京，以迫使中国政府屈服。南京保卫战由此开始。
一、 日本大本营的成立及进攻南京的决策
“七七”事变中日战争开始以来，英、美等国虽然并未对中国的抗战进行实际的支援，但相互的贸易仍在进行，特别是德国仍与中国进行军火贸易，苏联在签订《中苏互不侵犯条约》后更积极支援中国武器装备等。日本政府为阻止中国与其他国家进行贸易和“确保作战行动的自由”，曾就是否对中国宣战问题进行过多次研讨。一部分侵华势力认为，由于未宣战占领地区的海关不能接收，邮政、金融以及行政等的管理均有不便，所以坚决主张“果断地宣战”。在淞沪会战激烈进行时，日本首相近卫文就提出了这一问题，但遭到陆、海军两位次官的反对，后者认为“宣战固然能阻止中国与第三国间的贸易，但日本从国外输入军需物资也将变成非常不自由，使得国防力量出现很大缺陷”，“作为陆、海军一致的意见，是以不宣战为好”。１９３７年１１月初，日本在内阁中成立了一个第四委员会，专门研究是否宣战的问题。最后结论是“宣战对日本方面不利”，决定仍维持不宣而战的局面。但不宣战就不可能名正言顺地按照１８９３年的天皇敕令成立“战时大本营”。而由于战局的不断扩大并有向长期化发展的可能，目前的领导体制已不适应战争的需要，政府与军方、陆军与海军之间往往发生矛盾，必须成立一个最高统帅机构，才能使军方与政府以及陆军与海军之间“经济保持紧密联结和协调，而使有关政治、军事求得一致，消除某些裂痕和矛盾”，达到“政界的战略一元化”。为此，１１月１６日内阁会议决定：废除只适用于战时的《战时大本营令》，重新制订一个既适用于战时，也适用于“事变之际，按期需要可得设置大本营”的《大本营令》，规定“陆、海军大臣既作为国务大臣参加内阁，又作为统帅部之一员置身大本营，负责两者之间的紧密联系”。表面上还规定“大本营纯属统帅之府，国务则统属于政府，两者职能范围分界严明”，但“收拾时局问题等主要政务”“应先在大本营内陆、海军当局对其基本原则取得一致意见，然后移交政府”。实际上，中日战争的处理大权控制在军方手中。１９３７年１１月１８日，以军令第１号命令公布了《大本营令》。大本营于２０日设置完毕。
１１月２４日召开了第一次大本营御前会议，通过了对中国的作战计划预案。其主要内容为：
１． 华北方面
华北方面军对残存在现占领地区的敌人及活动在靠近前线的敌人实行扫荡，力求安定这些地方。为此，目前在山西部署约２个师团，河北约４个师团，察哈尔方面约１个师团。
对山东地区，目前虽尚未计划立即使用武力，但考虑到适应今后的作战形势，正进行必要的准备。这方面需要使用的兵力，预定从华北或上海方面抽出少数兵团担当作战。
在以上华北地方，除山东等地区外，大规模的进攻作战告一段落。防止敌人诱我深入内地，徒然扩大无益的战线，停下来保持迎击敌人的态势。
２． 华中方面
华中方面军正利用在上海周围的胜利成果，不失时机地果敢进行追击。但当初给该军的任务是消灭上海附近之敌，并使该地从南京方面孤立出来，由于是出于这种要求编组的，所以不仅它的推进能力受到限制，而且很多辎重，甚至连炮兵这样的战列部队有不少还远在前线部队的后方，因此不能考虑一举即可到达南京。在此情况下，方面军应以其航空部队与海军航空兵协同，轰炸南京及其他要地，并不断表现出进击的气势，以资削弱敌人的战斗意志。
统帅部也在考虑根据今后情况，整顿好该方面军新的准备态势，使其攻击南京或其他地区。
３． 华南方面
在这一方面，情况允许时，计划将来以一部分航空兵力与海军同时争取切断粤汉、广九铁路。为使这一行动顺利进行，将从上海方面抽出约１个师团的兵力派到上述目的地附近，使之占领适当的飞行基地，目前正秘密准备现地侦察基地。
４． 准备长期战争和对苏警戒
为适应长期战争，期望不致错误估计对内外战斗力和补给能力的整备和加强……鉴于陆军战时对兵力之大半均出动到中国，不要给第三国，尤其是苏联以可乘之隙。为此，预定对满洲方面增加一部分国境守备兵力，并由国内再给增派１个师团。但应采取充分措施，不要因此给苏联以不必要的刺激。
日军攻占上海后，由于第１０军并未遭到中国军队的坚强抗击，部队伤亡甚少，于是乘胜西进，不愿遵守参谋本部所规定的作战地域限制线，于１１月１５日夜决定“以军主力独立果断地向南京追击”。当参谋本部致电令其停止前进时，“华中方面军”向大本营提出意见，强烈要求“攻占南京”，认为“现在敌之抵抗在各阵地均极其微弱，很难断定有彻底保卫南京的意图。在此之际，军如停留在苏州、嘉兴一线，不仅会失去战机，而且将使敌人恢复斗志、重整战斗力量，其结果要彻底挫伤其战斗意志将很困难，从而事变的解决越发推迟……为此，利用目前的形势攻占南京，当在华中方面结束作战。”“为了要解决事变，攻占首都南京具有最大价值。”“方面军以现有的兵力不惜付出最大牺牲，估计最迟在两个月内可以达到目的。”“我们认为第１０军随着后方的建立将可继续跃进，上海派遣军经过１０天的休整即可向南京追击。”
对侵华日军当局与大本营存在的这一矛盾，参谋本部内部的意见也不统一。经两天讨论，大本营终于屈服于侵华日军当局的意图，１１月２４日以“大陆第５号”命令“废除以‘临命’第６００号指示的华中方面军作战地境”界限，并预告“华中方面军”参谋长：“本部有坚强决心攻占南京。”“华中方面”军当日即制定了《第二期作战计划大纲》，进行攻占南京的准备。１２月１日，大本营正式下达“大陆第８号”命令，命“华中方面军司令官与海军协同，攻占敌国首都南京”，同时下达了“华中方面军”战斗序列令（编成的指挥系统与１１月７日“临参命”第１３８号下达的“华中方面军”的编组相同，即由“华中方面军”司令官指挥“上海派遣军”和第１０军）。２日，免去松井石根大将在“上海派遣军”的兼职，任命朝香宫鸠彦王中将继任“上海派遣军”司令官。
二、 中国政府对南京地区的抗战准备及作战指导
１９３２年１月２８日发生的上海事变促使国民政府在开始拟制国防计划的同时考虑首都的防守问题。参谋本部判断，一旦中日战争再度在沪爆发，日军必将在其航空兵掩护下，以陆军沿京沪铁路、海军溯长江向南京进攻。１９３２年１２月，在参谋本部内成立了城塞组，由参谋次长贺耀祖兼任主任，在德国顾问指导下，开始整修长江沿岸的江阴、镇江、江宁等各要塞，并准备在南京以东构筑国防工事。但由于当时国民政府主要致力于“安内”，所以随着《淞沪停战协定》的生效，拟订的防御计划未能贯彻执行，拟筑的国防工事未能完成。１９３５年夏，华北事变发生，接着又出现一场使华北脱离中央的所谓“华北自治运动”，使国民政府对日本的蚕食侵略政策有了深一步的认识，开始积极地进行抗战的准备工作。１９３６年２月令张治中负责在京沪间主要防御方向上构筑了吴福线和锡澄线两道国防工事线，组成南京外卫线防御阵地。在南京地区，则构筑了外围和复廓两道阵地：沿大胜关、牛首山、方山、淳化镇、青龙山、栖霞山至乌龙山要塞之线为内卫线的外围阵地；以南京城垣为内廓，环城以雨花台、孝陵卫、紫金山至幕府山要塞炮台之线为外廓。以上构成复廓阵地。在城内北极阁、清凉山等高地则筑成坚固的核心据点。
当淞沪战场日军大批增援部队由张华浜、川沙强行登陆后，面对日军由守势作战转为强大攻势作战的情况，中国大本营不得不认真考虑首都的防御问题。９月２日，一方面责成军事委员会执行部与南京警备司令部迅速修整南京地区工事及制订防御计划；一方面责成第三战区派军修整、加强吴福线、锡澄线工事，以备淞沪作战部队在“万不得已时，则退守后方既设阵地，作韧强之抵抗”，以“巩固首都”。
同日，蒋介石致何应钦的电令说：“首都附近各线阵地，应即编成。招募民夫，由教导总队派兵指导赶筑工事”；接着又电告南京警备司令谷正伦：“已电令第５３师、第７７师、第１２１师迅速开赴南京，归该司令指挥，加强首都附近之工事。预定７７师担任常州、宜兴、长兴一带；５３师担任浦镇、滁州一带；１２１师担任句容、天王寺一带。希妥为计划，并于到京后分别予以指示为要。”警备司令部在执行部的领导下制订了南京防御阵地编成计划。主要内容为：（１） 以大胜关至龙潭之线原国防工事为主阵地，简称“南京东南主阵地”；（２） 以雨花台、紫金山、银孔（凤）山、杨坊山、红（土）山、幕府山、乌龙山、栖霞山之线为预备阵地，亦称“复廓阵地”；（３） 在长江北岸，以浦口为核心，由划子口沿点将台至江浦县西端为主阵地，与东南主阵地夹江形成环形要塞；（４） 预计使用兵力，江南阵地为４个完整军（１２个师），其中主阵地带部署３个军，复廓地部署１个军（３个师），总兵力为５个军。计划虽经执行部请求统帅部核定批准，但预定调用的部队均未落实，第５３师、第７７师未到南京，第１２１师及第１６７师到达南京后又立即调往他处。
９月１日，蒋介石曾电令胡宗南第１军负责修整吴福线工事。９月３日，又改令顾祝同指派部队负责修整原国防工事，并构筑步兵野战工事。电令说：“查吴福、澄锡与沪杭各线阵地编成，除原有国防永久工事外，步兵掩体、指挥所、？望所、交通壕、障碍物、阵地交通路等多未完成。兹规定吴福线及锡澄线工事，由冯司令长官、顾副司令长官指派部队担任，沪杭线由张总司令发奎指派该区部队担任，分别负责构筑，统限９月２０日以前完成。”顾祝同认为兵力不足，回电说限期内可完成永久工事之修整，至于“步兵线野战诸工事，请钧座指定部队担任”。蒋介石于９月１０日致电第三战区司令长官冯玉祥，令第６６军担任吴福线守备及负责构筑步兵野战工事，并亲自进行部署：“查吴福阵地，应增强之步兵工事，急需构筑完成。兹着由６６军担任构筑并守备。其部署应如下：（１） 该军以1师担任吴江至阳澄湖以南阵地之守备，与步兵工事之构筑，其主力控制于吴县附近，并以步兵1团任殿山湖西南莘塔镇、周庄、陈墓及澄湖以西、同里镇以东、真义镇各据点之守备与步兵工事之构筑。（２） 该军以1师担任湘城镇经常熟至福山镇阵地之守备与步兵工事之构筑，其主力控制于杨（羊）尖镇附近，并以一部任梅李镇、浒浦镇各据点之守备与步兵工事之构筑。（3） 该军以教导旅任福山镇以西鹿苑镇、西塘桥、杨舍营、合兴街及其以北双桥西、新桥各据点之守备与步兵工事之构筑。（４） 其部署及步兵工事，限于９月２０日以前完成，具报为要。（５） 所有吴福阵地未完成之永久、半永久工事，着由城塞组派员会同该军长迅速完成。”由于蒋介石急于倾全力于淞沪会战，为便于直接指挥，９月１２日调冯玉祥为第六战区司令长官，自己兼任第三战区司令长官。第６６军于９月１５日刚刚到达吴福线，很快又被调至淞沪战场投入战斗。直至９月２４日，才由唐生智、顾祝同共同决定抽调第３３师的３个团和第７６师的４个团率领民工修整、构筑吴福线工事，预定２７日开工，１０月１０日完成。但未部署守备部队。
日军在杭州湾登陆后，统帅部感到事态严重，开始重视南京的防守问题。１１月中旬，蒋介石在南京连续召开了三次高级幕僚会议。第一次会议参加者有军政部部长何应钦、副参谋总长白崇禧、第１部（军令部）部长徐永昌和第１部第１厅（作战厅）厅长刘斐等。刘斐首先提出了自己的看法。他认为日军利用它在淞沪会战后的有利形势，必然以优势的海、陆空军和重装备沿长江和沪宁线、京杭国道等有利的水陆交通线西进。南京位于长江弯曲部，地形上背水，敌人可以由江面用海军封锁和炮击南京；从陆上也可以从芜湖截断我后方交通线，然后海、陆、空协同攻击，则南京将处于立体包围形势下，不易防守；而且中国参加淞沪会战的部队损失都很大，不经过相当时期的补充整训，也难以恢复战斗力。为贯彻持久抗战方针，应避免在南京进行决战。建议在南京作象征性的适当抵抗，然后立即主动撤退，使用兵力不超过１３个团。白崇禧首先表示支持，何应钦、徐永昌亦表示同意。在此之前，当统帅部决定淞沪部队后撤时，蒋介石曾电召陈诚到南京面商是否防守南京的问题。陈诚认为不应守，并从军事上陈说了不能守的诸多理由。但他又认为：就纯军事角度而言，避免在南京决战是正确的；但就政治角度而言，首都为国际观瞻所系，还是要守一守的。所以这次会议未作最后决定，仅同意淞沪会战中损失较大的部队调后方整补。１１月１７日，蒋介石又召开第二次会议，参加人员增加了训练总监唐生智、南京警备司令谷正伦及第１部副部长王俊等。在防守问题上，唐生智认为南京是首都，对国际视听影响很大，又是孙中山先生的陵墓所在；再者，为了掩护前方部队的休整和后方部队的集中，应阻止和延缓敌人的进攻，力主固守。蒋介石考虑到当时九