正法”上报……为了尽快结束同白莲教的战事，嘉庆帝在嘉庆六年（１８０１年）一月特颁布《御制邪教说》，在指出白莲教不同于佛教的同时，特别强调一般的白莲教信徒不是叛匪，明确指出清政府所要消灭的是叛逆之徒，而不是一般的教徒。
虽然白莲教在建立之始，其教首“则为骗钱惑众，假烧香治病为名，窍佛经仙篆之语，衣服与齐民无异，又无寺宇住持。
所聚之人，皆失业无赖之徒，所以必流为盗贼，是又僧道不若矣。
然天下之大，何所不有，苟能安静奉法，即烧香治病，原有测怛之仁心，在朝廷之所不禁。
若藉此聚众弄兵，浙成叛逆之大案，则王法之所不容……官军所诛者叛逆也，未习教而抗拒者杀无赦，习教而在家持诵者原无罪也……故白莲教与叛逆不同，乃显而易见之理，设若贼营中有一二僧道能尽行沙汰？有一二生员岂遂废科举之典乎？然则白莲教为逆者，法在必诛，未谋逆之白莲教，岂忍尽行剿洗耶？白莲教与叛逆不同之理既明，则五年来所办理者一叛逆大案也，非欲除邪教也。”虽然嘉庆盼来王廷昭（嘉庆六年初）、高天德（同年四月）、冉天士（同年八月）、樊人杰（嘉庆七年六月）等被歼的捷音，但一支支白莲教的队伍仍然出没在深山老林，虽说是强弩之末，但这“末”还要持续多久？钮祜禄氏不禁忧上心来。
嘉庆九年九月（１８０４年），最后一支白莲教被消灭的战报终于抵达北京。
皇后当然清楚为此所付出的沉重代价：动用军队十一万七千六百六十二名；使用战马四万二千五百六十三匹（不包括各省所购买的）；调拨饷银二亿两，从川楚陕三省调拨的粮食截止到嘉庆七年将近四百万石。
长达九年的战事，使得清帝国库存的粮饷进一步靡费，川、楚、陕等省的百姓则长期挣扎在死亡的边缘上。
诚如时人所分析的：“自嘉庆元年用兵以来，吾民之死于贼者无论矣。
官兵迎头截击，则冲锋冒刃者，皆吾精壮之民也；官兵从后尾追，则兜擒掩取者，皆吾老弱之民也，其死者不知凡几矣。
幸而乘间得出，守卡之勇，坐营之兵，盘而获之，以为奇货，文致其罪，冀邀厚赏，非法拷掠，多方指证，草草数言，即行正法，其死者又不知凡几矣。”钮祜禄氏很清楚：医治战争的创伤、恢复饱受摧残的经济以及如何妥善遣返在平定白莲教中立下汗马功劳的乡勇，对嘉庆都是很棘手的问题。
嘉庆孝和皇后钮祜禄氏皇上遇刺
嘉庆八年春天姗姗来迟，都到了闰二月二十日北京城依旧是寒气袭人。
正在储秀宫诵读经书的钮祜禄氏并不知道此时神武门已经乱作一团——从圆明园返回皇宫的嘉庆在进入神武门准备换轿时，突然一个手持短刀的男人飞也似地从玄武门冲了出来，直奔皇帝而去。
御前侍卫与内务府护神武门军都被突发的行刺吓呆了，多亏七额驸拉旺多尔济与定亲王绵恩（乾隆长子永璜之子）奋不顾身冲上前去，才将刺客拿下。
刺客竟然混进宫禁，就像晴天一声霹雳把皇后钮祜禄氏和所有的妃嫔、贵人、答应以及宫女、太监们惊吓得目瞪口呆，连皇宫都能有人来行刺，还到哪里去找个安全的地方？恐惧笼罩着紫禁城。
经审讯得知刺客名叫陈德，现年４７岁。
陈德的父母系满洲镶黄旗松年家奴，陈德在３１岁时到北京谋生，他在内务府当过５年厨子后被辞退，无以谋生。
陈德之妻已经去世，家中有两个未成年的儿子，一个是１５岁的禄儿，一个是１３岁的对儿，此外还有一个瘫痪在床的岳母。
据陈德讲因生活没有着落，活不下去，想自杀，但又想：“自寻短见，无人知道，岂不就枉死了。
听见皇上今日进宫”，就跟着人群混进玄武门，“看见皇上到来，就手持身佩小刀往前一跑，原想我犯了惊驾之罪，当下必奉旨叫侍卫大臣把我乱刀剁死，图个痛快，也死个明白。”说穿了，陈德就是想用自己的生命让皇宫里的人知道：天底下还有衣食无着落、不畏死的穷人，如果不解决这些人的生计，天下就不会太平。
皇后钮祜禄氏总觉得刺客能混入皇宫肯定有内线接应，像陈德这样一个处于社会底层的厨子，“安敢妄蓄逆谋”，必然有人在幕后指使，就像明代的“梃击案”一样——明神宗的宠妃郑贵妃派遣张差行刺太子朱常洛一样，必须深究才能除掉肘腋之患。
如果无人接应，一个厨子焉能混进宫禁？然而经过四天的严刑逼供，陈德始终不承认有幕后指使，一再强调“实系穷苦难过，要寻死路”。
在二月二十四日的审讯中，陈德被抽了二十个耳光、重责三十板、并用夹刑，仍未能追出幕后指使。
为了稳定政局，嘉庆在当日刑讯后颁布上谕，明确表示不再追究幕后指使：“若一味刑求”，刺客“反肆犬吠，所言之人如何存活，即不追究，终是疑团，所损者大矣。”神武门行刺，反映出宫禁戒备的松懈以及社会上贫富的分化所造成的社会危机的尖锐。
嘉庆是个相当吝啬的人，紧缩开支的做法使身边人失去不少捞钱的机会，身边人的不满在增长，他们在以消极怠工来发泄心中的不满，刺客能混进来也就不足为怪了。
对陈德凌迟处死以及对其两个未成年儿子的处死（按照清朝法律１６岁以下的儿子不处死，发配到功臣家为奴），虽然使此案了结，但此案所暴露出的问题——社会底层处境的日益恶化及皇帝身边人的不满，并未能引起嘉庆的重视，而这恰恰是皇后最担心的。
嘉庆孝和皇后钮祜禄氏喋血禁中
对皇后钮祜禄氏来说，嘉庆十八年九月十五日是她一生中最为惊心动魄的一天。
皇帝去承德避暑山庄举行木兰秋还没有回来，而就在那天申时（上午九点多钟）手持武器的歹徒却攻进了皇宫，从枪声中她感到匪徒已经离养心殿很近了，皇宫已经成为战场……皇后钮祜禄氏不知道什么人闯进了皇宫，更不知道歹徒的身份，她本能地意识到大祸临头，令身边的宫女、太监把宫门顶上杠子，把能搬动的东西都堵在窗户前，为了防止万一她还抄起火镰，一旦隆宗门被攻破，就把宫殿点燃，堂堂皇后绝不能落在歹徒手中……几个手持白旗的歹徒已经爬上养心门了，她的心都提到嗓子眼了……只听啪啪几声枪响，爬上宫门的歹徒掉了下去……不知过了多久，留京的王公大臣在仪亲王永璇的带领下率领禁军从神武门入宫，又不知过了多久隆宗门枪声才平息了下来，等宫禁恢复了往日的平静时钮祜禄氏一下子就瘫坐在椅子上了……枪声停了下来，但搜寻藏匿在皇宫里的歹徒正夜以继日地进行着，经过两天一夜的清理生擒以及击毙闯进皇宫的歹徒共“７２名”，而此时嘉庆皇帝刚行至白涧。
而对歹徒的审理、对余党的抓捕实际上就由皇后钮祜禄氏同嘉庆皇帝的八哥仪亲王永璇商量着办理。
经审理得知此次大闹禁中是在天理教首领林清的策划下进行的，九月十五日有２００多名教徒从黄村出发，在菜市口集合，然后分为两路，一路奔东华门，一路去西华门，利用皇帝不在京城的机会，突然袭击皇宫。
林清则留在黄村等待河南方面派来的援军。
从东华门混进皇宫的教徒十人左右（一说五六人），就被侍卫发现，立即关闭大门，把几十名教徒挡在宫门之外，而混进西华门的教徒则约四五十人，他们在混进皇宫以后为阻挡官军，反而把西华门关闭，手执白旗，进攻隆宗门、养心门。
当时正在上书房读书的皇次子绵甯（ning，即后来的道光帝）以及贝勒绵志，得悉宫禁有变，发现“有执旗上墙三贼，欲入养心门”，立即用鸟枪袭击教徒，喋血禁中。
在得到皇宫遭到袭击后，留京的王公大臣在仪亲王永璇的带领下率领禁军从神武门入宫，并在隆恩门外击败教徒，经过两天一夜的清查把混入宫禁的天理教徒以及勾结教徒的太监全部肃清。
正在回京途中的嘉庆在得到皇后和仪亲王的汇报后，异常震骇，九月十七日在燕郊行宫颁布《遇变罪己诏》。
而皇宫中的审讯依然在继续着，留在黄村等待河南方面援军的林清及其教徒均被抓捕归案，通过林清等人的口供，此次紫禁城之变的轮廓才勾画出来：天理教的前身是八卦教、红阳教，教徒主要集中在河北、河南、山东、山西等地，在河南传教的是李文成，自称是“李自成转世”；在河北及北京一带传教的林清，自称姓刘，是“汉帝转世”，在山东传教的是冯克善。
天理教同许多秘密宗教一样把给人看病作为传教手段，由于林清曾在西单牌楼的“九如堂”药铺学过三年徒，又到其他药铺当过伙计，对医道比较精通，在治病方面比一般教徒“把茶叶在香上熏绕数转，令病人煎服”的疗效，自然要明显得多，还编出“若要白面贱，除非林清坐了殿”等歌谣广为散布。天理教教首根据天象变化——“彗星出西北方（根据‘纬’之说‘主兵相’）”，认为在“酉之年，戊之月，寅之日，午之时”——即嘉庆十八年（１８１３年）九月十五午时发动起义，最为有利。
并规定起义口号：“奉天开道”；联络暗号：“得胜”；还散布在该年九月有“白阳大劫，刮黑风七昼夜，惟入教之人给‘奉天开道’小白旗，即可免祸，其余遭劫，一概死亡”；“凡在教者，教主给白布小旗树于门，可免者尽屠之”，并传播“专等北水归汉帝，大地乾坤只一传”等改朝换代的论调。
林清想通过突袭皇宫夺取政权，在他看来“我们据了京师，不怕皇上不到关东去（即关外）”。
为此，他想方设法在皇宫内的太监中传教，太监刘得财因是大兴人，便成为天理教极力争取的对象，又是赠金银，又是拜把子，于是刘得财就成为太监中第一个天理教教徒。
经刘得财传教太监阎进喜、杨进忠、王福禄、高广福、刘金、张泰等人都也相继入天理教。
嘉庆十八年三月，林清两次来北京同刘得财等人见面，布置任务，并让他们做好接应的准备。
看到这些口供，皇后钮祜禄氏又焉能不后怕，教匪竟然在他们的眼皮底下发展内线，可她和皇帝竟然一无所知，还有比这更严重的失职吗？这的确是“汉唐宋明未有之事”！对局势的失控、对民变的失控、对教匪的失控，难道是“当今大蔽，是‘因循怠玩’四字”所能解决的吗？按说皇后只管后宫的事务，可是当变乱已经殃及到后宫她又怎能脱得干系！如果在陈德神武门行刺事件后能及时加强对侍卫、太监的管理，即使天理教滋事也未必能闹到喋血紫禁城的地步！对占据滑县李文成的消灭及对山东教匪的剿灭虽然让皇后松了口气，但紫禁城内的枪声却久久回荡在她的心中……
嘉庆孝和皇后钮祜禄氏海上威胁
白莲教的战事尚未结束，东南沿海的蔡迁又掀起滔天巨浪，大清王朝已经到了国无宁日的地步。蔡迁系何人？竟能在东南沿海一带掀起滔天之浪？据史书记载，蔡迁是福建同安人。在海边长大的蔡迁，对在海上谋生自然非常熟悉。兼之此人很有组织能力，很快就拉起一伙人，到福建一带的洋面上去闯荡、去劫掠。
而乾隆以来人口的激增（到乾隆六十年全国人口已接近３亿），则把越来越多的难以谋生的人挤到海盗的队伍中。
因而自乾隆末叶，一支支海盗出没在闽、浙、粤洋面。
由于清政府正忙于同白莲教的战争，根本就无暇顾及东南沿海地区，数千里的洋面竟然有海无防！蔡迁掌握几十艘配有大炮的战船，控制着福建海域，所有进出口的商船都必须向蔡迁一伙交纳通行税，出海船每只４００元，进口船每只８００元，俨然成为海上一霸。
而在广东海域为患的则是林阿保、总兵保、郭学显、鸟石、郑乙等团伙。
面对海盗的猖獗，清王朝只能“专力防守海口”，对于官府运盐船及商船派军队护送，至于粤、闽、浙洋面则听任海盗横行。
清王朝迟迟不能平定海盗的原因有两点：其一是官军缺乏同海盗匹配的战船—— “兵船不得力”；其二是海盗能从沿海地区得到物资上的接应——海贼无两载不修之船，亦无一年不坏之杠料，桅柁折则船为虚器，风篷烂则寸步难行……一回闽地，装篷（xun，烤）洗，焕然一新，粮药充足”；其三则是海上作战受风势的影响—— “海中剿敌，全凭风力，风势不顺，虽隔数十里，犹隔数千里，旬日尚不能到也。
是故海上之兵，无风不战，大风不战，大雨不战，逆风逆潮不战，阴云蒙雾不战，日晚夜黑不战。
飓期将至、沙路不熟、贼众我寡、前无泊地皆不战也。
及其战也，勇力无所施，全以大炮相轰击，船身颠荡，中者几何？我顺风而逐，贼亦顺风而逃，无伏可设，无险可扼，必以钩镰去其皮网，以大炮坏其柁牙篷胎，使船伤行迟，攻之，贼穷投海，然后获其一二船，而余船飘然远矣。”皇后不禁一声长叹，她似乎都听到把澎澎的涛声与隆隆的炮声……内忧外患一起袭来，万里洋面再也不能成为大清王朝的天然屏障了。
滔滔海水不仅成为海盗的栖身地，也成为西方炮舰乘风破浪的载体，英国的舰队已经频频出没在清帝国的水域。
嘉庆七年（１８０２年）二月，英国以防止法国占领澳门为借口，派六艘军舰抵达澳门，经过清政府的交涉，英军舰才于六月开走。
嘉庆十三年（１８０８年）七月，九艘英国军舰在澳门再次登陆，接着又闯入黄埔、广州。
两广总督吴雄光以断绝贸易、封锁进澳水路、切断粮食、蔬菜的供给作为同入侵者斗争的手段，由�