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１９３８年１２月６日，日本陆军省和参谋本部发布的《昭和十三年秋季以后对华处理办法》，对大本营的意图作了更具体、明确的规定。其主要内容是：
虽应利用攻占汉口、广州之余势，努力解决事变，但一定要迅速取得成果，预料尚有困难。为了对付长期作战，当将以前的对华处理办法明确修改，适应新的形势，作为处理秋季会战后的统一方针。
方针
以攻占汉口、广州，作为行使武力的一个时期。然后，主动地指导新中国的建设，特防止急躁。因此，目前最重要的是在其内部进行基本工作——恢复治安，并相应地推行其他各种政策。
虽然肃清抗日残余势力的工作，仍须继续进行，但主要有待于以坚强的军力为背景，进行谍报工作与政治工作。
要点
１． 如无特别重大的必要时，不企图扩大占领地区，而将占领地区划分为以确保治安为主的治安地区与以消灭抗日势力为主的作战地区。
２． 治安地区大体包括从包头连接黄河下游、新黄河、庐州、芜湖、杭州一线以东的地区，希望使该地区逐步安定。当前应迅速确立治安安全地区如下，即使以后国际形势发生变化，预定确保该地域，并以此为进行各种国防建设的范围。
河北省北部，
包头以东的蒙疆地方，
正太线以北的山西省，特别是太原平原，
山东省的重要部分（胶济沿线地区），
上海、南京、杭州的三角地带。
为了在上列治安地区，特别是在其中的重要地区迅速达到恢复治安的目的，当固定地配备相当的兵力，并努力使其实现长期自给的局面。
除上述重要地区外，为联系起见，当确保主要交通线（津浦线、京汉线北段、同蒲线等）。
３． 除上述以外的占领地区，则为作战地区。在武汉及广州地方各配置一支部队，使之在政治和战略上成为压制抗日势力的根据地。敌人集中兵力来攻击，则及时予以反击，消耗其战斗力。但力戒扩大缺乏准备的战线，进行小接触。为此，根据敌我形势而配备的兵力，要限制在必要的最少限度内。
４． 在中国的兵力部署，根据前二项精神逐步整顿改编。或者与新设部队调防，调回国内，逐步作长期持久性的安排。预计昭和十四年间基本形势大体可以形成。
为了准备下次国际形势的转变，必须在各方面努力减少驻屯的兵力和驻地兵力的消耗。
５． 对于战略上特别是政治上的重要地点，继续顽强地进行空战，同时依靠海上封锁等努力切断（敌方）残余的对外联络线，特别是输入武器的路线。
……
以上两个文件对日本停止战略进攻转为战略保守后所采取的新的政略、战略，特别是军事战略作了较为全面的规定。侵华日军后来的行动基本上是按照上述原则执行的。文件中所说的“治安地区”，就是中国方面所说的“敌后战场”；“作战地区”，就是中国抗日战争的正面战场。由此也可看出中国正面战场与敌后战场在统一的对日抗战中的地位和作用。日军既已放弃战略进攻，“不企图扩大占领地区”，主要着眼点是转向确保占领区，“扑灭抗日的残余势力”，“摧毁敌人的抗战企图”，同时也要继续在正面战场上进行有限攻势的作战，并加强战略轰炸，对中国施加压力。
３． 实行“以华制华”、“以战养战”
“以华制华”，就是扶植亲日政权（即汉奸政权），从政治、文化等各方面笼络人心。这从日方连篇累牍的文件、声明中都可以看得出来。它所说的“主动指导新中国的建设”，首先就是指伪政权的建设。除扶植当时已存在的北平（名为“中华民国临时政府”，伪政权成立后改北平为北京）、南京（名为“中华民国维新政府”）、张家口（名为“蒙疆联合自治政府”）等地的伪政权外，其主要目标是成立以汪精卫为首的伪中央政权，将各地方伪政权统一起来，以取代国民政府；至少使国民政府地位下降，使其沦为地方政权。至于东北伪政权，因日本早已把它算作一个“国家”，故不在此列。
“以战养战”，即在其占领区内加强经济掠夺，以适应侵华战争长期化的需要，补充其国力的不足。这也就是以上文件中所说的“努力实现长期自给”的要求。据统计，驻华北、华中侵华日军在１９３９年的自给率分别达到３６％和４１％，１９４０年分别达到４５％和７５％，可见其掠夺之残酷。
４． 调整兵力部署建立长期作战和灵活体制
日本侵华，原想速战速决，未作长期打算。随着中国的坚韧抵抗，战争规模扩大，战线延长，日本逐次增加兵力，陆续建立了“华北方面军”、“华中派遣军”（开始是“上海派遣军”）、华南第２１军等地区性指挥机构。这些地区性指挥机构仍各归日本大本营直接指挥。１９３８年以后，大本营深感这种指挥体制头绪繁杂，有诸多不便，不利于及时组织战场协同，延误时机，不适于长期作战，因而于１９３９年９月２３日在南京设立“中国派遣军”总司令部，以西尾寿造大将为总司令官，以板垣征四郎中将为总参谋长，统一指挥侵华日军，并作为拟议中的汪精卫傀儡中央政权的监护（“中国派遣军”总司令部设立后，“华中派遣军”撤销）。
至１９３９年底，侵华日军基本上完成了对华作战新体制和与之相适应的兵力部署。“中国派遣军”所属部队共有２５个师团、１８个独立混成旅团、２个混成旅团、１个骑兵集团、１个飞行集团又１个独立飞行队和海军的“中国方面舰队”，总兵力约８５万人。这些部队（不含海军）分成为４个战略集团。其各自的兵力及任务为：“华北方面军”有３个军司令部（第１军、第１２军、驻蒙军）、９个师团（第２７、第３５、第１１０、第３６、第３７、第４１、第２１、第３２、第２６师团）、１２个独立混成旅团（独立第１、第７、第８、第１５、第３、第４、第９、第１６、第５、第６、第１０、第２混成旅团）和骑兵集团，负责确保已占据的华北地区的“安定”，恢复河北北部、山东、山西北部及蒙疆等重要地区的“治安”，并确保各主要交通线；第１１军部署于武汉地区，辖有７个师团（第３、第６、第１３、第３３、第３４、第３９、第４０师团）、２个独立混成旅团（第１４、第１８混成旅团），负责对中国军队的主力部队进行战役上的有限攻势作战，以达到其战略上的保守任务；第１３军部署于苏、浙、皖地区，辖有４个师团（第１５、第１７、第２２、第１１６师团）、４个独立混成旅团（第１１、第１２、第１３、第１７混成旅团），负责确保庐州、芜湖、杭州一线以东占据地区的“安定”，恢复京（南京）、沪、杭地区的“治安”及确保各主要交通线；第２１军部署于广州、汕头及海南岛地区，辖有４个师团（第５、第１８、第３８、第１０４师团）和２个混成旅团（台湾、近卫旅团），负责切断中国的海外补给线路。“中国派遣军”直辖第３飞行集团，下属有７个侦察机中队、４个战斗机中队、３个重轰炸机中队和４个轻轰炸机中队，总计有作战飞机１８３架。日本海军“中国方面舰队”部署于中国沿海，辖有３个遣华舰队（第１、第２、第３遣华舰队），２个联合航空队（第２、第３联合航空队），汉口、海南岛、广东、厦门、青岛、上海６个特别根据地队，南京、九江、舟山３个基地队及横须贺、佐世保、上海３个特别陆战队等。共有舰载及陆基作战飞机１４５架。
从上述日军政略、战略的变化和兵力的部署中可以看出，日本军事打击的重点已经从正面战场转向敌后战场，加强了对华北及华中占领区八路军和新四军抗日部队的作战力量。
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第七部分：相持阶段前期的作战
国民政府调整抗战方针
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广州、武汉失守后，中国抗战也面临着新形势。如何看待前１５个月抗战的得失？如何继续抗战以争取胜利？迫切需要作出回答和决策。１９３８年５月，毛泽东在《论持久战》中指出：中国将变为独立国还是沦为殖民地，不决定于第一阶段大城市之是否丧失，而决定于第二阶段全民族努力的程度。如能坚持抗战、坚持统一战线和坚持持久战，中国将在此阶段中获得转弱为强的力量。鉴于广州、武汉失守的形势，国民政府军事委员会于１９３８年１１月１日至３日在长沙、２５日至２８日在南岳（衡山）相继召开军事会议。按蒋介石的说法，会议的目的“就是要求得出一个以后作战可操必胜的具体方案”。
１． 策定新的抗战指导方针
蒋介石在南岳军事会议上的讲话中把抗战全过程设想为两个时期：自“七七”事变到武汉失守为第一期抗战，此后为第二期抗战。他说：“在第一期战斗过程中，我们虽然失了许多土地，死伤了许多同胞，表面上我们是失败了；但从整个长期的战局上说，是完全成功。最大的成功是什么呢？就是我们争取胜利战略上一切布置的完成，亦就是我们已经依照预定的战略陷敌军于困敝失败、莫能自拔的地位……第二期抗战，就是我们转守为攻，转败为胜的时期。”“敌人兵力的使用……已经到了最大限度，今后他再不能有更多的兵力使用到中国来，而且他已经派到中国境内的这许多部队随战区扩大而力量分散，已疲惫不堪……所以敌人的侵略战争，今后只有一天天的随兵力之消耗减损而趋于失败。在另一方面，我们过去虽然遭受了挫失，但我们的挫失，客观上也只是到此限度为止；从今以后，由于作战经验的增加，战略布置的完成，以及军实的增强和敌我力量消长，士气盛衰对比，我们胜利的把握和信心一天一天提高起来。”
会议根据第一期抗战的经验教训和当前敌我态势及其发展趋向，策定第二期抗战的指导方针为：“连续发动有限度之攻势与反击，以牵制消耗敌人。策应敌后方之游击部队，加强敌后方之控制与袭扰，化敌后方为前方，迫敌局于前线，阻止其全面统制与物资掠夺，粉碎其‘以华制华’‘以战养战’之企图。同时抽出部队，轮流整训，强化战力，准备总反攻。”总的战略仍然是持久战，但第二期抗战指导方针较之第一期有了更为积极的内容，其侧重点不再是“以空间换取时间”，而是以有限攻势和反击，与广泛的敌后游击战相结合，牵制消耗敌人，打破敌人的企图，并准备反攻。
中共中央代表、军事委员会政治部副主任周恩来参加了长沙军事会议和南岳军事会议，八路军参谋长叶剑英也参加了南岳军事会议。他们都对新的战略方针发表了重要意见，强调游击战的战略作用。蒋介石采纳了这些意见。在南岳军事会议上，他还曾提出“游击战重于正规战”的原则，并决定举办西南游击干部训练班，为大力开展游击战争培训骨干。
２． 重划战区调整部署简化指挥系统
根据武汉会战的敌我态势和新的作战方针，军事委员会重新划分战区和兵力配备。正面８个战区是：
第一战区，司令长官卫立煌，辖区为河南及皖北一部，兵力１２个步兵师、１个骑兵师、１个步兵旅、１个骑兵旅及其他特种部队。
第二战区，司令长官阎锡山，辖区为山西及陕西一部，兵力３２个步兵师、５个骑兵师、１４个步兵旅、３个骑兵旅及其他特种部队。
第三战区，司令长官顾祝同，辖区为苏南、皖南、赣东及浙江、福建，兵力２２个步兵师、２个步兵旅及特种部队。
第四战区，司令长官张发奎，辖区为广东、广西，兵力１８个步兵师、２个步兵旅及特种部队。
第五战区，司令长官李宗仁，辖区为皖西、鄂北、豫南，兵力３４个步兵师、１个骑兵师、１个骑兵旅及特种部队。
第八战区，司令长官朱绍良，辖区为甘肃、宁夏、青海，兵力６个步兵师、４个骑兵师、９个步兵旅、４个骑兵旅及特种部队。
第九战区，司令长官陈诚（薛岳代理），辖区为赣西北、鄂南及湖南，兵力５２个步兵师及特种部队、游击部队等。
第十战区，司令长官蒋鼎文，辖区陕西，兵力９个步兵师、１个骑兵师、１个步兵旅、１个骑兵旅。
新设的两个敌后战区是：
鲁苏战区，总司令于学忠，辖区为山东及苏北，兵力７个步兵师及游击部队。
冀察战区，总司令鹿钟麟，防区为河北、察哈尔，兵力５个步兵师、１个骑兵师、河北民军等。
另有９个步兵师、１个步兵旅担任川、滇、康大后方之警备；２３个步兵师直属军事委员会，为战略机动部队。
以上中国军队全部兵力为２４２个师又４０个旅（至１９３８年底），海、空军及炮兵等未计。
为改进指挥，提高效率，使统帅部和战区命令能迅速下达，军事委员会认为原有的军事委员会、战区、兵团、集团军、军团、军到作为基本战略单位的师，共有７级指挥机构，层次太多，传达指挥不灵便，往往贻误战机，因此决定取消兵团和军团两级，以军为基本战略单位；同时还撤销师编成内的旅级机构，由师直接指挥团。此外，还撤消了军事委员会湘、桂、陕、甘各地行营。改设桂林、天水两个行营，分别指挥南北战场的作战。
３． 整建部队增强战力
抗战以来，中国军队与优势日军作战迭经重大战役，兵员装备损失严重，多数部队因伤亡过重而缺额