从识变说的本来含义来理解转识成智说的真实意义。我们知道，唯识宗是不主张外境实有的，认为一切法唯识所现。识以了别为性，识的了别即能转出所了别，即变现万法。因此，识变世界，即是识了别的世界。同样，智也是识（净识），智也以了别为性。智的了别，也能转出所了别。智了别世界，也即是创现世界。因此，识与智一样，皆以了别为性。
实际上，第八阿赖耶识所摄的有漏种、无漏种，皆是指了别的势能。其间的差别在于：识了别，受末那与意识遍计妄执的熏习和影响，故成染污有漏的势能；而智了别，则不受末那与意识的遍计妄执的熏习和影响，故是清净无漏的了别。因此，转识成智，并非是指先断除识的了别，再生起智的了别，而只是于了别性上去除遍计妄执的熏习影响，而成就清净无染的智的了别。这是一种了别性（意义）的改变，而不是指实体的断灭与生起。这仍体现了不断生死而得涅槃的大乘圆融说。
我们还可以结合唯识宗的三性说来对唯识宗的转识成智说作一说明。三性，即遍计执执性、依他起性与圆成实性。遍计所执宗看来，解脱智慧的产生与宗教的实修践行有着非常密切的关系。比如，唯识宗就主张唯有听闻正确的佛法（正闻熏习），才能成就新熏种，并最终转识成智证得涅槃。而产生、显现无漏正智的过程，同时也是对治烦恼、所知二障的过程。这就需要严格地遵循一系列的宗教实修实践。比如，众生转识成智证得涅槃，必须渐次经过五个实修阶段：一、是资粮位，能深深相信和理解唯识真胜义性的道理，但尚未断二障；二、加行位，能逐渐制伏和断除所取和能取，引发真见，但带空相而观，不是真见唯识实性（真如）；三、通达位，即进入第一欢喜地，断二障习习气，初证无分别智，如实通达唯识的相和性；四、修习位，指二地至十地菩萨，根据所学的道理，经常修习，制伏和断除剩余的障，并证得一分真实转依；五、究竟位，修习达到最后的阶段，使本性脱离一切障而圆满明净，永恒安乐，成就无上无漏佛果。
无漏正智的产生还要依赖瑜伽禅定的修习。唯识宗又名瑜伽行派，这个名称已暗示了它是非常注重瑜伽禅定的学派。唯识宗认为，宇宙最高的实在（真如性）不可理解、不可言词，通常的认识手段无法把握真如性，而只有通过瑜伽禅定的修习，并结合日常的宗教实践才能止灭二障，产生直观真如性的神秘智慧，证得涅槃。这显然不同于小乘佛教，尽管它们在手段上有类似之处。它们的根本不同之处在于，小乘以禅定的方法来抑制感官的活动及知性能力的作用，并最终完成止灭现实生命的任务。而唯识宗修禅的目的和方法，在于止灭二取习气，将自身之内的神秘力量（无漏种智）给焕发出来，“它不是要造成宇宙结构的真实改变，而只是为了用一种关于绝对者究竟是什么的直观认识，取代幼稚的不谙事理的人性中的错误观点”。就是说，唯识宗修习瑜伽禅定的目的，在于改造自身的认识能力，净化自身的现实生命，超升宇宙的存在意义，以直观宇宙真性证得涅槃，而不是如小乘那样以达到灰身灭智为禅定解脱的目的。
同中观学一样，唯识宗的大乘圣者也是以成佛为目标。唯识宗认为，大乘菩萨转识成智证得涅槃，并非断灭一切，而是积聚无量无边的希有功德，成就大牟尼法身（佛身）。唯识宗把证人涅槃的佛身分为三种，即自性身、受用身、变化身。其中，自性身即是真如法界，真如法界离障即成自性法身，“谓真如理无间，解脱一切障垢，显成法身”。真如理常住，故法身亦常住。一切诸佛皆以自性身（法身）为体性。而所谓佛，不过是证显真如法性（法界）的解脱者而已：“清净真如体是常住，显成佛故”。此佛自性身，是常住不变的佛身。《摄大乘论释》说：“显此法身，非所生起，体无为故。”我们知道，真如法性理虽说是绝对的实在，但此实在是内在于宇宙万物的真实本性，除了不可说、不可思议外，我们不能给它作任何规定。唯识宗称之为法身（自性身），这只是佛理或佛的功德神圣化的结果，也是出于宗教信仰需要的终极设定。毫无疑问，唯识宗所说的法身，是一种神秘的实在。这种神秘的实在，并不是有意志的人格化的神。如果说这类似于泛神论，也只是具有理神论的形式，绝不是真正意义上的泛神论。它只是借用了泛神论的形式来表达对无处不在的宇宙本体（神秘实在）的崇敬与景仰而已。至于唯识宗所说受用身与变化身，则显然具有有神论的色彩。唯识宗就明确规定自受用身具备无边的妙相功德，而变化身则是自受用身所起现的神通。然而受用身与变化身是由大乘菩萨转识成智后，由无垢识所摄清净无漏种变现而成，属于缘起有为法，所以不同于作为无为法的自性身的实在。
值得一提的是，唯识宗说菩萨修得的受用、变化身虽是有为，但也可说是常住法，《摄大乘论释》说：“经说如来其身常住，佛受用身及变化身皆是无常，云何身常？故次成立二身常义。谓此二身依法身住，法身常故亦说为常。又受用身，受用无废故说为常。其变化身恒现等觉般涅槃等，相续不断故亦名常。复以譬喻显此二身是常住义，犹如世间言常受乐，虽所受乐非唯无间，而得说言此常受乐。又如世间言常施食，非此施食恒无间断，而得说言此常施食，应知二身常义亦尔。”这就是说，受用、变化佛身虽是无常，然也可称作常，此常是不断相续常；，不是真正的常住义（自性常）。此不断相续常之佛身，实是出于度脱众生的要求而相续不断，是本愿力作用的结果。因众生无边，故相续不断。然而这不同于外道婆罗门梵神永恒义，故不能将此视作唯识宗追求的最终目的。唯识宗认为修证佛法的最终目的，是通过转识成智而证得宇宙本质法身，超升现实的生命境界。这是一种追求智慧解脱的宗教实践，既不同于小乘佛教追求永恒的死，也不同于外道婆罗门追求灵魂我永恒的生。同龙树中观学一样，唯识宗追求的最终解脱状态，是证得超越生死的生命价值与意义的永恒。
四、一乘体极与教乘有别
唯识宗所依据的基本经典《解深密经》，提出三时教的说法，认为佛先后说有、空、中道三种教。第一时有教，为初成道后在鹿野苑说《阿含》等，立人我空之理；第二时空教，是释迦为破声闻、缘觉等根机的对诸法实有的执著，而于灵鹫山说《般若》等，开诸法皆空之理；第三时中道教，是释迦为破空执而于《解深密》等，说一切法唯识，立离有无二边之中道理。关于三时说，唯识宗是从时间的先后，与了义不了义两种次第来解说的，认为，释迦在不同时期所说的教法有义理层次上的深浅差别。而佛之所以于先后三时说了义、不了义教，其原因在于众生根性不统一，只能接受不同的教说。即根性较低的众生只能接受小乘教，而根性较高的众生就能接受空性教，至于利根众生则能接受唯识教理。
然而，在三时教之间，并非没有联系。唯识宗认为，唯识教是根本了义教；而前二时教则是枝末不了义教，是佛密意说。但佛密意说不可能违背唯识教理，佛说教理不可能前后矛盾，实际上佛说教理是一，只是众生根性不同而取教有异而已。窥基在《法华玄赞》中说：“从圣劣教，佛乘第一，独觉第二，声闻第三。无第二独觉，无第三声闻，非无三乘之中大乘体极。”所谓“无第二独觉，无第三声闻”，是说声闻、独觉教并非独立于大乘唯识教理之外而另有真实言教，三乘教表面上有异，其实都在宣说大乘体极之理。而“大乘体极”之理，指的就是作为宇宙本性的真如性净理。《摄大乘论释》就说：“法谓真如，诸声闻等同所归趣，故说一乘。”《成唯识论述记》也说：“依实真如说三乘无别。”这就是说，佛于一切时皆说大乘体极之理（真如性净之理），只是由于“三乘取教有偏”，“教同而机有异”，所以造成三乘之间的差异。这实际上说的是《法华经》会三归一的大乘思想。窥基在《法华经玄赞》中还引经教所说“佛以一音演说法众生各各随其解”，“一雨普润三草二木生长不同”，来说明大乘体极之理与三乘取教之机的关系：一乘教由根性不同的众生取受则成三乘教之不同，但三乘教之差异不碍一乘教体极的相同。这就是说，三乘教的差别是三乘人各取所需的取执结果，并不是佛理本身有三乘的不同。我们还可以从能证、所证方面来说明三乘的不同而同，如窥基在《法华玄赞》说：“如兔、马、象三兽度河，河性无差，得有浅深，又下经云：譬于高原穿凿须水，若见干土，知水尚远；若见湿土，知水不远；若见于泥，知水极近。水性无差，得之有异。此会理同而证有异，三乘证理有圆缺故。”大乘体极理同，是三乘之所证；而众生根机不同，成大乘之能证。大乘体极理同，故成一乘教；而众生根机不同，取证有异，得理有浅深，故成三乘教。三乘教虽对应不同根性的众生，但同显一乘体极之理，所以三乘教皆是佛说真实言教。
三乘同具大乘体极之理，同以性净之理为所缘，所以三乘教的目标相同，都是以证真如性净理为解脱。《摄大乘论释》说：“法谓真如，诸声闻等同所归趣，所趣平等故说一乘。”《瑜伽师地论》亦说：“诸声闻乘种性有情，亦由此道此行迹故，证得无上安隐涅槃。诸独觉乘种性有情，诸如来乘种性有情，亦由此道此行迹故，证得无上安隐涅槃，一切声闻、独觉、菩萨，皆共此一清净妙道，皆同此一究竟清净，更无第二。”甚至在方法论上，三乘教也具有相同性，即都是以转依（转识成智，转迷真如为悟真如）为实现解脱证得涅槃的方法。如《瑜伽师地论》说：“云何成办修？谓或声闻乘，或独觉乘，或复大乘，已得一切所有转依，及得一切诸法自在，此所有修名成办修。”
唯识宗主张五种姓说，根据众生无漏种的有无以及种类而把众生分为五类：声闻种、独觉种、佛种姓、五种姓和不定种姓。五种姓众生，都由其本识中具有的种子所决定。其中无种姓者，即是指先天即不具备般涅槃性者，不存在转依修证解脱的可能性。而声闻种姓、独觉种姓、佛种姓，则是修三乘转依得解脱的定性众生，分别具有成就声闻、独觉佛的种子。而最后一种姓，即不定种性，则是指或修二乘，或修大乘而不决定者。唯识宗认为，三乘定性众生经过佛法的修证实践所得的转依果，也是各自决定而互不相同，而不定种姓则随所修教乘，故得转依果也不定。《佛地沦》卷五说：“决定种姓各依自乘而得出离；不定种姓或依大乘，或依余乘而得出离。言出离者，即是涅槃。诸三乘人各自种姓以为因缘，……随其所应各证涅槃。”这就是说，每一种姓根据各自的种姓为因缘，各依自乘而取证涅槃。对于定性种姓来说，则随各自取证，所得涅槃并不相同。唯识宗将大、小乘所得涅槃分为三种，即：有余涅槃、无余涅槃和无住处涅槃。至于不定种姓，则或随小乘得有余、无余涅槃，或回心向大，随大乘得无住处涅槃。至于五种姓者，则不能证得任何涅槃。大、小乘涅槃虽有异，但由于大、小乘共同具有大乘体极之理，即真如性净之理，所以所得涅槃实际上都是指证得性净本体而获得的真如显现状态。《成唯识论》卷十说：“此虽本来自性清净，而由客尘令不显，真圣道生断彼障故，令其相显，名得涅槃。此依真如离障施设，体即是清净法界。”由此看来，唯识宗所说大、小乘涅槃又具有体性上的相同之处。唯识宗明确规定，真如离障而施设涅槃，大、小乘都是如此。唯识宗把诸法真如理称作本来自性清净涅槃，所谓真如离障施设涅槃，其实就是指真如自性清净体的显现状态。
五、小乘涅槃：真如离烦恼障
唯识宗以真如离障来施设涅槃之名，并依此来解释小乘佛教的有余涅槃、无余涅槃。
《成唯识论》说：“有余依涅槃：谓且p真如出烦恼障，虽有微苦所依未灭，而障永寂，故名涅槃”；“无余依涅槃，谓即真如出生死苦，烦恼既尽，余依亦灭，众苦永寂，故名涅槃”。
唯识宗对这两种涅槃的理解，坚持了小乘佛教两种涅槃概念的基本含义，即把断烦恼已尽但所依未灭称作有余涅槃；把所依亦灭，众苦永寂称作无余涅槃。但唯识宗对有余涅槃、无余涅槃的理解还不仅止于此，它进一步将有余涅槃、无余涅槃规定为真如性寂理出烦恼障的显现状态，即：真如出烦恼障，若苦依尚存，则为有余涅槃；若苦依永尽，则为无余涅槃。这就是说，所谓有余涅槃、无余涅槃，都是指真如理离烦恼障所显现的状态，其体性即真如法界，都可称作依真（如）理涅槃。如《成唯识论》卷十说：
谓有二乘深乐圆寂得生空观，亲证真如，永灭感生烦
恼障，尽显依真理有余涅槃。彼能感生烦恼尽故，后有异
熟无由更生，现苦所依任运灭位，余有为法既无所依，与
彼苦仍同时顿舍，显依真理无余涅槃。
意即，真理即真如理，其性本寂，即是自性清净涅槃。真如理在不同情况下显现，即成不同称谓的涅槃。小乘圣者断烦恼因而尚有苦依，真如理显则称有余依涅槃；若苦依亦灭，一切有为法随之皆灭，真如理显则称无余依涅槃。这说明，小乘佛教酌解脱也是以真如为本体依据，以证真如本体为得涅槃（有余，无余涅槃）。我们可以用“体用”范畴来表示二者的关系，即真如理是体，有余、无余涅槃是用。真如遍在于一切诸法，而有余涅槃、无余涅槃则是断烦恼所显真如，其体性即是真如，依离（烦恼）障而施设涅槃名。
唯识宗以真如离（烦恼）障施设小乘佛教的有余涅槃、无余涅槃，显然是依唯识宗的理论所作的创造性的阐释，具有唯�