晋，不敢开罪于天子宠信的皇亲、近臣高恒。
对于这样一桩重大案件，乾隆帝开始是十分认真处理的。他读过彰宝之折后，非常生气，于当日（六月二十五日）及次日，连下八道谕旨，责令严查严办。第一道谕旨主要是革高恒、普福等人之职，革总商的职衔，予以审间。他说：彰宝、尤拔世所奏“种种情节，殊堪骇异”。“朕屡次巡幸江南，一切行宫道路诸费，俱系官为经理，丝毫不累闾阎，惟两淮坐落陈设等事，向系商人承办。虽伊等情申报效，分所当然，朕尚以其捐赀急公，微劳宜录，是以叠次加赏职衔，赉予至为优渥。”今阅彰宝所奏，则该商人等一切办公物件，均于应交官项内动支，是不但不应加恩，并当查明治罪，所有从前赏给奉宸苑卿衔之黄源德、徐尚志、王履泰、布政使衔之江广达、按察使衔之程谦德、江启源，均著革去职衔，“交与彰宝严切根究，务得实情”。解现运使赵之璧任，革前运使卢见曾职，交与彰宝审讯。高恒、普福久任盐政，竟敢豫提盐引散给商人，“辄将官项任意侵肥”，高恒收受商人所缴银两至十三万之多，普福仅收丁亥（乾隆三十六年）纲银私行开销者已八万余两，其历年代购物品借端开用者，尚未逐一查出，“不知更有若干？”“伊等受朕厚恩，乃放明目张胆，肆行染指，实出情理之外”，高恒、普福均著革职，严行看守，俟彰宝等审覆到日，再行逐款审拟具奏。［3］
第二道谕旨是命山东巡抚富尼汉传旨，将前任运使卢见曾革去职衔，委员解送两淮，交彰宝审讯，并将其原籍赀财产密查封，不许隐瞒寄顿。
第三道谕旨是针对两淮盐商而发的。乾隆帝说：“该商等藉称办公名色，以提引应交官帑，冒称乐输报效，滥邀褒奖，又将支用所余应输运库之银，干没不交，“其情甚属可恶，理应彻底查办，示以惩创”。著传谕彰宝即速按款查究，“除折内所称纲引应交官帑各商未缴余利六百数十余万两，并该商等代盐政等一切冒滥支销应行追出归公之项，自应按数查办外，至历任盐政等如此任意侵肥，审明有应著追之项，如力不能完，亦应于商人等名下按数分赔”。该盐政等在任日久，“其中必有留寄两淮等处令商人生息渔利情事”，该商等即应一一供明，和盘托出，如有含混，一经发觉，惟商人是问。［4］
第四道谕旨是训斥两江总督尹继善和高晋。乾隆帝说：从来总督有稽察盐政之责，高恒、普福等如此恣意妄为，总督岂竟毫无闻见？尹继善久任江南，“何以视同局外，不行据实参奏”。高晋与高恒，更非同官所比，其弟如此“簠簋不饬”，“而甘心缄默隐忍，尤不得辞其咎”，均著交部严加议处。［5］
第五道谕旨，是以上述两淮提引一案“彼此通同，情弊甚大”，现在彻底根究，令将普福任所赀财严密查封，不许隐匿寄顿。［6］
第六、第七道谕旨，传令江苏巡抚彰宝将“案内酿成事端之要犯”高恒之办贡人顾寥怀，提往扬州质讯，稍有头绪即解交邢部审拟，并将其原籍家产密速查抄。［7］
第八遣圣旨是传谕两淮盐商，说明现在严查办理，是使“私蚀官项之总商，不得侵公自肥，且令其余众商共知儆惕”，但两淮盐务关系数省民食，不许各商因有质讯之事而推诿观望，致应运食盐，遭到壅滞，责令各商务将盐源源运出，不得停阻，否则将犯重罪。［8］
从以上八道谕旨看，乾隆帝是想彻底查清这一特大案件，具体要求有三条。一系查审高恒、普福二位盐政及赵之璧、卢见曾两位运使贪婪之罪，二是追查总商未交余利银及应赔之款，三为惩处负有稽察盐政之责的尹继善、高晋两位总督。这都是令人棘手的难题。高恒久任盐政和管理关税，贪婪详情难以一一查清。两淮盐商仅未缴余利银就多达六百余万两，如按谕旨所说还要追其冒滥支销之银，历任盐政侵公之银无法偿回者亦要盐商代赔，则将多达七八百万、八九百万两，这徉巨大数量的银两，两津盐商是无力承担和交清的，势必使其家产尽没难以运盐。这不仅将影响到数省几千万人丁食盐的供销，两淮运司年交国库几百万两的课银亦将落空，对皇上的额外收入也有重大影响，还不要说二十年中曾任两淮运司的其他盐政、运使、监掣同知，运判等盐官和总督、巡抚等管官员。简而言之，此案涉及人员很多，银数极大，关系到清政府的国库收入，要想彻底查清，既非常困难，风险很大，又没有必要，因其将直接影响国库的来源和天子今后的享用，并且大量银两也确系供皇上巡幸和办贡而用掉，所以最后只能是有所清查，但不能尽惩。案件的发展和结局，就是这样的。
在乾隆帝前后数十道谕旨的指授、安排、督促下，经过江苏巡抚彰宝、两淮盐政尤拔世、山东巡抚富尼汉、扬州知府杨魁等官员的查访审讯，刑部复审，大学士复议，历时四月，到三十三年十月下旬，此案大致结束。其最后作的案情“事实”结论如下：前盐政高恒所收二十余万两银，多系备办差务用掉，前盐政普福所用八万余两，亦多用于“公务”，二人之罪状仅是“于提引应归官帑银两，恣意侵渔，数至累万”，高恒“受银三万二千两，普福私销银一万八千八百余两”，原任两淮盐运使卢见曾隐匿提引银两，“私行营运寄顿”，解任运使赵之璧，虽“并无染指”，但对盐政高恒、普福侵蚀公帑，对属下监掣同知杨重英勒索淮商三万五千余两之事，诿为不知，不劝阻，不参奏；两淮盐商未交之“余引无著银”不是六百余万两，而减至三百九十六万余两，其中还有“代高恒、普福、卢见曾垫办器物之项”；为高恒办贡之人顾蓼怀，经手收取盐商的十五万两银，“系高恒责令向商支银制办物件，并非高恒尽行侵用，亦非商人奉令代办”，仅系“怂恿高恒，己亦牟利，酿成大案”之人；翰林院侍读学士纪昀、候补中书徐步云、军机处行走中书赵文哲、军机处行走郎中王昶“漏泄通信”，使卢见曾豫闻查抄之旨将家产四处寄顿匿藏”。［9］将此诸事与案发之时情罪相比，显然是大为缩小了，高桓仅贪污三万二千两而非吞没数十万两，两淮盐商只少交三百九十余万两而不是六百余万两，运使赵之璧“并无染指”，连帝钦定之“案内要犯”顾蓼怀，也非盐商托令代办物品，所取商银十五万两系备买贡物，最多不过从购买货物过程中有所中饱。一桩几百万两白银涉及众多人员的巨大贪污案件，就这样缩小至三十几万两赃银、案犯仅有数人而结局，实出人所意料之外。就此而言，乾隆帝是有所妥协大为退步了。
当然乾隆帝如此了结此案，有其深刻的考虑，决非草率、糊涂、不明真情，或者毋宁说，正因为他是太了解此事的内幕和实质，才这样从宽、从轻如此结案。真要彻底清查，前述各种危险，如国库和帝君的收入，几千万食淮盐的人丁之盐的供应，牵连众多官员，等等，便很可能难以避免。
尽管在案犯多少、赃银数量等方面，乾隆帝是退了一大步，但此时他毕竟还在力图整顿吏治重惩贪官，因而在处治高恒、普福、卢见曾的问题上，坚决排除干扰依法惩办。他谕令，抄没三人家产，将高恒、普福押赴法场斩首示众，将卢见曾处以绞监候，秋后处决，革去为卢见曾泄漏抄家消息的纪昀之职，发往乌鲁木齐效力赎罪，两淮盐商所欠之银，定限十年如数交与运库。高恒虽只定了侵吞帑银三万二千两之罪，但其抄没入官的家财，却多达数十万两，在经济上也算是执法从严了。
乾隆帝将慧贤皇贵妃之亲弟，亦即自己的小舅子高恒处以死刑，并非没有干扰，为高恒说情者大有人在，甚至连帝一再夸奖为“军国第一宣力大臣”之大学士、军机大臣、一等忠勇公、孝贤皇后之弟傅恒，也亲自求帝施恩宽减。《啸亭杂录》卷一《杀高恒》载：“两淮盐政高恒，以侵贪匣费故，拟大辟。勾引日，上恶其贪暴，秉笔欲下，傅文忠代为之请曰：‘愿皇上念慧贤皇贵妃之情，姑免其死。’上曰：‘若皇后弟兄犯法，当如之何？’傅战栗失色，上即命诛恒。”
傅恒之奏请免高恒之死，其言相当巧妙，亦未尝不无理由。
他搬出乾隆帝之已故爱妃慧哲皇贵妃来，既欲以夫妻之情打动皇上，求免妃弟一死，这一招，很有分量，很有说服力，又暗示律有八议之条，议亲即其重要一项，于情于理于法，赦免高恒的死罪，是可以说得过去的。以傅恒这样一位为帝特别宠信的军国重臣和至亲之人的身份，说出这样颇似有理之词，照说帝会允准其请的，恐怕大多数帝君都会采纳其言。不料，乾隆帝却一言以拒之，只说了一句话：“若皇后弟兄犯法，当如之何？”这句话说得太好了，王子犯法，与庶民同罪，怎能因系贵妃之弟而曲法以贷！此话还包含有严厉警告傅恒之意：不要以为你是皇后的兄弟，就可超越于王法之外，只要犯了国法，也将如高恒一样将你处死！这就是为什么傅恒听后竟吓得魂不附体，“战栗失色”。乾隆帝依法斩杀高恒，是十分正确的，是颇为英明的。这表明他的确力图严惩贪官，整饬吏治。
二、良卿徇纵劣员斩首示众 方世儁受银千两死于绞刑
乾隆三十四年八月，贵州巡抚良卿上折，弹劾威宁州知州刘标运铅不足额数，短缺一百余万斤，并亏工本运价。良卿此折，系因黔省运铅屡屡迟缓误期，遭帝多次饬查，而不得不参奏属员，以卸己责。良卿万万不会料到，这份奏折不仅没有推卸掉自己的责任，反而弄巧成拙，掀起了一场大波，导致连他在内的两位巡抚问斩，藩、臬二司遭惩。
九月十一日，乾隆帝就良卿之折下谕：据良卿奏称，承办铜铅的威宁州知州刘标，发运铅斤，短缺百数十万斤，挨查多无着落，而已领脚价，应办省局之铜，又复托词稽缓，抗不解交，显有侵蚀支饰情弊。刘标著革职拿问，交与该抚严行审究，务得实情，定拟具奏。
乾隆帝虽令良卿审理此案，但并不放心，于同一日（九月十一日）又下谕给军机大臣说：“刘标已革职拿问，交良卿审究。但“黔省办运铅斤，屡经迟绥误期，皆由良卿不实力督办所致。
今因节次饬查，始将属员侵欺等弊，查参塞责”，著传旨严行申饬。刘标一案，现交该抚严审，务须彻底根究，讯得实情。“若该抚尚欲存心袒护，曲为劣员开脱，断难逃朕洞鉴，必将良卿重治其罪。著将此谕令知之”。［10］
良卿接到此旨以后，于九月下旬上奏：审讯革职威宁州知州刘标，其亏缺铜本脚价银四万八千三百九十余两，少铅七百余万斤，又缺工本脚价银十余万两。请将专管铅务的粮驿道永泰以及知府马元烈革职究审，并恳派大臣来黔会审。乾隆帝于十月初四日览折后降旨：永泰、马元烈著革职，派内阁学士富察善驰释前往，会同该抚一并详查严审究拟具奏。良卿在任四载，属员承办铜铅，亏缺如此之多，漫无觉察，所司何事！著交部严加议处。刘标欠项若不能完，即著良卿等三人分赔。同日他又谕告军机大臣，命传谕直隶总督杨廷璋，即速派官前往刘标原籍大城县，将其家产严密查封，不许隐匿寄顿，并谕良卿将刘标任所赀财查封。
正当良卿参劾刘标亏空工本脚银力图掩盖己过之时，被其奏请革职之刘标上级粮驿道永泰，却向户部呈报刘标亏空缘由，揭发按察使高积营私枉法之罪，其中有涉及良卿之处。统兵进攻缅甸的副将军阿桂从军营发往京师的报匣中，夹有普安州民的诉词，控告官吏土目藉口军兴，私派累民，侵蚀恩赏银两等事。乾隆帝知悉后十分生气，于十月十五日下谕，严斥良卿之过，派遣大臣往审。他说：自滇省办理军务（攻缅）以来，经由各省，俱特发帑银赏赉急公奉上之民，屡饬各省巡抚悉心洞察，务使百姓均沾实惠，良卿一再回奏官员胥役“实无丝毫侵扰”之事，今阅普安州民呈词，所控之事，“款证凿凿”，“则前者良卿所奏，全系捏词欺饰，不可不彻底根究，良卿之罪，实在于此”。永泰揭报高积违法之事，又涉及良卿。此案关系重大，非富察善一人所能查办，著湖广总督吴达善往黔，会同钦派侍郎钱维城审讯，务令水落石出，“以惩积弊”。如良卿、高积有应革审者，吴达善即一面奏闻，一面将二人“革职拘禁，毋任稍有腾挪掩饰及疏虞自戕等事”，并留心访察良卿任所赀财。［11］
此谕下达不久，案情又有新的发展，不仅现任巡抚良卿、按察使高积难逃罪责，前任巡抚方世儁等官也被牵涉而出。贵州布政使张逢尧于十月进京陛见时，军机大臣遵旨向其讯问高积贩卖水银之事，张回答说：今年夏季，曾闻船户言及，他们曾经装过高按察使的水银。同月，刘标差人至京赴户部，呈控铜厂赔累及各上司勒索缘由，并呈出用印底簿一册，内开各官索银详情，其中有前巡抚方世儁勒索白银六千余两的记载。乾隆帝大怒，于十月二十五．日至十一月初六日，连下五谕，从三个方面严密追查。其一，审查高积。他说：从张逢尧的回奏，可以肯定，“高积贩卖水银，已实有其事。伊以臬司兼署藩司，乃以落库所有水银，私行贩卖，即此一端，已罪无可贷”，著吴达善将其任所赀财严密查封，对其严审具奏，其寄居苏州赀财，命两江总督高晋就近查抄，其原籍闽省的一应田房产业，著闽浙总督崔应阶即速严密查抄。其二，复审良卿。乾隆帝说：良卿与高积同在省城，“岂有署藩司私卖水银而巡抚毫无闻见之理，何不早行查奏”？“其中或有知情袒徇及希冀分肥情弊，亦未可定”。著吴达善将良卿因何隐匿不报情由，以及二人平日有无往来密交形迹，严审据实具奏，并将良卿任所赀财查抄。其三，革方世儁职。乾隆帝说：方世儁简任巡抚以来，看其办事尚属认真，平日为人亦颇谨饬，是以由黔调任湖南巡抚，“不意其勒�