明朝中期大思想家王廷相明确提出自然界是弱肉强食，优胜劣汰，自然万物并非为人所设，人不过是自然界万物中的一员，只不过人比其他动物聪明，所以才能驾驭趋势食用其他生物而已
王廷相说“天地之生物，势不得不然也，天何心哉？强食弱，大贼小，智残愚，物之势不得不然也，天又何心哉？”
“人物之生于造化。一而已矣。无大小，无灵蠢，无寿夭，各随气之所秉而为生，此天地之化所以为公也。……但人灵于物，其智力机巧足以尽万物而制之，或驱逐而远避，或拘系而役使，或戕杀而肉食，天之意岂如是哉？物势之自然耳。故强凌弱，众暴寡，智戕愚，通万物而皆然，虽天亦无如之何矣！”
这段话的意思就是：大自然产生出人和其他一切生物，都是按照同一的规律。无论形体的大小，无论智力的灵蠢，无论寿命的长短，都不过是按照其各自秉承的物质基础而进行生命活动。天地变化规律之所以为公正就体现在这里。……人比其他生物聪明，智力机巧足够穷尽所有其他生物来加以控制，把有的生物驱逐远离人类，有的生物则加以拘系役使，有的生物则戕杀吃它们的肉，上天的意思难道愿意这样吗？不过是事物的必然趋势而已，所以强大的欺凌弱小的，数量多的振压数量少的，聪明的戕杀愚蠢，这个道理在世间万物都是相通的都是一样。就算是上天也无可奈何，也不能加以改变
王夫之说“中国之天下，轩辕以前，其犹夷狄乎！太昊以上，其犹禽兽乎！禽兽不能备其质，夷狄不能备其文……所谓饥则呴呴，饱则弃余者，亦直立之兽而已”
也就是说，中国这块地方，在轩辕以前，也就是夷狄，太昊以上，就是禽兽。在这里王夫之，已经提出了动物禽兽进化成人的概念。
十三，在文学思想上面
明代万历时期有着名的袁氏三兄弟，建立的文学派别叫做公安派
而这个公安派居然直接成为了中国五四新文学运动的先驱
周作人在《中国新文学的源流》第四十三页中说
“假如从现代胡适之先生的主张里面，减去他受到的西洋的影响，那便是公安派的思想和主张了”
民国时期着名学者刘大杰在《中国文学发展史》中说
“晚明和五四时代的新文学运动，精神完全相同”
十四，文字改革，汉字拉丁化拼音化，以及创建世界语
明末四公子之一的方以智，同时也是明末四大思想巨头之一的方以智，主张汉字拼音化（比五四时期鲁迅等人的主张早了将近三百年）
在《方以智传》中说“方以智主张文字拼音化，他仿西文列汉字成字母，依照音韵变化列出《旋韵图》”“方以智欣赏西方的拼音文字，希望中国和西方有朝一日能享同文之化。他设想进行文字改革必须先设立一个共同遵循的法则，有了它，可‘以近推远，以今推古’。”
他说“数千载之下，亿万里之外，皆可以对翻，小则明文字之音义，一贯而知，大则知无声之原，以尽声音之变，和乐律，通鬼神，格鸟兽”
《方以智传》的作者感慨道：“这对于一个坚持改革的启蒙思想家，是何等博大的气魄，但是方以智的时代却不能给予他施展抱负的必要条件。他的愿望停留在纸上，近三百年之后，才被炎黄后裔逐步化为现实”
事实上方以智在1639年（崇祯24年，这个时候他才28岁）完成他的的巨着《通雅》和《物理小识》之后两三年，满清就入关了，方以智投入了反清洪流中，他身为明朝进士，受过崇祯皇帝亲自见解，自然成为满清肉中钉眼中刺，后流亡各地，被迫削发为僧，但到康熙十年，还是没有能逃过满清毒手，被抓捕，押解途中，经过惶恐滩，也就是文天祥诗句“惶恐滩头说惶恐，零丁洋里叹零丁”中的惶恐滩毅然自尽而死。这样恶劣的条件下，方以智当然没有办法施展自己的报复。 十五，提出建立以数学为基础的整个科学技术发展的学科构架
徐光启在崇祯二年（1629年）七月二十六日，给崇祯皇帝上奏折《条议历法修正岁差疏》，论述了“数学和其他科学的关系，数学在生产实践中作用”，他是把数学作为其他一切自然科学和工程学的基础来看待（转引自《徐光启研究论文集》第40页）
第一，数学是天文学，气象学的基础。“利用数学可以计算日月无星的运行，从而推测晴雨水旱”
第二，数学是机械工程学的基础，“精于度数，能造作机器，力小任重”，制作各种机械，“以供民用，以利民生”
第三，数学是测绘学的基础，“天下舆地，其南北东西，纵横相距，纡直广袤，山海原野，高深广远”，都可以用数学方法测绘，“道里尺寸，悉无谬误”
第四，军事学：数学可以用于“兵家营阵器械及筑治城台等”，“精于其法，有裨边计”
第五，建筑学：“营建屋宇桥梁等，明于度数者力省功倍，且经度坚固，千万年不圮不坏”
第六，财政、会计学：数学对“官司计会”，颇有用处，“理财之臣，尤所急需”
第七，水利学：用数学，“度数既明，可以测量水地。一切疏浚河渠，筑治堤岸，灌溉田亩，动无失策，有益民事。”
第八，医药学：使用数学，“因而药石针砭，不至误差，大为生民利益”
第九，音律学：“明于度数，即能考正音律，制造器具（乐器）。”
第十，计时：掌握了数学力学原理，可以“造作钟漏，以知时刻分秒”，“使人人能更分更漏，以率作兴事，屡省考成”
《明末清初的格物穷理之学》一书说“此‘十事’涉及自然现象的研究、社会现象的研究和工程技术，就当时，无论中西方都未形成自然科学、社会科学、工程技术学科的分化。徐光启能陈此十事相当不易。有学者认为，这是比培根在《新大西岛》中所作理想研究更现实、弘通的知识体系的划分”
徐光启的这个奏折，得到了崇祯皇帝的积极反应和支持，他下旨批示“度数旁通，有关庶绩，一并分曹料理”。但是不幸的是当时明朝只过了十几年就灭亡了，这么短的时间内，徐光启的设想是无法在全国上下全面展开的。
尚智丛说：“徐光启提出的“格物穷理之学”核心就是以数学的演绎推理和数量计算来探求客观事物的规律，具有近现代科学的特征，酝酿着近现代科学的倾向，他把数学做为科学发展的基础地位，在这里他比伽里略等近代科学先驱更高明。
他希望借助演绎推理，寻求事物的数学规律，形成“有理，有义，有法，有数”，使中国的科学思想在质上迈进了一大步”
徐光启开创的“格物穷理之学”在当时有李之藻，李天经，孙元化，王徵，其后又有方以智，王锡阐等发扬，但结果却没有在中国产生近现代科学，我认为根本原因在于满清的统治所造成的文明的毁灭割裂。满清的黑暗统治下，这样以数学为基础，全面发展科学的设想是根本无法实现的。 十六，对自然科学和哲学的划分，以及两者关系的论述
在这点上，明朝的学者领先于同期的西方，当西方还连哲学和科学的区别都弄不清楚的时候，明朝的方以智已经明确提出概念的区分和关系的论述
方以智提出“质测”的概念，并下了一个定义
“物有其故，实考究之，大而元会，小而草木螽蠕，类其性情，征其好恶，推其常变，是曰：质测”
显然这里“质测”的概念就是现在自然科学的概念
然后方以智提出“通几”的概念，并下了定义
“器固物也；心一物也；深而言性命，性命亦物也；通观天地，天地亦物也。推而至于不可知，转以可知者摄之。以费知隐，重玄一实，是物物神神之几也。寂感之蕴，深究其所自来，是曰通几”
这里的通几就是现在所说的哲学
然后方以智论述了自然科学和哲学的关系
“质测即藏通几者也，有意扫质测，而冒举通几，以显其*密之神者，其流遗物”
“通几护质测之穷”
“不可以质测废通几，不可以通几废质测。或质测，或通几，不相坏也”
方以智通过自己深厚的自然科学修养和哲学修养，对当时的西方传教士传过来的知识进行了批判性的吸收，他说“远西学人，详于质测而拙于通几；然而志士推之，彼之质测，犹未备也”
方以智通过对《崇祯历书》中第谷宇宙体系的分析得出结论“绝对静止的天是不存在的，所谓‘大造之主’不过是运转不已的自然之天体。传教士所谓的上帝不过是臆说。他用理论用逻辑批判了传教士的创世说，讽刺他们‘详于质测而不善言通几，往往意以语阂’”
十七，军事上
徐光启在崇祯四年（1631年）上疏建议组建以全火器装备的现代化陆军
“臣今所拟，每一营所用双轮车一百二十辆，炮车一百二十辆，粮车六十辆，共三百辆。西洋大炮十六位，中炮八十位，鹰铳一百门，鸟铳一千二百门，战士两千人，队兵二千人。……行之为阵，止之为营。遇大敌，先以大小火器更迭击之；……敌在近，则我步兵以出击之；若铁骑来，直以炮击之，亦可以步兵击之。此则实选实练所致，非未教之民可猝得也。而不如是，又不足以破敌。……臣言三聚当用6万人。若悉皆招募，费必不资，亦未可遽得。……若先练一营之人，先办一营之器，两者齐备，既成营矣。一营既成，更办次营，6万人当为15营。若成就四五营，可聚可散，则不忧关内；成就十营，则不忧关外；十五营俱就，则不忧进取矣。倘止完一二营，仅可协助大城为守，未堪野战也。此臣所谓车战之制，应须选募同强，教练同习，营阵同法，器械同利者也。其见在之兵，则速召孙元化于登州，令统兵以来，可成一营矣”
这个计划得到了崇祯皇帝激切赞赏和大力支持。
遗憾的是几个月以后孙元化被卖国贼叛军孔有德俘，后放回，孙元化因为渎职罪而被处死。使得徐光启的练军计划落空，但他却已经指明了中国近现代军事的发展方向了。没有满清的中断，中国在军事上只会领先于同期的西方而不可能落后。
这里介绍一下孙元化，他是徐光启的学生，也是徐光启新军事思想的大力实践者，孙元化本身在科学上有相当造诣，着有《几何体论》《几何用法》《太西算要》。可以说没有登州事变，没有孔有德这个丧心病狂的卖国贼的叛变，他会训练出一支相当强大的火器部队来，彻底歼灭满清是没有问题的
十八，海洋力量
郑芝龙在明朝官方的支持下发展成为拥有三千多艘海洋贸易船只，超级庞大的海上贸易集团。根据当时书籍记载，当时郑芝龙集团势力已经达到“凡海舶不得郑氏令旗，不能来往，每舶例入二千金，岁入以千万计，以此富敌国”
在王春瑜《闽南海商势力的扩张》一文中说，崇祯元年，荷兰人，和许心素联手在东山岛海面上向他发动攻击，郑芝龙盛怒之下出动千艘船只捕获荷兰人的两艘大船和85名荷兰船员。不久又攻入厦门港，把许心素抓获处死并再捕获一艘荷兰船和一艘快艇。等到强大的中国海盗集团刘香势力崛起之后，“荷兰人与刘香勾结，在1633年7月12日突袭厦门，把港内郑芝龙水师的二、三十艘战船击沉或烧毁，这些被破坏的船只每艘上面配备有16门、20甚至36门的大炮，可见郑芝龙的明军水师实力强大到什么程度。而在短短两三个月内，郑芝龙竟能连续对荷兰人发动两次庞大的海上反攻。出动包括五十艘特大战船在内的150艘战船，使刘香海盗集团和荷兰人遭受到重创。最后彻底消灭了强大的刘香海盗集团，并使荷兰殖民强盗受到沉重打击。这种战果在中外交锋的历史上是罕见的。也奠定了郑芝龙的明军海上力量在这片海域上的霸主地位。荷兰人在见识了他的厉害之后，改变了对他敌对的态度，与他合作，以求在几乎完全由他垄断的贸易中得到一些好处”
荷兰的东印度公司根本无法和郑芝龙集团竞争，无论在军事上，还是在贸易上，都是如此。德国学者Aldree he wiltn说“他除靠那一项强爆的营业税收（每舶例入二千金），又靠本身的投机生意，而终于积攒起一笔莫大资产，他的船只计有三千，他令其船主们巡航到暹罗、马尼拉、马六甲等地，就豪华以及财富而论，他凌驾在他君主之上”。
当时就连郑氏家族手下其他成员，都富可敌国，如户官郑泰“守金门，资以百万计”“富至千万”“少者百万”
我们还可以从另外一些方面看看这个中国的海上集团当时强大富裕到什么地步。《明末中国的私人海上贸易》中说“崇祯元年，台湾荷兰长官与郑芝龙订立为期三年的购货合同，议定郑芝龙每年向荷兰交付生丝一千四百担，糖五千担，糖姜一千担，绢绫五千担，荷兰人支付29万9700元，这项合同后因荷兰东印度公司缺乏现金作罢。”
接替郑芝龙的郑成功集团，虽然实力至少缩水一大半，但仍旧拥有惊人的财力。郑成功为了抗清，筹集资金，发展海上贸易，设立“裕国库”和“利民库”，相当于现在的大银行，为海商们提供资金进行贸易，顺治十一年，海商曾定老一�
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