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居正对付土蛮的主张，在万历五年上半年他给张学颜的信里可以看到：
西虏俺答之求贡，自嘉靖十六、七年始矣，我畏之而不敢许。然当其时，庙堂失策，制御乖方，虽许之，固未如今日之款顺也。比以那吉来降，归之以礼，彼遂感思慕义，执我叛人，复申前款，我乃因而许之，盖机缘凑合，名义正大。故当时纷纷之议，皆以为不可许，仆独以为可，皆以盟约为不久，仆独保其无他，盖度彼既感吾放麂之恩，而又适惬其平生之愿，芳饵入口，不能自脱。夫事美成在久，恶成不及改。今东虏于我，非有平生恳款之素也，非有那吉纳降之事也，非有执叛谢过之诚也，侵盗我内地，虔刘我人民，其迫胁无礼如此，堂堂天朝，何畏于彼而曲徇之乎！且西虏以求之恳而后得之，故每自挟以为重：今若轻许于东，则彼亦将忽而狎视之，他日且别有请乞以厚要于我，启衅渝盟，必自此始，是威亵于东而惠竭于西也。故在今日，宜且故难之，以深约其欲，而益坚西虏之心。异日者，东虏之敢大举深入，以西虏为之助也。今东虏有求而不获，则西虏以我之重之也，亦挟厚赏以自重，必不从东虏矣。虏不得西虏之助，则嫌隙愈构而其势愈孤，而吾以全力制之，纵彼侵盗，必不能为大患；是吾一举而树德于西，耀威于东，计无便于此者矣。昔人云：“自非圣人，外宁必有内忧。”今主上冲年，国家幸而无事，宴安鸩毒，将发于不虞，益姑释此以为外惧乎？仆怀此意，未敢语人，兹因询及，敢略陈其概。虽然，辽人病矣。语日：“头痛治头，足痛治足。”今虏祸方中于辽，辽以一镇当全虏之势，病在足之时矣。不急治之，且将为一身忧！辽人素称忠勇，但苦兵寡耳，然欲足兵，必先足食，兵食既足，乃可言战。一战而胜，则东虏之气挫，而西虏之好益坚，此数世之利也，愿公熟虑之。（书牍九《与张心斋计不许东虏款贡》）
万历三年，部院曾有一些变更。六月都察院左都御史葛守礼致仕，以陈瓒为左都御史，九月礼部尚书万士和致仕，以马自强为礼部尚书，刑部尚书王之诰致仕，以王崇古为刑部尚书。老成雕谢，是一件无可奈何的事，但是居正底地位，已经稳定，这些变更，对于政局不发生重大的影响。但是万历五年，却发生一件与兵部有关的变更。四月兵部尚书谭纶死了，改刑部尚书王崇古为兵部尚书，以戎政尚书刘应节为刑部尚书。谭纶是一位威名卓著的督抚，调任兵部尚书以后，困为居正负的责任太多了，似乎没有多大的成就。但是他这一死，引起一点小小的波澜。自从明代注意边防，着重蓟辽和宣大方面以后，蓟辽和宣大隐隐成为两个系统底对立。这个决然不会有近代直系、皖系，或是日本长阀、萨阀那样严重，而且相差的程度，还是非常之远，但是隐隐约约地有一些淡微的影子。这个当然不是国家之福，眼光锐利的政治家，便应当立即把这个影子冲淡。蓟辽出身的谭纶死了，居正便用宣大出身的王崇古入兵部，同时更调蓟辽顺天巡抚王一鹗为宣府巡抚。起用致仕的陈道基为顺天巡抚。居正给一鹗说：
宣、蓟唇齿之势，异时两镇视如秦、越，虏祸中于蓟，则宣人安枕，虽得虏情，不以实告。今移公于宣者，所以为蓟也。抚镇协和，文武辑睦，边境之利也，而好事者反以此为忌，往者南中之谤，未必不自此中启之。去岁微闻阅视君（指阅视大臣郜光先，见书牍八。）亦有此言。今去公于蓟者，所以全公也。近日蓟台有缺，每从司道中进，以其习于蓟事也，而好事者亦用此为忌，每言蓟中之任，皆取总兵所欲者而用之。昨见公移镇，辄私语曰，代者必某人也，是总兵所喜者也。斯言也，不惟不利于总兵，且不利于司道也，故出其不意，而远求于林下之人。乃陈公又仆素所援用者，其人达于事理，不吐不茹，萧规曹随，必获同心之济。故用陈公，则公虽去，犹未去也。仆十余年来，经营蓟事，心力俱竭，今一更置间，而其用意之深如此，他人安得知之。恃公至厚，故敢略陈其概。新本兵虽颇不悦于蓟人，然亦非故作异同者，况今大事，皆仆面奉高断而行，渠安能逞其私意，辄有所更张乎？顷闻外间云云，仆即以晓之，渠亦深省。恐彼中将吏，未达此意，或怀疑惧，愿公譬谕之也。（书牍九《答宣大王巡抚言蓟边要务》）
自从隆庆二年，谭纶、戚继光二人改调蓟辽以后，他们成为北方的重镇。居正始终对于蓟镇极力维护，所以假如蓟辽成为一个系统，那么这个系统底后面，便有居正底影子。居正生前，对于一切攻击继光的人，都提出严正的论驳，因此居正身后，对于居正、继光不满的人，甚至质问两人相结，“意欲何为．莫非要造反？”（见书牍十二《答总兵戚南塘授击土蛮之策》懋修注）当然这是妄说。居正底心理，只是为的国家。然而他对于继光的爱护，委实有些使人嫉妒。万历四年部光先巡边，继光又托谭纶提出总理和阅视大臣见面的礼节问题，居正一边吩咐光先，一边和继光说：
窃意今日，当以钦命为重，不在兵衔之有无。谦以自处，见者自然悦而敬之。其差去部公，当预为足下先容，必加优礼，决不以庸众相待也。（书牍八《答总兵戚南塘》）
这一个短简后面，流露无限的好意：“亲之如子弟”，居正自己也说过。郜光先去了以后，对于数年以来，蓟镇没有边功这一点提出了，他也说到南兵调北，没有存在的理由。也许他不能认识居正当日的用心，所以有这一番议论。居正只有和他说：
大抵蓟镇之势，与他镇不同，其论功伐，亦当有异。盖此地原非边镇，切近陵寝，故在他镇，以战为守，此地以守为守，在他镇以能杀贼为功，而此地以贼不入为功，其势居然也。至于调用南兵一节，实出于万不得已。盖因往时议者，咸极言延、宁边兵入卫之苦，为之罢减四枝。蓟镇分区而守，罢一枝则一区失守，又不可弃地与贼，于是谭总督、戚总兵乃建言昔在浙中部曲，尚多素所练习者，可顶所罢之数，因以教练火器，整理车营，故不得已而用之。今若以为虚费而无用，即当罢之，则宜思戍守不可缺人，或仍复入卫边兵，或与本镇地方抽换。不然，陵、京重地，宁敢忽视之乎？此中事体，其说甚长，统俟面悉。（同卷《答阅边郜文川言战守功伐》）
当时主持议论的人，已经忘去南兵底作用了。他们只觉得在太平的时期，北方的军队同样能摆边，那么要南兵做什么？议论多了，连居正也无法遏止，他甚至说：“人尝笑南兵无用，徒靡厚切。今若乘其入犯，一战而胜，则群呼自息，而虏亦寝谋。”（书牍九《答宣大王巡抚言蓟边要务》）但是当时的人，却忘去在继光初到蓟镇的时候，北方的兵士，不守军令，后来看到在大雨如注的当中，浙兵三千，从早晨到下午，立在雨地下面，一动也役有动，这才知道军令底严肃。蓟镇底安定，一切都从训练着手，这三千南兵，便是当时的模范军。时代推演得真快，这已是将近十年的事了。大家看到南兵无用，认为蓟镇不能打仗；得空的时候，大家还得到蓟门走一趟，再不然、便介绍几个山人去拜访戚总兵。凡是京城来的人，戚总兵只得竭诚招待，有吃有喝，甚至还要陪着做一、两首诗，提倡风雅，临到告别的时候，当然再是一大笔程仪。有什么办法呢？继光只有敷衍他们。
苦心维持继光的，只有居正。在蓟辽和宣大这两个系统对立的时候，居正甚至特别维护宣大。借此减轻一般人对于蓟辽的嫉视。宣大的督、抚大多是宣大出身的人，但是万历五年，林下的陈道基起用为顺天巡抚了；同年兵部左侍郎梁梦龙调任蓟辽总督，万历九年，宣大总督吴兑调任蓟辽总督。这是为的什么？居正曾经指出好事者“每言蓟中之任，皆取总兵所欲者而用之。”只有这样，才能免去无味的议论，才算是真真爱护戚继光。一切都是为的国家。在大众指摘继光的时候，居正说：“若举全镇防守之功，委无所损；数年以来，一矢不惊，内外安堵，此其功宁可诬乎？猫以辟鼠为上品，山有虎豹，藜藿不采，又不以搏噬为能也。”这是居正底见地。
万历四年，居正开始推动一条编法。为用语便利起见，有时也称为条编法。研究赋税的人，常时谈到条编，认为这是明代赋税方法底改进。在大体上，这句话是不错的，其实还有稍许的不同。赋税是赋税，条编法只是徭役方法底改进。明代认定人民有替国家服役的义务。这项义务分为两种。一种是力差，这是当真为国家做事。府、州、县有银库，看守银库的称为库丁；各驿有廪给库，看守的也称为库丁：也许有人认为这是好差使，但是银有银耗，粮食也有粮耗，一切的亏折，都责成库丁包赔，便成为最大的苦差。库丁总算在社会上保持相当的身分，还有人充当。其余看门的有门皂，防河的有防夫，管囚犯的有禁子，维持治安的有弓兵：他们在社会上的地位更加低落，大家只得另行雇人代充。雇人的是乡间的老农，被雇的是城市的地痞，于是被雇的人不时下乡，向老农们讨索工食，“雇员”压迫“雇主”，成为老农的祸害。以上是力差。
其次还有银差。州、县官要用柴薪，柴薪派在民众身上；要养马，马草、马豆也派在民众身上。儒学是教官和廪、增、附生讲学的场所，他们吃的是国家的廪米，但是斋夫、膳夫这些差使，也派在民众身上。当然这不是直接要民众做事，只是要民众出钱，所以称为银差。州、县官是替国家办事的，儒学的教谕，训导，和这一批廪、增、附生们是研究圣经贤传的，但是他们第一还得先替自己办事，建筑私经济底基础。谁能不替自己打算呢？在官员们审查和编制银差的时候，各人都得尽先挑选殷实而没有势力的富户，替本衙门办差。被官员瞧得起的民众，实际成为官员手下的肥羊、大猪，听候宰割，而不肖的官员们，其实只是穿靴戴帽的强盗，审查编制，只是盗匪们请财神的手续。这是所谓银差。（见《图书集成·食货典》一五一卷《刘光济差役疏》）
力差、银差成为民众极大的痛苦，于是国家推行均徭法。各县把民众分为十甲，每年由一甲承当本县的一切徭役。在理论上这是最公平的了，从第一甲到第十甲，周而复始，轮流当差，还有什么不平的？但是在审编的时候，这十甲民众底经济能力，未必能够编配平允，每年的徭役，也是时常变动：经济能力和经济负担，不能支配得当，便成为甚大的不平。其次，一甲以内，各户底经济能力不同，社会地位又不同，因此在支配担负的方面，更发生种种的歧视。还有一点，在不当差的九年中，民众因为不受政治的压迫，乐得生活稍为优裕一点，当然谈不上积蓄；但是到了当差这一年，一切的苦难都来了，官员底压迫，廪、增、附底压迫，地痞底压迫，都落到民众头上，这一年便是他们典妻鬻子，倾家荡产的一年。政治的不良，制度底不良，一齐造成最大的人祸。
隆庆初年，江西巡抚刘光济上《差役疏》，历指均徭之弊六点：
每岁徭银，原有定额，而各甲丁粮，多则派银数少而徭轻，少则派银数多而役重，其弊一也。所编之差，有正银一两而止纳一两者，此必势豪势缘者得之，有加至一倍以至数十倍者，此必平民下户无势力者当之。此患在不均，其弊二也。北方则门丁事产肆者兼论，南方则偏论田粮，粮多差重则弃本逐末，以致田日贱而民日贫，其弊三也。粮多殷实之家，平日则花分诡寄以图轻差，及至审编，则营求贿嘱以脱重差，其弊四也。岁岁审编，公门如市，官吏开贿赂之门，里胥恣索骗之计，其弊五也。丁粮剩利归于官，小民不蒙轻减之惠，其弊六也。有此六弊，小民困累已极。且应直之年，役重费繁，力不能胜，大抵人情皆安于目前，既不能积十年之费以待一年之输，是以一年当差，即九年未得苏息，而倾家荡产者相比也。
在这个情形之下，才提到改革。第一个提倡的是浙江巡按御史庞尚鹏。他主张把往年编某为某役的办法，完全停止：重行核定有丁无粮者，编为下户；有丁有粮者，编为中户；粮多丁少，和丁粮俱多者，编为上户。在这个计划下面，一县差役，完全由州、县官募人充当。力差按照工食之费，量为增减；银差按照交纳之费，略加银耗，一县的总数决定以后，按照丁、粮比例，完全派到丁、粮里面，随同完纳。这就是一条编法。嘉靖四十五年，尚鹏在浙江曾经推行过这个办法。周如斗在江西巡抚任内，也奏请推行条编，但是不久如斗死了，到隆庆初年，由继任江西巡抚刘光济再行奏请，隆庆四年，在江西全省推行。（万历本《明会典》卷二十）是年十月，庞尚鹏为福建巡抚，奏请推行一条编法。（《明纪》卷三十九）所以条编法底推行，是从南方的浙江、江西、福建开始的。
条编当然有条编底利弊。隆庆元年户部尚书葛守礼便曾经揭出“吏书夤缘为奸，增减洒派，弊端百出。”守礼是当时有名的大臣，他底议论，当然有相当的价值，但是他只看到条编底阴影。从大体方面讲，条编是一个极大的进步。徐希明曾经说起：“丁粮差重者派