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《爱弥儿》是一部讨论教育问题的哲理小说，全书共五卷，前四卷叙述爱弥儿在婴儿、幼年、少年和青年四个时期的成长经过和“我对他所进行的教育”；第五卷叙述对爱弥儿未来的妻子苏菲亚的教育。
作者在总论里说，无论何物，出于自然的创造都是好的，一经人手，就弄坏了，虽然如此，如果没有一种教育，事情将愈加不好。植物由于栽培而成长，人由于教育而完成。现在设想一个名叫“爱弥儿”的人，作为我的学生。
婴儿期进行体育的教育。婴儿期是一生的第一期，在这之前，和诞生前没有多大差别，他还没有意识到自己的存在，在这之后，各方面同时发达了，懂得了语言、饮食和行走。人的教育，即始于其诞生的一刻。但教育的目的，也只有“顺乎自然”而已。
从两岁到十二岁是感官的教育。过于严酷和过于宽大，都是教育必须避免的。在任何事情上，身教应多于口训。责罚不可加于儿童，只有让他明白他的恶行的自然结果。不要仅仅因为他们撒谎而处罚他们，而要使他们明白，如果撒谎，则谎言的种种不良后果，都要落到他们的头上。孩子的性情暴烈，碰到什么就搞坏什么，你不要生气，只须把他能够搞坏的东西都放在他拿不到的地方，让他感觉不便。他打破窗子，你就让他昼夜都受风吹，或者让他在一间没有窗子的黑屋里呆上几个小时。我不强迫儿童讲诚实，以免他恐惧压迫反而隐匿，不使爱弥儿只依赖别人的意志和判断。对于儿童，凡事不能强迫，让他在学习中感到快乐和兴味。
从十二岁到十五岁是智的教育的时期。我主张的教授法，不是要使儿童知道许多事物，而是要使他的知识没有差错。我为儿童打通通向求知的道路。
从十五岁到二十岁是道德、宗教教育的时期。自爱常常合于自然的秩序。儿童最初的感情，就是自爱，其次才是根据自爱而爱身边的人。扩大自爱而爱他人，这就变为道德。道德是我们每个人心中都有的。要想使爱弥儿成为真理的仰慕者，真理的获得者，那么，就应当使他放弃自己的全部私利。至于用哪一种宗教去教导他，这事我决不引导他，他必须有自己以为正当的信奉，即自然的宗教。基督徒企图把自然的宗教同无神论混为一谈，其实两者的观点截然相反，真正的宗教的义务，不受人类制度的影响。不管你在哪一个国家，哪一个教派，都应当爱上帝胜于爱一切，爱邻人如同爱自己。任何宗教都不能免除道德的天职，在这些天职中，最重要的是内心的崇拜，没有信念，就没有真正的美德。
最后一卷叙述对菲亚的教育。凡人独居，是不适宜的，爱弥儿现在是一个男子，我们答应给他介绍一个女伴。由于男女在心理上有显著差异，男子主动而强劲，女被动而柔弱，如果要好好地教导女子，还需要常常听取自然的启示。男女的特性都是自然规定的，因此必须尊重自然。女人像一个女人，是好的，如果像一个男人，就不好了。
卢梭的教育思想的出发点是“返回自然”。在《爱弥儿》第一卷的开头，作者指出：“出自造物主之手的东西，都是好的；而一到人手里，就变坏了。”卢梭认为，人的本性是善的，腐朽的社会文明使人堕落了。在卢梭看来，封建社会和封建文化教育是损害人的自然本性的罪恶渊薮。尽管这样，卢梭仍然重视教育。他认为，如果没有教育，封建制度及其文明将扼杀儿童的善良本性。卢梭认为，教育者的任务在于促进人的美好天性的发展，因此，他主张按照“自然法则”对儿童进行教育，让他们摆脱教会和封建阶级的影响，身心得到自然而健康的发展。
卢梭主张用自然社会对抗封建社会，根据这一观点，卢梭认为劳动人民和他们的子女，远离文明社会，接近自然状态，因此没有必要对他们进行教育。而富人不但自己不参加劳动，反而占有他人的劳动成果，他们的阶级偏见已经远远背离了自然状态，因此，应当对他们进行重新教育，同时正确教育他们的子女，这样才能根治社会的弊病。基于这种想法，卢梭有意识地虚构了一个贵族子弟，作为教育的对象。
卢梭主张对爱弥儿进行“顺乎自然”的自由教育，解放学生的个性，使它得到全面发展。为了达到这个目的，卢梭为爱弥儿安排了一个远离城市、有利于身心健康发展的自然环境。根据学生身心成长的自然进程，分阶段进行有关体育、感官、智育、德育、宗教和爱情等方面的教育。从童年开始，卢梭让爱弥儿在大自然中光头赤脚，尽情地奔跑、跳跃。通过接触农民，接触实践，使爱弥儿获得对生活的认识。卢梭不反对宗教信仰，但他主张让爱弥儿信仰自然神教而不是天主教。经过这样的教育，爱弥儿被培养成一个体魄健全、热爱劳动、朴实自然、独立思考的自由人，这是卢梭理想中的新人。
卢梭的教育思想，是对当时的封建教育和宗教偏见的彻底否定，体现了资产阶级人道主义教育思想。卢梭关于把学校从教会的管辖下解放出来、贵族环境最违反自然、贵族子弟最需要教育、把学生培养成自然神论者和普通劳动者等一系列思想，是同贵族教育和贵族偏见针锋相对的。由于《爱弥儿》一书具有明显的反对封建专制和宗教偏见的倾向，它的问世，极大地鼓舞了新兴资产阶级反对封建专制制度的斗争，同时也引起了反动势力的恐惧。《爱弥儿》出版后，专制政府立即下令焚烧此书，作者本人也因此遭受了残酷的迫害。
卢梭教育思想的核心，是资产阶级人性论和个人主义。他关于教育和改造贵族的计划，只是一个天真的幻想。卢梭关于女子教育的思想，仍然没有摆脱封建偏见，表现出“男性中心主义”的倾向。
《爱弥儿》出版以后，卢梭遭到了封建政建政府和教会的迫害，精神上受到了很大的刺激。在流亡的岁月里，他感到有必要为自己辩护，于是着手写作《忏悔录》。
《忏悔录》是一部自传小说，它是一个民平知识分子对封建专制制度的大胆挑战，是维护人权和尊严的宣言书。在这部作品中，卢梭自认为他比那些迫害他的人，要纯洁高尚得多。他说：“万能的上帝啊，我的内心完全暴露出来了，和你亲自看到的完全一样，请你把那无数众生叫到我跟前来！让他们听听我的忏悔，让他们为我的种种堕落而叹息，让他们为我的种种罪恶而羞愧。然后，让他们每一个人在您的宝座前面，同样真诚地披露自己的心灵，看看有谁敢于对您说： ‘我比这个人好？’”
卢梭从人性论出发，认为人性本善，但是罪恶的社会环境却使人变坏。卢梭讲述了自己的“善良本性”：家庭环境充满柔情，古代历史人物给了他崇高的思想，“若能继续下去，当然会决定我一生的性格”。然而，由于社会环境的污浊，人与人之间关系的不平等，使他受到了腐蚀：他撒过谎，偷过东西，诬陷过好人，调戏过妇女。卢梭通过一生的坎坷遭遇，无情地控诉了专制社会对人的腐蚀和迫害。都灵宗教收容所的黑暗，里昂城外税吏的残忍，巴黎上流社会的腐化……卢梭将批判的矛头指向了整个封建统治阶级，对广大的被侮辱被损害者，则倾注了深切的同情。这部自传名为“忏悔”，实则对社会的“控诉”。
在这部自传中，卢梭对自我进行了热烈的颂扬。卢梭把自己作为“人”的一个标本加以剖析，描绘了自己个性的形成和发展。卢梭大力倡导个性自由和个性解放，这部自传成为了一部活生生的个性解放的宣言书。卢梭的个人主义在当时有它积极的一面。在封建专制制度下，第三等级一直被践踏，受屈辱。卢梭肯定人的价值，主张个性解放，表现了一个平民知识分子对封建社会的强烈抗议。同时，应该看到，卢梭虽然热衷于描绘自我个性，但这种个性毕竟是一定社会关系中的个性，这是他常常忽视的；卢梭提倡个性自由，却又常常把它加以绝对化。
卢梭在这部自中，表现出了惊人的坦率。卢梭曾经这样说：“我以同样的坦率讲述我的美德与罪过，我没有掩饰半点坏处，也没有添加丝毫德行……我完全按本来面目把自己表现出来，或可鄙、可恶，或善良、慷慨、高尚，都一一按当时的真实情况来讲述。”卢梭以一种前所未有的细腻入微的心理分析和自我剖析，赤裸裸地写出了他自己的思想感情。卢梭大胆地叙述自己的缺点和过错，他撒过谎，偷过东西，诬陷过好人，调戏过妇女。卢梭的真诚和坦率达到了令人难以置信的程度，从而使这部自传成为文学史上的奇书。
卢梭的作品致力于表现个性解放的精神。卢梭强调个人在社会中的作用，热情地赞扬自我；卢梭肯定感情在文学中的地位，注重对感情的描写，整个作品充满一种激情的力量；卢梭热爱大自然，他的作品中有不少情景交融的篇章。以上三个方面，构成了卢梭文学作品的特点，它们对十九世纪欧洲浪漫主义文学产生了深刻的影响。