验……
促使同盟会分裂的导火线，是孙中山离日时所接受的捐款。据日本方面记载：经与外务省政务局长山座圆次郎会商结果，以孙中山3年以后可以重返日本为条件，由山座给一笔7000元的离开费用。就在孙中山离开日本的当天，革命派内部传出“孙文被日本人收买”的责难声。
第一次倒孙风潮的主角是同为革命党人的《民报》主编章太炎。
当日本政府被迫下令驱逐孙中山时，同情革命的日本股票商人铃木久五郎也赠送了一万元，孙中山拨了2000元交给章太炎作为《民报》经费，但章太炎嫌太少。这时，章太炎等人又听说了日本政府赠款以“换取”孙中山永远离境的传闻，张继、刘师培也加入到责难孙中山的队伍中，声讨孙中山“受贿”、“被收买”。
章太炎不喜欢孙中山，这是公开的秘密，对孙中山的领导地位，他从心里也没有认可。这一次，章太炎更是把挂在民报社的孙中山相片撕下来，批上“卖《民报》之孙文应即撤去”几个字，寄到同盟会香港分会，表示羞辱孙中山。
一时间，同盟会本部议论纷起，闹得不可开交。正在这时，黄冈起义、七女湖起义失败的消息陆续传到东京。同盟会内部的矛盾，犹如干柴遇烈火，火上再加油，终于掀起了第一次倒孙风潮。
反对孙中山的人日益增多，张继等于是催促同盟会庶务干事刘揆一召集大会，罢免孙中山，改选黄兴为总理。
一波未平，一波又起。1907年6月17日，为筹备钦、廉起义，孙中山派萱野长知回日本购买武器。在宫崎寅藏帮助下，购得村田式快枪2000支，子弹120万发。村田式快枪在日本虽说已经落后，但在当时的中国，还不失为先进武器。这事，本来是无可非议的，但给平山周他们知道了，转告了章太炎，立即又掀起了一场风波。
章太炎大吵大嚷：“孙某所购的村田式军火在日本老早不用了，用到中国去不是使同志白白丢了性命吗？可见得孙某实在不是道理，我们要破坏他！”他出于意气，用民报社名义明码电告香港《中国日报》：“械劣难用，请停止另购。”购械计划由此搁浅。
冯自由连忙将这件事转告孙中山。购买枪弹事属军事秘密，章太炎竟以明码泄露。孙中山非常气恼，便令胡汉民写信给东京同盟会本部，谴责章太炎。接着，又派林文返回东京，禁止章太炎、宋教仁再干预军事。
1907年初，黄兴曾因国旗图式问题也与孙中山发生过争执。孙中山主张沿用兴中会的青天白日旗，黄兴则认为青天白日旗与日本旗相近，“有日本并华之象”，必须迅速毁弃。黄兴的坚决态度让孙中山也很激动，争论中，他厉声说：“仆在南洋，托命于是旗者数万人，欲毁之，先摈仆可也。”黄兴也因而激动起来，发誓要退出同盟会。但冷静下来后，黄兴接受了孙中山的方案，他致书胡汉民说：“余今为党与大局，已勉强从先生意耳！”
尽管国旗风波没有使孙黄关系破裂，但是，却在孙中山和宋教仁之间投下了阴影。宋教仁本来就认为孙中山“待人做事，近于专制跋扈”，闻知此事，宋对孙中山更加不满。1907年3月1日，宋教仁向孙中山辞去了孙盟会庶务干事一职，并一度加入到倒孙行列中。
但紧要关头，被章太炎、刘师培拥戴的黄兴从革命大局出发表现出了高姿态。他回刘揆一说：“革命为党员生死问题，而非个人名位问题。孙总理德高望重，诸君如求革命得以成功，乞勿误会而倾心拥护，且免陷兴于不义。”由于黄兴拒任同盟会总理，东京的倒孙风潮暂时平息下来，但双方的对立情绪仍然存在。这年7月6日，光复会会员徐锡麟在安庆发动起义失败，清吏在审讯时问及行刺是否为孙文指使，徐锡麟答道：“我与孙文宗旨不合，他亦不配使我行刺。”在此之前，徐锡麟因为与孙中山“宗旨不合”而拒绝加入同盟会，这也反映出光复会领导人对孙中山远非一般的不满。
风潮虽然暂时平息了，但却给同盟会留下了难以愈合的创伤。风潮之后，孙中山对东京同盟会本部持冷淡态度。章太炎则对中国革命感到迷茫、失望，醉心于佛教，想到印度去当和尚。张继、刘师培则提倡无政府主义，否定三民主义。
第二次倒孙风潮
1909年，章太炎、陶成章掀起了第二次倒孙风潮，终于使同盟会走上了分裂的道路。
这一次由陶成章而起。
1908年9月，陶成章远赴新加坡，此行目的有二：一是为民报的继续生存筹款，二是为筹备中的五省革命协会募集经费。
自第一次“倒孙风潮”之后，伤心失望的孙中山将热情和心血都投到南洋方面，对东京同盟会愈来愈冷淡，而《民报》在章太炎的主持下，渐渐倾向于谈论国粹与佛学，失去了对最热点问题的关注，销路锐减，经费紧张。
来到新加坡后，陶成章提出拨3000元给《民报》作经费。孙中山无款可拨，把自己的手表等物变卖，给陶以支持。陶成章又要求筹五万元回浙江办事，孙中山则表态“近日南洋经济恐慌”，很难办到。
陶成章于是决计“独自经营”，他带着孙中山的介绍信到缅甸仰光、槟榔屿等地，以江、浙、皖、赣、闽五省革命军的名义筹饷。可是，那些地方的华侨认捐都很少，常常仅仅是二三百元，陶成章便怀疑是孙中山从中作梗。
陶成章开始公然与孙中山对立，声称河口起义所用军费不过1000多元，孙中山将各地同志的捐款攫为己有，家中发了大财。接着，陶成章以七省同志的名义起草了《孙文罪状》。
《孙文罪状》指责孙中山在汇丰银行储款20万；孙眉在九龙建造房屋，是由孙中山汇款助建；罗列孙中山“谎骗营私”，有“残害同志”、“蒙蔽同志”、“败坏全体名誉”等“罪状”3种12项；提出善后办法9条，要求“开除孙文总理之名，发表罪状，遍告海内外”。
陶成章带着这份《孙文罪状》，跑回东京，找到了黄兴，要求同盟会本部开会讨论。但被黄兴断然拒绝。
陶成章的反孙行为将章太炎再一次激发起来。章太炎也印发传单《伪〈民报〉检举状》，分送南洋，美洲各地、攻击孙中山“怀挟巨资，而用之公务者十不及一”。
1910年2月，章太炎、陶成章便从同盟会分裂出来，公然在东京成立光复会总部，章太炎为会长，陶成章为副会长，李文和为南部执行员。一时间，光复会势力在南洋迅速蔓延，大有取代同盟会之势。正在法国的张继，也吵吵嚷嚷地要求孙中山“退隐深山”，或“布告天下，辞退同盟会总理”。
对孙中山来说，来自于同一阵垒的人的攻击和倒戈，比敌人的炮火镇压更可怕。长期以来，孙中山把实际领导起义的工作交给黄兴等人，自己的工作重心则是在华侨中募集起义经费。陶、章所散布的舆论，对他工作造成的危害可想而知。
但作为一个伟大的革命者，孙中山有着经历种种挫折而不气馁的高贵品质。孙中山一边致函吴稚晖，要求他在巴黎《新世纪》上撰文“加以公道之评判”；一边写信给张继，拒绝他的无理要求。
在此关头，黄兴再一次表达了对孙中山坚定的支持。在东京，他致书孙中山，表示“陶等虽悍，弟当以身力拒之”，要求美洲同志，趁孙中山来美之机，“相与同心协力，以谋团体之进步，致大业于成功”。
为了消除误会和影响，南洋同盟会派人去九龙调查了孙中山的经济情况，发现“先生九龙的家里，只有母亲，自己的夫人和女儿，几间旧房子，此外别无所有。还有先生的哥哥，是自己修了草房子，在那里耕种。假使先生为革命发了财，把钱寄到家里去，为什么家里的房子，家里的人，还是这样蹩脚呢？”南洋同志切实调查以后，就把实情宣布，这是一个很有力的反证。“南洋华侨对于先生的信仰，更为坚确，毫无动摇之余地”。
对孙中山来说，未知的革命之旅充满了各种艰难险阻，令人欣慰的是，孙中山并没有被骂倒，被吓怕，反而相当大度地表示，党有内讧时，既是“艰危困苦之时代”，也是“吾人当努力进取之时代”。的确，孙中山正是在经历了一次又一次的考验之后，才赢来了共和来临的“佳境”。
“倒孙风潮”终告平息，同盟会的内讧却造成了无法弥合的裂痕，两位革命党的泰山北斗孙中山与章太炎由同仇敌忾的战友一变而为不共戴天的冤家对头。尔后两三年间，章太炎纠缠不休，撰文多番攻击孙中山，诋毁孙中山是“背本忘初”的“小人”；孙中山素具雅量，也受不住他这般不依不饶的缠斗，终于大动肝火，痛詈章太炎是“丧心病狂”的“陋儒”。双方谩骂之际，已失去必要的理智。而刘师培对孙中山的反感更激化为鄙夷和仇恨。他本人也将自己脱离革命阵营的缘由归结为“失望”二字。他说：“东渡以后，察其隐情，遂大悟往日革命之非。”所谓“隐情”即指革命党人在公生活与私生活两方面的缺失。1908年冬，回到上海的刘师培出卖了同盟会会员，又投入端方幕中，最终完全投向清廷。
自古忠孝不能两全
1908年11月14日，光绪皇帝突然死亡。次日，慈禧太后也一命呜呼。光绪皇帝无子，由他的侄儿溥仪继承帝位，年号宣统。溥仪年仅3岁，他的父亲肃亲王载沣以摄政王的身份执掌朝政。清朝已进入它最后的挣扎。
孙中山估计到“虏家子母相继死亡，人心必大动，时局可为”，1909年5月，孙中山由新加坡启程赴欧洲，他希望“运动于欧美大资本家”，可是，这趟欧洲之行并不顺利。10月底，孙中山离开伦敦赴美国，在那里成立了同盟会纽约分会。期间，又为黄兴与胡汉民的军事起义募得8000元捐款。
1910年5月，孙中山决定秘密回日本，与黄兴等人会晤，研究起义之事。日本方面为此专门召开内阁会议，商讨对策，最终决定表面上由横滨警长劝令孙中山出境，但暗地里让孙中山改名在日本作短暂停留。6月11日，化名为Dokas、Dr。 Alaha的孙中山秘密到达东京，住在宫崎寅藏家一直到6月24日。宫崎寅藏夫人回忆：
此时孙先生的令兄也因在夏威夷的事业衰落而来到日本，和孙先生同住在我们家里。孙先生说带来点礼物，拿出占领广州时所发行的两枚银币和一些军票送给我。随后，他脱下汗渍斑斑的制服，里面穿的竟是我五六年前在穷困中缝做与洗烫的单衫。
一生摆脱不开穷神的纠缠，是中国革命家的常事。孙�