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乾隆帝对兆惠、富德此举，甚为不满，虽念其久被围困，未予惩处，但多次下谕指责其非。就在二十四年二月十八日大封富德等人的同一天，他谕军机大臣：和阗离叶尔羌颇近，霍集占攻和阗，齐凌扎布请兵往援，“看来和阗之得失，惟视我与贼到彼之先后，倘为贼所据，则我侍卫、官兵及伯克鄂对等，岂不可惜。且各城伯克所积资粮，皆为贼用，再行攻取，更属烦费”，将军、大臣应当会议发兵应援。立谕参赞大臣巴禄领兵数百前往驻扎。［6］过了九夭，二月二十七日兆惠、富德等将军、大臣的奏折送到了京师，兆惠等人说：应援和阗，自不可缓，但现在马力疲乏，先派瑚尔起等将领兵数百前往，沿途侦察，若和阗己失，则收兵等候，待机再进。乾隆帝看过此奏后，十分恼怒，谕责兆惠待人救出即行撤回是“不知愧奋”，不援和阗将为“霍集斯伯克所笑”，遣瑚尔起前往是“塞责而已”，愤怒宣布，“每念及此，殊增愤懑”，令领队大臣们据实奏报将军、参赞大臣在此事上各自的意见。又责令统率另一支军队的参赞大臣巴禄“明白回奏”为什么不去支援和阗。紧接着，乾隆帝连续下谕，斥责兆惠等人未即前援和阗之错，责令他们迅速带兵往援。兆惠、富德遵照帝旨，调遣军队，由富德亲自带领前去，途中闻已失二城，火速进军，击败回兵，收复了二城。［7］和阗六城归清所有，与阿克苏、乌什的清军联成一片，从北面、东面和东南面包围了大小和卓占据的叶尔羌和喀什噶尔，对即将发起的围歼霍集占弟兄的大战，提供了十分有利的条件。
另一件大事，是重用回城伯克参与征抚，但又防其揽权生变。
乾隆帝从一开始用兵便采取了重用回部和卓、伯克的政策。因吐鲁番额敏和卓及哈密玉素布在平准战争中忠于朝廷立下功勋，故乾隆帝在征讨霍集占的过程中，对他们寄以重任，一再晋爵。二十二年五月霍集占起兵后，贝子额敏和卓于八月奏请于明年四月进兵，愿领所部，“从军自效”，帝奖其“奋勉可嘉”，命派兵一百名，“在前锋行走”，授其为领队大臣。二十三年正月哈密贝子玉素布呈请带回兵百名，“随营效力”，帝以其系“回部望族”，“情愿带兵效力”，“深可嘉奖”，允其所请，厚赐钱粮。同月在任命雅尔哈善为靖逆将军时，他授额敏和卓为参赞大臣、玉素布为领队大臣，不久晋额敏和卓为贝勒，仍以参赞大臣职衔，“同将军等办理军务”，并因伊犁屯田驻兵，“关系甚重”，命额敏和卓于平回后驻伊犁，“同将军大臣等管束屯田兵丁”，俟一切就绪后再返回吐鲁番。［8］
额敏和卓与玉素布虽然都是“回部望族”，皆拥护清朝中央政府，十分可靠，但他俩毕竟不是天山南路回城的伯克，影响终归有限，因此乾隆帝积极吸收南疆有影响的伯克参加统一回部的工作，主要是着重使用和招抚鄂对、霍集斯等人。鄂对是库车伯克，乾隆二十年清军入准时，偕乌什伯克色提巴勒氏、噶岱默特等人来归。二十三年正月，帝命北路军营将鄂对等伯克送至额敏和卓处，“令其招降旧部”，不久，帝以三人“俱系回人头目，恳请效力军前，甚属可嘉”，授鄂对为散秩大臣，赏色提巴勒氏、噶岱默特三品顶带，俱戴孔雀翎，并谕告三人，“若能招降各城回人”，即照旧令其管辖所属，仍加恩封赏。后因鄂对等效劳立功，封晋爵职；鄂对先晋内大臣，赐公品级，随又封固山贝子，晋贝勒品级。色提巴勒氏晋至辅国公，赐贝子品级，世袭罔替；噶岱默特赐公品级。［9］
乾隆帝吸取了厄鲁特四部“双亲王”阿睦尔撒纳、绰罗斯汗噶勒藏多尔济、辉特汗巴雅尔等人降后争权复叛的深刻教训，在招抚和使用各回城伯克来归时，非常警惕，尽力防止他们包揽大权称霸割据，特别反对一人总管回部的任何活动与打算。这在对霍集斯的安排上，表现得十分清楚。霍集斯原系吐鲁番阿奇木伯克，后率子侄分居乌什、阿克苏等四城，部民众多，势力强大，在回部各城里名望甚高影响很大。霍集斯于乾隆二十年六月遵照当时担任清定边左副将军的阿睦尔撒纳的檄文，将达瓦齐擒获送献清军，立下了大功，本应受到朝廷重奖，但是，阿睦尔撤纳随即反叛，定北将军班第于七月向帝奏报，霍集斯在送俘之时，曾“阴求阿睦尔撒纳，俟招降叶尔羌、喀什噶尔后，令其总统各部，心殊叵测”，因此封赏之事暂时搁置下来。霍集占起兵后，乾隆帝又想起霍集斯来，多次谕告军机大臣和前方将军、大臣遣使往招。二十三年正月初三日，谕令靖逆将军雅尔哈善派人访问霍集斯下落，劝其来归，必将“施恩赏赉”，使其“永受恩泽”。三月初五日，将军雅尔哈善与参赞大臣议定后，奏请于吐鲁番霍集斯的旧日属下，选几人前往乌什四城，招抚霍集斯，帝允其请，嘉其如此办事“颇合机宜”。［10］九月二十六日定边将军兆惠的奏疏送到北京，疏中说道：霍集斯于和阗率众“归诚”，并“面陈追擒霍集占之策”，又请让其诸子分居各城。乾隆帝一方面对其来归予以嘉奖，言其“有擒献达瓦齐之功，今又归诚画策，深为嘉悦”，封为公爵，赏戴双眼孔雀翎、宝石帽顶，天马褂、荷包、鼻眼壶，“用示优眷”，命兆惠立即“传旨抚慰”；但另一方面，又对其抱有很大的戒心，谕示兆惠说：“霍集斯有伊子分居各城之语，似非长策，兆惠宜留心体察”，令其诸子同居一城，如“伊微觉含怨，即令其入觐”。［11］乾隆帝如此对待霍集斯，原因不难理解，这位大伯克，人多势大，颇有智谋，号召力强，除去大、小和卓，任何伯克也无力超越于他之上，故他敢于向清定边左副将军阿睦尔撒纳的要求让其“总统各部”，此人能为清用，必对平定回部起到很大作用，但如其抱有野心，恐又会成为第二个阿睦尔撒纳。因此，乾隆帝明智地、警惕地对待这位伯克，既施予恩宠，晋封崇爵，授予协助将军用兵之权，又内怀戒心，时刻防备，严令将军暗中监视，观其动静，限制其势力的扩张，并在必要时将其除掉。
二十四年五月初三日，乾隆帝看过兆惠呈报霍集斯言乌什一路行走艰难不宜由此进军的奏疏后，谕军机大臣：“朕详察霍集斯情形，似以擒获霍集占等后，回酋无出其右者，意在总统回部，曾密谕兆惠等留心防范”。但霍集斯虽不可信，从前曾擒献达瓦齐，此次归顺，又随将军在叶尔羌效力，若骤行究治，“回人未免惊疑”。著再密谕兆惠等人：霍集斯此时“如情形叵测，不得姑息从事”，若其仅系“恃功率意”，即暂行包容，平乱后令其来京，“照达瓦齐之例安置”。“兆惠等宜加意慎密，以合机宜”。［12］既用其力，戡平回部，从优封赏，又不许其僭越独主回部，以杜绝乱事，这就是乾隆帝对霍集斯以及鄂对等来归的回城伯克的基本方针。六月，以和阗系霍集斯旧属，授其为管和阗六城的阿奇木伯克。八月，以其在征战中“奋勉自效”，兄弟子侄多为霍集占杀戮，晋为贝勒，后大功告成，晋霍集斯为郡王，令其率领子侄入居京师。乾隆帝的这些措施，既鼓励、促使霍集斯、鄂对等回城伯克纷纷来归，率部从征，为加速平定回部，起了较大的作用，又防止了再生大变。
在乾隆帝亲自调度和严厉督促下，各方面的准备工作皆已完毕，到二十四年五月，大军二万，马三万匹、驼一万头皆集于阿克苏，又以布向维吾尔族易换大量粟米，省运费三十余万两。万事俱备，定边将军兆惠、副将军富德遵循帝旨，定于六月出发，开始了第二次征讨霍集占弟兄的战争。
二、清军获胜 霍集占败死巴达克山
乾隆二十四年六月初二日，定边右副将军富德率军从和阗出发，和阗六城伯克带“回兵”六百五十名从军效力，进攻小和卓霍集占所据叶尔羌城，十一日定边将军兆惠统兵由乌什出发，往取大和卓布拉呢敦驻扎的喀什噶尔城。两路大军共一万余人。喀什噶尔地居西北，距肃州嘉峪关六千余里，东界乌什、阿克苏，西界安集延、布噜特，南接叶尔羌，总计大小十城和七村庄，有人一万六千余户数十万口，叶尔羌所属二十七城村，三万户，十万余口。喀什噶尔与叶尔羌是“回部著名之地”，在回疆各城中处于举足轻重的地位，是大小和卓及其先祖长期驻扎的根本基地。霍集占凭藉其教主的有利条件，将两大城及其所属城、村的数十万人动员起来，再加上其他城庄投来的“回户”，据城坚守，清军远道而来，以少击多，以劳对逸，是不大容易破敌取城的。上一年几千人的库车城，尚能坚守三月之久，叶尔羌、喀什噶尔自然更难攻克。因此，清军做好了打硬仗、打大仗、打长期攻坚仗的准备，乾隆帝还专门谕示亲外侄侍郎、参赞大臣、一等公明瑞“临阵须当慎重”，深怕重蹈轻敌冒进遇险的覆辄。［13］所以，两位将军行军之时，十分谨慎，按序而行，不敢轻装冒进。富德还“沿途息养马力”，待收到兆惠进兵信息后，才“相机办理”。兆惠又以西安满兵二千名“不习劳苦”，随军前行，无益有害，拖累他人，将其留下，分发台站和防守阿克苏、乌什等处，以保证军队的战斗力。
乌什与喀什噶尔连界，距离不太远，若策马奔驰，不过六七日即可到达，而兆惠从六月十一日离开乌什后，走了二十来天，闰六月初三日才到达伊克斯哈喇。这时，前队参赞大臣明瑞送来六名骑马的回人，称系喀什噶尔众伯克遣来投降的使者，奉上降顺之书。其书说：
“喀什噶尔大小人等谨呈阿克苏等处驻扎将军大人、伯克霍集斯：今布拉呢敦将喀什噶尔男妇驱逐出城至哈喇克尔，我等仰慕大皇帝仁化，复回城中看守。布拉呢敦同其亲信人等至提斯衮暂住，我等马匹牲只皆为所掠，无力追夺，且河水难渡，恳大兵速来救援，庶布拉呢敦不致远厄，布噜特不来抢掠。”［14］
兆惠怀疑其系伪饰降人，狡词谎骗，诱引清军“轻装前进”，以设伏围袭，便再三盘问。来使阿珲和济默尔伯克和沙勒等人详细回答说：“布拉呢敦去年在叶尔羌打仗时身中枪矢，曾遣人与霍集占商议投降，小和卓不允，遂分途通使巴达克山、霍罕额尔德尼等处，巴达克山已有回信。听说霍集占于四月内即将家口行装移住叶尔羌迤西羌呼靳之赫色勒塔克，若大兵复来，则逃往巴达克山。布拉呢敦早就索取粮马等物，于六月初十日以前陆续运至塔勒巴楚克河，仅与亲信在城居住。六月十五日布噜特百余人来掠，布拉呢敦遣兵往拒，失败，自此，“每日作为出兵之状”向喀什噶尔各伯克及城民“凑集货装”，二十七日“突将我等兵器夺去”，将男妇带至提斯衮，夺其衣服而去。本城所属的汗额哩吉衣城、雅普尔古城、乌什哈喇城和牌租阿巴特城，皆各自保守，“不肯从贼”。本城的阿奇木伯克墨墨氏敏、伯克阿布都尔番俱被布拉呢敦带走，城内街市俱焚，城门亦毁，伯克托喀等正在修理。［15］
在此之前，六月十八日、十九日定边右副将军富德询问了刚从叶尔羌逃来降顺的郭尔拜默特等回人，他们回答说：“闻大兵到和阗之信，叶尔羌人等惊动”，“霍集占将家口辎重移往哈子勒塔克”。［16］
两处降人的报告，完全出乎兆惠、富德等将军、大臣意料之外，为什么号称骁勇多智桀傲难驯的小和卓霍集占竟不战而走弃城他奔？这可是两位和卓的“老巢”，他俩怎能如此轻易地抛弃了世代相传的祖业？实实令人费解。其实，说难解也并不难，霍集占并非甘心情愿地离此他往，而完全是迫于形势不得已出走。
当霍集占弟兄自伊犁返回时，以其家世为教主，回疆数十万回户对他俩热烈欢迎，争相拥戴。因此霍集占一发难，大多数回城、回庄的伯克、和卓、阿浑及居民都起而响应，很快他就威行大半个回疆，自称巴图尔汗。然而，由于霍集占的倒行逆施，局面迅速急转直下。霍集占不相信叶尔羌等城的土著人民，仅仅依靠先前随他俩垦种伊犁后又一道返归的几千户维吾尔族及新投的厄鲁特士卒，厚待这些亲兵，而对回疆数十万“回户”则“厚敛淫刑”，“虐用其民”，使广大“回人”从原来“念其先世，推戴恐后”，转变为离心离德纷欲叛逃。［17］自身的基地动荡不稳，已经使霍集占坐卧不安，而二十三年六月的库车之战和十月开始的黑水营之战，更使他感到清军之可畏。尽管由于庸帅雅尔哈善的指挥失妥，影响了官兵的锐气，但领队大臣、副都统爱隆阿却率部以少击众，大败霍集占应援库车的八千“最精巴拉乌枪”兵，打得他落花流水，率残兵八百逃入城内。尤其是黑水营之战，兆惠仅带四百余骑冲过木桥，就敢于与霍集占、布拉呢敦一万余士卒拼死厮杀，后又以三千疲兵伤卒牢守大营，坚拒二万余兵回军于营外，“掘井得水，掘窖得粟，三月不困”，使围营的回军大惊，“骇为神”。既然区区三千之军都无法应付，又怎能抵挡号称数万的雄师？何况，在乾隆帝正确指挥下，三军勇往直前，军威远扬，大部分回城已降顺于清，喀什噶尔、叶尔羌处于三面包围之中。内外交困，局势险恶，大、小和卓只好率领二万人口，在清军进攻之前，逃往巴达克山，企图暂避一时，待清军粮尽撤兵时，伺机返回，重据旧地。
兆惠、富德虽然不知道二和卓的详细情形，但根据降使和逃人提供的消息，均分别作出了前往受降和征抚的结论。兆惠向帝呈报了喀什噶尔众伯克遣来使人求降之事后，奏称：
“臣等议先攻喀什噶尔，原欲断其逃窜，今约计趱送和阗马，闰六月初十间可到，阿里衮�