1966年，文化大革命。在“破四旧”的口号下，基督教也在被打倒之列。十年动乱，整个中华民 族都处在苦难之中；信徒们为了主的缘故，更多了一层试炼。8月24日，红卫兵冲击并封闭了上海所有的天主教和新教的教堂，毁损堂产，烧毁大量宗教文献。上海全市进行彻夜大抄家，数以万计的教徒家庭被红卫兵强行闯入，劫掠财物，焚毁书刊，连英文打字机也被认为是情报工具。从这一天起，上海所有教堂被禁止礼拜。当时在上海市委当权、后来成为“四人帮”之一的张春桥得意地宣称﹕“我们在一夜之间消灭了上海的所有宗教，彻底摧毁了帝国主义在上海的反动文化堡垒。”这场风暴席卷了全大陆，所有教会的神职人员和信徒遭受逼迫，许多信徒殉难，他们的家属和子女被视为“贱”，备受歧视和虐待。三自领导的教堂也遭关闭。但另一方面，文化大革命清除了文化偶像，最终也导致了政治偶像的破灭，为将来的大复兴预备了人心。
1966年，苏恩佩参加台湾校园团契的文字事工。1968年的《校园团契》从“学生园地”提升为“现代中国基督徒知识分子的见证”，加强知性、理性、神学、历史的探索层面。1969年，杂志改名为《校园》。
1968年3月，“中华海外宣道协会”在台北成立。福音东来，中国教会一直受惠于外国差会，中华海外宣道协会勉励华人基督徒效法当年来华的西方传教士，向海外不同文化的民族传福音。1970年起，中华海外宣道协会陆续差派宣教士到法国、琉球、印度尼西亚及泰国为主作工。
20世纪70年代
1970年1月至3月，唐崇荣来台湾中部、南部举行培灵、布道会。三月初在台北举行“北部大专联合布道会”，全场的青年学子深受震撼。台湾掀起了全职服事的热潮，不到两个月，从南到北，有上百位大专基督徒献身于全职事奉。
1970年，中华福音神学院成立，这是台湾第一个不分宗派的神学院。这标志着台湾地区的教会进入了一个新的进步阶段，自60年代初台湾教会出现的衰退现象开始缓慢改变。
1971年，北京重开米市街教堂，供来华访问的外宾使用。米市街教堂以外的大陆所有教堂仍然关闭。但在文化大革命中、后期，信徒却以家庭聚会的方式，秘密聚会崇拜，日后蔚为大观的“家庭教会”出现了。家庭教会是一种独特的教会模式，在使徒时代即有先例，早在本世纪三、四十年代中国信徒为了就近聚会也有在家中聚会的，五十年代初不肯加入三自的信徒即在家中聚会。文化大革命中、后期的家庭教会虽然弱小，但具有极强的生命力。她的形成本身就是信仰伟力的明证，也表明基督教并不是西方独有的产品，也可以是中国本色化的生命之道。她是中国基督教历史中最经得起考验的一代神的儿女。
1972年6月，倪柝声在劳改营中逝世。他的“属灵神学”有非常丰富的内容，是自成一家的本色神学。他认为基督教的本质，并不是信条、传统、礼仪或制度，乃是一种属灵的实际。他所领导的“地方教会”运动，是中国教会里一个非常独特的模式。他也非常强调信徒的训练及传福音的工作，这是地方教会快速发展的主要原因之一。
1973年，《宇宙光》在台湾创刊出版。宇宙光传播中心的工作是文字传道，旨在建立基督教与中 国文化之间的对话，将耶稣基督救恩的普世性实现在中国文化的特殊环境中。20余年来，宇宙光主办基督教与中国的大型学术研讨会，出版基督教与中国历史的专著，文化社会思想丛书以及传记回忆录等。
1974年，远东广播公司25万瓦特功率的益友电台投入使用，向神州大地传福音，至今成为听众来信反应最热烈的电台。1979年1月，收大陆来信58封，超过1978年的收信总数。同年3月13日一天内收到312封大陆来信。10月，收到第一封西藏来信。至此，远东广播公司收到了中国各省的听众来信。1985年起，推出“农村圣经学院”训练节目，共3年课程 ，训练教牧领袖。1995年，收到21631封大陆来信，创开播以来收信最高记录。
1976年10月，“四人帮”被打倒。邓小平复出，推动中国的“四个现代化”运动。此 后，宗教政策趋向“温和”路线，宗教事务局着手处理有关基督教会的问题，“落实宗教信仰自由政策”。从文化大革命以来的严厉的宗教政策有了松动，三自教堂恢复活动。此后开始一连串的改革运动。家庭教会也有了迅速的发展。
1976年，第一届世界华人福音会议在香港举行。会后，成立世界华人福音事工联络中心（Chinese Coordination Center of World Evangelism … CCCOWE），由此而兴起世界华人福音运动（简 称“华福运动”）。“华福运动”不是华人教会联合会，而是一个众教会所承认的、代表世界华人教会的一个合一运动。20多年来，它不断发展壮大，如今已进入亚、澳、非、欧、北美、中美、南美各地共49区为主作工。在北美华福的影响下，产生了一些极有意义的事工，如华人基督徒医药宣教团、亚洲代祷团契、世界华人福音联合会、北美华人福音团契等的工作。
1977年12月，由黄永熙博士重编的《普天颂赞》修正本第一版由基督教文艺出版社出版。1986年 ，出版《普天颂赞》中英对照本，为世界各地许多华人教会采用。
1978年以后，中国大陆青年出现信仰危机，不再愿意接受阶级分析的狭隘之见，也不再盲目排外 。在改革开放的环境之下，人们坦诚地承认落后的现状，对全人类所创造的文明表现出一种如饥似渴的热情。基督教的民间复兴，正好响应了这一信仰危机。信徒们广传福音，在城市和乡村，越来越多的人归向主，以至于本世纪末中国大陆出现了前所未有的信仰奇观。海峡对岸的台湾教会的发展，也由停滞转入缓慢复苏，信徒人数增加，原因是经济繁荣所带来的后遗症，使人认识到金钱物质的丰富并不能带来心灵上的满足与平安，人们转而追寻人生的信仰。
1978年，“中国教会研究中心”在香港成立，这是中国福音会最早的事工，研究大陆的宗教政策和教会发展。1983年，中国福音会为大陆家庭教会制作“空中神学”录音带，作为训练教材，并差派培训队到中国大陆进行教会工人的培训。
1979年，天津、上海、杭州、福州、漳州、厦门、广州、？，恢复礼拜，教堂聚会堂堂满座。同时，在乡村和城市的家庭教会更加蓬勃地发展，活动最盛处有浙江的萧山、温州，山东的青岛，以及福建、安徽、河南等省，家庭教会的信徒估计有四百万之众。城市的家庭教会有完善的教会组织与定期的礼拜，并从海外得到大批圣经、诗歌、培灵书籍，聚会内容更为丰富。但城市家庭教会的发展受到三自教会的压力，因为家庭教会拒绝参加三自。乡村的家庭教会通常利用市集之日，或星期日来聚会，有时改在晚上举行；比较大的乡村家庭教会，人数达四、五百人，陕西省有一间教会人数多达一千人。乡村教会来自三自会的压力较城市要小，但普遍缺乏教牧人员，圣经也缺乏，有教导不足之虞。
1979年7月，台湾校园团契举办第一届青年宣道大会；1982年7月，第二届青年宣道大会举行，许多人奉献全职传道。
20世纪80年代
1980年1月，80高龄的王明道获释出狱，抵达上海与妻儿团聚。在困居监牢的许多年中，他仍凭良好的记忆力唱诗读经，神让他属灵的生命更加丰盛，使他的软弱变为刚强，使他的失败变为胜利，如鹰展翅上腾。1979年6月，被释放的林献羔回到广州，被剥夺公民权5年，9月在大 马站重新举行聚会。
1979年12月，袁相忱被假释回到北京，被剥夺公民权10年。因那些走十 字架道路，对主至死忠心的传道人，华夏大地上神的福音结实累累。
1980年2月，三自常委扩大会议在上海召开，丁光训任主席。会议决定重印圣经，复刊三自机关刊物《天风》杂志，并决定南京金陵神学院复校。会议结束后，以“三自爱国运动委员会常务委员会”的名义发表《告全国主内弟兄姐？。
1980年5月，中国天主教教务委员会成立。
1980年10月，在南京召开中国基督教第三届全国会议。会议成立中国基督教协会，与三自爱国会成为并行的机关；前者主要活动为对外宣传。出席这次会议的代表176人，包括来自25个省 、市、自治区及5个少数民族的教会代表，唯独没有家庭教会的代表出席。会议发表中国基督教 第三届全国会议的决议，肯定三自爱国运动的成就，并正式承认了家庭教会的合法地位。但实际上，由于政策的左右摇摆，时有对家庭教会新的逼迫。
1982年12月，广州最蓬勃的家庭教会——大马站教会被指为非法聚会，林献羔因尚在被剥夺公民权利期间，大马站聚会被停止。1983年5月底，林献羔恢复公民权，6月初，重开大马站教会。
1982年，华人神学家章力生的4卷本护教学著作《总体辩道学》在海外出版，分基要篇、哲学篇、宗教篇和文化篇。该书为1968年著者在台湾的圣光神学院等多所亚洲神学院巡讲授“总体辩道学”的讲稿。因中国学术史上素有辩道的传统，而信徒也“要为从前一次交付圣徒的真道竭力地争辩”（犹大书3节），著者因之以“辩道学”为书名。1989年，章力生又出版了8卷本《系统神学》。
1980年代中期后，不少西方基督徒及退休传教士开放家庭接待大陆留学生和访问学者，并开始英 语（或外语）查经班。北美的华人基督徒查经班、教会也开始向大陆学人传福音。
1989年，“六四”事件的冲击，成为海外中国学人福音事工的转折点。华人教会积极响应这一波 的慕道热潮，纷纷成立学人团契，举办福音营会和查经班。北美中国学人的“基督教热？庇氪箨懗霈F的“基督教热”互相呼应。极多的大陆学人信主，并有许多人进入神学院学习。
20世纪90年代
1990年2月，广州大马站教会聚会被停止，一段日子后又逐渐恢复。大马站教会被查抄前是900人 聚会，到1992年已增加到1200人，而且年轻人的增长率很高。尽管受到扼阻，来大马站教会聚会的人数越来越多，以致林献羔必须增加聚会次数到每周四次礼拜。
1991年7月，中国教会的一代巨人王明道安息主怀。作为时代的先知，他肩负着一个神圣的使命，就是责备教会的罪恶和斥责假先知背道的言行。他保持着贞洁的信仰，透过受苦学习顺服，借着逼迫学习宽恕，效法主耶稣的榜样，深入体会圣经中道成肉身的神学意义，将信仰活出来，见证了神奇妙的作为。
1992年11月，《海外校园》在北美创刊。这是一份布道性的刊物，以生命的更新响应人生的终极问题，将圣经的价值观落实在日常生活和工作中。该刊在海外中国学生学者中拥有广大的读者群，许多人因这份刊物开始认识基督教，进而信主。
1994年3月，“基督教与中国现代化国际学术研讨会”在台北举行，会议宣读的论文涵盖了中国现代化过程中的诸多层面。
1994年，刘小枫主编的《基督教学术思想文库》陆续出版，尝试把欧美现代学术中基督教文化研究具有学术份量的典籍介绍给中国知识界。近几年来，中国思想界出现“基督教热”，对基督教神学的兴趣越来越浓；“文化基督徒”在中国大陆出现，新近信教者知识分子的比例不断上升。这是自明末利玛窦入华以来，自二十年代非基督教运动以来，中国知识界第一次大规模地对基督教采取较为开放的态度。
1995年，“华人福音普传会”（简称华传）成立。华传以开荒布道、建立教会为重点，兼及门徒训练，圣经神学教导，教育事工，大众传播等，立志将神的福音传遍普世华人和万民。华传差派的长期和短期宣教士已进入中南美洲、美国中西部、柬埔寨、缅甸及亚洲其它地区。数十年来，华人差传事工大有起色，差会及差传的教会共200多间，宣教士人数共约五六百人， 传福音的主要对象是同文化及近文化的民众；也有许多华人宣教士加入西差会进入异文化地区工作。
1995年，“基督教与二十一世纪归正学院”在北美创办。十九世纪兴起的意识形态，如科学实证主义、进化论、共产主义等，在二十世纪经历了严酷的考验，由盛及衰，整个时代在世纪之末面临着空虚感和不定向状态。该学院呼吁由启示寻回基督教信仰之根，复兴正统神学，弘扬正统护教的精神，发挥圣道文化的启发、批判之功用，靠耶稣基督的救恩，在二十一世纪振奋中华文化、中华民族，振奋基督教会及普世圣民。
1996年6月，第一届北美华人基督教学者学术研讨会在美国麻省波士顿举行。会议的主题是“基督教与中国的过去、现在和未来”。至1999年6月，这一学术研讨会已举办四次。
1996年12月，北美第一届“中国学人培训营”在得克萨斯州的达拉斯举办。
1997年3月，《生命季刊》在北美创刊。该刊的对象是海外中国学生学者中蒙恩得救的基督徒，旨在教导基督徒定睛于基督的十字架，把生命的根基建立在圣经真理中，为承担在二十一世纪向中国知识分子和广大同胞传福音的使命，预备有生命深度的基督精兵。1999年9月，《生命季刊》简体字版在香港出版发行，简体字版主要以中国大陆的
基督徒为对象。
1997年，在香港回归中国之后，海外基督使团的人员进入中国大陆，距内地会撤离大陆之日已近半个世纪。
1998年11月，在中国北方的一个村庄里，十几位分属4个家庭教会系统的同工们为追求在基督里的合一，齐聚一堂。26日，会议发表了《中国家庭教会信仰告白》及《中国家庭教会对政府、宗教政策及三自的态度》两份文件。前者宣告了中国家庭教会共同的信仰标准，并在圣灵的权柄、三一神论、基督的救赎等教义上驳斥了当前流传于中国的异端教训；后者向政府陈明了家庭教会爱主、爱民、爱教会、爱国的态度，解释了他们不登记、不加入三自