五十二年正月初陆续到达台湾府城及北淡水，原驻澎湖之兵亦于十二月十四日到台湾府。
此时，增援台湾的清兵有一万三千余名，台湾本府有额设驻兵一万二千余，两者相加为二万五千余，还有广东及泉州等移民中支持清军的“义民”，人数并不少于天地会起义军。官兵军器远远超过义军，枪炮弹药皆比林爽文、庄大田部更为充裕，如果统帅调度有方，将弁奋勇，本来是会很快扭转战局的。但是，一则台湾额兵缺员太多，且极懦弱，再则更为重要的是主帅怯战畏敌。福建水师提督黄仕简，虽然是将门之家，很早就袭封一等海澄公，历任衢州总兵、湖广提督、广东提督等职，但并末打过多少大战，此时又年老有病，更为胆小。任承恩虽系勇将总兵任举之子，却未能继承父志刻苦习武，“素不知兵”，不过一纨绔子弟。黄仕简驻府城，“卧病床榻”，仅派台湾总兵柴大纪北取诸罗，总兵郝状猷南取凤山，自己却长期拥兵坐守郡城。柴大纪率兵二千余名，在“义民”的支持下，于五十二年正月二十一日在外山部竹地方与会党交战，擒获将军廖东等人，二十二日又获军师侯辰、吴映、张请先等人及“番妇”八十余人，攻下诸罗县城。”郝状猷带兵三千余名，南出二十里即为义军拦阻，顿兵四十余日，才收复离府城仅八十里的凤山空城。任承恩于正月初到达彰化县属的鹿港后，观望等待，不敢进攻四十里外的林爽文家乡大里代军营。郝状猷因凤山县城空无居民，遂招民复业，庄大田乘机派遣会员混入城内，并于三月初四日起猛烈进攻。郝状猷虽统兵二千余名守城，但胆怯畏战，于初八日弃城而逃，遁归府城，凤山县城又落入义军手中。林爽文与庄大田分别率军攻打各地官兵和“义民”村庄，尽力截断府城与鹿港的联系，势力迅速发展。
面对义军的强大攻势，水师提督黄仕简与陆路提督任承恩皆胆怯惧战，一个是“株守郡城”，另一位则静坐鹿港，又因二人官衔相当而互不相下，“彼此观望”，只是不时檄令总兵、副将、参将、游击等官，分率所部，前往堵御义军在各处的进攻，时东时西，时南时北，疲于奔命。清军处于严重被动的局面。
乾隆帝在批准常青派遣水陆提督赴台之后，既迫切盼望捷音，又有些担心。他于二月初一日得悉黄仕简于正月初四日抵鹿耳门、任承恩初六日到达鹿港的消息时下谕说：“此等么么贼匪，原不过一时乌合，现在黄仕简、任承恩督兵会合搜剿，自无难立时扑灭。”［11］但是，他又因黄、任俱系提督，恐其不能和衷共事协同征战，于二月初七日下谕，申斥黄、任二人，催促调任湖广总督的原闽浙总督常青渡台统辖全军。谕旨说：黄仕简、任承恩抵台已逾一月余，“何以至今尚未据奏报剿贼消息”，著传旨严行申饬。“看来黄仕简、任承恩全不谙事理轻重缓急，且彼此俱系提督，不相统摄，竟有互相观望之意，于剿捕事宜不能得力”。［12］
不久，当他看到军事进展迟缓，分析其因时，愈来愈察觉出二人保命避战的真情，便一而再再而三地降旨对二人多次斥责，并因其毫无悔改之意，而将其革职拿问。三月十四日他降下一旨：“黄仕简、任承恩始终贻误紧要军机，其咎甚重，必须拿问”。常青到台湾后，遵照前旨，先将二人摘去花翎，送回厦门。［13］过了七天，三月二十一日，他又下一谕：台湾林爽文等纠众滋事，“水陆二提督带兵分路进剿，并不亲临行阵，定期会攻，黄仕简株守郡城，任承恩安居鹿仔港，仅派委将弁等零星打仗，二人彼此观望，不思埋根首进，惟事迁延，致贼匪日久未就扑灭”。现据李侍尧奏称：“南北两路该提镇等，各有牵制，不免坐费时日”，著将任承恩解任革职拿交刑部问罪。［14］又过了六天，三月二十七日，闽浙总督李侍尧奏述台湾情形，并抄录了海防同知杨廷理察帖。杨廷理禀称：“贼匪滋事以来，大兵仅属固守，皆以兵单难于远捕为辞，如彰化早经恢复，而任承恩驻兵鹿仔港，普吉保驻兵埔心庄，诸罗收复月余，而柴大纪驻兵城外，凤山复经收复，郝状猷分驻四门静守，黄仕简驻守郡城，以致贼匪各路啸聚。现在台湾之兵，统计一万三千有余，合之则多，分之则寡。”乾隆帝批示：“该同知所察各情形，早在朕遥度之中，可见兵力以分而见单，伊等贻误，实由于此。”著将黄仕简革职，拿交刑部治罪。［15］
三、庸帅常青株守郡城 全台危在旦夕
从乾隆五十二年三月中谕惩水陆提督黄仕简、任承恩起，到十一月初福康安至台止，这八个月征剿义军的重担，是由皇上钦派的将军常青承担的。
乾隆帝虽然低估了台湾林爽文义军的力量，但对台湾的局势仍然十分重视，很早就在人事安排上作了变动。乾隆五十二年正月初十日，他降下一谕：现在水陆两提督业已渡台征剿林爽文，“逆匪自无难立时扑灭。惟是海疆重地，将来善后事宜，均须妥协筹办。”湖广总督李侍尧久任封疆，虽于军旅未娴，而办理地方事务，于轻重缓急事宜，较为熟练，著将李侍尧调补浙闽总督。湖广系腹地省分，且地方宁谧无事，常青自能胜任，即将闽浙总督常青调补湖广总督。［16］
过了十八天，正月二十八日，他因黄仕简、任承恩均系提督，难以统摄，又降一旨命常青渡台督师。谕旨说：黄、任均系提督，体制不相上下，且水陆各有所辖，难以统摄。常青对办理善后事宜，不如李侍尧谙练，“而督率搜捕，则常青为优”，著常青待李到闽后，即亲自渡台，督率剿捕，［17］常青奉旨后，于二月二十二日至厦门，等待顺风，三月初抵达台湾府城。
乾隆帝把尽快削平会党的希望寄托于常青身上，给其提供很多优越条件。四月初四日他接连下达三道重要谕旨，讲了四个问题。其一，授常青为将军，以福州将军恒瑞、福建陆路提督以期枚（由江南提督调任）为参赞，“俾事权归一，军威益振，蓝元迅奏荡平，绥靖海疆”。其二，严肃军纪，诛戮逃将。海坛总兵郝状猷统兵三千余名，系“派往南路剿捕大员”，收复凤山县城后，理应一面派兵，设卡防守，一面亲率将弁，征剿敌军，“乃安坐营盘”，既不能先事防御，又当闻听参将瑚图里被敌拦截之时，不即亲督弁兵前往接应，奋勇冲杀，反而畏敌退避，潜回郡城，官兵纷纷溃散，致使凤山县城又复失陷。“似此畏怯偷生之员，若不明正典刑，其何以肃戎行而昭军纪！”著常青将郝状猷在台湾郡城众将弁之前正法。参将瑚图里身系满洲，前当会党攻打凤山时，所统兵丁即为敌军冲散，本人仓皇骑马遁回府城，已有应得之罪，此次又畏惧敌势，潜行逃避，罪责难逃，著常青将其正法示众。其三，处治黄、任。黄仕简、任承恩贻误紧要军务，“均应按律即行正法”。但念黄年老有病，任承恩又系总兵任举之子，任举于金川用兵时阵亡，其长子又以救火得伤身亡，无有子嗣，任承恩亦无子，若将任承恩正法，则临阵捐躯的任举竟至绝嗣，二人均可免其一死，将黄仕简所袭一等公爵革去，令其长孙黄嘉漠承袭。其四，增派援兵。台湾现有援兵一万三千余名，常青又飞咨添调闽、粤、浙兵七千名。李侍尧等已调广东潮州、碣石二镇兵四千名。因浙兵“向来柔懦”，著停调，改派福建驻防满兵一千，代替浙兵，由福州将军恒瑞率领赴台。福建续调的二千名兵士，著蓝元枚统领。一共增派援兵七千名。
在此前后，乾隆帝又连续下谕，指授用兵方略，勉励将弁奋战。他在三月二十七日降旨：若必待粤兵至台，始行进剿，则“竟须至五月，岂不旷日持久”。著常青将台湾现有之兵，“择其精壮者，亲身带至大里代贼巢，痛加歼戮，将首犯林爽文擒获，其余附从，自纷纷瓦解，固属甚善”。若台湾之兵“实不可恃，必须接济”，则待粤兵到后再进攻。［18］四月初一日，他又降谕给军机大臣，强调集中兵力征剿。他说：康熙年间进剿朱一贵，不及一月即成功，“盖由大兵会合一路，由厦门进攻，声威壮盛，贼匪望风胆落，故能一举歼灭”。此次黄仕简、任承恩系分路渡台，其余将弁又各由别途陆续起行，“已觉兵势稍分”。二人赴台后，理应会合：“厚集兵力，直捣贼巢，将首恶缚擒，余党自必瓦解”，乃二将仅派拨各将“零星打仗，四处堵御，以致贼匪从而生心，得由山径绕道蔓延，各处啸聚，官兵转为所牵制，兵分而力见单”，幸而敌军未施巧计，否则“岂不又蹈木果木之覆辙耶”？“著常青抵台湾后，即将各路官兵调集，会合一处”，“以期兵威壮盛，士气振奋，专力全赴贼巢搜剿，断不可又蹈黄仕简、任承恩故辄，轻分兵力，观望迟延，俾贼匪得以四散牵制，蒇事致稽时日也”。［19］
过了两天，四月初三日，因李侍尧奏林爽文于家乡“掘壕放水，多筑土墙，安设炮位”，他又降旨：“贼党盘踞穴巢，以图并力固守，看其光景，别无他图窜匿之计，转可聚而歼戮，其事尚属易办”。但恐大兵云集，四路围攻，敌军计穷力蹙，窜入内山，致稽缓时日，著常青抵台后，“即将各路官兵调集，会合一处，拣派精锐，亲行带领”，直赴敌巢，“奋力围剿，务将首恶林爽文一鼓擒获，余党歼除净尽”，至于堵其后路，不使窜入内山，则责令柴大纪戴罪立功，“专力堵御”。若其能拿获首犯，不使余党一名漏网，则可宥其前罪，并录其功，否则惟柴是问。［20］不久，因常青奏请遣派曾经参加过战争的侍卫、章京前往带兵进剿，他于四月十三日下谕，派乌什哈达等八员即日起程，星驰前往。
四月二十日，闽浙总督李侍尧之折到京。李侍尧奏称：凤山再失之后，“贼匪益肆滋扰，府城现添雇乡勇万余人。又彰化县属，仅存鹿仔港一处尚在固守，各村老幼男妇来避匿者不下万余人，无处得食。经该道府等请拨银十万两、米十万石，接济赈恤。臣以乡勇本义民所雇，固属急公向义，实亦自卫身家，避难民妇应于剿匪事竣，量为安插抚恤，是以概行议驳。”［21］素以干练著称的李侍尧，这次却犯了一个特大错误。如果真的实行这一办法，必将驱使数以万计的难民投入林爽文军中，严重削弱官兵的实力，使地方更加混乱。乾隆帝读过此折，立即下谕，斥责李之谬误。他说：李侍尧在厦门一带筹办照料，“当以催兵徐渡，接济军储粮饷为要，余可徐论”。乃李惟虑多用钱粮，恐事竣后难于报销，止将常青咨取银十万两解往，而对该道府呈请之银十万两、米十万石概行议驳，“所见甚属错谬”。著李侍尧即将此银、米“速行照数运往，以备接济”，并著常青就近酌量将多余兵粮，“散给贫民，务使不致逃散，方为妥协。不然，非去而从贼，即穷极抢夺，皆足偾事。况乡勇义民既为国家御贼，兼可卫其资产，是以为我出力，今既日久赔垫，既有阵伤亡故，又不能保其所有，亦必逃散从贼，兵丁弁备尚难望其枵腹从事，而况此众民乎！”“前据常青奏称，贼匪将所掠粮米，广为散给，要结人心，以致日积月众。岂阅时未久，该督遽至忘怀耶！著传旨严行申饬”。［22］
过了七天，四月二十七日，常青于三月发出的奏折送到京师。常青奏：庄大田率部侵扰府城，屡经亲率官兵，出城迎捕堵杀，将弁用命，义民争先，奋勇协剿，“接仗数次，共枪炮打死贼匪二千余人”，生擒正法者五十余名，贼目庄锡舍悔罪投诚，带领所属二千余人，随同官兵杀退敌兵。乾隆帝十分高兴，下谕嘉奖常青能预先设法防堵，相机堵剿，筹划调度，俱合机宜，年逾七十，尚能如此勇往督战，赏其御用玉搬指一个、大荷包一对、小荷包二对及库纱、香珠、香牌、香袋、宫扇等物，赏其子笔帖式喜明为三等侍卫，命其驰驿前往台湾省亲，对有功和伤亡官兵厚加升赏。他又以庄锡舍能招集泉州义民，立功赎罪，赏其守备职衔，其属下有功人员，分给千把总等职衔。
此时常青统辖之兵，共有二万名援兵和台湾额设之数干名戍兵（名为一万二千余，实仅数千），将近三万人，加上各庄“义民”，人数也相当可观，而且还得到皇上大力支持，格外优遇。
如若他调度有方，勇猛冲杀，进展会相当快的。但是，乾隆帝这次在任用将帅上，又失误了，严重地影响了征剿的顺利进行。
被皇上钦授为统帅的将军常青，果真是圣谕所说优于“督率搜捕”？不，这只是天子的想象而已。常青原是一官宦之子，父安图任至江西巡抚。常青庸懦无能，但很会寻找门路，自宁郡王府长史累迁察哈尔都统、杭州将军、福州将军，乾隆五十一年初，署闽浙总督，旋实授。
乾隆五十二年三月，常青奉旨入台，此时，台民以为青系总督，过去又历任都统、将军，“当知兵，人心稍定”。粤兵四千于四月中抵台，恒瑞、蓝元枚亦各率兵至，乾隆帝又以失律罪诛总兵郝状猷，“于是诸将咸思进兵”。林爽文、庄大田虽领部攻打府城、诸罗及粤民村庄，然“势力尚未张大，各村民俱未为所胁也”。在这援兵齐集、将弁思战、“义民”鼎助的有利时刻，如果常青指挥得当，集兵猛攻，局势定会改观。
可是这位钦差将军，只擅长于虚报战功，交结权贵，巴结上权相和坤，拥有强大的靠山，对于兵法却一窍不通，更胆小如鼠，极畏征战。史称其为“和相私人”，“老而耄”，“畏葸”，“日夜惟涕泣而已”。五月二十四日，诸将决定出师，“城中市民咸设犒酒以待。”第二日，庄大田、林爽文率会党一万余人合攻府城，各庄埋伏的会党不计其数、常青刚领军出城，立即交战。“常青战栗，手不能举鞭，于军中大呼曰：贼砍老子头矣！即策马遁。诸将因之即退，贼大欢跃而归。青入城，即令闭关，又请兵一万”。这样一来，战局立即发生了严重不利